Seicheamhú Metagenomic (NGS)
Buntáistí Seirbhíse
ØLeithlisiú agus saothrú saor ó phróifíliú pobail mhiocróbach
ØTaifeach ard maidir le speicis íseal-raidhse a bhrath i samplaí comhshaoil
ØComhtháthaíonn an smaoineamh “meitea-” gach gné bhitheolaíoch ag leibhéal feidhme, leibhéal speiceas agus leibhéal géine, rud a léiríonn dearcadh dinimiciúil atá níos gaire don réaltacht.
ØTá taithí ollmhór ag BMK i gcineálacha éagsúla samplaí agus próiseáladh breis agus 10,000 sampla.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| SeicheamhúArdán | Leabharlann | Toradh sonraí molta | Am slánúcháin measta |
| Tiománaí Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Clibeanna 50K/100K/300K | 30 Lá |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
üRialú cáilíochta sonraí amh
üComhthionól metagenome
üTacar géine agus anótáil nach bhfuil iomarcach
üAnailís ar éagsúlacht speiceas
üAnailís ar éagsúlacht fheidhm ghéiniteach
üAnailís idirghrúpa
üAnailís comhlachais i gcoinne fachtóirí turgnamhacha
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Le haghaidhsleachta DNA:
| Cineál Samplach | Méid | Tiúchan | Íonachta |
| sleachta DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Le haghaidh samplaí comhshaoil:
| Cineál samplach | Nós imeachta samplála molta |
| Ithir | Méid samplála: thart.5 g;Ní mór an tsubstaint withered atá fágtha a bhaint den dromchla;Meilt píosaí móra agus pas a fháil trí scagaire 2 mm;Aliquot samplaí in EP-feadán steiriúil nó cyrotube le haghaidh áirithinte. |
| Feces | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus tabhair samplaí in EP-fheadán nó cryotube steiriúil lena áirithint. |
| Ábhar stéig | Ní mór samplaí a phróiseáil faoi riocht aiseipteach.Nigh an fíochán bailithe le PBS;Déan an PBS a lártheifneoir agus bailigh an deascán i bhfeadáin PE. |
| Sloda | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus lig an sampla sloda in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena chur in áirithe |
| Dobharlach | Le haghaidh sampla le méid teoranta miocróbach, mar shampla uisce sconna, uisce tobair, etc., Bailigh 1 L uisce ar a laghad agus pas a fháil trí scagaire 0.22 μm chun miocróbach a shaibhriú ar an membrane.Stóráil an membrane i bhfeadán steiriúil. |
| Craiceann | Déan dromchla craiceann a scrapeadh go cúramach le swab cadáis steiriúla nó lann máinliachta agus cuir i bhfeadán steiriúil é. |
Seachadadh Samplach Molta
Reo na samplaí i nítrigine leachtach ar feadh 3-4 uair an chloig agus a stóráil i nítrigine leachtach nó -80 céim go áirithinte fadtéarmach.Tá gá le seoladh samplach le h-oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
1.Histogram: Dáileadh speiceas
Géin 2.Feidhmeacha atá anótáilte do bhealaí meitibileach KEGG
Léarscáil 3.Heat: Feidhmeanna difreálach bunaithe ar raidhse géine coibhneasta
4.Circos de ghéinte friotaíochta antaibheathach CARD
Cás BMK
Leitheadúlacht ghéinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach agus pataiginí baictéaracha feadh chontanam fréimhe mangairí na hithreach
Foilsithe:Iris na nÁbhar Guaiseach, 2021
Straitéis seicheamhaithe:
Ábhair:Sleachta DNA de cheithre bhlúire de shamplaí a bhaineann le fréamhacha mangarbh: ithir neamhphlandaithe, riosféar, urranna eipisféir agus ionsféar
Ardán: Illumina HiSeq 2500
Spriocanna: Metagenome
16S rRNA géine V3-V4 réigiún
Príomhthorthaí
Próiseáladh seicheamhú metagenomic agus próifíliú meiteabharchódaithe ar chontanam fréimhe ithreach na n-óg óga mangairí chun staidéar a dhéanamh ar scaipeadh géinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach (ARGanna) ón ithir go plandaí.Léirigh sonraí metagenomic go raibh 91.4% de ghéinte friotaíochta antaibheathach aitheanta go coitianta sna ceithre urrann ithreach a luadh thuas, rud a léirigh faisean leanúnach.Ghin seicheamh aimplicon 16S rRNA 29,285 seicheamh, rud a sheasann do 346 speiceas.Ag comhcheangal le próifíliú speiceas trí sheicheamhú amplicon, fuarthas amach go raibh an scaipeadh seo neamhspleách ar mhicribhiota a bhaineann leis an bhfréamh, ach d’fhéadfaí é a éascú trí shoghluaiste d’eilimintí géiniteacha.Shainaithin an staidéar seo an sreabhadh ARGanna agus pataigin ón ithir isteach sna plandaí trí chontanam idirnasctha na fréamhacha ithreach.
Tagairt
Wang, C. , Hu, R. , Láidir, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Leitheadúlacht ghéinte frithsheasmhachta in aghaidh antaibheathach agus pataiginí baictéaracha feadh chontanam fréimhe na hithreach-mangrove.Iris na nÁbhar Guaiseach, 408, 124985.
