CircRNA Sekuentziazioa-Illumina
Ezaugarriak
● ARNr agortzea eta ondoren norabide-liburutegiaren prestaketa, kate espezifikoen sekuentziazio-datuak ahalbidetuz.
● Bioinformatika-lan-fluxuak circRNAren iragarpena eta espresioaren kuantifikazioa ahalbidetzen ditu.
Zerbitzuaren abantailak
●Esperientzia zabala20.000 lagin baino gehiago prozesatu ditugu, lagin mota askotarikoak barne, eta gure espezializazio aberastasuna proiektu guztietara ekartzen dugu.
●Kalitate Kontrol ZorrotzaOinarrizko kontrol puntuak ezartzen ditugu etapa guztietan, laginen prestaketatik hasi eta liburutegiaren prestaketara, sekuentziaziora eta bioinformatikara arte. Gure jarraipen zorrotzak kalitate handiko emaitzak etengabe lortzen direla bermatzen du.
●RNA liburutegi osoagoak:Liburutegi aurreko prestaketan, RNA linealaren agortzearen ordez rRNA agortzea erabiltzen dugu, sekuentziazio datuek ez dutela circRNA bakarrik barne hartzen, baita mRNA eta lncRNA ere, datu-multzo hauen analisi bateratua ahalbidetuz.
●RNA Endogeno Lehiakorren (ceRNA) Sareen Aukerako AzterketaZelulen erregulazio-mekanismoei buruzko ikuspegi sakonagoak ematea.
● Salmenta osteko laguntzaBadakigu zein garrantzitsua den bertan egotea, horregatik gure konpromisoa proiektua amaitu baino haratago doa, 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzuarekin. Denbora horretan, proiektuaren jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegia | Plataforma | Gomendatutako datuak | Datuen Kalitate Kontrola |
| ARNr agortutako norabide-liburutegia | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Laginaren eskakizunak:
Nukleotidoak:
| Kontzentrazioa (ng/μl) | Kopurua (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Proteina edo DNA kutsadura mugatua edo batere ez da agertzen gelean. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; oinarrizko kota mugatua edo batere ez |
● Landareak:
Sustraia, zurtoina edo petaloa: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hestea: 450 mg
Erraiak edo garuna: 240 mg
Muskulu-masa: 600 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1,5 g
● Artropodoak:
Intsektuak: 9g
Krustazeoak: 450 mg
● Odol osoa:2 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
● Seruma eta plasma6 ml
Gomendatutako lagin-bidalketa
Ontzia: 2 ml-ko zentrifugazio-hodia (ez da gomendatzen eztainu-papera erabiltzea)
Laginaren etiketatzea: Taldekatu+erreplikatu, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: Laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNA egonkortzeko hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean (adibidez, RNAstable®) lehortu eta giro-tenperaturan bidali daitezke.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen analisia
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
- Datuen Kalitate Kontrola
- Genomaren lerrokatzea
- CircRNA identifikazioa
- CircRNA adierazpena
- Adierazpen diferentzialaren analisia
circRNA iragarpena: kromosomen banaketa
Adierazpen desberdineko circRNAk – Sumendiaren grafikoa
Adierazpen desberdineko circRNAk – multzokatze hierarkikoa
CircRNAren ostalarien geneen aberaste funtzionala
Arakatu BMKGene-ren circRNA sekuentziazio zerbitzuek erraztutako ikerketa aurrerapenak argitalpen bilduma zaindu baten bidez.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4-k circRNA eraketa eta mikroRNA bidezko geneen isiltzea erregulatzen ditu gibeleko kartzinoma zelularrean',Onkogenea2021 40:25, 40(25), 4338–4351 orr. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X oo-erantzukizuneko transkriptomak RNA133 zirkularraren zeregina agerian uzten du gaixotasunen erresistentzian, OsARAB-en adierazpena arrozean erregulatuz',Fitopatologia Ikerketa, 5(1), 1–14 orr. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3-k transkripzio zirkular eta linealen oreka modulatzen du gibeleko kartzinoma zelularrean'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Zirko-kardiomiopatia zirrotikoan circRNA-en ebaluazio osoa gibeleko transplantearen aurretik eta ondoren',Nazioarteko Immunofarmakologia, 114, or. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
