Mappa tas-Sħana
L-għodda Heatmap taċċetta fajl ta' dejta matriċi bħala input u tippermetti lill-utenti jiffiltraw, jinnormalizzaw u jiġbru d-dejta f'raggruppamenti. Il-każ ta' użu primarju għall-heatmaps huwa l-analiżi ta' raggruppamenti tal-livell ta' espressjoni tal-ġeni bejn kampjuni differenti.
Annotazzjoni tal-Ġeni
L-għodda tal-Annotazzjoni tal-Ġeni twettaq annotazzjoni tal-ġeni bbażata fuq l-allinjament tas-sekwenza tal-fajls FASTA tad-dħul ma' diversi databases.
Għodda Bażika ta' Tiftix ta' Allinjament Lokali (BLAST)
L-għodda BLAST hija verżjoni integrata tal-BMKCloud tal-NCBI BLAST u tista' tintuża biex twettaq l-istess funzjonijiet bl-użu tad-dejta mtella' fil-kont tal-BMKCloud.
Tbassir tas-CDS_UTR
L-għodda ta' Tbassir CDS_UTR hija mfassla biex tbassar reġjuni kodifikanti (CDS) u reġjuni mhux kodifikanti (UTR) f'sekwenzi ta' traskrizzjoni mogħtija bbażati fuq riżultati BLAST kontra databases ta' proteini magħrufa u riżultati ta' tbassir ORF.
Plott ta' Manhattan
L-għodda Manhattan Plot tippermetti l-wiri ta' esperimenti b'kampjuni għoljin u tintuża komunement fi studji ta' assoċjazzjoni fuq skala ġenomika (GWAS).
Dijagramma taċ-Ċirkos
L-għodda tad-Dijagramma CIRCOS tipprovdi viżwalizzazzjoni effiċjenti ta' kif il-karatteristiċi ġenomiċi huma mqassma madwar il-ġenoma. Karatteristiċi komuni jinkludu loci kwantitattivi, SNPs, InDels, varjanti strutturali u tan-numru tal-kopji.
Arrikkiment tal-Ontoloġija tal-Ġeni (GO)
L-għodda GO Enrichment tipprovdi analiżi ta' arrikkiment funzjonali. Is-softwer primarju f'din l-għodda huwa l-pakkett TopGO-Bioconductor, li jinkludi analiżi ta' espressjoni differenzjali, analiżi ta' arrikkiment GO u viżwalizzazzjoni tar-riżultati.
Analiżi tan-Netwerk ta' Koespressjoni tal-Ġeni Ponderata (WGCNA)
Il-WGCNA huwa metodu ta' tħaffir tad-dejta użat ħafna għall-iskoperta ta' moduli ta' ko-espressjoni tal-ġeni. Huwa applikabbli għal diversi settijiet ta' dejta ta' espressjoni inkluż dejta ta' espressjoni tal-ġeni ta' microarray u NGS.
InterProScan
L-għodda InterProScan tipprovdi analiżi u klassifikazzjoni tas-sekwenza tal-proteini InterPro.
Arrikkiment GO KEGG
L-għodda ta' Arrikkiment GO KEGG hija ddisinjata biex tiġġenera istogramma ta' arrikkiment GO, istogramma ta' arrikkiment KEGG u mogħdija ta' arrikkiment KEGG ibbażata fuq sett ta' ġeni pprovdut u annotazzjoni korrispondenti.
