page_head_bg

Produktuak

Sekuentziazio metagenomikoa (NGS)

Metagenoma organismo misto baten material genetiko osoaren bildumari deitzen zaio, hala nola ingurumen-metagenoma, giza metagenoma, etab. Mikroorganismo landu daitezkeen eta landu ezin direnen genomak ditu.Sekuentziazio metagenomikoa inguruneko laginetatik ateratako material genomiko mistoak aztertzeko erabiltzen den tresna molekularra da, eta informazio zehatza ematen du espezieen aniztasuna eta ugaritasuna, populazioaren egitura, erlazio filogenetikoa, gene funtzionalak eta ingurumen-faktoreekin korrelazio sarea.

Plataforma:Illumina NovaSeq6000


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

ØMikrobioen komunitatearen profila egiteko isolamendurik eta laborantzarik gabe

ØBereizmen handia ingurumen-laginetan ugaritasun baxuko espezieak detektatzeko

Ø“Meta-” ideiak ezaugarri biologiko guztiak maila funtzionalean, espezieen mailan eta gene mailan integratzen ditu, eta horrek errealitatetik hurbilago dagoen ikuspegi dinamikoa islatzen du.

ØBMK-k esperientzia handia pilatzen du hainbat lagin motatan 10.000 lagin baino gehiago prozesatutakoekin.

Zerbitzuaren zehaztapenak

SekuentziazioaPlataforma

Liburutegia

Gomendatutako datuen etekina

Gutxi gorabeherako epea

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K etiketak

30 Egun

Bioinformatikako analisiak

üDatu gordinaren kalitatearen kontrola

üMetagenomaren muntaia

üGene-multzo ez-erredundantea eta oharpena

üEspezie aniztasunaren azterketa

üFuntzio genetikoen aniztasunaren analisia

üTaldeen arteko analisia

üElkartze-analisia faktore esperimentalen aurrean

2

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Izan ereDNAren laburpenak:

Lagin mota

Zenbatekoa

Kontzentrazioa

Garbitasuna

DNAren laburpenak

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Ingurumen laginetarako:

Lagin mota

Gomendatutako laginketa-prozedura

Lurzorua

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko.

Gorotzak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko.

Hesteetako edukiak

Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan.

Lohiak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko

Ur-gorputza

Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzuko ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean.

Azala

Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean.

Gomendatutako Laginaren Bidalketa

Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

logo_02

Laginaren entrega

logo_04

Liburutegiaren eraikuntza

logo_05

Sekuentziazioa

logo_06

Datuen azterketa

logo_07

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • 1.Histograma: espezieen banaketa

    3

    2. KEGG bide metabolikoetan anotatutako gene funtzionalak

    4

    3.Bero-mapa: Geneen ugaritasun erlatiboan oinarritutako funtzio diferentzialak54.CARD antibiotikoen erresistentzia geneen zirkua

    6

    BMK kasua

    Antibiotikoen erresistentzia geneen eta bakterio patogenoen prebalentzia lurzoruaren eta mangladiaren sustraiaren continuum-ean

    Argitaratua:Material Arriskutsuen Aldizkaria, 2021

    Sekuentziazio estrategia:

    Materialak: mangladi-sustrai loturiko lagin lau zatiren DNA-estraktuak: landatu gabeko lurzorua, errizosfera, episfera eta endosfera konpartimentuak
    Plataforma: Illumina HiSeq 2500
    Helburuak: Metagenoma
    16S rRNA genea V3-V4 eskualdea

    Emaitza nagusiak

    Sekuentziazio metagenomikoa eta metabarkodearen profila mangladi-arbolen lur-sustraiaren continuum-ean prozesatu ziren, antibiotikoen erresistentzia geneak (ARG) lurzorutik landareetara hedatzen diren aztertzeko.Metagenomiko datuek agerian utzi zuten antibiotikoen erresistentzia geneen % 91,4 normalean identifikatu zirela goian aipatutako lurzoruko lau konpartimentuetan, eta horrek etengabeko moda erakusten zuen.16S rRNA anplikoien sekuentziazioak 29.285 sekuentzia sortu zituen, 346 espezie ordezkatuz.Anplikoien sekuentziazioaren bidez espezieen profilarekin konbinatuz, hedapen hori sustraiekin lotutako mikrobiotaren independentea zela ikusi zen, hala ere, elementu genetikoen mugikorren bidez erraztu liteke.Azterketa honek ARG eta patogenoen fluxua identifikatu zuen lurzorutik landareetara, elkarrekin loturiko lur-sustrai jarraituaren bidez.

    Erreferentzia

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. eta Shu, L..(2020).Antibiotikoen erresistentzia geneen eta bakterio patogenoen prebalentzia lurzoruaren eta mangladiaren sustraiaren continuum-ean.Material Arriskutsuen Aldizkaria, 408, 124985.

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: