-
Sekuentziazio Metagenomikoa -NGS
Metagenoma organismoen komunitate misto baten material genetiko osoaren bilduma da, hala nola ingurumeneko eta gizakien metagenomak. Mikroorganismo hazgarrien eta hazgaitzen genomak ditu. NGS bidezko sekuentziazio metagenomikoak ingurumen-laginetan txertatutako paisaia genomiko korapilatsu horien azterketa ahalbidetzen du, profilaketa taxonomikoa baino gehiago eskainiz, espezieen dibertsitateari, ugaritasun-dinamikari eta populazio-egitura konplexuei buruzko ikuspegi zehatzak ere emanez. Azterketa taxonomikoez gain, metagenomikak genomika funtzionalaren ikuspegia ere eskaintzen du, kodetutako geneak eta prozesu ekologikoetan duten ustezko eginkizuna aztertzeko aukera emanez. Azkenik, elementu genetikoen eta ingurumen-faktoreen arteko korrelazio-sareak ezartzeak komunitate mikrobianoen eta haien jatorri ekologikoaren arteko elkarrekintza korapilatsua holistikoki ulertzen laguntzen du. Ondorioz, sekuentziazio metagenomikoa tresna garrantzitsua da komunitate mikrobiano anitzen konplexutasun genomikoak argitzeko, ekosistema konplexu horien barruan genetikaren eta ekologiaren arteko harreman anitzak argituz.
Plataformak: Illumina NovaSeq eta DNBSEQ-T7
-
Sekuentziazio Metagenomikoa-TGS
Metagenoma organismoen komunitate misto baten material genetikoaren bilduma da, hala nola ingurumeneko eta gizakien metagenomak. Mikroorganismo landugarrien eta landugaitzen genomak ditu. Sekuentziazio metagenomikoak lagin ekologikoetan txertatutako paisaia genomiko korapilatsu horien azterketa ahalbidetzen du, profil taxonomikoak baino gehiago eskainiz. Genomika funtzionalaren ikuspegia ere eskaintzen du, kodetutako geneak eta ingurumen-prozesuetan duten ustezko eginkizuna aztertuz. Illumina sekuentziazioarekin egindako eskopeta-ikuspegi tradizionalak metagenomika-azterketetan asko erabili diren arren, Nanopore eta PacBio irakurketa luzeko sekuentziazioaren etorrerak eremua aldatu du. Nanopore eta PacBio teknologiak ondorengo analisi bioinformatikoak hobetzen ditu, batez ere metagenomaren muntaketa, muntaketa jarraituagoak bermatuz. Txostenek adierazten dute Nanopore-n oinarritutako eta PacBio-n oinarritutako metagenomikak arrakastaz sortu dituela bakterio-genoma osoak eta itxiak mikrobioma konplexuetatik (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore irakurketak Illumina irakurketekin integratzeak erroreak zuzentzeko ikuspegi estrategikoa eskaintzen du, Nanopore-ren berezko zehaztasun baxua arinduz. Konbinazio sinergiko honek sekuentziazio plataforma bakoitzaren indarguneak aprobetxatzen ditu, muga potentzialak gainditzeko eta analisi metagenomikoen zehaztasuna eta fidagarritasuna hobetzeko irtenbide sendoa eskainiz.
Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia eta PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Anplikoi Sekuentziazioa-PacBio
16S eta 18S rRNA geneak, Barneko Transkripzio Espazatzailearekin (ITS) batera, funtsezko hatz-marken markatzaile molekularrak dira, eskualde oso kontserbatuen eta hiperaldakorren konbinazioari esker, eta horrek tresna baliotsu bihurtzen ditu organismo prokarioto eta eukariotoak karakterizatzeko. Eskualde hauen anplifikazioa eta sekuentziazioa isolamendurik gabeko ikuspegia eskaintzen du hainbat ekosistematako konposizio eta dibertsitate mikrobianoa ikertzeko. Illumina sekuentziazioak normalean 16S eta ITS1 bezalako eskualde hiperaldakor laburrak hartzen ditu jomugan, baina frogatu da anotazio taxonomiko hobea lor daitekeela 16S, 18S eta ITS-en luzera osoa sekuentziatuz. Ikuspegi integral honek zehaztasunez sailkatutako sekuentzien ehuneko handiagoak lortzen ditu, espezieen identifikaziora hedatzen den bereizmen maila lortuz. PacBioren Molekula Bakarreko Denbora Errealeko (SMRT) sekuentziazio plataforma nabarmentzen da irakurketa luze (HiFi) oso zehatzak eskaintzen dituelako, amplikon osoak estaltzen dituztenak, Illumina sekuentziazioaren zehaztasunaren parekoa izanik. Gaitasun honek ikertzaileei abantaila paregabea lortzeko aukera ematen die: paisaia genetikoaren ikuspegi panoramikoa. Estaldura zabalak espezieen anotazioaren bereizmena nabarmen handitzen du, batez ere bakterio edo onddo komunitateetan, mikrobio populazioen konplexutasunak sakonago ulertzeko aukera emanez.
-
16S/18S/ITS Anplikoi Sekuentziazioa-NGS
Illumina teknologiarekin anplikoi sekuentziazioa, 16S, 18S eta ITS markatzaile genetikoak bereziki helburu hartuta, metodo indartsua da komunitate mikrobianoen filogenia, taxonomia eta espezieen ugaritasuna argitzeko. Ikuspegi honek etxeko markatzaile genetikoen eskualde hiperaldakorren sekuentziazioa dakar. Jatorriz hatz-marka molekular gisa aurkeztu zuen...Woeses eta beste batzuk1977an, teknika honek mikrobiomaren profilak irauli zituen, isolamendurik gabeko analisiak ahalbidetuz. 16S (bakterioak), 18S (onddoak) eta Barneko Transkripzio Espazatzailearen (ITS, onddoak) sekuentziazioaren bidez, ikertzaileek ez dituzte espezie ugariak bakarrik identifikatu, baita arraroak eta identifikatu gabekoak ere. Tresna nagusi gisa oso erabilia izanik, anplikonen sekuentziazioa funtsezkoa bihurtu da ingurune askotan, hala nola gizakien ahoan, hesteetan, gorotzetan eta beste hainbat ingurunetan dauden konposizio mikrobiano desberdinak bereizteko.
-
Bakterioen eta Onddoen Genoma Osoaren Bersekuentziazioa
Bakterioen eta onddoen genoma osoaren birsekuentziazio proiektuak funtsezkoak dira genomika mikrobianoa aurrera eramateko, genoma mikrobianoak osatu eta alderatu ahalbidetzen baitute. Horrek hartzidura-ingeniaritza, prozesu industrialak optimizatzea eta bigarren mailako metabolismo-bideen azterketa errazten ditu. Gainera, onddoen eta bakterioen birsekuentziazioa funtsezkoa da ingurumen-egokitzapena ulertzeko, anduiak optimizatzeko eta eboluzio genetikoaren dinamikak agerian uzteko, eta horrek ondorio zabalak ditu medikuntzan, nekazaritzan eta ingurumen-zientzian.
-
Prokariotoen RNA sekuentziazioa
RNA sekuentziazioak zelulen barruko RNA transkriptu guztien profilaketa osoa ahalbidetzen du baldintza espezifikoetan. Teknologia aurreratu honek tresna indartsu gisa balio du, geneen espresio-profil korapilatsuak, geneen egiturak eta prozesu biologiko anitzekin lotutako mekanismo molekularrak agerian utziz. Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso erabilia, RNA sekuentziazioak zelulen dinamikaren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunei buruzko ikuspegiak eskaintzen ditu. Gure RNA prokariotikoen laginen prozesamendua transkriptoma prokariotikoetarako egokituta dago, ARNr agortzea eta liburutegi direkzionalaren prestaketa barne hartzen ditu.
-
Metatranskriptomaren sekuentziazioa
Illumina sekuentziazio teknologia erabiliz, BMKGENEren metatranskriptomen sekuentziazio zerbitzuak mikrobioen geneen adierazpen dinamikoa agerian uzten du, eukariotoetatik prokariotoetara eta birusetara, ingurune naturaletan, hala nola lurzoruan, uretan, itsasoan, gorotzetan eta hesteetan. Gure zerbitzu integralak ikertzaileei mikrobio-komunitate konplexuen geneen adierazpen-profil osoak aztertzeko ahalmena ematen die. Analisi taxonomikoaz harago, gure metatranskriptomen sekuentziazio zerbitzuak aberaste funtzionala esploratzea errazten du, adierazpen desberdineko geneak eta haien eginkizunak argituz. Ezagutu ikuspegi biologiko ugari geneen adierazpenaren, dibertsitate taxonomikoaren eta dinamika funtzionalen paisaia konplexuetan nabigatzen duzun bitartean, ingurumen-nitxo anitz horien barruan.
-
De novo Onddoen Genomaren Asanblada
BMKGENEk onddoen genometarako irtenbide polifazetikoak eskaintzen ditu, ikerketa-behar anitzak eta nahi den genomaren osotasuna asetzeko. Irakurketa laburreko Illumina sekuentziazioa soilik erabiltzeak genoma zirriborro bat sortzea ahalbidetzen du. Nanopore edo Pacbio erabiliz irakurketa laburreko eta irakurketa luzeko sekuentziazioak konbinatzen dira kontig luzeagoekin onddoen genoma finduago bat lortzeko.
-
De novo Bakterioen Genomaren Asanblada
Bakterioen genoma muntatzeko zerbitzu osoa eskaintzen dugu, 0 hutsune bermatuz. Hori posible da irakurketa luzeko sekuentziazio teknologiak integratuz, hala nola Nanopore eta PacBio muntaketarako, eta irakurketa laburreko sekuentziazioa Illumina-rekin batera muntaketa baliozkotzeko eta ONT irakurketen erroreak zuzentzeko. Gure zerbitzuak bioinformatika-fluxu osoa eskaintzen du, muntaketatik hasi eta anotazio funtzionala eta analisi bioinformatiko aurreratua barne, ikerketa-helburu espezifikoak betez. Zerbitzu honek erreferentziazko genoma zehatzak garatzea ahalbidetzen du hainbat ikerketa genetiko eta genomikotarako. Horrez gain, anduien optimizazioa, ingeniaritza genetikoa eta teknologia mikrobianoaren garapena bezalako aplikazioen oinarria da, datu genomiko fidagarriak eta hutsunerik gabekoak bermatuz, zientzia-ikuspegiak eta berrikuntza bioteknologikoa aurrera eramateko ezinbestekoak direnak.
