-
BMKMANU S3000_Transkriptoma Espaziala
Transkriptomika espaziala ehunen barruko geneen adierazpena atzeman eta bistaratzeko aukera ematen digun teknika bat da. Hau funtsezkoa izan daiteke zelulek nola elkarreragiten duten ulertzeko.
Hainbat plataforma daude ikuspegi honetarako. Gai honi dagokionez, BMKGenek BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip garatu du, teknikaren errendimendua areagotzen duen plataforma bat, bereizmen subzelularra lortuz eta bereizmen maila anitzeko ezarpena ahalbidetuz.
Txip honek 4,2 milioi orban ditu, espazialki barra-kodedun zundekin kargatutako aleekin geruzatutako mikroputzuen teknologia patentatu bat erabiliz. Metodo honekin, harrapatu eta anplifikatu ondoren, barra-kodedun laginekin aberastutako cDNA liburutegi bat lortzen dugu, Illumina-rekin bateragarria dena.
Datuei dagokienez, barra-kode espazialaren eta UMIen konbinazioak sortutako datuen zehaztasuna eta espezifikotasuna bermatzen ditu. Goiko guztia konbinatuz, BMKManuk datu-esparru oso moldakorra eskaintzen du.
-
Nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa
Zelula bakarreko harrapaketa eta liburutegi pertsonalizatuen eraikuntza tekniken garapenak, sekuentziazio handiko errendimenduarekin batera, irauli egin ditu geneen espresioaren azterketak zelula mailan. Aurrerapen honek zelula-populazio konplexuen analisi sakonagoa eta osatuagoa ahalbidetzen du, zelula guztietan geneen espresioaren batez bestekoa kalkulatzearekin lotutako mugak gaindituz eta populazio horien barruko benetako heterogeneotasuna mantenduz. Zelula bakarreko RNA sekuentziazioak (scRNA-seq) abantaila ukaezinak dituen arren, erronkak ditu ehun batzuetan, non zelula bakarreko esekidura sortzea zaila den eta lagin freskoak behar diren. BMKGenen, oztopo horri aurre egiten diogu nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa (snRNA-seq) eskainiz, 10X Genomics Chromium teknologia aurreratua erabiliz. Ikuspegi honek zelula bakarreko mailan transkriptoma-analisirako egokiak diren laginen espektroa zabaltzen du.
Nukleoen isolamendua 10X Genomics Chromium txip berritzailearen bidez lortzen da, zortzi kanaleko mikrofluidika sistema bat duena, gurutzaketa bikoitzekin. Sistema honen barruan, barra-kodeak, primerrak, entzimak eta nukleo bakarra dituzten gel-aleak nanolitro tamainako olio-tantatan kapsulatzen dira, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) eratuz. GEM eraketaren ondoren, zelulen lisia eta barra-kodearen askapena gertatzen dira GEM bakoitzean. Ondoren, mRNA molekulek alderantzizko transkripzioa jasaten dute cDNA bihurtzen, 10X barra-kodeak eta Identifikatzaile Molekular Bakarrak (UMI) sartuz. cDNA hauek sekuentziazio-liburutegi estandarraren eraikuntza baten menpe jartzen dira, zelula bakarreko mailan geneen espresio-profilen azterketa sendo eta osoa erraztuz.
Plataforma: 10× Genomics Chromium eta Illumina NovaSeq Plataforma
