16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Vantaġġi tas-Servizz
● Identifikazzjoni mingħajr iżolament u rapida tal-kompożizzjoni tal-mikrobi f'kampjuni ambjentali
● Riżoluzzjoni għolja f'komponenti baxxi abbundanti f'kampjuni ambjentali
● L-aħħar QIIME2 li janalizza l-fluss b'analiżi differenti f'termini ta 'database, annotazzjoni, OTU/ASV.
● High-throughput, preċiżjoni ogħla
● Applikabbli għal diversi studji tal-komunità mikrobjali
● BMK għandha esperjenza estensiva b'aktar minn 100,000 kampjun/sena, li tkopri ħamrija, ilma, gass, ħama, ħmieġ, imsaren, ġilda, brodu tal-fermentazzjoni, insetti, pjanti, eċċ.
● BMKCloud iffaċilita l-interpretazzjoni tad-dejta li fiha 45 għodda ta' analiżi personalizzata
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| SekwenzarPjattaforma | Librerija | Rendiment ta' data rakkomandat | Ħin stmat għat-tibdil |
| Pjattaforma Illumina NovaSeq | PE250 | Tags 50K/100K/300K | 30 Jum |
Analiżi tal-bijoinformatika
● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata
● Raggruppament OTU/De-noise (ASV)
● Annotazzjoni OTU
● Alpha diversità
● Diversità Beta
● Analiżi bejn il-gruppi
● Analiżi ta 'assoċjazzjoni kontra fatturi sperimentali
● Tbassir tal-ġeni tal-funzjoni
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
Rekwiżiti tal-Kampjun:
GħalEstratti tad-DNA:
| Tip ta' Kampjun | Ammont | Konċentrazzjoni | Purità |
| Estratti tad-DNA | > 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Għal kampjuni ambjentali:
| Tip ta' kampjun | Proċedura ta' teħid ta' kampjuni rakkomandata |
| Ħamrija | Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Is-sustanza nixfin li jifdal jeħtieġ li titneħħa mill-wiċċ;Itħan biċċiet kbar u għaddi minn filtru ta’ 2 mm;Kampjuni alikwot f'tubu EP sterili jew cyrotube għar-riżervazzjoni. |
| Ħmieġ | Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjuni f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni. |
| Kontenut intestinali | Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu pproċessati taħt kundizzjoni asettika.Aħsel it-tessut miġbur b'PBS;Iċċentrifuga l-PBS u iġbor il-preċipitant f'tubi EP. |
| Ħama | Ammont tal-kampjun: madwar.5 g;Iġbor u alikwot kampjun tal-ħama f'tubu EP sterili jew krijotubu għar-riżervazzjoni |
| Korp tal-ilma | Għal kampjun b'ammont limitat ta 'mikrobi, bħal ilma tal-vit, ilma tajjeb, eċċ., Iġbor mill-inqas 1 L ilma u għaddi minn filtru ta' 0.22 μm biex tarrikkixxi l-mikrobi fuq il-membrana.Aħżen il-membrana f'tubu sterili. |
| Ġilda | Obrox bir-reqqa l-wiċċ tal-ġilda b'tampun tal-qoton sterili jew xafra kirurġika u poġġiha f'tubu sterili. |
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Iffriża l-kampjuni fin-nitroġenu likwidu għal 3-4 sigħat u aħżen f'nitroġenu likwidu jew -80 grad għal riżerva fit-tul.It-tbaħħir tal-kampjuni bis-silġ niexef huwa meħtieġ.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
1.Distribuzzjoni tal-ispeċi
2.Mappa tas-sħana: Raggruppament tar-rikkezza tal-ispeċi
3.Rare fazzjoni kurva
4.Analiżi NMDS
Analiżi 5.Lefse
Kawża BMK
Individwi Obeżi bi u mingħajr Dijabete tat-Tip 2 juru kapaċità u kompożizzjoni funzjonali mikrobjali tal-imsaren differenti
Ippubblikat:Cell Host & Microbe, 2019
Strateġija ta' sekwenzar:
Dgħif mhux dijabete (n=633);Obeżità mhux dijabete (n=494);Dijabete obeża-Tip 2 (n=153);
Reġjun fil-mira: 16S rDNA V1-V2
Pjattaforma: Illumina Miseq (sekwenzjar tal-amplikon ibbażat fuq NGS)
Is-sottosett ta 'estratti tad-DNA ġew soġġetti għal sekwenzar metagenomic fuq Illumina Hiseq
Riżultati ewlenin
Profili mikrobiċi ta 'dan il-mard metaboliku ġew differenzjati b'suċċess.
Billi tqabbel il-karatteristiċi mikrobjali ġġenerati mis-sekwenzjar 16S, l-obeżità nstabet assoċjata ma 'bidliet fil-kompożizzjoni tal-mikrobi, karatteristiċi individwali, speċjalment tnaqqis sinifikanti f'Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, eċċ. Barra minn hekk, T2D instab assoċjat ma' żieda fl-Escherichia/shigella. .
Referenza
Thingholm, LB, et al."Individwi Obeżi bi u mingħajr Dijabete tat-Tip 2 juru Kapaċità u Kompożizzjoni Funzjonali Mikrobiċi tal-Imsaren differenti."Ospitanti taċ-Ċelluli u Mikrobi26.2(2019).
