Seicheamh fada neamhchódaithe-Illumina
Buntáistí Seirbhíse
● Buntáistí Seirbhíse
● Ceall sonrach agus fíocháin
● Cuireann céim shonrach athrú dinimiciúil in iúl agus cuireann sé i láthair é
● Patrúin chruinne a bhaineann le léiriú ama agus spáis
● Comhanailís le sonraí mRNA.
● Seachadadh torthaí bunaithe ar BMKCloud: Mianadóireacht sonraí saincheaptha ar fáil ar an ardán.
● Seirbhísí iar-díola bailí ar feadh 3 mhí ar chríochnú an tionscadail
Riachtanais Samplacha agus Seachadadh
| Leabharlann | Ardán | Sonraí molta | Sonraí QC |
| ídiú rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Méid (μg) | Íonachta | Ionracas |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Éilliú próitéine nó DNA teoranta nó gan aon a thaispeáint ar fhoirmiú. | I gcás plandaí: RIN≥6.5; I gcás ainmhithe: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ingearchló bunlíne teoranta nó gan aon |
Núicléatídí:
Fíochán: Meáchan (tirim): ≥1 g
* I gcás fíocháin níos lú ná 5 mg, molaimid sampla fíocháin reoite (i nítrigin leachtach) a sheoladh.
Fionraí cille: Comhaireamh cille = 3×107
* Molaimid lysate cille reoite a longáil.Sa chás go n-áireofar an chill sin níos lú ná 5×105, moltar flash reoite i nítrigine leachtach.
Samplaí fola:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRizol agus 2mL fola (TRIzol: Blood=3:1)
Seachadadh Samplach Molta
Coimeádán: feadán lártheifneoir 2 ml (Ní mholtar scragall stáin)
Lipéadú samplach: Grúpa+ a mhacasamhlú m.sh. A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Loingsiú:
1.Dry-oighear: Ní mór samplaí a phacáil i málaí agus a chur faoi oighear tirim.
Feadáin 2.RNAstable: Is féidir samplaí RNA a thriomú i bhfeadán cobhsaíochta RNA (m.sh. RNAstable®) agus a sheoladh i dteocht an tseomra.
Sreabhadh Oibre Seirbhíse
Dearadh turgnaimh
Seachadadh samplach
eastóscadh RNA
Tógáil leabharlainne
Seicheamhú
Anailís sonraí
Seirbhísí iar-díola
Bithfhaisnéisíocht
Aicmiú 1.LncRNA
Rinneadh LncRNA tuartha ag na ceithre bhogearraí thuas a rangú i 4 chatagóir: lincRNA, frith-chiall-LncRNA, intronic-LncRNA;ciall-LncRNA.Léiríodh aicmiú LncRNA sa histeagram thíos.
Aicmiú LncRNA
2.Cis-spriocdhírithe ar ghéinte anailíse saibhrithe DE-lncRNA
Fostaíodh ClusterProfiler in anailís saibhrithe GO ar ghéinte cis-dhírithe de lncRNA (DE-lncRNA) arna léiriú go difreálach, i dtéarmaí próisis bhitheolaíocha, feidhmeanna móilíneacha agus comhpháirteanna ceallacha.Is próiseas é anailís saibhrithe GO chun téarmaí GO saibhrithe suntasach atá dírithe ar DEG a aithint i gcomparáid le genome iomlán.Cuireadh na téarmaí saibhrithe i láthair i histeagram, i gcairt mboilgeog, etc. mar a thaispeántar thíos.
Géinte Cis-spriocdhírithe anailíse saibhrithe DE-lncRNA - Cairt mboilgeog
3. Trí chomparáid a dhéanamh idir fad, uimhir exon, ORF agus méid slonn mRNA agus lncRNA, is féidir linn na difríochtaí i struchtúr, seicheamh agus mar sin de eatarthu a thuiscint, agus freisin a fhíorú an gcomhlíonann an lncRNA úrscéal atá tuartha againn na saintréithe ginearálta.
Cás BMK
Próifíl slonn lncRNA dírialaithe in adenocarcinomas scamhóg na luiche le sóchán KRAS-G12D agus bualadh P53
Foilsithe:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Straitéis seicheamhaithe
Illumina
Bailiúchán samplach
Fuarthas na cealla NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) agus cealla rialaithe diúltach (sh-Scr) ar lá 6 d'ionfhabhtú víreasach ar leith.
Príomhthorthaí
Imscrúdaíonn an staidéar seo na lncRNAs a chuirtear in iúl go haerach in adenocarcinoma scamhóg na luiche le cnag amach P53 agus an sóchán KrasG12D.
Cuireadh 1.6424 lncRNAs in iúl go difreálach (≥ athrú faoi dhó, P < 0.05).
2.I measc na 210 lncRNAs (FC≥8) go léir, rialaíodh abairt 11 lncRNAs ag P53, 33 lncRNAs ag KRAS agus 13 lncRNAs ag hypoxia sna cealla KP bunscoile, faoi seach.
Braitheadh 3.NONMMUT015812, a bhí thar a bheith suas-rialaithe san adenocarcinoma scamhóg luch agus a rialaíodh go diúltach ag an ath-léiriú P53, chun anailís a dhéanamh ar a fheidhm cheallacha.
Laghdaigh 4.Knockdown of NONMMUT015812 ag shRNAs iomadú agus cumas imirce cealla KP.Oncogene féideartha ab ea NONMMUT015812.
 Anailís conair KEGG ar na géinte léirithe go difreálach i gcealla KP NONMMUT015812-knockdown |  Anailís Géine Ontology ar na géinte léirithe go difreálach i gcealla KP NONMMUT015812-knockdown |
Tagairt
Próifíl slonn lncRNA dírialaithe in adenocarcinomas scamhóg na luiche le sóchán KRAS-G12D agus knockout P53[J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
