Erreferentziarik gabeko mRNA sekuentziazioa-NGS
Ezaugarriak
● PolimRNAren harrapaketa liburutegia prestatu aurretik
● Erreferentziazko genoma ororekiko independentea: transkripzioen de novo muntaketan oinarrituta, hainbat datu-baserekin (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) anotatutako unigeneen zerrenda bat sortuz.
● Geneen adierazpenaren eta transkripzioen egituraren analisi bioinformatiko integrala
Zerbitzuaren abantailak
●Esperientzia zabalaBMKGENE-n 600.000 lagin baino gehiago prozesatu ditugu, zelula-kulturak, ehunak eta gorputz-fluidoak bezalako lagin mota desberdinak barne hartzen dituztenez, gure taldeak esperientzia handia ekartzen dio proiektu bakoitzari. 100.000 mRNA-Seq proiektu baino gehiago itxi ditugu arrakastaz hainbat ikerketa-arlotan.
●Kalitate Kontrol Zorrotza: kontrol puntu nagusiak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen eta liburutegien prestaketatik hasi eta sekuentziaziora eta bioinformatikaraino. Jarraipen zorrotz honek emaitza kalitate handikoak etengabe lortzen direla bermatzen du.
● Oharpen osoaHainbat datu-base erabiltzen ditugu Diferentzialki Adierazitako Geneak (DEG) funtzionalki anotatzeko eta dagokion aberaste-analisia egiteko, transkriptomaren erantzunaren oinarrian dauden prozesu zelular eta molekularrei buruzko informazioa emanez.
●Salmenta osteko laguntzaGure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| Poli A aberastua | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Laginaren eskakizunak:
Nukleotidoak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | Landareentzat: RIN≥4.0; Animalientzat: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
● Landareak:
Sustraia, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hestea: 300 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Giharra: 450 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1g
● Artropodoak:
Intsektuak: 6g
Krustazeoak: 300 mg
● Odol osoahodi 1
● Zelulak: 106 zelulak
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Laginaren etiketatzea: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
Transkriptomaren muntaketa eta unigeneen hautaketa
Unigene anotazioa
Laginen korrelazioa eta erreplika biologikoen ebaluazioa
Diferentzialki Adierazitako Geneak (DEGak)
DEGen funtzionalitate-anotazioa
DEGen aberaste funtzionala
Arakatu BMKGene-ren eukariotoen NGS mRNA sekuentziazio zerbitzuek ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Shen, F. et al. (2020) 'De novo transkriptomaren muntaketa eta sexu-alborapeneko geneen adierazpena Amur katu-arrainaren (Silurus asotus) gonadetan', Genomics, 112(3), 2603–2614 or. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Tipulan (Allium cepa L.) bonbillaren puzte eta garapenean zehar sakarosa metabolismoaren transkriptomaren analisia', Frontiers in Plant Science, 7 (iraila), 212763 or. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Sarcocheilichthys sinensis-en transkriptomaren de novo muntaketa, karakterizazioa eta anotazioa', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transkriptomaren analisiak Podocarpus macrophyllus-en gatz-tolerantziari buruzko informazioa ematen du gazitasun-estresaren pean', BMC Plant Biology, 21(1), 1–17 or. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
