ØLeithlisiú agus saothrú saor ó phróifíliú pobail mhiocróbach
ØTaifeach ard maidir le speicis íseal-raidhse a bhrath i samplaí comhshaoil
ØComhtháthaíonn an smaoineamh “meitea-” gach gné bhitheolaíoch ag leibhéal feidhme, leibhéal speiceas agus leibhéal géine, rud a léiríonn dearcadh dinimiciúil atá níos gaire don réaltacht.
ØTá taithí ollmhór ag BMK i gcineálacha éagsúla samplaí agus próiseáladh breis agus 10,000 sampla.
SeicheamhúArdán | Leabharlann | Toradh sonraí molta | Am slánúcháin measta |
Tiománaí Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Clibeanna 50K/100K/300K | 30 Lá |
üRialú cáilíochta sonraí amh
üComhthionól metagenome
üTacar géine agus anótáil nach bhfuil iomarcach
üAnailís ar éagsúlacht speiceas
üAnailís ar éagsúlacht fheidhm ghéiniteach
üAnailís idirghrúpa
üAnailís comhlachais i gcoinne fachtóirí turgnamhacha
Le haghaidhsleachta DNA:
Cineál Samplach | Méid | Tiúchan | Íonachta |
sleachta DNA | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Le haghaidh samplaí comhshaoil:
Cineál samplach | Nós imeachta samplála molta |
Ithir | Méid samplála: thart.5 g;Ní mór an tsubstaint withered atá fágtha a bhaint den dromchla;Meilt píosaí móra agus pas a fháil trí scagaire 2 mm;Aliquot samplaí in EP-feadán steiriúil nó cyrotube le haghaidh áirithinte. |
Feces | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus tabhair samplaí in EP-fheadán nó cryotube steiriúil lena áirithint. |
Ábhar stéig | Ní mór samplaí a phróiseáil faoi riocht aiseipteach.Nigh an fíochán bailithe le PBS;Déan an PBS a lártheifneoir agus bailigh an deascán i bhfeadáin PE. |
Sloda | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus lig an sampla sloda in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena chur in áirithe |
Dobharlach | Le haghaidh sampla le méid teoranta miocróbach, mar shampla uisce sconna, uisce tobair, etc., Bailigh 1 L uisce ar a laghad agus pas a fháil trí scagaire 0.22 μm chun miocróbach a shaibhriú ar an membrane.Stóráil an membrane i bhfeadán steiriúil. |
Craiceann | Déan dromchla craiceann a scrapeadh go cúramach le swab cadáis steiriúla nó lann máinliachta agus cuir i bhfeadán steiriúil é. |
Reo na samplaí i nítrigine leachtach ar feadh 3-4 uair an chloig agus a stóráil i nítrigine leachtach nó -80 céim go áirithinte fadtéarmach.Tá gá le seoladh samplach le h-oighear tirim.
1.Histogram: Dáileadh speiceas
Géin 2.Feidhmeacha atá anótáilte do bhealaí meitibileach KEGG
Léarscáil 3.Heat: Feidhmeanna difreálach bunaithe ar raidhse géine coibhneasta4.Circos de ghéinte friotaíochta antaibheathach CARD
Cás BMK
Leitheadúlacht ghéinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach agus pataiginí baictéaracha feadh chontanam fréimhe mangairí na hithreach
Foilsithe:Iris na nÁbhar Guaiseach, 2021
Straitéis seicheamhaithe:
Ábhair:Sleachta DNA de cheithre bhlúire de shamplaí a bhaineann le fréamhacha mangarbh: ithir neamhphlandaithe, riosféar, urranna eipisféir agus ionsféar
Ardán: Illumina HiSeq 2500
Spriocanna: Metagenome
16S rRNA géine V3-V4 réigiún
Príomhthorthaí
Próiseáladh seicheamhú metagenomic agus próifíliú meiteabharchódaithe ar chontanam fréimhe ithreach na n-óg óga mangairí chun staidéar a dhéanamh ar scaipeadh géinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach (ARGanna) ón ithir go plandaí.Léirigh sonraí metagenomic go raibh 91.4% de ghéinte friotaíochta antaibheathach aitheanta go coitianta sna ceithre urrann ithreach a luadh thuas, rud a léirigh faisean leanúnach.Ghin seicheamh aimplicon 16S rRNA 29,285 seicheamh, rud a sheasann do 346 speiceas.Ag comhcheangal le próifíliú speiceas trí sheicheamhú amplicon, fuarthas amach go raibh an scaipeadh seo neamhspleách ar mhicribhiota a bhaineann leis an bhfréamh, ach d’fhéadfaí é a éascú trí shoghluaiste d’eilimintí géiniteacha.Shainaithin an staidéar seo an sreabhadh ARGanna agus pataigin ón ithir isteach sna plandaí trí chontanam idirnasctha na fréamhacha ithreach.
Tagairt
Wang, C. , Hu, R. , Láidir, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Leitheadúlacht ghéinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach agus pataiginí baictéaracha feadh chontanam fréimhe na hithreach-mangrove.Iris na nÁbhar Guaiseach, 408, 124985.