Giza Exoma Osoaren Sekuentziazioa
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Bi exoma-panel eskuragarri daude zunden bidezko aberastearen arabera: SureSelect Human All Exon v6 (Agilent) eta xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
- SureSelect Human All Exon V6 panelean oinarrituta, UTR eskualdeak eta mtDNA osoa helburuko harrapaketa-tarteari gehitzen zaizkio.
- UMI gaitutako liburutegien eraikuntza SureSelect Human All Exon V6 panelarekin eskuragarri dago.
● Sekuentziazioa Illumina NovaSeq-en.
● Gaixotasunen edo tumoreen analisietarako bideratutako bioinformatika-kanalizazioa.
Zerbitzuaren abantailak
●Proteina kodetzeko eskualdea helburuProteinak kodetzen dituzten eskualdeak atzeman eta sekuentziatuz, hWES erabiltzen da proteinen egiturarekin lotutako aldaerak agerian uzteko.
●Kostu-eraginkorra:hWES-ek giza genomaren % 1etik gizakien gaixotasunekin lotutako mutazioen % 85 inguru lortzen ditu.
●Zehaztasun handiaSekuentziazio-sakonera handiari esker, hWES-ek aldaera arruntak zein % 1 baino maiztasun txikiagoa duten aldaera arraroak detektatzea errazten du.
●Kalitate Kontrol ZorrotzaBost kontrol-puntu nagusi ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen eta liburutegien prestaketatik hasi eta sekuentziaziora eta bioinformatikaraino. Jarraipen zorrotz honek emaitza kalitate handikoak etengabe lortzen direla bermatzen du.
●Bioinformatika Analisi IntegralaGure proiektu-lerroa erreferentziazko genomaren aldaerak identifikatzeaz haratago doa, gaixotasunen alderdi genetikoekin edo tumoreen analisiarekin lotutako ikerketa-galderak bereziki jorratzeko diseinatutako analisi aurreratua barneratzen baitu.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-aldi batekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Laginaren zehaztapenak
| Exonak Harrapatzeko Estrategia | Sekuentziazio Estrategia | Gomendatutako datu-irteera |
| Agilent SureSelectXT Gizakien Exon Guztiak V6 + UTR + mtDNA Agilent SureSelectXT Giza Exon Guztiak V6 + UTR + mtDNA (UMIrekin) IDT xGen Exome Hyb Panel V2 | Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 Gb Mendelian nahasmenduetarako/gaixotasun arraroetarako: > 50x Tumore laginetarako: ≥ 100x |
Laginaren eskakizunak
| Lagin mota | Zenbatekoa(Qubit®) | Kontzentrazioa | Bolumena | Agarosa Gela |
| WES-FF | ≥ 150 ng | ≥ 15 ng/µL |
≥ 15 µL | Kutsadura eta degradaziorik ez edo mugatua (Banda nagusia gardena da). FFPE DNA: Banda nagusia lausoa ez bada, 2 kb-tik gorako frotis bereizi bat behar da. |
| WES-FFPE | ≥ 200 ng | ≥ 15 ng/µL |
Bioinformatika
hWES gaixotasunaren laginen analisi bioinformatikoak honako hauek barne hartzen ditu:
● Sekuentziazio datuen QC
● Erreferentziako Genomaren Lerrokatzea
● SNP eta InDelen identifikazioa
● SNP eta InDels-en anotazio funtzionala
Tumore laginen analisi bioinformatikoak honako hauek barne hartzen ditu:
● Sekuentziazio datuen QC
● Erreferentziako Genomaren Lerrokatzea
● SNP, InDels eta aldaera somatikoen identifikazioa
● Germen-lerro aldaeren identifikazioa
● Mutazio-sinaduren analisia
● Bultzada-geneen identifikazioa funtzio-irabazi mutazioetan oinarrituta
● Mutazioaren anotazioa sendagaien sentikortasun mailan
● Heterogeneotasun-analisia – purutasunaren eta ploidiaren kalkulua
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
DNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Datuen bidalketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Datuen QC – Exomaren harrapaketaren estatistikak
Aldaeren identifikazioa – InDels
Analisi aurreratua: SNP/InDels kaltegarrien identifikazioa eta banaketa – Circos grafikoa
Tumoreen analisia: mutazio somatikoen identifikazioa eta banaketa – Circos grafikoa
Tumoreen analisia: lerro klonalak
