Mappa tas-sħana
Il-fajl tad-dejta tal-matriċi jintuża għat-tpinġija tal-mappa tas-sħana, li tista 'tiffiltra, tinnormalizza u tiġbor id-dejta tal-matriċi.Jintuża l-aktar għall-analiżi tal-clusters tal-livell tal-espressjoni tal-ġeni bejn kampjuni differenti.
Annotazzjoni tal-Ġene
L-annotazzjoni tal-funzjoni tal-ġeni titwettaq billi s-sekwenzi tal-immappjar fil-fajl FASTA kontra database varji.
Annotazzjoni tal-Ġene
Għodda Bażika ta' Tiftix ta' Allinjament Lokali
CDS_UTR_Tbassir
Din l-għodda hija mfassla biex tbassar reġjuni ta 'kodifikazzjoni (CDS) u reġjuni mhux kodifikanti (UTR) f'sekwenzi ta' traskrizzjoni partikolari bbażati fuq blasting kontra database ta 'proteini magħrufa u tbassir ORF.
Manhattan Plot
Il-plott ta 'Manhattan jippermetti l-wiri ta' dejta b'numru kbir ta 'punti ta' dejta.Huwa komunement użat fi studji ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu (GWAS).
Circos
Id-dijagramma CIRCOS tippermetti preżentazzjoni diretta ta 'distribuzzjonijiet SNP, InDeL, SV, CNV fuq il-ġenoma.
GO_Arrikkiment
TopGO hija għodda mfassla għall-arrikkiment funzjonali.Il-pakkett TopGO-Bioconductor jikkonsisti analiżi ta 'espressjoni differenzjali, analiżi ta' arrikkiment GO u viżwalizzazzjoni tar-riżultati.Se jiġġenera folder b'output jismu "Graph", li fih riżultati għal topGO_BP, topGO_CC u topGO_MF.
WGCNA
WGCNA huwa metodu ta 'tħaffir tad-dejta użat ħafna biex jiskopru moduli ta' ko-espressjoni tal-ġeni.Huwa applikabbli għal sett ta' dejta tal-espressjoni varji inkluż dejta tal-mikroarray u dejta tal-espressjoni tal-ġeni oriġinaw minn sekwenzar tal-ġenerazzjoni li jmiss.
InterProScan
Analiżi u klassifikazzjoni tas-sekwenza tal-proteini InterPro
GO_KEGG_Arrikkiment
Din l-għodda hija mfassla biex tiġġenera istogramma ta’ arrikkiment GO, istogramma ta’ arrikkiment KEGG u mogħdija ta’ arrikkiment KEGG ibbażata fuq sett ta’ ġeni pprovduti u annotazzjoni korrispondenti.