Seicheamhú Géanóim Iomlán Plandaí/Ainmhithe
Buntáistí 1.Service
Taithí fhairsing ar sheicheamhú géanóim do bhreis agus 1000 speiceas.
Níos mó ná 800 cás foilsithe le fachtóir tionchair carnach de níos mó ná 4000.
Anailís chuimsitheach bhithfhaisnéisíochta ar ghlaoch athruithe agus anailís ar fheidhm.
2. Sonraíochtaí Seirbhíse
| Ardán | Leabharlann | Doimhneacht seq molta | |
| Illumina | PE 150 | Do SNP, InDel ag glaoch ≥ 10x Le haghaidh SV, CNY ag glaoch ≥ 30x
| |
| Nanópóir
| 8 kb | Le haghaidh SV, CNY ag glaoch ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Do SNP, InDel, SV, CNY ag glaoch ≥ 10x |
3. Riachtanais Samplacha
| Ardán | Conc.(ng/μL)
| Méid (ng)
| Íonachta
| Glóthach agarose
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Príomhbhanna soiléir gan aon nó teorantadíghrádú a breathnaíodh ar fhoirmiú. 2. Gan aon éilliú RNA nó próitéine nó teoranta
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanópóir
| ≥30 | Ag brath ar an toradh sonraí 10μg/cill | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Anailís Bhithfhaisnéise
5. Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
eastóscadh DNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seachadadh sonraí
1) Staitisticí Mapála Géanóim
Tábla 1 Staitisticí de thoradh mapála
Fíor 1 Dáileadh méid an chuir isteach agus léann an clúdach.
2) Brath Athróg
Fíor 2 Staitisticí agus anótáil SNP/INDEL/SV i measc na Samplaí
Figiúr 3 Dáileadh ar fud an ghéanóim de vaitis
3) Anótáil feidhme na n-athruithe
| 2019 | Cumarsáid dúlra | Léiríonn athsheicheamhú iomlán-ghéanóm bunús Brassica napus agus loci géiniteach a bhfuil baint aige lena fheabhsú |
| 2020 | PNAS | Bunús éabhlóideach agus stair ceansaithe iasc órga (Carassius auratus) |
| 2021 | Iris Biteicneolaíochta Plandaí | Géanóim tagartha an dá speiceas siúit saothraithe.... |
| 2021 | Iris Biteicneolaíochta Plandaí | Sínithe géanómacha ar allopolyploid glasraí agus síl ola Brassicajuncea agus loci géiniteach a rialaíonn carnadh glúcosinoláití |
| 2019 | Gléasra Móilíneach | Nochtann athsheicheamhú genome iomláin ar bhailiúchán domhanda aontachais síl ráibe bunús géiniteach a n-éagsúlacht éiceachóipe. |
| 2022 | Taighde Gairneoireachta | Soláthraíonn anailís comhlachais ar fud an ghéanóim léargais mhóilíneacha ar éagsúlacht nádúrtha mhéid síolta watermelon |
| 2021 | Iris na Luibheolaíochta Turgnamhach | Aithníonn staidéar comhlachais ar fud an ghéanóim leaganacha de GhSAD1 a thugann lamháltas fuar i cadás |
| 2021 | Iris na Luibheolaíochta Turgnamhach | Nochtann staidéar comhlachais uile-ghéanóm agus comparáid tras-traipéiseach QTL úrnua agus géinte iarrthóra a rialaíonn méid peitil i síolta ráibe |
