-
PacBio-Luzera Osoko 16S/18S/ITS Anplikoi Sekuentziazioa
Amplicon (16S/18S/ITS) plataforma mikrobioen aniztasun proiektuen analisian urteetako esperientziarekin garatu da, oinarrizko analisi estandarizatua eta analisi pertsonalizatua barne hartzen dituena: oinarrizko analisiak egungo mikrobioen ikerketaren analisi eduki nagusia hartzen du barne, analisi edukia aberatsa eta osoa da, eta analisi emaitzak proiektu txostenen moduan aurkezten dira; analisi pertsonalizatuaren edukia anitza da. Laginak hautatu eta parametroak malgutasunez ezar daitezke oinarrizko analisi txostenaren eta ikerketaren helburuaren arabera, eskakizun pertsonalizatuak betetzeko. Windows sistema eragilea, sinplea eta azkarra.
-
PacBio-Transkriptoma Osoa (Erreferentziarik Gabekoa)
Pacific Biosciences-en (PacBio) isoformen sekuentziazio datuak sarrera gisa hartuta, aplikazio honek transkripzio-sekuentzia osoak identifikatu ditzake (muntaketarik gabe). Sekuentzia osoak erreferentziazko genomaren aurka mapatuz, transkripzioak gene, transkripzio, kodetze-eskualde eta abar ezagunen bidez optimiza daitezke. Kasu honetan, mRNA egituren identifikazio zehatzagoa lor daiteke, hala nola splicing alternatiboa, etab. NGS transkripzio-sekuentziazio datuekin batera egindako analisiak anotazio zabalagoa eta kuantifikazio zehatzagoa ahalbidetzen du transkripzio-mailan, eta horrek mesede handia egiten die adierazpen diferentzialari eta analisi funtzionalari.
-
Tresna-multzoak
BMKCloud bioinformatika plataforma liderra da, genomikako programetarako irtenbide integrala eskaintzen duena, eta hainbat arlotako ikertzaileek konfiantza handia dute, besteak beste, medikuntza, nekazaritza, ingurumen eta abar. BMKCloud-ek zerbitzu integratuak, fidagarriak eta eraginkorrak eskaintzeko konpromisoa hartu du, besteak beste, bioinformatika analisi plataformak eta tresnak, baliabide informatikoak, datu-base publikoak, bioinformatika ikastaroak online, etab. BMKCloud-ek maiz erabiltzen diren hainbat bioinformatika tresna ditu, besteak beste, geneen anotazioa, eboluzio genetikako tresnak, ncRNA, datuen kalitatearen kontrola, muntaketa, lerrokatzea, datuen erauzketa, mutazioak, estatistikak, irudi sortzailea, sekuentzien analisia, etab.
-
RNA txikia
RNA txikiak RNA kodetzaile ez diren mota laburrak dira, 18-30 nt-ko batez besteko luzera dutenak, miRNA, siRNA eta piRNA barne. RNA txiki hauek hainbat prozesu biologikotan parte hartzen dutela jakinarazi da, hala nola mRNAren degradazioan, itzulpenaren inhibizioan, heterokromatinaren eraketan, etab. RNA txikien sekuentziazioaren analisia asko erabili da animalien/landareen garapenean, gaixotasunetan, birusetan, etab. RNA txikien sekuentziazioaren analisi plataformak analisi estandarra eta datu-meatzaritza aurreratua ditu. RNA-seq datuetan oinarrituta, analisi estandarrak miRNAren identifikazioa eta iragarpena, miRNAren helburu-genearen iragarpena, anotazioa eta espresioaren analisia lor ditzake. Analisi aurreratuak miRNAren bilaketa eta erauzketa pertsonalizatua, Venn diagramak sortzea, miRNA eta helburu-geneen sareak eraikitzea ahalbidetzen du.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS genoma osoaren birsekuentziaziorako analisi plataforma bat da, Biomarkatzaileen Teknologietan esperientzia zabalean oinarrituta garatua. Erabiltzeko erraza den plataforma honek analisi-fluxu integratu bat azkar bidaltzea ahalbidetzen du oinarrizko parametro batzuk ezarriz, Illumina plataformak eta BGI sekuentziazio plataformak sortutako DNA sekuentziazio datuetarako egokia dena. Plataforma hau errendimendu handiko konputazio zerbitzari batean hedatuta dago, eta horrek datuen analisi oso eraginkorra ahalbidetzen du denbora oso mugatuan. Datuen meatzaritza pertsonalizatua eskuragarri dago analisi estandarretan oinarrituta, mutatutako geneen kontsulta, PCR primerren diseinua, etab. barne.
-
mRNA (Erreferentzia)
Transkriptoma informazio genetiko genomikoaren eta funtzio biologikoaren proteomaren arteko lotura da. Transkripzio-mailaren erregulazioa organismoen erregulazio-modurik garrantzitsuena eta gehien aztertu dena da. Transkriptomaren sekuentziazioak transkriptoma edozein unetan edo edozein baldintzatan sekuentzia dezake, nukleotido bakarreko bereizmen zehatzarekin. Geneen transkripzio-maila dinamikoki islatu dezake, aldi berean transkripzio arraroak eta normalak identifikatu eta kuantifikatu, eta lagin espezifikoen transkripzioen egitura-informazioa eman.
Gaur egun, transkriptomen sekuentziazio teknologia asko erabili da agronomian, medikuntzan eta beste ikerketa arlo batzuetan, besteak beste, animalien eta landareen garapenaren erregulazioan, ingurumenaren egokitzapenean, sistema immunologikoaren elkarrekintzan, geneen lokalizazioan, espezieen eboluzio genetikoan eta tumoreen eta gaixotasun genetikoen detekzioan.
-
Metagenomika (NGS)
Analisi plataforma hau metagenomikako datuen analisietarako diseinatuta dago, urteetako esperientzian oinarrituta. Metagenomikako analisi ohikoenak biltzen dituen lan-fluxu integratua du, besteak beste, datuen prozesamendua, espezie-mailako azterketak, geneen funtzio-mailako azterketak, metagenomaren sailkapena, etab. Horrez gain, datu-meatzaritzako tresna pertsonalizatuak daude eskuragarri analisi-fluxu estandarrean, besteak beste, gene eta espezieen kontsultak, parametroen ezarpena, irudi pertsonalizatuak sortzea, etab.
-
LncRNA
RNA luze ez-kodetzaileak (lncRNA) 200 nt baino gehiagoko luzera duten transkripzio mota bat dira, proteinak kodetzeko gai ez direnak. Froga metatuek iradokitzen dute lncRNA gehienak funtzionalak izateko aukera handia dutela. Sekuentziazio-errendimendu handiko teknologiek eta bioinformatika-analisi tresnek lncRNA sekuentziak eta kokapen-informazioa modu eraginkorragoan agerian uzteko ahalmena ematen digute, eta funtzio erregulatzaile garrantzitsuak dituzten lncRNAk aurkitzen laguntzen digute. BMKCloud-ek harro dago gure bezeroei lncRNA sekuentziazio-analisi plataforma eskaintzeaz, lncRNA analisi azkarra, fidagarria eta malgua lortzeko.
-
GWAS
Genoma osoko asoziazio-azterketak (GWAS) ezaugarri espezifikoekin (fenotipo) lotutako aldaera genetikoak (genotipoa) identifikatzea du helburu. GWA ikerketek banako kopuru handi baten genoma osoko markatzaile genetikoak ikertzen dituzte eta genotipo-fenotipo asoziazioak aurreikusten dituzte populazio mailan egindako analisi estatistikoaren bidez. Genoma osoko birsekuentziazioak aldaera genetiko guztiak aurki ditzake. Datu fenotipikoekin batera, GWAS prozesatu daiteke fenotipoarekin lotutako SNPak, QTLak eta hautagai-geneak identifikatzeko, eta horrek animalien/landareen hazkuntza modernoa sendo babesten du. SLAF auto-garatutako genomaren sekuentziazio estrategia sinplifikatua da, genoma osoko markatzaile banatuak, SNPak, aurkitzen dituena. SNP hauek, markatzaile genetiko molekular gisa, ezaugarri zehatzekin asoziazio-azterketetarako prozesatu daitezke. Kostu-eraginkorra den estrategia da ezaugarri konplexuekin lotutako aldaera genetikoak identifikatzeko.
-
Nanopore transkriptomika osoa
Organismoetan dauden isoforma alternatibo konplexu eta aldakorrak geneen adierazpena eta proteinen aniztasuna erregulatzeko mekanismo genetiko garrantzitsuak dira. Transkripzio-egituren identifikazio zehatza da geneen adierazpenaren erregulazio-ereduen azterketa sakona egiteko oinarria. Nanopore sekuentziazio-plataformak transkriptomika-azterketa isoforma-mailara eraman du arrakastaz. Analisi-plataforma hau Nanopore plataforman sortutako RNA-Seq datuak aztertzeko diseinatuta dago, erreferentziazko genomaren arabera, eta horrek analisi kualitatiboak eta kuantitatiboak lortzen ditu bai gene-mailan bai transkripzio-mailan.
-
zirku-RNA
RNA zirkularra (circRNA) RNA ez-kodetzaile mota bat da, eta duela gutxi aurkitu da garapenean, ingurumenarekiko erresistentzian eta abarretan parte hartzen duten sare erregulatzaileetan funtsezko zeregina duela. RNA molekula linealetatik bereizten den bezala, adibidez, mRNA, lncRNA, circRNAren 3' eta 5' muturrak elkartzen dira egitura zirkular bat osatzeko, eta horrek exonukleasaren digestiotik salbatzen ditu eta RNA lineal gehienak baino egonkorragoak dira. CircRNAk funtzio desberdinak dituela ikusi da geneen adierazpena erregulatzeko. CircRNAk ceRNA gisa jardun dezake, miRNAri lehiakortasunez lotzen zaiona, miRNA belaki gisa ezagutzen dena. CircRNA sekuentziazio analisi plataformak circRNAren egitura eta adierazpenaren analisia, helburuaren iragarpena eta beste RNA molekula mota batzuekin batera analisia ahalbidetzen ditu.
-
BSA
Bulked Segregant Analysis plataformak urrats bakarreko analisi estandarra eta parametro pertsonalizatuen ezarpenarekin analisi aurreratua ditu. BSA fenotipoarekin lotutako markatzaile genetikoak azkar identifikatzeko erabiltzen den teknika bat da. BSAren lan-fluxu nagusiak hauek ditu: 1. fenotipo oso kontrajarriak dituzten bi banako talde hautatzea; 2. banako guztien DNA, RNA edo SLAF-seq (Biomarker-ek garatua) biltzea DNAren bi multzo osatzeko; 3. erreferentziazko genomaren edo bien arteko sekuentzia diferentzialak identifikatzea; 4. ED eta SNP-indizearen algoritmoaren bidez lotutako eskualde hautagaiak aurreikustea; 5. Eskualde hautagaietako geneen analisi funtzionala eta aberastea, etab. Datuen meatzaritza aurreratuagoa ere eskuragarri dago, markatzaile genetikoen baheketa eta primer diseinua barne.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) plataforma mikrobioen aniztasun proiektuen analisian urteetako esperientziarekin garatu da, oinarrizko analisi estandarizatua eta analisi pertsonalizatua barne hartzen dituena: oinarrizko analisiak egungo mikrobioen ikerketaren analisi eduki nagusia hartzen du barne, analisi edukia aberatsa eta osoa da, eta analisi emaitzak proiektu txostenen moduan aurkezten dira; analisi pertsonalizatuaren edukia anitza da. Laginak hautatu eta parametroak malgutasunez ezar daitezke oinarrizko analisi txostenaren eta ikerketaren helburuaren arabera, eskakizun pertsonalizatuak betetzeko. Windows sistema eragilea, sinplea eta azkarra.
