-
T2T Genomaren Muntaketa | Sekuentziazio Ultra Luzea
T2T (Telomerotik Telomerora) genoma genomaren muntaketa kalitate handiko urrezko estandarra da, telomero batetik bestera hedatzen den hutsunerik gabeko edo hutsunerik gabeko genomaren berreraikuntza kromosoma-eskalakoa dela esanez, eta genomaren muntaketa konbentzionalaren zatikatze-mugak hausten dituela.
ONT sekuentziazio sakon multiplataforma eta bioinformatika-hodi optimizatuekin integratuta, BMKGENE T2T Genome irtenbideak genomiko "eskualde ilun" zailenak hartzen ditu jomugan: telomeroak (kromosoma eukariotoen muturretako nukleoproteina konplexu espezializatuak), organismo altuagoen zentromeroak (tandem errepikapen-matrize masiboak) eta beste errepikapen konplexu eta haplotipo heterozigoto eskualde batzuk, irakurketa luzeko sekuentziazio estandarrean aspalditik ebaztezinak izan direnak. Eskualde horiek zeharkatzen ez dituzten eta sekuentziaren kolapsoa edo kontig kimerikoak eragiten dituzten ohiko irakurketa luzeek ez bezala, ONT irakurketa ultraluzeek hutsune muntaezinak eta eskualde konplexuak har ditzakete. BMKGene espezie anitzentzako hutsunerik gabeko edo hutsunerik gabeko kalitate handiko T2T genoma eskaintzera konprometituta dago.
T2T genoma baten eraikuntzak lehen eskuraezinak ziren eskualde genomiko konplexuak desblokeatzen ditu, ikerketa-hutsune kritikoak betetzen ditu eta oinarrizko datu sendo eta zehatzak eskaintzen ditu espezieen eboluzioa, geneen meatzaritza funtzionala, hazkuntza molekularra, medikuntza zehatza eta bestelako ikerketa zientifiko aurreratuak bezalako ikerketa sakonetarako.
-
Proteomika
Proteomikak proteinetan jartzen du arreta —organismoen transkripzio-erregulazioan funtsezko zeregina duten bizi-jardueren exekutatzaileetan—. Ehun edo zeluletan dinamikoki aldatzen diren proteina guztien konposizioa, adierazpen-mailak eta aldaketa-egoerak aztertzen ditu, proteomaren ugaritasun-dinamikak hainbat bizi-prozesutan duen eragin handia aztertuz. Medikuntzan, nekazaritzan eta abeltzaintzan asko erabiltzen da. Proteomika kualitatiboak HPLC-MS/MS proteinen identifikazio-teknologia erabiltzen du laginak identifikatzeko, besteak beste, gel-zerrendak, IP eta CO-IP/Pull down laginak. Proteomika kuantitatiboak genoma batek edo sistema misto konplexu batek adierazten dituen proteina guztien kuantifikazio eta identifikazio zehatza lortzen du. Gaur egungo proteomika kuantitatiboko teknologiak batez ere etiketatutako (TMT) eta etiketa gabeko (Label Free, DIA, PRM) ikuspegietan sailkatzen dira. BMKGENEk plataforma anitzeko eta teknologia anitzeko proteomika-irtenbideak eskaintzen ditu.
-
Metabolomika
Metabolomika, genomikaren ondorengo diziplina bat, batez ere 1500 Da baino gutxiagoko pisu molekularra duten molekula txikiko substantziak aztertzen ditu. Horri esker, metabolitoek organismoen kanpoko estimuluei eta aldaketa fisiologiko/patologikoei ematen dieten erantzunak modu sentikorragoan islatu ditzakete. Aldaera genetikoek eragindako metabolitoen mailaren aldaketak ere bere ikerketa-eremuaren barruan daude, ikerketa-ikuspegi berritzailea eskainiz.
BMKGENEk metabolomika zerbitzu sorta osoa eskaintzen du, besteak beste, metabolomika ez-zuzendua, metabolomika zabalki zuzendua eta metabolomika zuzendua. Kromatografia likido-masa espektrometria (LC-MS) edo gas kromatografia-masa espektrometria (GC-MS) erabiliz, organismoetan molekula txikiko metabolito gehienetan kanpoko estimulazioaren aurretik eta ondoren gertatzen diren aldaketa dinamikoak detektatu daitezke. Zerbitzu hauen muina talde esperimentalen eta kontrol taldeen artean desberdintasun esanguratsuak dituzten metabolitoak identifikatzean eta aldaketa fisiologiko/patologikoekin eta azpiko mekanismoekin duten korrelazioan sakontzean datza.
-
Exosoma mRNA/LncRNA/CircRNA Sekuentziazioa-Illumina
Exosomak zelulek jariatzen dituzten besikula txikiak dira, normalean 30 eta 100 nanometro arteko diametroa dutenak. Besikula hauek RNA ugari dituzte. Uste da exosomek funtsezko zeregina dutela zelulen arteko komunikazioan, erantzun immunologikoetan eta gaixotasunen garapenean, eta gorputzeko beste atal batzuetara zabaldu daitezkeela gorputz-fluidoen bidez, hala nola plasma, listu eta gernuaren bidez. Biomolekula espezifikoak daramatzate hartzaile-zelulen funtzioak erregulatzeko, zelulen egoera fisiologikoetan eragina izanik. Exosomek funtsezko zeregina dutela uste da gaixotasunen garapenean ere, besteak beste, minbizietan, gaixotasun neurodegeneratiboetan eta hanturazko egoeretan. Exosomei buruzko ikerketak ikuspegi eta metodo berriak eskaintzen ditu gaixotasunak diagnostikatzeko, tratatzeko eta prebenitzeko.
-
Exosoma Txikien RNA Sekuentziazioa-Illumina
Exosomak zelulek jariatutako besikula txikiak dira, normalean 30 eta 100 nanometro arteko diametroa dutenak. Besikula hauek RNA desberdinak dituzte. Exosometako RNA moten artean, ohikoena eta aztertuena mikroRNA (miRNA) da. miRNA 18-25 nukleotido inguruko luzera duen RNA txiki ez-kodetzaileen klase bat da. mRNA helburuen 3' itzuli gabeko eskualdeari (3' UTR) lotuz, transkripzio osteko geneen isiltzea eragiten dute, eta horrela geneen adierazpena erregulatzen dute. Adibidez, tumore-zelula batzuek jariatutako exosomek miRNA espezifikoak dituzte, hala nola miR-126 eta miR-92a. MiRNA hauek hartzaile-zelulen geneen adierazpenean eragina izan dezakete eta tumoreen angiogenesia sustatu (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Transkriptoma Espaziala
Transkriptomika espaziala ehunen barruko geneen adierazpena atzeman eta bistaratzeko aukera ematen digun teknika bat da. Hau funtsezkoa izan daiteke zelulek nola elkarreragiten duten ulertzeko.
Hainbat plataforma daude ikuspegi honetarako. Gai honi dagokionez, BMKGenek BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip garatu du, teknikaren errendimendua areagotzen duen plataforma bat, bereizmen subzelularra lortuz eta bereizmen maila anitzeko ezarpena ahalbidetuz.
Txip honek 4,2 milioi orban ditu, espazialki barra-kodedun zundekin kargatutako aleekin geruzatutako mikroputzuen teknologia patentatu bat erabiliz. Metodo honekin, harrapatu eta anplifikatu ondoren, barra-kodedun laginekin aberastutako cDNA liburutegi bat lortzen dugu, Illumina-rekin bateragarria dena.
Datuei dagokienez, barra-kode espazialaren eta UMIen konbinazioak sortutako datuen zehaztasuna eta espezifikotasuna bermatzen ditu. Goiko guztia konbinatuz, BMKManuk datu-esparru oso moldakorra eskaintzen du.
-
DNBSEQ aurrez egindako liburutegiak
MGIk garatutako DNBSEQ NGS teknologia berritzailea da, sekuentziazio-kostuak are gehiago murriztea eta ekoizpena handitzea lortu duena. DNBSEQ liburutegien prestaketak DNAren zatikatzea, ssDNAren prestaketa eta zirkulu bidezko anplifikazioa dakar DNA nanobolak (DNB) lortzeko. Ondoren, hauek gainazal solido batean kargatzen dira eta ondoren Zunda-Aingura Sintesi konbinatorioaren (cPAS) bidez sekuentziatzen dira. DNBSEQ teknologiak anplifikazio-errore-tasa baxua izatearen abantailak konbinatzen ditu nanobolekin dentsitate handiko errore-ereduak erabiltzearekin, eta horrek ekoizpen eta zehaztasun handiagoa duen sekuentziazioa lortzen du.
Gure aurrez egindako liburutegien sekuentziazio zerbitzuak bezeroei Illumina sekuentziazio liburutegiak prestatzeko aukera ematen die hainbat iturritatik (mRNA, genoma osoa, amplikoia, 10x liburutegiak, besteak beste), eta gure laborategietan MGI liburutegi bihurtzen dira DNBSEQ-T7-n sekuentziatzeko, datu kopuru handiak kostu txikiagoetan ahalbidetuz.
-
Hi-C oinarritutako kromatinaren interakzioa
Hi-C metodo bat da, hurbiltasunean oinarritutako elkarrekintzak eta sekuentziazio-errendimendu handikoa konbinatuz konfigurazio genomikoa harrapatzeko diseinatua. Metodoa kromatina formaldehidoarekin gurutzatzean oinarritzen da, ondoren digestioan eta berriro ligatzean, kobalenteki lotuta dauden zatiek soilik ligadura-produktuak sortuko dituztela. Ligadura-produktu hauek sekuentziatuz, genomaren 3D antolaketa azter daiteke. Hi-C-k genomaren zati arinagoak (A konpartimentuak, eukromatina) eta transkripzionalki aktiboak izateko aukera gehiago duten zatien banaketa aztertzea ahalbidetzen du, eta eskualde estuagoak (B konpartimentuak, Heterokromatina). Hi-C ere erabil daiteke Topologikoki Lotutako Domeinuak (TAD) zehazteko, hau da, genomaren egitura tolestuak dituzten eta adierazpen-eredu antzekoak izateko aukera duten eskualdeak, eta kromatina-begiztak identifikatzeko, hau da, proteinek elkarrekin ainguratutako eta askotan elementu erregulatzaileetan aberastutako DNA eskualdeak. BMKGene-ren Hi-C sekuentziazio zerbitzuak ikertzaileei genomikaren dimentsio espazialak aztertzeko ahalmena ematen die, genomaren erregulazioa eta osasunean eta gaixotasunean dituen ondorioak ulertzeko bide berriak irekiz.
-
PacBio 2+3 mRNA osoko soluzioa
NGS oinarritutako mRNA sekuentziazioa geneen adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetikoa den arren, irakurketa laburretan duen mendekotasunak mugatzen du bere eraginkortasuna transkriptomikoen analisi konplexuetan. Bestalde, PacBio sekuentziazioak (Iso-Seq) irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, mRNA transkriptu osoen sekuentziazioa ahalbidetuz. Ikuspegi honek splicing alternatiboaren, geneen fusioen eta poliadenilazioaren azterketa integrala errazten du, nahiz eta ez den geneen adierazpena kuantifikatzeko lehen aukera. 2+3 konbinazioak Illumina eta PacBioren arteko aldea txikitzen du, PacBio HiFi irakurketetan oinarrituz transkripzio isoformen multzo osoa identifikatzeko eta NGS sekuentziazioan isoforma berdinak kuantifikatzeko.
Plataformak: PacBio Revio eta Illumina NovaSeq
-
Genoma osoko asoziazio-analisia
Genoma Osoko Elkartze Azterketen (GWAS) helburua ezaugarri espezifikoei (fenotipoei) lotutako aldaera genetikoak (genotipoak) identifikatzea da. Banako kopuru handi batean genoma osoko markatzaile genetikoak aztertuz, GWASek genotipo-fenotipo asoziazioak estrapolatzen ditu populazio-mailako analisi estatistikoen bidez. Metodologia honek aplikazio zabalak ditu gizakien gaixotasunak ikertzean eta animalien edo landareen ezaugarri konplexuekin lotutako gene funtzionalak aztertzean.
BMKGENE-n, bi bide eskaintzen ditugu populazio handietan GWAS egiteko: Genoma Osoko Sekuentziazioa (WGS) erabiltzea edo ordezkaritza murriztuko genomaren sekuentziazio metodo bat aukeratzea, etxean garatutako Espezifiko-Locus Amplified Fragment (SLAF). WGS genoma txikiagoetarako egokia den bitartean, SLAF alternatiba kostu-eraginkor gisa agertzen da genoma luzeagoekin populazio handiagoak aztertzeko, sekuentziazio kostuak minimizatuz eta, aldi berean, markatzaile genetikoen aurkikuntza-eraginkortasun handia bermatuz.
-
Nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa
Zelula bakarreko harrapaketa eta liburutegi pertsonalizatuen eraikuntza tekniken garapenak, sekuentziazio handiko errendimenduarekin batera, irauli egin ditu geneen espresioaren azterketak zelula mailan. Aurrerapen honek zelula-populazio konplexuen analisi sakonagoa eta osatuagoa ahalbidetzen du, zelula guztietan geneen espresioaren batez bestekoa kalkulatzearekin lotutako mugak gaindituz eta populazio horien barruko benetako heterogeneotasuna mantenduz. Zelula bakarreko RNA sekuentziazioak (scRNA-seq) abantaila ukaezinak dituen arren, erronkak ditu ehun batzuetan, non zelula bakarreko esekidura sortzea zaila den eta lagin freskoak behar diren. BMKGenen, oztopo horri aurre egiten diogu nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa (snRNA-seq) eskainiz, 10X Genomics Chromium teknologia aurreratua erabiliz. Ikuspegi honek zelula bakarreko mailan transkriptoma-analisirako egokiak diren laginen espektroa zabaltzen du.
Nukleoen isolamendua 10X Genomics Chromium txip berritzailearen bidez lortzen da, zortzi kanaleko mikrofluidika sistema bat duena, gurutzaketa bikoitzekin. Sistema honen barruan, barra-kodeak, primerrak, entzimak eta nukleo bakarra dituzten gel-aleak nanolitro tamainako olio-tantatan kapsulatzen dira, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) eratuz. GEM eraketaren ondoren, zelulen lisia eta barra-kodearen askapena gertatzen dira GEM bakoitzean. Ondoren, mRNA molekulek alderantzizko transkripzioa jasaten dute cDNA bihurtzen, 10X barra-kodeak eta Identifikatzaile Molekular Bakarrak (UMI) sartuz. cDNA hauek sekuentziazio-liburutegi estandarraren eraikuntza baten menpe jartzen dira, zelula bakarreko mailan geneen espresio-profilen azterketa sendo eta osoa erraztuz.
Plataforma: 10× Genomics Chromium eta Illumina NovaSeq Plataforma
-
Landare/Animalia Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Genoma Osoaren Sekuentziazioa (WGS) organismo baten genomaren DNA sekuentzia osoa aldi berean zehazteko erabiltzen den teknika da.
Normalean, zerbitzua bi taldetan banatzen da erreferentziazko genoma baten existentziaren arabera:
- Berrirogenoma osoaren sekuentziazioa.Egoera honetan, sekuentziatu beharreko genomak ez du erreferentziazko genomarik eskuragarri, eta horregatik, sekuentziazio honen helburua genoma sortzea da (edo dagoen bat hobetzea). Teknika honek Illumina datuak eta irakurketa luzeko sekuentziazioa erabili behar ditu genomaren muntaketa hobetzeko, irakurketen arteko gainjartzea sortuz.
- Berriro sekuentziatzea.Erreferentziazko genoma ezagunak dituzten espezie ezberdinen banakoen genoma osoaren sekuentziazioari egiten dio erreferentzia. Oinarri honetan oinarrituta, banakoen edo populazioen arteko desberdintasun genomikoak gehiago identifikatu daitezke.
-
mRNAren sekuentziazio osoa - Nanoporoa
NGS bidezko mRNA sekuentziazioa geneen adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetikoa den arren, irakurketa laburretan duen mendekotasunak mugatzen du transkriptomikoen analisi konplexuetan duen eraginkortasuna. Bestalde, nanoporoen sekuentziazioak irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, mRNA transkriptu osoen sekuentziazioa ahalbidetuz. Ikuspegi honek splicing alternatiboaren, geneen fusioen, poliadenilazioaren eta mRNA isoformen kuantifikazioaren azterketa integrala errazten du.
Nanoporoen sekuentziazioa, nanoporo bakarreko molekula-seinale elektrikoetan oinarritutako metodo bat da, eta emaitzak denbora errealean ematen ditu. Proteina motorren gidaritzapean, DNA bikoitz-kateatua biofilm batean txertatutako nanoporo-proteinei lotzen zaie, nanoporo-kanaletik tentsio-diferentzia baten pean igarotzean askatzen baita. DNA-katean dauden base desberdinek sortutako seinale elektriko bereizgarriak denbora errealean detektatu eta sailkatzen dira, nukleotidoen sekuentziazio zehatza eta jarraitua erraztuz. Ikuspegi berritzaile honek irakurketa laburreko mugak gainditzen ditu eta plataforma dinamiko bat eskaintzen du analisi genomiko konplexuetarako, transkriptomikako azterketa konplexuak barne, emaitza berehalakoekin.
Plataforma: Nanopore PromethION 48
