●Mikrobioen komunitatearen profiletarako isolamendua eta laborantza gabeko metodoa: Ekualazio organismoetatik material genetikoa sekuentziatzea gaitzea.
●Bereizmen handiko: Ingurumen laginetan ugaritasun txikiko espezieak antzeman.
●Bioinformatika analisi integrala:Aniztasun taxonomikoan ez ezik, komunitatearen aniztasun funtzionalaren gainera bideratuta dago.
●Esperientzia zabala:200.000 lagin baino gehiagotan hainbat metagenomika proiektu metagenomika proiektuetan arrakastaz itxi eta gure taldeak esperientzia ugari dakartza proiektu guztiei.
Sekuentziazio plataforma | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitatearen kontrola |
Illumina novaseq edo dnbseq-t7 | Pe150 | 6-20gb | % 30,85% |
Kontzentrazioa (NG / μL) | Zenbateko osoa (ng) | Bolumena (μL) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Lurzorua / lohia: 2-3g
● Hesteetako edukia-animalia: 0,5-2g
● Hesteetako edukia-intsektua: 0,1-0.25g
● Landarearen azalera (sedimentu aberastua): 0,5-1g
● Hartzidura salda bahitu sedimentua): 0,2-0,5g
● Faiak (animalia handiak): 0,5-2g
● Faiak (sagua): 3-5grains
● Biriketako albeolar fluidoa: iragazki papera
● Baginala Swab: 5-6 swabs
● Larruazala / Genitala Swab / Saliva / Ahozko Ehun biguna / PharynGeal Swab / Rectal Swab: 2-3 swabs
● Gainazaleko mikroorganismoa: 5-6 swabs
● Ura / Aire / biofilm: iragazki papera
● Endofitoak: 2-3g
● Hortzetako plaka: 0,5-1g
Analisi hau barne hartzen du:
● Datuen kalitatearen kontrolaren sekuentziazioa
● Metagenomaren muntaketa eta genearen iragarpena
● Gene oharpena
● Alpha aniztasunaren azterketa taxonomikoa
● Komunitatearen azterketa funtzionala: funtzio biologikoa, erresistentzia metabolikoa, antibiotiko antibiotikoa
● Aniztasun funtzional eta taxonomikoaren azterketa:
Beta Aniztasunaren Analisia
Talde arteko analisia
Korrelazioaren analisia: ingurumen faktoreen eta konposizioaren eta aniztasunaren artean
Analisi funtzionala: Txartela antibiotikoen erresistentzia
Kegg bide metabolikoen azterketa diferentziala: bide esanguratsuen heatmap
Alpha banaketa taxonomikoaren aniztasuna: ACE indizea
Beta Banaketa taxonomikoaren aniztasuna: PCOA
Arakatu BMKGene-ren sekuentziazio zerbitzuek argitalpen bilduma komisario baten bidez.
Hai, Q. et al. (2023) 'Ortzadar amuarrainaren hesteetako edukien (Oncorhynchus Mykiss) aldaketen azterketa metagenomikoa eta metabolomikoa, nekrosi hematopoietikoko birus kutsatuarekin kutsatuta, kulturaren ur tenperatura desberdinetan ",Mikrobiologian dauden mugak, 14, or. 1275649. DOI: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Mikrobioen komunitateak, erresistentzia geneak eta erresistentzia arriskuak Estatu trofiko desberdinetako hiri-aintziretan: barne estekak eta kanpoko eraginak",Material arriskutsuen aldizkariak aurrera egiten du, 9, or. 100233. DOI: 10.1016 / J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Azterketa metagenomikoek konposizio eta funtzioaren desberdintasunak agerian utzi zituzten ardi-errumen likido eta lotutako mikroorganismoen artean ",Mikrobiologian dauden mugak, 13, or. 851567. DOI: 10.3389 / FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Ningxiang Pig-eratorritako mikrobiotak carnitina metabolismoa berrantolatzen du gihar gantz azidoen gordailua sustatzeko, lean dly txerrietan ",Berrikuntza, 4 (5), or. 100486. DOI: 10.1016 / J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Haihe itsasadarraren goiko eta beheko hezkuntzako plastikozko eta plastikorik gabeko hondakinik gabeko arriskuen inguruko ikuspegi metagenomikoak.Ingurune osoaren zientzia, 887, or. 164026. DOI: 10.1016 / J.SCITOTENV.2023.164026.