Seicheamhú Meitagéineamach-TGS
Is bailiúchán d'ábhar géiniteach pobail mheasctha orgánach é meitigéinóm, amhail meitigéinóm comhshaoil agus daonna. Tá géanóim miocrorgánach saothraithe agus neamh-saothraithe ann. Cuireann seicheamhú meitigéineomach ar chumas staidéar a dhéanamh ar na tírdhreacha géanómacha casta seo atá leabaithe i samplaí éiceolaíocha trí níos mó ná próifíliú tacsanomaíoch a sholáthar. Cuireann sé dearcadh géanómach feidhmiúil ar fáil freisin trí iniúchadh a dhéanamh ar na géinte ionchódaithe agus a róil ionchasacha i bpróisis chomhshaoil. Cé gur úsáideadh cur chuige traidisiúnta gunna gráin le seicheamhú Illumina go forleathan i staidéir mheitiigéineomach, tá teacht chun cinn seicheamhú léite fada Nanopore agus PacBio tar éis an réimse a athrú. Feabhsaíonn teicneolaíocht Nanopore agus PacBio anailísí bithfhaisnéise iartheachtach, go háirithe tionól meitigéinóm, rud a chinntíonn tionóil níos leanúnaí. Léiríonn tuarascálacha gur ghin meitigéinómaíocht bunaithe ar Nanopore agus PacBio géanóim bhaictéaracha iomlána agus dúnta ó mhicribhithóim chasta (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Soláthraíonn comhtháthú léamhanna Nanopore le léamhanna Illumina cur chuige straitéiseach maidir le ceartú earráide, rud a mhaolaíonn cruinneas íseal Nanopore. Baineann an teaglaim sineirgisteach seo leas as láidreachtaí gach ardáin seicheamhaithe, ag tairiscint réiteach láidir chun teorainneacha féideartha a shárú agus cruinneas agus iontaofacht anailísí meitigéinómacha a fheabhsú.
Ardán: Nanopore PromethION 48, Illumia agus PacBio Revio
Gnéithe Seirbhíse
● Seicheamhú léamh fada ar Nanopore P48 (leabharlann 10Kb); PacBio Revio (leabharlann 8Kb)
● Ceartú earráide: seicheamhú ar Illumina NovaSeq (leabharlann PE150)
Buntáistí Seirbhíse
●Tionól Meitigéinóm Ardchaighdeáin:Le níos lú contigs a bhfuil leanúnachas níos airde acu.
●Cruinneas Níos Airde:Aitheantas speiceas agus tuar géine feidhmiúil.
●Tionól FeabhsaitheÉascú ar leithlisiú géanóim baictéarach agus anailís chomparáideach meitegeanóim.
●Anailís Chuimsitheach ar Bhithfhaisnéisíocht:Ní hamháin go bhfuil ár n-anailís dírithe ar éagsúlacht tacsanomaíoch ach ar éagsúlacht fheidhmiúil an phobail chomh maith.
●Taithí FhairsingTugann ár bhfoireann réimse leathan taithí chuig gach tionscadal, agus tá taifead acu maidir le tionscadail mheiteaigéineamacha iomadúla a dhúnadh go rathúil i réimsí taighde éagsúla agus breis is 200,000 sampla a phróiseáil, agus tugann ár bhfoireann réimse leathan taithí chuig gach tionscadal.
Sonraíochtaí Seirbhíse
| Ardán seicheamhúcháin | Straitéis Seicheamhúcháin | Sonraí molta |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 GB |
| PacBio Revio | 8 kb | 10 / 20 GB |
Riachtanais Shamplacha
| Tiúchan (ng/µL) | Méid iomlán (µg) | Toirt (µL) | |
| Leabharlann Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Leabharlann Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Leabharlann PacBio 8 kb | ≥50 | 10 µg/ceall | ≥20 |
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Áirítear an anailís seo a leanas:
● Rialú Cáilíochta Sonraí Seicheamhúcháin
● Tionól Meitegéinóim agus Réamhaisnéis Géine
● Anótáil Géine
● Anailís Éagsúlachta Alfa Tacsanomaíoch
● Anailís Fheidhmiúil an Phobail: Feidhm Bhitheolaíoch, Meitibileach, Friotaíocht in aghaidh Antaibheathach
● Anailís ar Éagsúlacht Fheidhmiúil agus Tacsanomaíoch araon:
Anailís Éagsúlachta Béite
Anailís Idirghrúpa
Anailís Chomhghaolmhaireachta: idir fachtóirí comhshaoil agus comhdhéanamh agus éagsúlacht OUT
Dáileadh tacair géine neamh-iomarcach:
Anótáil géine: conair KEGG
Anótáil géine: eggNOG
Anótáil géine: carbaihiodráití CAZY
Líonra comhghaolmhaireachta speiceas:
Scrúdaigh na dul chun cinn atá éascaithe ag seirbhís seicheamhú meitigéineamaíoch BMKGene le Nanopore + Illumina leis an bhfoilseachán seo:
Jin, H. et al. (2023) 'Achoimre gheanóim ardchaighdeáin ar mhicribhitheam gut an duine de chuid Mhongólaigh Istigh', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), lgh 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
