Metagenomika (NGS)

Illumina-rekin egindako shotgun metagenomika tresna ezaguna da mikrobiomak aztertzeko, lagin konplexuetatik DNA zuzenean sekuentziatuz, eta horrek dibertsitate taxonomikoa eta funtzionala aztertzea ahalbidetzen du. BMKCloud metagenomika (NGS) prozesua kalitate-kontrolarekin eta metagenomaren muntaketarekin hasten da, eta horietatik geneak iragartzen dira eta datu-multzo ez-erredundanteetan multzokatzen dira, hainbat datu-base erabiliz funtzio eta taxonomiaren arabera anotatuta. Informazio hau lagin barruko dibertsitate taxonomikoa (alfa dibertsitatea) eta lagin arteko dibertsitatea (beta dibertsitatea) aztertzeko erabiltzen da. Taldeen arteko analisi diferentzialak bi taldeen artean desberdinak diren OTUak eta funtzio biologikoak aurkitzen ditu, bai proba parametrikoak bai ez-parametrikoak erabiliz, eta korrelazio-analisiak, berriz, desberdintasun horiek ingurumen-faktoreekin erlazionatzen ditu.