lncrna

RNAs twal mhux kodifikanti (lncRNA) huma RNAs itwal minn 200 nukleotide b'potenzjal baxx ta' kodifikazzjoni iżda b'funzjonijiet regolatorji kritiċi. Il-pipeline BMKCloud lncRNA huwa ddisinjat biex janalizza libreriji mnaqqsa mill-rRNA b'ġenoma ta' referenza ta' kwalità għolja u annotata sew, billi janalizza lncRNA u l-espressjoni tal-mRNA flimkien. Wara t-tirqim tal-qari u l-kontroll tal-kwalità, il-qari jiġi allinjat mal-ġenoma ta' referenza biex jiġbru traskrizzjonijiet, u analiżi sussegwenti tal-istruttura tal-ġeni tiżvela splicing alternattiv u ġeni ġodda. It-traskrizzjonijiet jiġu identifikati bħala mRNAs jew lncRNAs, u l-analiżi tal-espressjoni differenzjali tidentifika lncRNAs espressi b'mod differenzjali, il-miri tagħhom u l-ġeni espressi b'mod differenzjali (DEGS). Kemm id-DEGs kif ukoll il-miri tal-lncRNA espressi b'mod differenzjali huma annotati b'mod funzjonali biex jinstabu kategoriji funzjonali arrikkiti.