Seicheamhú Metagenomic -NGS
Is éard is meiteiginóim ann ná bailiúchán d’ábhar géiniteach iomlán pobal measctha orgánaigh, amhail meitigenóim imshaoil agus daonna. Tá géanóim ann de mhiocrorgánaigh inshaothraithe agus neamhshaothraithe araon. Cumasaíonn seicheamh meitigenomic gunna gráin le NGS staidéar a dhéanamh ar na tírdhreacha géanómacha casta seo atá leabaithe i samplaí comhshaoil trí níos mó ná próifíliú tacsanomaíoch a sholáthar, ag tabhairt léargais ghráinneacha ar éagsúlacht speiceas, dinimic flúirse, agus struchtúir chasta daonra. Taobh amuigh de staidéir tacsanomaíochta, cuireann meitigenomics gunna gráin peirspictíocht géanóm feidhme ar fáil freisin, rud a chuireann ar a gcumas iniúchadh a dhéanamh ar ghéinte ionchódaithe agus a róil toimhdeacha i bpróisis éiceolaíochta. Ar deireadh, cuireann bunú líonraí comhghaoil idir eilimintí géiniteacha agus fachtóirí comhshaoil le tuiscint iomlánaíoch ar an idirghníomhú casta idir pobail mhiocróbacha agus a gcúlra éiceolaíoch. Mar fhocal scoir, seasann seicheamhú meitigenómach mar uirlis ríthábhachtach chun casta géanómaíochta na bpobal miocróbach ilghnéitheach a réiteach, ag léiriú na gcaidreamh ilghnéitheach idir géineolaíocht agus éiceolaíocht laistigh de na héiceachórais chasta seo.
Ardáin: Illumina NovaSeq agus DNBSEQ-T7
Buntáistí Seirbhíse
●Modh Gan Leithlisiú agus Saothrú le haghaidh Próifíliú Pobail Miocróbach: Seicheamhú ábhar géiniteach ó orgánaigh neamhshaothraithe a chumasú.
●Ardtaifeach: Braith speiceas íseal-raidhse i samplaí comhshaoil.
●Anailís Bhithfhaisnéisíochta Chuimsitheach:Dírithe ní hamháin ar éagsúlacht tacsanomaíoch ach freisin ar éagsúlacht fheidhmiúil an phobail.
●Taithí Fhairsing:Le cuntas teiste maidir le tionscadail iolracha meitigenomics a dhúnadh go rathúil i réimsí taighde éagsúla agus próiseáil níos mó ná 200,000 sampla, tugann ár bhfoireann saibhreas taithí do gach tionscadal.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Ardán seicheamhaithe | Straitéis Seicheamhaithe | Sonraí molta | Rialú cáilíochta |
| Illumina NovaSeq nó DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Riachtanais Seirbhíse
| Tiúchan (ng/µL) | Méid iomlán (ng) | Toirt (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Ithir/sloda: 2-3g
● Ábhar stéigeach-ainmhí: 0.5-2g
● Ábhar stéigeach-feithidí: 0.1-0.25g
● Dromchla plandaí (dríodar saibhrithe): 0.5-1g
● Dríodar saibhrithe brat choipeadh): 0.2-0.5g
● Faeces (ainmhithe móra): 0.5-2g
● Faeces (luch): 3-5gráin
● Sreabhán lavage alveolar scamhógach: páipéar scagtha
● Swab faighne: 5-6 táithíní
● swab craicinn/giniúna/seile/fíochán bog béil/swab pharyngeal/swab dronuilleach: 2-3 táithín
● Miocrorgánach dromchla: 5-6 swabs
● Dobharlach/aer/bithscannán: scagpháipéar
● Endophytes: 2-3g
● Plaic Fiaclóireachta: 0.5-1g
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Áirítear leis an anailís seo a leanas:
● Rialú cáilíochta sonraí a sheicheamhú
● Cóimeáil metagenome agus tuar géine
● Nóta géine
● Anailís ar éagsúlacht alfa tacsanomaíoch
● Anailís fheidhmiúil ar an bpobal: feidhm bhitheolaíoch, meitibileach, friotaíocht antaibheathach
● Anailís ar éagsúlacht fheidhmiúil agus thacsanomaíoch araon:
Anailís éagsúlacht beta
Anailís idirghrúpa
Anailís comhghaoil: idir fachtóirí comhshaoil agus comhdhéanamh agus éagsúlacht OUT
Anailís fheidhmiúil: friotaíocht antaibheathach CARD
Anailís difreálach ar bhealaí meitibileach KEGG: léarscáil teasa de bhealaí suntasacha
Éagsúlacht alfa de dháileadh tacsanomaíoch: innéacs ACE
Éagsúlacht béite de dháileadh tacsanomaíoch: PCoA
Déan iniúchadh ar na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhísí seicheamhaithe meitigenóim BMKGene le Illumina trí bhailiúchán coimeádaithe foilseachán.
Hai, Q. et al. (2023) 'Anailís mheitigenomic agus meitibileach ar athruithe ar inneachar intestinal breac tuar ceatha (Oncorhynchus mykiss) atá ionfhabhtaithe le víreas neacróis hematopoietic ionfhabhtaíoch ag teochtaí uisce cultúir éagsúla',Teorainneacha i Micribhitheolaíocht, 14, lch. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Pobail mhiocróbacha, géinte friotaíochta, agus rioscaí friotóim i lochanna uirbeacha de stáit thrófacha éagsúla: Naisc inmheánacha agus tionchair sheachtracha',Journal of Guaiseacha Ábhair Chun Cinn, 9, lch. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Léirigh Anailís Mhiteiginomaíoch Difríochtaí i gComhdhéanamh agus i bhFeidhm idir Miocrorgánaigh Leachtacha agus Soladach-Choibhneasa de Rumen Caorach',Teorainneacha i Micribhitheolaíocht, 13, lch. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Ceann, J. et al. (2023) 'Athsreangaíonn micribhiota murtallach muc-dhíorthaithe Ningxiang meitibileacht carnitine chun sil-leagan aigéid shailligh matán a chur chun cinn i muca caola DLY',An Nuálaíocht, 4(5), lch. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Léargas meitigenomic ar na rioscaí a d'fhéadfadh a bheith ag baint le bithphlaisteach ionadaíoch/neamh-dhíghrádaithe agus smionagar neamhphlaisteach i réimsí uachtaracha agus íochtaracha Inbhear Haihe, an tSín',Eolaíocht an Timpeallachta Iomlán, 887, lch. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
