Sekuentziazio metagenomikoa -NGS
Metageno bat organismoen komunitate mistoaren material genetiko osoaren bilduma da, hala nola ingurumen eta giza metagenomak. Mikroorganismo laborantzagarrien eta landu gabekoen genomak ditu. Eskopeten sekuentziazio metagenomikoak NGS-rekin batera ingurumen laginetan txertatutako paisaia genomiko korapilatsu hauen azterketa ahalbidetzen du profil taxonomiko baino gehiago emanez, espezieen aniztasunari, ugaritasunen dinamikan eta biztanleria konplexuen egiturei buruzko ikuspegi granularrak emanez. Ikasketa taxonomikoetatik haratago, eskopetaren metagenomikak genomika funtzionalaren ikuspegia ere eskaintzen du, gene kodetuen esplorazioa eta prozesu ekologikoetan eginkizunak esploratzea ahalbidetuz. Azkenik, elementu genetikoen eta ingurumen-faktoreen arteko korrelazio sareek ezartzeak komunitate mikrobioen arteko interakzio korapilatsuaren ulermen holistikoa eta haien aurrekari ekologikoa ditu. Ondorioz, sekuentziazio metagenomikoak mikrobio komunitate desberdinen intlikazio genomikoak argitzeko tresna pibotal gisa kokatzen da, ekosistema konplexu horien barruan genetikaren eta ekologiaren arteko erlazio ugari argituz.
Plataformak: Illumina Novaseq eta DNBSEQ-T7
Zerbitzuaren abantailak
●Mikrobioen komunitatearen profiletarako isolamendua eta laborantza gabeko metodoa: Ekualazio organismoetatik material genetikoa sekuentziatzea gaitzea.
●Bereizmen handiko: Ingurumen laginetan ugaritasun txikiko espezieak antzeman.
●Bioinformatika analisi integrala:Aniztasun taxonomikoan ez ezik, komunitatearen aniztasun funtzionalaren gainera bideratuta dago.
●Esperientzia zabala:200.000 lagin baino gehiagotan hainbat metagenomika proiektu metagenomika proiektuetan arrakastaz itxi eta gure taldeak esperientzia ugari dakartza proiektu guztiei.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Sekuentziazio plataforma | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitatearen kontrola |
| Illumina novaseq edo dnbseq-t7 | Pe150 | 6-20gb | % 30,85% |
Zerbitzuaren baldintzak
| Kontzentrazioa (NG / μL) | Zenbateko osoa (ng) | Bolumena (μL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lurzorua / lohia: 2-3g
● Hesteetako edukia-animalia: 0,5-2g
● Hesteetako edukia-intsektua: 0,1-0.25g
● Landarearen azalera (sedimentu aberastua): 0,5-1g
● Hartzidura salda bahitu sedimentua): 0,2-0,5g
● Faiak (animalia handiak): 0,5-2g
● Faiak (sagua): 3-5grains
● Biriketako albeolar fluidoa: iragazki papera
● Baginala Swab: 5-6 swabs
● Larruazala / Genitala Swab / Saliva / Ahozko Ehun biguna / PharynGeal Swab / Rectal Swab: 2-3 swabs
● Gainazaleko mikroorganismoa: 5-6 swabs
● Ura / Aire / biofilm: iragazki papera
● Endofitoak: 2-3g
● Hortzetako plaka: 0,5-1g
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi hau barne hartzen du:
● Datuen kalitatearen kontrolaren sekuentziazioa
● Metagenomaren muntaketa eta genearen iragarpena
● Gene oharpena
● Alpha aniztasunaren azterketa taxonomikoa
● Komunitatearen azterketa funtzionala: funtzio biologikoa, erresistentzia metabolikoa, antibiotiko antibiotikoa
● Aniztasun funtzional eta taxonomikoaren azterketa:
Beta Aniztasunaren Analisia
Talde arteko analisia
Korrelazioaren analisia: ingurumen faktoreen eta konposizioaren eta aniztasunaren artean
Analisi funtzionala: Txartela antibiotikoen erresistentzia
Kegg bide metabolikoen azterketa diferentziala: bide esanguratsuen heatmap
Alpha banaketa taxonomikoaren aniztasuna: ACE indizea
Beta Banaketa taxonomikoaren aniztasuna: PCOA
Arakatu BMKGene-ren sekuentziazio zerbitzuek argitalpen bilduma komisario baten bidez.
Hai, Q. et al. (2023) 'Ortzadar amuarrainaren hesteetako edukien (Oncorhynchus Mykiss) aldaketen azterketa metagenomikoa eta metabolomikoa, nekrosi hematopoietikoko birus kutsatuarekin kutsatuta, kulturaren ur tenperatura desberdinetan ",Mikrobiologian dauden mugak, 14, or. 1275649. DOI: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Mikrobioen komunitateak, erresistentzia geneak eta erresistentzia arriskuak Estatu trofiko desberdinetako hiri-aintziretan: barne estekak eta kanpoko eraginak",Material arriskutsuen aldizkariak aurrera egiten du, 9, or. 100233. DOI: 10.1016 / J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Azterketa metagenomikoek konposizio eta funtzioaren desberdintasunak agerian utzi zituzten ardi-errumen likido eta lotutako mikroorganismoen artean ",Mikrobiologian dauden mugak, 13, or. 851567. DOI: 10.3389 / FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Ningxiang Pig-eratorritako mikrobiotak carnitina metabolismoa berrantolatzen du gihar gantz azidoen gordailua sustatzeko, lean dly txerrietan ",Berrikuntza, 4 (5), or. 100486. DOI: 10.1016 / J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Haihe itsasadarraren goiko eta beheko hezkuntzako plastikozko eta plastikorik gabeko hondakinik gabeko arriskuen inguruko ikuspegi metagenomikoak.Ingurune osoaren zientzia, 887, or. 164026. DOI: 10.1016 / J.SCITOTENV.2023.164026.
