BMKCloud Log in
条形banner-03

Produktuak

Sekuentziazio metagenomikoa -NGS

Metagenoma organismo misto baten material genetiko osoaren bildumari deitzen zaio, hala nola ingurumen-metagenoma, giza metagenoma, etab. Mikroorganismo landu daitezkeen eta landu ezin direnen genomak ditu.Sekuentziazio metagenomikoa ingurumen-laginetatik ateratako material genomiko mistoak aztertzeko erabiltzen den tresna molekularra da, eta informazio zehatza ematen du espezieen aniztasuna eta ugaritasuna, populazioaren egitura, erlazio filogenetikoa, gene funtzionalak eta ingurumen-faktoreekin korrelazio-sarea.

Plataforma:Illumina NovaSeq plataforma


Zerbitzuaren xehetasunak

Demo emaitzak

Kasu Azterketa

Zerbitzu Abantailak

● Komunitate mikrobioen profilak egiteko isolamendurik eta laborantzarik gabe

● Bereizmen handia ingurumen-laginetan ugaritasun baxuko espezieak detektatzeko

● “Meta-” ideiak ezaugarri biologiko guztiak integratzen ditu maila funtzionalean, espezie mailan eta gene mailan, eta horrek errealitatetik hurbilago dagoen ikuspegi dinamikoa islatzen du.

● BMK-k esperientzia handia pilatzen du hainbat lagin motatan 10.000 lagin baino gehiago prozesatutakoekin.

Zerbitzuaren zehaztapenak

 Plataforma

Sekuentziazioa

Gomendatutako datuak

Erantzuteko denbora

Illumina NovaSeq plataforma

PE150

6 G/10 G/20 G

45 lanegun

Bioinformatikako analisiak

● Datu gordinak kalitate kontrola

● Metagenomaren muntaia

● Erredundanterik gabeko gene multzoa eta oharpena

● Espezie aniztasunaren azterketa

● Funtzio genetikoen aniztasunaren azterketa

● Taldeen arteko analisia

● Faktore esperimentalen aurkako elkartze-analisia

liuchengtu11

Lagin-baldintzak eta entrega

Lagin-baldintzak:

Izan ereDNAren laburpenak:

Lagin mota

Zenbatekoa

Kontzentrazioa

Garbitasuna

DNAren laburpenak

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Ingurumen laginetarako:

Lagin mota

Gomendatutako laginketa-prozedura

Lurzorua

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko.

Gorotzak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko.

Hesteetako edukiak

Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan.

Lohiak

Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko

Ur-gorputza

Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzu-ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean.

Azala

Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean.

Laginaren entrega gomendatua

Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.

Zerbitzuaren Lan Fluxua

laginaren entrega

Laginaren entrega

Liburutegiaren Prestaketa

Liburutegiaren eraikuntza

Sekuentziazioa

Sekuentziazioa

Datuen azterketa

Datuen azterketa

Salmenta osteko Zerbitzuak

Salmenta osteko zerbitzuak


  • Aurrekoa:
  • Hurrengoa:

  • 1.Histograma: espezieen banaketa

    3

    2. KEGG bide metabolikoetan anotatutako gene funtzionalak

    4

    3.Bero-mapa: Geneen ugaritasun erlatiboan oinarritutako funtzio diferentzialak54.CARD antibiotikoen erresistentzia geneen zirkua

    6

    BMK kasua

    Antibiotikoen erresistentzia geneen eta bakterio patogenoen prebalentzia lurzoruaren eta mangladiaren erroaren continuum-ean

    Argitaratu:Material Arriskutsuen Aldizkaria, 2021

    Sekuentziazio estrategia:

    Materialak: mangladi sustraiekin lotutako lau zatiren ADN-estraktuak: landatu gabeko lurzorua, errizosfera, episfera eta endosfera konpartimentuak
    Plataforma: Illumina HiSeq 2500
    Helburuak: Metagenoma
    16S rRNA genea V3-V4 eskualdea

    Emaitza nagusiak

    Sekuentziazio metagenomikoa eta metabarkodearen profila mangladi-arbolen lur-sustraiaren continuumean prozesatu ziren antibiotikoen erresistentzia geneak (ARG) lurzorutik landareetara hedatzen diren aztertzeko.Metagenomiko datuek agerian utzi zuten antibiotikoen erresistentzia geneen % 91,4 normalean identifikatu zirela goian aipatutako lurzoruko lau konpartimentuetan, eta horrek etengabeko moda erakusten zuen.16S rRNA anplikoien sekuentziazioak 29.285 sekuentzia sortu zituen, 346 espezie ordezkatuz.Anplikoien sekuentziazioaren bidez espezieen profilarekin konbinatuz, hedapen hori sustraiekin lotutako mikrobiotaren independentea zela ikusi zen, hala ere, elementu genetikoen mugikorren bidez erraztu liteke.Azterketa honek ARG eta patogenoen fluxua identifikatu zuen lurzorutik landareetara, elkarrekin loturiko lurzoru-sustrai jarraituaren bidez.

    Erreferentzia

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. eta Shu, L..(2020).Antibiotikoen erresistentzia geneen eta bakterio patogenoen prebalentzia lurzoruaren eta mangladiaren erroaren continuum-ean.Material Arriskutsuen Aldizkaria, 408, 124985.

    jaso aurrekontua

    Idatzi zure mezua hemen eta bidali iezaguzu

    Bidali zure mezua: