Seicheamhú Géanóim Iomlán Plandaí/Ainmhithe
Gnéithe Seirbhíse
De novo
Tá an teicníc seo thar a bheith úsáideach le géanóim dúshlánacha amhail iad siúd a bhfuil ardleibhéal heitrisigeacht, réigiúin athchleachtacha, géanóim pholaipóilóideacha, ábhar CG neamhghnácha etc.
Soláthraíonn ár réiteach aon-stad seirbhísí seicheamhaithe comhtháite agus anailís bhithfhaisnéise a sheachadann géanóm cóimeáilte de novo ardchaighdeáin. Soláthraíonn suirbhé tosaigh géanóim le Illumina meastacháin ar mhéid agus ar chastacht an ghéanóim, agus úsáidtear an fhaisnéis seo chun treoir a thabhairt don chéad chéim eile de sheicheamhú fadléite le PacBio HiFi, agus ina dhiaidh sin...de novotionól contigs. Cuireann úsáid tionól HiC ina dhiaidh sin ar chumas na contigs a ancaireáil leis an ngéanóm, rud a fhaightear tionól ar leibhéal crómasóm. Ar deireadh, déantar anótáil ar an ngéanóm trí réamhaisnéis géine agus trí ghéinte léirithe a sheicheamhú, ag baint úsáide as trascríbhinní le léamha gearra agus fada.
-- Comhtháthú seirbhísí il-sheicheamhaithe agus bithfhaisnéise i réiteach aon-stadSeirbhís atá oiriúnach don úrscéal tógála
-- géanóim nó feabhsú ar ghéanóim tagartha atá ann cheana féin do speicis spéise.
Athsheicheamhú
-- Is féidir ullmhúchán leabharlainne a bheith caighdeánach nó saor ó PCR
-- Ar fáil i 4 ardán seicheamhaithe: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 nó PacBio Revio.
-- Anailís bhithfhaisnéiseach dírithe ar ghlaoch athraitheach: SNP, InDel, SV agus CNV
Buntáistí Seirbhíse
●Saineolas agus Taifead Foilseacháin FhairsingDode novoseirbhísí, tá taithí ollmhór carntha againn i dtionól ardchaighdeáin géanóim speiceas éagsúil, lena n-áirítear géanóim déphlóideacha agus géanóim thar a bheith casta de speicis pholaiplóideacha agus aloiplóideacha. Ó 2018 i leith, tá cur le breis is 300 foilseachán ardtionchair againn, agus tá 20+ díobh foilsithe i Nature Genetics. Ar ath-sheicheamhú an ghéanóim, bhailíomar breis is 1000 speiceas, rud a d’eascair i mbreis is 1000 cás foilsithe le fachtóir tionchair carnach de bhreis is 5000.
●Réiteach Aon-stadAr siúlde novoseicheamhú, comhcheanglaíonn ár gcur chuige comhtháite iltheicneolaíochtaí seicheamhaithe agus anailísí bithfhaisnéise i sreabhadh oibre comhtháite, rud a sheachadann géanóm cóimeáilte ardchaighdeáin.
●Oiriúnaithe do do RiachtanaisIs féidir ár sreabhadh oibre seirbhíse a shaincheapadh, rud a chuireann ar ár gcumas oiriúnú do ghéanóim a bhfuil gnéithe éagsúla agus riachtanais taighde sonracha acu.
●Foireann Bhithfhaisnéisíochta agus Saotharlainne Ard-OilteCibé acu atá sé le haghaidhde novoseicheamhú nó ath-sheicheamhú, tá sraith uirlisí agus eolais oilte ag ár bhfoireann chun rath an tionscadail a ráthú. Is féidir é seo a dhaingniú leis an tsraith paitinní agus cóipcheart bogearraí atá forbartha acu.
● Tacaíocht Iar-Dhíolacháin:Síneann ár dtiomantas níos faide ná críochnú tionscadail le tréimhse seirbhíse iar-díola 3 mhí. Le linn an ama seo, cuirimid obair leantach tionscadail, cúnamh le fabhtcheartú, agus seisiúin C&F ar fáil chun aon cheisteanna a bhaineann leis na torthaí a fhreagairt.
●Anailís Chuimsitheach ar BhithfhaisnéisíochtLena n-áirítear glaonna ar athruithe agus anótáil feidhme.
●Anótáil Chuimsitheach le haghaidh SeicheamhúÚsáidimid ilbhunachair shonraí chun na géinte a bhfuil athruithe sainaitheanta acu a anótáil go feidhmiúil agus an anailís saibhrithe chomhfhreagrach a dhéanamh, rud a thugann léargas ar do thionscadail taighde.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Malartacha le sainaithint | Straitéis seicheamhúcháin | Doimhneacht molta |
| SNP agus InDel | Illumina NovaSeq PE150 nó MGI T7 | 10x |
| SV agus CNV (níos lú cruinn) | 30x | |
| SV agus CNV (níos cruinne) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPanna, Indels, SV agus CNV | PacBio Revio | 10x |
Riachtanais Shamplacha
| Aigéid núicléacha fíocháin nó eastósctha | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Inní Ainmhithe | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Matán Ainmhithe | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Fuil Mamach | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Fuil Éanlaithe/Éisc | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| Planda - Duilleog Úr | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Cealla Saothraithe |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Fíochán bog feithidí/Aonair | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA eastósctha
| Tiúchan: ≥ 1 ng/µL Méid: ≥ 30 ng Díghrádú nó éilliú teoranta nó gan aon dhíghrádú nó éilliú
| Tiúchan Méid
OD260/280
OD260/230
Díghrádú nó éilliú teoranta nó gan aon dhíghrádú nó éilliú
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/ceall sreafa/sampla
1.7-2.2
≥1.5 | Tiúchan Méid
OD260/280
OD260/230
Díghrádú nó éilliú teoranta nó gan aon dhíghrádú nó éilliú | ≥ 50 ng/µL 10 µg/ceall sreafa/sampla
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Ullmhúchán Leabharlainne saor ó PCR: Tiúchan ≥ 40 ng/µL Méid ≥ 500 ng | |||||
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Eastóscadh DNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seachadadh sonraí
De novopíblíne bithfhaisnéise
Más mian leat forbhreathnú a fheiceáil ar ár bpíblínte éagsúla don tionól:
Anailís bhithfhaisnéiseach iomlán, scartha ina 4 chéim:
1. Suirbhé géanóim, bunaithe ar anailís k-mer le léamha NGS.Tabharfaidh sé eolas dúinn faoi:
- Meastachán ar mhéid an ghéanóim
- Meastachán ar heitrisigéiseacht
- Meastachán ar réigiúin athchleachtacha
2. Tionól Géanóim le PacBio HiFi.Trí léamha fada a úsáid, gheobhaidh muid:
- De novotionól
- Measúnú tionóil: lena n-áirítear anailís BUSCO le haghaidh iomláine an ghéanóim agus mapáil siar ar léamha NGS agus PacBio HiFi
3. Tionól Hi-C.Nuair a bheidh an tionól againn, cuirfidh eolas ar struchtúr 3T an ghéanóim le doimhneacht an eolais agus saibhreoidh sé an géanóm tagartha atá á thógáil againn.
- QC leabharlainne Hi-C chun idirghníomhaíochtaí Hi-C bailí a mheas.
- Tionól Hi-C. Déanfaimid grúpáil na gcontóg i ngrúpaí, agus ina dhiaidh sin cuirfimid ord contóg in ord laistigh de gach grúpa agus sannfaimid treoshuíomh contóg.
- Meastóireacht Hi-C
4. Anótáil an ghéanóim:
- Réamhaisnéis RNA neamhchódaithe
- Aitheantas seichimh athchleachtacha (trasposóin agus athrá tandem)
- Réamhaisnéis géine
- De novohalgartaim ab initio
- Bunaithe ar homalógacht
- Bunaithe ar thrascríbhinn, le léamha fada agus gearra: is iad na léamhade novocóimeáilte nó mapáilte chuig an dréacht-ghéanóm
- Anótáil géinte tuartha le bunachair shonraí iolracha
Athsheicheamhúpíblíne bithfhaisnéise
Áirítear an anailís seo a leanas:
- Rialú Cáilíochta Sonraí Amh
- Staitisticí ailínithe leis an ngéanóm tagartha
- Aitheantas athraitheach: SNP, InDel, SV agus CNV
- Anótáil fheidhmiúil ar athróga
Staitisticí ailínithe leis an ngéanóm tagartha – dáileadh doimhneachta seicheamhaithe
Glaoch SNP i measc samplaí iolracha
Aitheantas InDel – staitisticí fad InDel sa réigiún CDS agus sa réigiún ar fud an ghéanóim
Dáileadh athraitheach ar fud an ghéanóim – plota Circos
Anótáil fheidhmiúil géinte le hathróga aitheanta – Ontology Géine
Chai, Q. et al. (2023) 'Cinntíonn glútatóin S-trasfairéas GhTT19 líochaint peitil bláthanna trí charnadh antócianin i gcadás a rialáil',Irisleabhar Biteicneolaíochta Plandaí, 21(2), lch. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Soláthraíonn géanóm fiáin Hevea brasiliensis ar leibhéal crómasóim uirlisí nua le haghaidh pórú le cúnamh géanómach agus loci luachmhara chun toradh rubair a mhéadú',Irisleabhar Biteicneolaíochta Plandaí, 21(5), lgh 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Nochtann seichimh ghéanóim bealaí scaipthe domhanda agus tugann siad le fios go bhfuil oiriúnuithe géiniteacha comhtháite in éabhlóid chapaill mhara ann',Cumarsáid Dúlra, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Athruithe Crómasómacha ar Scála Mór a Bhíonn ina gcúis le hAthruithe ar Léiriú ar Leibhéal an Ghéanóim, Oiriúnú Comhshaoil, agus Speiceasú sa Gayal (Bos frontalis)',Bitheolaíocht Mhóilíneach agus Éabhlóid, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Tionól géanóim agus díscaoileadh géiniteach ar gheirmphlasma arbhair Indiaigh atá frithsheasmhach in aghaidh triomach',Géineolaíocht Dúlra 202355:3, 55(3), lgh. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Ag nochtadh éabhlóid bhithshintéise alcalóideach trópáin trí dhá ghéanóm sa teaghlach Solanaceae a anailísiú',Cumarsáid Dúlra2023 14:1, 14(1), lgh 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'Tugann anailís ar athruithe géanóim agus meitiliúcháin i sicíní dúchasacha na Síne le himeacht ama léargas ar chaomhnú speiceas',Bitheolaíocht Cumarsáide, 5(1), lgh 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Cás-staidéir dúshlánacha:
Tionól teiliméir go teiliméir:Fu, A. et al. (2023) 'Nochtann tionól géanóim teiliméir-go-teiliméir i mealbhacán searbh (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) forbairt, comhdhéanamh agus tréithe géiniteacha aibithe torthaí',Taighde Gairneoireachta, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Tionól haplóitípe:Hu, W. et al. (2021) 'Nochtann géanóm sainmhínithe ailléile difreáil dé-ailléileach le linn éabhlóid cassava',Gléasra Móilíneach, 14(6), lgh. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Tionól ollmhór géanóim:Yuan, J. et al. (2022) 'Bunús géanómach na ngigea-chrómasóm agus an ghigea-ghéanóim den phione crainn Paeonia ostii',Cumarsáid Dúlra2022 13:1, 13(1), lgh 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Tionól géanóim polaplóideach:Zhang, Q. et al. (2022) 'Léargais ghéanómacha ar laghdú crómasóim le déanaí ar an gcána siúcra uathpholaiplóideach Saccharum spontaneum',Géineolaíocht Dúlra 202254:6, 54(6), lgh. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
