page_head_bg

Táirgí

Seicheamhú Metagenomic (NGS)

Tagraíonn Metagenome do bhailiúchán d'ábhar géiniteach iomlán de phobal measctha orgánach, mar mheitigenome comhshaoil, metagenome daonna, etc. Tá géanóim ann de mhiocrorgánaigh inshaothraithe agus neamhshaothraithe araon.Is uirlis mhóilíneach é seicheamhú metagenomic a úsáidtear chun anailís a dhéanamh ar na hábhair ghéanómacha mheasctha a bhaintear as samplaí comhshaoil, a sholáthraíonn faisnéis mhionsonraithe ar éagsúlacht agus ar líon na speiceas, struchtúr an daonra, caidreamh fíogéiniteach, géinte feidhmiúla agus líonra comhghaoil ​​le fachtóirí comhshaoil.

Ardán:Illumina NovaSeq6000


Sonraí Seirbhíse

Torthaí Taispeána

Cás-staidéar

Buntáistí Seirbhíse

ØLeithlisiú agus saothrú saor ó phróifíliú pobail mhiocróbach

ØTaifeach ard maidir le speicis íseal-raidhse a bhrath i samplaí comhshaoil

ØComhtháthaíonn an smaoineamh “meitea-” gach gné bhitheolaíoch ag leibhéal feidhme, leibhéal speiceas agus leibhéal géine, rud a léiríonn dearcadh dinimiciúil atá níos gaire don réaltacht.

ØTá taithí ollmhór ag BMK i gcineálacha éagsúla samplaí agus próiseáladh breis agus 10,000 sampla.

Sonraíochtaí Seirbhíse

SeicheamhúArdán

Leabharlann

Toradh sonraí molta

Am slánúcháin measta

Tiománaí Illumina NovaSeq 6000

PE250

Clibeanna 50K/100K/300K

30 Lá

Anailísí bithfhaisnéisíochta

üRialú cáilíochta sonraí amh

üComhthionól metagenome

üTacar géine agus anótáil nach bhfuil iomarcach

üAnailís ar éagsúlacht speiceas

üAnailís ar éagsúlacht fheidhm ghéiniteach

üAnailís idirghrúpa

üAnailís comhlachais i gcoinne fachtóirí turgnamhacha

2

Riachtanais Samplacha agus Seachadadh

Riachtanais Shamplacha:

Le haghaidhsleachta DNA:

Cineál Samplach

Méid

Tiúchan

Íonachta

sleachta DNA

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Le haghaidh samplaí comhshaoil:

Cineál samplach

Nós imeachta samplála molta

Ithir

Méid samplála: thart.5 g;Ní mór an tsubstaint withered atá fágtha a bhaint den dromchla;Meilt píosaí móra agus pas a fháil trí scagaire 2 mm;Aliquot samplaí in EP-feadán steiriúil nó cyrotube le haghaidh áirithinte.

Feces

Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus tabhair samplaí in EP-fheadán nó cryotube steiriúil lena áirithint.

Ábhar stéig

Ní mór samplaí a phróiseáil faoi riocht aiseipteach.Nigh an fíochán bailithe le PBS;Déan an PBS a lártheifneoir agus bailigh an deascán i bhfeadáin PE.

Sloda

Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus lig an sampla sloda in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena chur in áirithe

Dobharlach

Le haghaidh sampla le méid teoranta miocróbach, mar shampla uisce sconna, uisce tobair, etc., Bailigh 1 L uisce ar a laghad agus pas a fháil trí scagaire 0.22 μm chun miocróbach a shaibhriú ar an membrane.Stóráil an membrane i bhfeadán steiriúil.

Craiceann

Déan dromchla craiceann a scrapeadh go cúramach le swab cadáis steiriúla nó lann máinliachta agus cuir i bhfeadán steiriúil é.

Seachadadh Samplach Molta

Reo na samplaí i nítrigine leachtach ar feadh 3-4 uair an chloig agus a stóráil i nítrigine leachtach nó -80 céim go áirithinte fadtéarmach.Tá gá le seoladh samplach le h-oighear tirim.

Sreabhadh Oibre Seirbhíse

logo_02

Seachadadh samplach

logo_04

Tógáil leabharlainne

logo_05

Seicheamhú

logo_06

Anailís sonraí

logo_07

Seirbhísí iar-díola


  • Roimhe Seo:
  • Ar Aghaidh:

  • 1.Histogram: Dáileadh speiceas

    3

    Géin 2.Feidhmeacha atá anótáilte do bhealaí meitibileach KEGG

    4

    Léarscáil 3.Heat: Feidhmeanna difreálach bunaithe ar raidhse géine coibhneasta54.Circos de ghéinte friotaíochta antaibheathach CARD

    6

    Cás BMK

    Leitheadúlacht ghéinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach agus pataiginí baictéaracha feadh chontanam fréimhe mangairí na hithreach

    Foilsithe:Iris na nÁbhar Guaiseach, 2021

    Straitéis seicheamhaithe:

    Ábhair:Sleachta DNA de cheithre bhlúire de shamplaí a bhaineann le fréamhacha mangarbh: ithir neamhphlandaithe, riosféar, urranna eipisféir agus ionsféar
    Ardán: Illumina HiSeq 2500
    Spriocanna: Metagenome
    16S rRNA géine V3-V4 réigiún

    Príomhthorthaí

    Próiseáladh seicheamhú metagenomic agus próifíliú meiteabharchódaithe ar chontanam fréimhe ithreach na n-óg óga mangairí chun staidéar a dhéanamh ar scaipeadh géinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach (ARGanna) ón ithir go plandaí.Léirigh sonraí metagenomic go raibh 91.4% de ghéinte friotaíochta antaibheathach aitheanta go coitianta sna ceithre urrann ithreach a luadh thuas, rud a léirigh faisean leanúnach.Ghin seicheamh aimplicon 16S rRNA 29,285 seicheamh, rud a sheasann do 346 speiceas.Ag comhcheangal le próifíliú speiceas trí sheicheamhú amplicon, fuarthas amach go raibh an scaipeadh seo neamhspleách ar mhicribhiota a bhaineann leis an bhfréamh, ach d’fhéadfaí é a éascú trí shoghluaiste d’eilimintí géiniteacha.Shainaithin an staidéar seo an sreabhadh ARGanna agus pataigin ón ithir isteach sna plandaí trí chontanam idirnasctha na fréamhacha ithreach.

    Tagairt

    Wang, C. , Hu, R. , Láidir, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Leitheadúlacht ghéinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach agus pataiginí baictéaracha feadh chontanam fréimhe na hithreach-mangrove.Iris na nÁbhar Guaiseach, 408, 124985.

    fháil ceanglófar

    Scríobh do theachtaireacht anseo agus seol chugainn é

    Seol do theachtaireacht chugainn: