circRNA sekuentziazioa-Illumina
Zerbitzu Abantailak
● ZircRNA oso erlazionatuta dago mRNAren adierazpenaren erregulazioarekin
● CirRNA - miRNA - mRNA sistema erregulatzailean parte hartu du
● ZirnRNA ezagunaren eta zirkunRNAren iragarpen berriaren identifikazioa eta estatistikak
● BMKCloud-en oinarritutako emaitzak entrega: datu-meatzaritza pertsonalizatua eskuragarri dago plataforman.
● Salmenta osteko zerbitzuak 3 hilabeterako balio du proiektua amaitzean
Lagin-baldintzak eta entrega
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen QC |
| rRNA agortzea | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidoak:
| Konk. (ng/μl) | Kantitatea (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | Landareetarako: RIN≥6,5; Animalientzat: RIN≥7,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; Oinarrizko kota mugatua edo ez |
Lagin-baldintzak:
Ehuna: Pisua (lehorra): ≥1 g
*5 mg baino txikiagoak diren ehunetarako, izoztutako (nitrogeno likidoan) ehun lagina bidaltzea gomendatzen dugu.
Zelula esekidura: Zelula kopurua = 3×107
* Izoztutako zelula lisatua bidaltzea gomendatzen dugu.Gelaxka hori 5×10 baino txikiagoa bada5, nitrogeno likidoan izoztutako flasha gomendatzen da.
Odol laginak:
PA×geneBloodRNATube;
6 mlTRIzol eta 2 ml odol (TRIzol:Odola=3:1)
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Bidalketa:
Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean lehortu daitezke (adibidez, RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
1.CircRNA ostalariak
ZirRNA gehienak introietatik edo eskualde intergenikoetatik baino exoietatik sortzen direla jakinarazi da.Gainera, circRNAren banaketa nabarmen aldatzen da kromosoma artean.Horregatik, balio handia du lagin ezberdinen artean circRNA ostalarien banaketa desberdinak ebaluatzea, gene-eskualde desberdinetan eta kromosoma desberdinetan dagoen banaketa barne.
CirRNA ostalariaren banaketa
2.Clustering Analisia DE-circRNAn
Diferentzialki adierazitako circRNAen multzokatze hierarkikoa
3.GO DE-circRNA Host Genes-en oharpena
DE-circRNA ostalari geneen GO sailkapena
BMK kasua
CPSF4k circRNA eraketa eta mikroRNA bidezko gene isiltzea erregulatzen ditu kartzinoma hepatozelularrean
Argitaratu: Onkogenoa,2021
Emaitza nagusiak
1.CPSF4 adierazpena gorago erregulatuta dago HCCn eta CPSF4ren adierazpen altua pronostiko txarrarekin lotzen da HCC pazienteetan.
2. CPSF4-k circRNAs mailak murrizten ditu, poliadenilazio-seinale-sekuentzia daukatenak eta circRNA-en gutxitze horrek miRNA-ren metaketa murrizten du eta miRNA-k eragindako gene isiltzea eten egiten du HCCn.
3.Zelula-kulturan eta xenograft sagu-ereduetan egindako esperimentuek erakutsi zuten CPSF4k HCC zelulen ugalketa sustatzen duela eta tumorigenotasuna hobetzen duela.Gainera, CPSF4-k bere beheranzko circRNA-ren tumore-efektua antagonizatzen du HCCn.
 miRNA mailak eta proteina mailak |
Wang X, Dong J, Li X, et al.CPSF4 hepatozelular kartzinoma [J] zirkunRNAren eraketa eta mikroRNA bidezko gene isiltzea erregulatzen du.Oncogene.DOI: 10.1038/s41388-021-01867-6
