Bero-mapa
Bero-mapa tresnak matrize-datu fitxategi bat onartzen du sarrera gisa eta erabiltzaileei datuak iragazi, normalizatu eta multzokatu ditzakete. Bero-mapen erabilera nagusia lagin ezberdinen arteko geneen espresio mailaren multzokatze-analisia da.
Geneen oharra
Gene Annotation tresnak geneen anotazioak egiten ditu sarrerako FASTA fitxategien sekuentzien lerrokatzean oinarrituta, hainbat datu-baserekin alderatuta.
Oinarrizko Tokiko Lerrokatze Bilaketa Tresna (BLAST)
BLAST tresna NCBI BLASTen BMKCloud bertsio integratua da eta BMKCloud kontura igotako datuak erabiliz funtzio berdinak egiteko erabil daiteke.
CDS_UTR Iragarpena
CDS_UTR Iragarpen tresna transkripzio-sekuentzia jakin batzuetan kodetze-eskualdeak (CDS) eta kodetze-ez diren eskualdeak (UTR) iragartzeko diseinatuta dago, BLAST emaitzetan eta ORF iragarpen-emaitzetan oinarrituta, proteina-datu-base ezagunen arabera.
Manhattaneko lursaila
Manhattan Plot tresnak lagin handiko esperimentuak bistaratzea ahalbidetzen du eta genoma osoko asoziazio-azterketetan (GWAS) erabili ohi da.
Zirkuen diagrama
CIRCOS diagrama tresnak ezaugarri genomikoak genoman zehar nola banatzen diren modu eraginkorrean bistaratzeko aukera ematen du. Ezaugarri ohikoenen artean daude lokus kuantitatiboak, SNPak, InDels, egiturazko eta kopia-zenbakiko aldaerak.
Gene Ontologia (GO) Aberastea
GO Enrichment tresnak aberaste funtzionalaren analisia eskaintzen du. Tresna honetako software nagusia TopGO-Bioconductor paketea da, eta honek adierazpen diferentzialaren analisia, GO aberastearen analisia eta emaitzen bistaratzea barne hartzen ditu.
Geneen Koadierazpen Sarearen Pisuaren Analisia (WGCNA)
WGCNA geneen ko-adierazpen moduluak aurkitzeko oso erabilia den datu-meatzaritza metodoa da. Hainbat adierazpen-datu multzotan aplika daiteke, besteak beste, mikroarray eta NGS geneen adierazpen datuak.
InterProScan
InterProScan tresnak InterPro proteinen sekuentzien analisia eta sailkapena eskaintzen du.
GO KEGG aberastea
GO KEGG aberaste tresna GO aberaste histograma, KEGG aberaste histograma eta KEGG aberaste bide bat sortzeko diseinatuta dago, emandako gene multzo batean eta dagokion anotazioan oinarrituta.