De novo Bakterioen Genomaren Asanblada
Bakterioen genoma muntatzeko zerbitzu osoa eskaintzen dugu, 0 hutsune bermatuz. Hori posible da irakurketa luzeko sekuentziazio teknologiak integratuz, hala nola Nanopore eta PacBio muntaketarako, eta irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina-rekin batera muntaketa baliozkotzeko eta ONT irakurketen erroreak zuzentzeko. Gure zerbitzuak bioinformatika-fluxu osoa eskaintzen du, muntaketatik hasi eta anotazio funtzionala eta analisi bioinformatiko aurreratua barne, ikerketa-helburu espezifikoak betez. Zerbitzu honek erreferentziazko genoma zehatzak garatzea ahalbidetzen du hainbat ikerketa genetiko eta genomikotarako. Horrez gain, anduien optimizazioa, ingeniaritza genetikoa eta teknologia mikrobianoaren garapena bezalako aplikazioen oinarria da, datu genomiko fidagarriak eta hutsunerik gabekoak bermatuz, zientzia-ikuspegiak eta berrikuntza bioteknologikoa aurrera eramateko ezinbestekoak direnak.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Bi aukera posible daude aukeran, nahi den genomaren osotasun-mailaren arabera.
● Genomaren zirriborro aukera: Irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina NovaSeq PE150-rekin.
● 0 hutsuneko genoma osoa.
● Irakurketa luzeko sekuentziazioa Nanopore PromethION 48 edo PacBio Revio-n genomaren muntaketarako.
● Irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina NovaSeq-en genomaren baliozkotze eta erroreen zuzenketarako (Nanopore) edo genomaren zirriborro bat sortzeko.
Zerbitzuaren abantailak
●Zero-hutsuneko genoma bermatutaHau Illumina sekuentziazioaren eta irakurketa luzeko sekuentziazioaren (Nanopore edo PacBio) integrazioaren ondorioz gertatzen da.
●Bioinformatika lan-fluxu osoa:Honen barruan sartzen dira genomaren muntaketa eta hainbat elementu genomikoren iragarpena, geneen anotazio funtzionalak eta genomaren bistaratzea, hala nola Circos grafikoa.
●Esperientzia zabala20.000 mikrobio-genoma baino gehiago bilduta, BMKGENEk hamarkada bat baino gehiagoko esperientzia, analisi-talde oso trebea, eduki osoa eta salmenta osteko laguntza bikaina ditu.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
●Sekuentziazio estrategia ugari eskuragarri:Ikerketa-helburu desberdinetarako eta genomaren osotasunaren eskakizunetarako.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Zerbitzua | Sekuentziazio Estrategia |
| Genomaren zirriborroa | Illumina PE150 100x |
| 0 Hutsune Genoma | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (aukerakoa) |
Laginaren eskakizunak:
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Kopuru osoa (µg) | Bolumena (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Nanoporoa | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterioak: ≥3,5x1010 zelulak
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisia barne hartzen du:
● Sekuentziazio Datuen Kalitate Kontrola
● Genomaren Muntaketa
● Genomaren Osagaien Analisia: CDS eta hainbat elementu genomikoren iragarpena
● Hainbat datu-base orokorrekin (GO, KEGG, etab.) eta datu-base aurreratuekin (CARD, CAZy, etab.) anotazio funtzionala
● Genomaren bistaratzea
Genoma erraz eskuragarri dagoen fasta formatuan eta genomaren anotazio fitxategia (gff) eskaintzen ditugu.
Geneen anotazioa – GO
Geneen anotazioa – CAZY karbohidratoak
Genomaren bistaratzea – Circos diagrama
Arakatu BMKGene-ren bakterioen genomaren muntaketa zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Dai, W. et al. (2023) 'Bacteroides uniformis F18-22 aurkikuntza, gizaki osasuntsuen koloneko kolitis ultzeradunaren tratamendurako bakterio probiotiko seguru eta berri gisa',Nazioarteko Zientzia Molekularreko Aldizkaria, 24(19), 14669. or. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Txinako faunatik blaOXA-1 eta blaNDM-1 daramaten Proteus mirabilis erresistente anitzeko isolatuak: osasun publikoko arriskua handitzen',Zoologia Integratiboa, 16(6), 798–809 or. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Bacillus flexus KLBMP 4941 endofitoaren genoma-sekuentzia osoak landareen hazkuntza sustatzeko mekanismoa eta gatz-tolerantziaren oinarri genetikoa agerian uzten ditu',Bioteknologia Aldizkaria, 260, 38–41 or. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Klebsiellaren erresistentzia anitzeko erreplikoi plasmidoek antimikrobianoen geneen hedapen zabala eragiten dute',Mikrobiologiaren mugak, 12, or. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
