Sekwenzar tal-Amplikon 16S/18S/ITS-NGS
Karatteristiċi tas-Servizz
● Pjattaforma tas-sekwenzjar: Illumina NovaSeq.
● Amplifikazzjoni ta' reġjuni qosra ta' 16S, 18S u ITS, fost miri oħra ta' amplifikazzjoni.
● Għażliet flessibbli ta' amplikon.
● Esperjenza preċedenti fi proġetti b'miri multipli ta' amplifikazzjoni.
Vantaġġi tas-Servizz
●Mingħajr iżolament:Identifikazzjoni rapida tal-kompożizzjoni mikrobjali f'kampjuni ambjentali.
●Riżoluzzjoni GħoljaF'komponenti b'abbundanza baxxa f'kampjuni ambjentali.
●Applikabbli b'mod wiesa'Studji dwar komunità mikrobjali diversa.
●Analiżi Bijoinformatika KomprensivaL-aħħar pakkett QIIME2 (għarfien kwantitattiv dwar l-ekoloġija mikrobjali) b'analiżijiet diversi f'termini ta' database, annotazzjoni, OTU/ASV.
●Kompetenza EstensivaB'150 elf proġett ta' sekwenzjar ta' amplikon imwettqa kull sena, BMKGENE ġġib magħha aktar minn għaxar snin ta' esperjenza, tim ta' analiżi b'ħiliet għoljin, kontenut komprensiv, u appoġġ eċċellenti ta' wara l-bejgħ.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Librerija | Strateġija ta' Sekwenzar | Dejta rakkomandata |
| Amplikon | Illumina PE250 | Tikketti ta' 50/100/300K (Pari ta' Qari) |
Rekwiżiti tas-Servizz
| Konċentrazzjoni (ng/µL) | Ammont totali (ng) | Volum (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Ħamrija/ħama: 1-2g
● Kontenut intestinali-annimal: 0.5-2g
● Kontenut intestinali-insett: 0.1-0.25g
● Wiċċ tal-pjanta (sediment arrikkit): 0.1-0.5g
● Sediment arrikkit bil-brodu tal-fermentazzjoni): 0.1-0.5g
● Ħmieġ (annimali kbar): 0.5-2g
● Ħmieġ (ġrieden): 3-5 qmuħ
● Fluwidu tal-lavaġġ alveolari pulmonari: karta tal-filtru
● Tampun vaġinali: 5-6 kampjuni
● Tampun tal-ġilda/ġenitali/bżieq/tessut artab orali/tampun farinġali/tampun rettali: 2-3 tampuni
● Mikro-organiżmi tal-wiċċ: karta tal-filtru
● Korp tal-ilma/arja/bijofilm: karta tal-filtru
● Endofiti: 1-2g
● Plakka Dentali: 0.5-1g
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
Jinkludi l-analiżi li ġejja:
- Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata
- Raggruppament tal-OTU / Tnaqqis tal-istorbju (ASV)
- Annotazzjoni tal-OTU
- Analiżi tad-diversità alfa: indiċi multipli, inklużi Shannon, Simpson u ACE.
- Analiżi tad-diversità beta
- Analiżi bejn il-gruppi
- Analiżi tal-korrelazzjoni: bejn fatturi ambjentali u l-kompożizzjoni u d-diversità tal-OUT
- Tbassir tal-ġene funzjonali 16S
Istogramma tad-distribuzzjoni tassonomika
mappa tas-sħana tal-clustering tal-abbundanza tassonomika
Analiżi tad-diversità alfa: kurva tar-rarifikazzjoni
analiżi tad-diversità beta: NMDS
Analiżi intergrupp: Skoperta ta' bijomarkaturi LEFSE
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi tas-sekwenzar tal-amplikoni ta' BMKGene ma' Illumina permezz ta' ġabra kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Dong, C. et al. (2022) 'L-Assemblea, il-Mikrobijota Ewlenija, u l-Funzjoni tal-Mikrobijota tal-Ħamrija u l-Qoxra tar-Riżosfera f'Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Trapjant ta' konsorzji batteriċi sintetiċi għat-trattament tal-vaġinożi batterika indotta minn Gardnerella vaginalis fil-ġrieden', Microbiome, 11(1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. u Liu, H. (2022) 'Mikrobijomi tat-trab tal-arja miġbur matul l-esperiment ta' appoġġ għall-ħajja bijoriġenerattiv magħluq ibbażat fuq l-art "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Abbundanza dipendenti fuq il-materja prima ta' ġeni funzjonali relatati mat-trasformazzjoni tan-nitroġenu kkontrollata t-telf tan-nitroġenu fil-kompostjar', Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
