-
Genoma osoko elkarteen analisia
Genoma osoko elkarte-azterketak (GWAS) ezaugarri zehatzekin (fenotipo) lotzen diren aldaera genetikoak (genotipoa) identifikatzea du helburu.GWAS ikerketak marka genetikoak gizabanako kopuru handien genoma osoa zeharkatzen du eta genotipo-fenotipo elkarteak aurreikusten ditu populazio mailan analisi estatistikoaren bidez.Animalien edo landareen ezaugarri konplexuetan giza gaixotasunen eta gene-meatzaritza funtzionalaren ikerketan asko aplikatu da.
-
Nukleo bakarreko RNAren sekuentziazioa
Zelula bakarreko harrapaketa eta banakako liburutegiak eraikitzeko teknikaren aurrerapenak errendimendu handiko sekuentziazioarekin konbinatuz, gene-adierazpenaren azterketak ahalbidetzen ditu zelulaz zelula.Zelula-populazio konplexuen sistema-analisi sakonagoa eta osoa ahalbidetzen du, eta, neurri handi batean, haien heterogeneotasuna ezkutatzea saihesten du zelula guztien batez bestekoa hartuz.
Hala ere, zelula batzuk ez dira egokiak zelula bakarreko esekidura bihurtzeko, beraz, laginak prestatzeko beste metodo batzuk behar dira: ehunetatik nukleoa ateratzea, hau da, nukleoa ehunetatik edo zelulatik zuzenean ateratzen da eta nukleo bakarreko esekiduran prestatzen da. zelulen sekuentziazioa.
BMK-k 10× Genomics ChromiumTM oinarritutako RNA zelula bakarreko sekuentziazio zerbitzua eskaintzen du.Zerbitzu hau oso erabilia izan da gaixotasunekin lotutako azterketetan, hala nola, zelula immunologikoen bereizketa, tumoreen heterogeneotasuna, ehunen garapena, etab.
Transkriptoma espazialaren txipa: 10× Genomika
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Landare/Animalaren Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Genoma osoa birsekuentziatzeak, WGS izenez ere ezagutzen dena, genoma osoan mutazio arruntak zein arraroak agertzea ahalbidetzen du nukleotido bakarreko polimorfismoa (SNP), txertatze ezabaketa (InDel), egitura aldakuntza (SV) eta kopia kopurua aldakuntza (CNV) barne. ).SVek aldakuntza-oinarriaren zati handiagoa osatzen dute SNPek baino eta eragin handiagoa dute genoman, eta horrek eragin handia du izaki bizidunetan.Irakurketa luzeko birsekuentziazioak zati handien eta aldakuntza konplikatuen identifikazio zehatzagoa ahalbidetzen du, irakurketa luzeek askoz errazten baitute kromosomikoen gurutzaketa eskualde konplikatuetan zehar, hala nola tandem errepikapenak, GC/AT-abereak diren eskualdeak eta eskualde hiperaldagarriak.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 transkriptome espaziala
Zelulen antolakuntza espazialak funtsezko eginkizuna betetzen du hainbat prozesu biologikotan, hala nola infiltrazio immunologikoan, enbrioien garapenean, etab. Transkriptomaren sekuentziazio espazialak, gene-adierazpenaren profilak adierazten dituena, posizio espazialaren informazioa mantentzen duen bitartean, transkriptoma-mailako ehunen arkitekturari buruzko informazio bikaina eman du.Teknologiaren garapenarekin, ehunen morfologia ultra-argia eta adierazpen molekular espazialen benetako egitura-desberdintasuna bereizmen handiagoz aztertu behar dira.BMKGENE-k transkriptomaren sekuentziazio-zerbitzu integrala eskaintzen du, laginetatik hasi eta ikuspegi biologikoetaraino.
Espazio-transkriptomika teknologiek ikuspegi berriak ahalbidetu zituzten ikerketa-esparru anitzetan, gene-adierazpen-profila lagin heterogeneoetan eduki espazialarekin ebatziz.
Transcriptoma espazialaren txipa: BMKMANU S1000
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression transkriptoma espazialen sekuentziazio teknologia nagusi bat da, ehunak ARNm osoaren arabera sailkatzeko.Mapeatu transkriptoma osoa testuinguru morfologikoarekin garapen normalari, gaixotasunen patologiari eta translazio-ikerketa klinikoari buruzko ikuspegi berriak ezagutzeko.BMKGENE-k transkriptomaren sekuentziazio-zerbitzu integrala eskaintzen du, laginetatik hasi eta ikuspegi biologikoetaraino.
Transcriptomika espazialeko teknologiek ikuspegi berriak ahalbidetu zituzten ikerketa-esparru anitzetan.
Transcriptoma espazialaren txipa: 10x Genomics Visium
Plataforma:Illumina NovaSeq plataforma
-
Luzera osoko mRNA sekuentziazioa-Nanoporoa
RNA-ren sekuentziazioa tresna eskerga izan da transkriptomiaren analisi integralerako.Zalantzarik gabe, irakurketa laburreko sekuentziazio tradizionalak garapen garrantzitsu ugari lortu zituen hemen.Hala ere, sarritan mugak aurkitzen ditu luzera osoko isoforma identifikazioetan, kuantifikazioan, PCR alborapenean.
Nanoporoen sekuentziazioa beste sekuentziazio plataformetatik bereizten da, izan ere, nukleotidoak zuzenean irakurtzen dira DNA sintesirik gabe eta irakurketa luzea sortzen duelako hamarnaka kilobasetan.Honek zuzeneko irakurketa ahalbidetzen du luzera osoko transkripzioak gurutzatu eta isoforma-mailako ikasketetako erronkei aurre egiteko.
Plataforma:Nanopore PromethION
Liburutegia:cDNA-PCR
-
Luzera osoko mRNA sekuentziazioa -PacBio
Berrizluzerako transkriptomaren sekuentziazioa, izenez ere ezagunaBerrizIso-Seq-ek PacBio sekuentziadorearen abantailak hartzen ditu irakurketaren luzeran, eta horrek luzera osoko cDNA molekulen sekuentziazioa ahalbidetzen du inolako etenaldirik gabe.Honek transkripzioaren muntaketa-urratsetan sortutako akatsak guztiz saihesten ditu eta isoforma-mailako bereizmenarekin unigene multzoak eraikitzen ditu.Unigene multzo honek informazio genetiko indartsua eskaintzen du "erreferentzia genoma" gisa transkriptomo-mailan.Horrez gain, hurrengo belaunaldiko sekuentziazio datuekin konbinatuz, zerbitzu honek isoforma-mailako adierazpenaren kuantifikazio zehatza ahalbidetzen du.
Plataforma: PacBio Sequel IILiburutegia: SMRT kanpai liburutegia -
ARNm eukariotoen sekuentziazioa-Illumina
mRNA sekuentziatzeak baldintza zehatzetan zeluletatik transkriptutako mRNA guztien profila ahalbidetzen du.Zenbait prozesu biologikoren gene-adierazpen-profila, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak ezagutarazteko teknologia indartsua da.Orain arte, mRNAren sekuentziazioa oso erabilia izan da oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan, sendagaien garapenean, etab.
Plataforma: Illumina NovaSeq Plataforma
-
Ez-erreferentzian oinarritutako mRNA sekuentziazioa-Illumina
mRNA sekuentziatzeak hurrengo belaunaldiko sekuentziazio teknika (NGS) hartzen du, funtzio berezi batzuk aktibatzen ari diren epe jakin batean RNA mezularia (mRNA) eukariotoa harrapatzeko.Spliced transkripzio luzeena 'Unigene' deitzen zen eta ondorengo analisirako erreferentzia-sekuentzia gisa erabili zen, hau da, erreferentziarik gabe espeziearen mekanismo molekularra eta erregulazio-sarea aztertzeko baliabide eraginkorra.
Transcriptomaren datuen muntaketa eta unigenearen oharpen funtzionalaren ondoren
(1)SSR analisia, CDS iragarpena eta gene-egitura egingo dira.
(2)Lagin bakoitzean adierazpen unigenearen kuantifikazioa egingo da.
(3) Laginen (edo taldeen) arteko modu ezberdinean adierazitako unigeneak espresio unigenoaren arabera aurkituko dira.
(4) Diferentzialki adierazitako unigenesen multzokatzea, oharpen funtzionala eta aberaste-analisia egingo da.
-
Koderik gabeko sekuentziazio luzea-Illumina
Kodetzen ez diren RNA luzeak (lncRNA) 200 nt-tik gorako luzera duten RNA molekula mota bat dira, kodetze potentzial oso baxua dutenak.LncRNA, RNA ez-kodetzaileetan funtsezko kide gisa, batez ere nukleoan eta plasman aurkitzen da.Sekuentziazio-teknologiaren eta bioinformtikaren garapenak lncRNA berri ugari identifikatu eta funtzio biologikoekin lotzen ditu.Ebidentzia metatuek iradokitzen dute lncRNAk erregulazio epigenetikoan, transkripzioaren erregulazioan eta transkripzioaren osteko erregulazioan parte hartzen duela.
-
RNA txikiaren sekuentziazioa-Illumina
RNA txikiak normalean 200nt-ko luzera baino gutxiago duten RNA molekula ez kodetzaileen klaseari deritzo, mikro RNA (miRNA), interferentzia txikiko RNA (siRNA) eta piwi-interakting RNA (piRNA) barne.
MikroRNA (miRNA) 20-24nt inguruko luzera duen RNA txiki endogenoaren klase bat da, eta zeluletan hainbat funtzio erregulatzaile garrantzitsu betetzen ditu.miRNA bizi-prozesu askotan parte hartzen du, ehuna (espezifikoa eta etapa) adierazpen espezifikoa eta oso kontserbatuta espezie ezberdinetan.
-
circRNA sekuentziazioa-Illumina
ZircRNAs (RNA zirkularra) 5′ amaierako kapa eta 3′ muturreko poli(A) isatsetik laburrak diren RNA molekulen klase bat dira.CircRNA-ek egitura zirkularra egiten dute lotura kobalentearen bidez, hau da, RNA exonukleasaren digestioaren aurkako egoera.circRNAk paper garrantzitsua betetzen du organismoen hazkuntzan eta garapenean eta kanpoko ingurunearekiko erresistentzian.
CircRNA-k funtzio asko ditu, miRNA lehiakor lotu dezaketenak, ceRNAren funtzio erregulatzailea gauzatzen dutenak, geneen adierazpena erregulatzeko.Azken urteotan, gainera, gaixotasunen agerpenarekin eta garapenarekin lotura estua duela aurkitu da, eta aplikazio aukera handiak dituela gaixotasunen diagnostiko-markatzaileen norabidean eta abar.
