16S/18S/ITS Seicheamhú Amplicon-NGS
Buntáistí Seirbhíse
● Gan aonrú agus sainaithint tapa ar chomhdhéanamh miocróbach i samplaí comhshaoil
● Ard-réiteach i gcomhpháirteanna íseal-flúirseach i samplaí comhshaoil
● An QIIME2 is déanaí ag déanamh anailíse ar shreabhadh le hanailísí éagsúla i dtéarmaí bunachar sonraí, nótaí, OTU/ASV.
● Ard-thréchur, cruinneas níos airde
● Infheidhme maidir le staidéir éagsúla pobail mhiocróbacha
● Tá taithí fhairsing ag BMK le níos mó ná 100,000 sampla / bliain, ag clúdach ithir, uisce, gás, sloda, feces, inní, craiceann, brat choipeadh, feithidí, plandaí, etc.
● D’éascaigh BMKCloud léirmhíniú sonraí ina raibh 45 uirlis anailíse phearsantaithe
Sonraíochtaí Seirbhíse
| SeicheamhúArdán | Leabharlann | Toradh sonraí molta | Am slánúcháin measta |
| Ardán Illumina NovaSeq | PE250 | Clibeanna 50K/100K/300K | 30 Lá |
Anailísí bithfhaisnéisíochta
● Rialú cáilíochta sonraí amh
● Cnuasú OTU/Dí-thorann (ASV)
● Nóta OTU
● Éagsúlacht alfa
● Éagsúlacht béite
● Anailís idirghrúpa
● Anailís comhlachais i gcoinne fachtóirí turgnamhacha
● Tuar géine feidhme
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
Riachtanais Shamplacha:
Le haghaidhsleachta DNA:
| Cineál Samplach | Méid | Tiúchan | Íonachta |
| sleachta DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Le haghaidh samplaí comhshaoil:
| Cineál samplach | Nós imeachta samplála molta |
| Ithir | Méid samplála: thart.5 g;Ní mór an tsubstaint withered atá fágtha a bhaint den dromchla;Meilt píosaí móra agus pas a fháil trí scagaire 2 mm;Samplaí Aliquot in EP-feadán steiriúil nó cyrotube le haghaidh áirithinte. |
| Feces | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus tabhair samplaí in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena áirithint. |
| Ábhar stéig | Ní mór samplaí a phróiseáil faoi riocht aiseipteach.Nigh an fíochán bailithe le PBS;Déan an PBS a lártheifneoir agus bailigh an deascán i bhfeadáin PE. |
| Sloda | Méid samplála: thart.5 g;Bailigh agus lig an sampla sloda in EP-fheadán steiriúil nó i gcriootube lena chur in áirithe |
| Dobharlach | Le haghaidh sampla le méid teoranta miocróbach, mar shampla uisce sconna, uisce tobair, etc., Bailigh 1 L uisce ar a laghad agus pas a fháil trí scagaire 0.22 μm chun miocróbach a shaibhriú ar an membrane.Stóráil an membrane i bhfeadán steiriúil. |
| Craiceann | Déan dromchla craiceann a scrapeadh go cúramach le swab cadáis steiriúla nó lann máinliachta agus cuir i bhfeadán steiriúil é. |
Seachadadh Samplach Molta
Reo na samplaí i nítrigine leachtach ar feadh 3-4 uair an chloig agus a stóráil i nítrigine leachtach nó -80 céim go áirithinte fadtéarmach.Tá gá le seoladh samplach le h-oighear tirim.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Seachadadh samplach
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Dáileadh 1.Species
Léarscáil 2.Heat: Cnuasú saibhreas speiceas
Cuar dhruid 3.Rare
Anailís 4.NMDS
Anailís 5.Lefse
Cás BMK
Léiríonn Daoine Aonair Murtacha a bhfuil agus nach bhfuil Diaibéiteas Cineál 2 acu cumas feidhme agus comhdhéanamh miocróbach gut difriúil
Foilsithe:Cell Host & Microbe, 2019
Straitéis seicheamhaithe:
Neamh-diaibéitis bharainneach (n=633);Otrach neamh-diaibéiteas (n=494);Diaibéiteas Otrach-Chineál 2 (n=153);
Sprioc-réigiún: 16S rDNA V1-V2
Ardán: Illumina Miseq (seicheamh aimplicon bunaithe ar NGS)
Cuireadh fo-thacar de eastóscáin DNA faoi sheicheamh meiteanómach ar Illumina Hiseq
Príomhthorthaí
Rinneadh idirdhealú rathúil ar phróifílí miocróbacha na ngalar meitibileach seo.
Trí ghnéithe miocróbach a ghintear trí sheicheamhú 16S a chur i gcomparáid, fuarthas go raibh baint ag murtall le hathruithe ar chomhdhéanamh miocróbach, gnéithe aonair, go háirithe laghdú suntasach ar Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. Ina theannta sin, fuarthas go raibh baint ag T2D le méadú ar Escherichia/shigella .
Tagairt
Thingholm, LB , et al.“Taispeánann Daoine Aonair Otrach a bhfuil Diaibéiteas Cineál 2 acu agus nach bhfuil Diaibéiteas Cineál 2 acu Cumas Feidhmiúil agus Comhdhéanamh Éagsúil Miocróbach Guta.”Óstach Cill & Miocrób26.2(2019).
