Sekuentziazio Metagenomikoa-TGS
Metagenoma organismoen komunitate misto baten material genetikoaren bilduma da, hala nola ingurumeneko eta gizakien metagenomak. Mikroorganismo landugarrien eta landugaitzen genomak ditu. Sekuentziazio metagenomikoak lagin ekologikoetan txertatutako paisaia genomiko korapilatsu horien azterketa ahalbidetzen du, profil taxonomikoak baino gehiago eskainiz. Genomika funtzionalaren ikuspegia ere eskaintzen du, kodetutako geneak eta ingurumen-prozesuetan duten ustezko eginkizuna aztertuz. Illumina sekuentziazioarekin egindako eskopeta-ikuspegi tradizionalak metagenomika-azterketetan asko erabili diren arren, Nanopore eta PacBio irakurketa luzeko sekuentziazioaren etorrerak eremua aldatu du. Nanopore eta PacBio teknologiak ondorengo analisi bioinformatikoak hobetzen ditu, batez ere metagenomaren muntaketa, muntaketa jarraituagoak bermatuz. Txostenek adierazten dute Nanopore-n oinarritutako eta PacBio-n oinarritutako metagenomikak arrakastaz sortu dituela bakterio-genoma osoak eta itxiak mikrobioma konplexuetatik (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore irakurketak Illumina irakurketekin integratzeak erroreak zuzentzeko ikuspegi estrategikoa eskaintzen du, Nanopore-ren berezko zehaztasun baxua arinduz. Konbinazio sinergiko honek sekuentziazio plataforma bakoitzaren indarguneak aprobetxatzen ditu, muga potentzialak gainditzeko eta analisi metagenomikoen zehaztasuna eta fidagarritasuna hobetzeko irtenbide sendoa eskainiz.
Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia eta PacBio Revio
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Irakurketa luzeko sekuentziazioa Nanopore P48-n (10Kb liburutegia); PacBio Revio (8Kb liburutegia)
● Akatsen zuzenketa: Illumina NovaSeq-en sekuentziazioa (PE150 liburutegia)
Zerbitzuaren abantailak
●Kalitate handiko metagenomaren muntaketa:Jarraitutasun handiagoa duten kontig gutxiagorekin.
●Zehaztasun handiagoa:Espezieen identifikazioa eta gene funtzionalen iragarpena.
●Muntaketa hobetuaBakterioen genomaren isolamendua eta metagenomaren analisi konparatiboa erraztea.
●Bioinformatika Analisi Integrala:Gure analisia ez da taxonomikokiko aniztasunean bakarrik oinarritzen, baita komunitatearen funtzionalkiko aniztasunean ere.
●Esperientzia zabalaGure taldeak esperientzia handia ekartzen dio proiektu bakoitzari, hainbat ikerketa-eremutan metagenomika-proiektu arrakastaz itxi eta 200.000 lagin baino gehiago prozesatu dituelarik, gure taldeak esperientzia handia ekartzen dio proiektu bakoitzari.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Sekuentziazio plataforma | Sekuentziazio Estrategia | Gomendatutako datuak |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 Gb |
Laginaren eskakizunak
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Kopuru osoa (µg) | Bolumena (µL) | |
| Illumina PE150 liburutegia | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb liburutegia | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb liburutegia | ≥50 | 10 µg/zelula | ≥20 |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisi hauek barne hartzen ditu:
● Sekuentziazio Datuen Kalitate Kontrola
● Metagenomaren Muntaketa eta Geneen Iragarpena
● Geneen oharrak
● Alfa Aniztasun Taxonomikoaren Azterketa
● Komunitatearen analisi funtzionala: funtzio biologikoa, metabolikoa, antibiotikoekiko erresistentzia
● Aniztasun funtzionalaren eta taxonomikoaren azterketa:
Beta Aniztasunaren Azterketa
Talde arteko analisia
Korrelazio-analisia: ingurumen-faktoreen eta OUT konposizioaren eta dibertsitatearen artekoa
Gene multzo ez-erredundantearen banaketa:
Geneen anotazioa: KEGG bidea
Genearen anotazioa: eggNOG
Genearen anotazioa: CAZY karbohidratoak
Espezieen korrelazio sarea:
Arakatu BMKGene-ren metagenomika sekuentziazio zerbitzuak Nanopore + Illumina-rekin batera ahalbidetutako aurrerapenak argitalpen aipagarri honekin:
Jin, H. et al. (2023) 'Barne Mongoliarren giza hesteetako mikrobiomaren kalitate handiko genomaren konpendioa', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), 150–161 or. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
