Sekuentziazio metagenomikoa-Nanoporoa
Zerbitzu Abantailak
● Kalitate handiko muntaketa-espezieen identifikazioaren eta gene funtzionalaren iragarpenaren zehaztasuna hobetzea
● Bakterioen genomaren isolamendu itxia
● Aplikazio indartsuagoa eta fidagarriagoa hainbat arlotan, adibidez, mikroorganismo patogenoak edo antibiotikoen erresistentziari lotutako geneak detektatzeko.
● Metagenomaren analisi konparatiboa
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Plataforma | Sekuentziazioa | Gomendatutako datuak | Erantzun Denbora |
| Nanoporoa | ONT | 6 G/10 G | 65 lanegun |
Bioinformatikako analisiak
● Datu gordinak kalitate kontrola
● Metagenomaren muntaia
● Erredundanterik gabeko gene multzoa eta oharpena
● Espezie aniztasunaren azterketa
● Funtzio genetikoen aniztasunaren azterketa
● Taldeen arteko analisia
● Faktore esperimentalen aurkako elkartze-analisia
Lagin-baldintzak eta entrega
Lagin-eskakizunak eta entrega
Lagin-baldintzak:
Izan ereDNAren laburpenak:
| Lagin mota | Zenbatekoa | Kontzentrazioa | Garbitasuna |
| DNAren laburpenak | 1-1,5 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Ingurumen laginetarako:
| Lagin mota | Gomendatutako laginketa-prozedura |
| Lurzorua | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Gainontzeko substantzia ihartua gainazaletik kendu behar da;Pieza handiak xehatu eta 2 mm-ko iragazkitik pasatu;Alikuota laginak EP-hodi antzuetan edo zirohodietan erreserbatzeko. |
| Gorotzak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta alikuota laginak EP-hodi edo kriohodi antzuetan erreserbatzeko. |
| Hesteetako edukiak | Laginak baldintza aseptikoetan prozesatu behar dira.Garbitu bildutako ehuna PBSarekin;Zentrifugatu PBS eta bildu hauspeatzailea EP-hodietan. |
| Lohiak | Laginketa kopurua: gutxi gorabehera.5 g;Bildu eta lohi-lagina EP-hodi antzuan edo kriotudian erreserbatzeko |
| Ur-gorputza | Mikrobio kopuru mugatua duten laginetarako, hala nola iturriko ura, putzu-ura, etab., jaso gutxienez 1 L ur eta pasa 0,22 μm-ko iragazkia mintzean mikrobioak aberasteko.Gorde mintza hodi esterila batean. |
| Azala | Kontu handiz urratu larruazaleko gainazala kotoizko kotoiarekin edo pala kirurgikoarekin eta jarri hodi esterila batean. |
Laginaren entrega gomendatua
Izoztu laginak nitrogeno likidoan 3-4 orduz eta gorde nitrogeno likidoan edo -80 gradu epe luzerako erreserbarako.Laginak izotz lehorrekin bidaltzea beharrezkoa da.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
1.Bero-mapa: Espezieen aberastasunaren multzokatzea
2. KEGG bide metabolikoetan anotatutako gene funtzionalak
3.Espezieen korrelazio sarea
4.CARD antibiotikoen erresistentzia geneen zirkua
BMK kasua
Nanopore metagenomikak bakterioen beheko arnas infekzioen diagnostiko kliniko azkarra ahalbidetzen du
Argitaratu:Natura Bioteknologia, 2019
Nabarmen teknikoak
Sekuentziazioa: Nanopore MinION
Metagenomika klinikoaren bioinformatika: Ostalariaren DNA agortzea, WIMP eta ARMA analisia
Detekzio azkarra: 6 ordu
Sentsibilitate handia: % 96,6
Emaitza nagusiak
2006an, beheko arnas infekzioak (LR) 3 milioi giza heriotza eragin zituen mundu osoan.LR1 patogenoak detektatzeko metodo tipikoa laborantza da, sentsibilitate eskasa, buelta-epe luzea eta antibiotiko terapia goiztiarrean orientabide falta duena.Mikrobioen diagnostiko azkarra eta zehatza aspalditik premiazkoa da.East Angliako Unibertsitateko Justin doktoreak eta bere kideek patogenoak detektatzeko Nanopore-n oinarritutako metodo metagenomikoa arrakastaz garatu zuten.Euren lan-fluxuaren arabera, ostalariaren DNAren % 99,99 agor daiteke.Patogenoen eta antibiotiko erresistenteen geneen detekzioa 6 ordutan amaitu daiteke.
Erreferentzia
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , eta O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomikak bakterioen beheko arnas infekzioen diagnostiko kliniko azkarra ahalbidetzen du.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
