Anplikoi Sekuentziazioa (16S/18S/ITS)

Amplikon (16S/18S/ITS) sekuentziazioa Illumina-rekin mikrobioen dibertsitatea aztertzeko metodo bat da, mikrobioen profilak identifikatuz haien sekuentzien arabera eta, ondoren, lagin bakoitzaren barruan eta laginen artean komunitatearen aberastasuna eta dibertsitatea deszifratzen saiatuz. BMKCloud Amplicon (NGS) hodiak 16S, 18S, ITS eta hainbat gene funtzionalen analisia ahalbidetzen du. Irakurketa mozketarekin, irakurketa parekatuen muntaketarekin eta kalitatearen ebaluazioarekin hasten da, eta ondoren irakurketa antzekoak multzokatzen dira sei analisi atal ezberdinetan erabiltzen diren Unitate Taxonomiko Operatiboak (OTU) sortzeko. Taxonomiaren anotazioak lagin bakoitzaren ugaritasun eta osaera erlatiboari buruzko informazioa ematen du, eta alfa eta beta dibertsitatearen analisiak, berriz, laginen barruko eta arteko mikrobioen dibertsitatean zentratzen dira, hurrenez hurren. Taldeen arteko analisi diferentzialak OTU desberdinak aurkitzen ditu, bai proba parametrikoak bai ez-parametrikoak erabiliz, eta korrelazio analisiak desberdintasun horiek ingurumen faktoreekin erlazionatzen ditu. Azkenik, gene funtzionalen ugaritasuna markatzaile geneen ugaritasunean oinarrituta aurreikusten da, lagin bakoitzaren funtzio eta ekologiari buruzko informazioa emanez.