-
Assemblaġġ tal-Ġenoma T2T | Sekwenzar Ultra Twil
Il-Ġenoma T2T (Telomere-to-Telomere) huwa l-istandard tad-deheb għall-assemblaġġ tal-ġenoma ta' kwalità għolja, li jirreferi għar-rikostruzzjoni tal-ġenoma fuq skala kromosomika mingħajr lakuni jew mingħajr lakuni li testendi minn telomeru għall-ieħor, u li tkisser il-limiti ta' frammentazzjoni tal-assemblaġġ konvenzjonali tal-ġenoma.
Imħaddma minn sekwenzar ta' qari ultra-twil tal-ONT ewlieni u integrata ma' sekwenzar profond multi-pjattaforma u pipelines bijoinformatiċi ottimizzati, is-soluzzjoni BMKGENE T2T Genome timmira lejn l-"reġjuni mudlama" ġenomiċi l-aktar diffiċli biex jiġu trattati — telomeri (kumplessi ta' nukleoproteini speċjalizzati fit-truf tal-kromożomi ewkarjotiċi), ċentromeri ta' organiżmi ogħla (matriċi massivi ta' ripetizzjoni f'tandem), u reġjuni oħra ta' ripetizzjoni kumplessa u aplotip eterożigu, li ilhom ma jistgħux jiġu riżolti għal sekwenzar standard ta' qari twil. B'differenza minn qari twil konvenzjonali li jonqos milli jaqsam dawn ir-reġjuni u jikkawża kollass tas-sekwenza jew contigs kimeriċi, qari ultra-twil tal-ONT jista' jkopri lakuni li ma jistgħux jiġu mmuntati u reġjuni kumplessi. BMKGene hija impenjata li twassal ġenomi T2T mingħajr lakuni jew mingħajr lakuni, ta' kwalità għolja għal speċi diversi.
Il-kostruzzjoni ta' ġenoma T2T tiftaħ reġjuni ġenomiċi kumplessi li qabel ma kinux aċċessibbli, timla lakuni kritiċi fir-riċerka, u tipprovdi dejta fundamentali solida u ta' preċiżjoni għolja għal studji fil-fond inkluż l-evoluzzjoni tal-ispeċi, it-tħaffir funzjonali tal-ġeni, it-tnissil molekulari, il-mediċina ta' preċiżjoni u riċerka xjentifika avvanzata oħra.
-
Proteomika
Il-proteomika tiffoka fuq il-proteini—l-eżekuturi tal-attivitajiet tal-ħajja li għandhom rwol kruċjali fir-regolazzjoni tat-traskrizzjoni tal-organiżmu. Tanalizza l-kompożizzjoni, il-livelli ta' espressjoni, u l-istati ta' modifika tal-proteini kollha li jinbidlu dinamikament fit-tessuti jew fiċ-ċelloli, filwaqt li tindirizza l-impatt sinifikanti tad-dinamika tal-abbundanza tal-proteoma fuq diversi proċessi tal-ħajja. Applikata b'mod wiesa' fil-mediċina, l-agrikoltura, u t-trobbija tal-annimali. Il-Proteomika Kwalitattiva tutilizza t-teknoloġija ta' identifikazzjoni tal-proteini HPLC-MS/MS biex tidentifika kampjuni inklużi strixxi tal-ġel, IP, u kampjuni CO-IP/Pull down. Il-Proteomika Kwantitattiva tikseb kwantifikazzjoni u identifikazzjoni preċiżi tal-proteini kollha espressi minn ġenoma jew f'sistema mħallta kumplessa. It-teknoloġiji proteomiċi kwantitattivi attwali huma prinċipalment kategorizzati f'approċċi ttikkettati (TMT) u mingħajr tikketta (Label Free, DIA, PRM). BMKGENE tipprovdi soluzzjonijiet proteomiċi b'ħafna pjattaformi u b'ħafna teknoloġiji.
-
Metabolomika
Il-metabolomika, dixxiplina downstream tal-ġenomika, timmira prinċipalment lejn sustanzi ta' molekuli żgħar b'piż molekulari ta' inqas minn 1500 Da. Din tippermetti lill-metaboliti jirriflettu r-risponsi tal-organiżmi għal stimuli esterni u bidliet fiżjoloġiċi/patoloġiċi b'mod aktar sensittiv. Bidliet fil-livell tal-metaboliti kkaġunati minn varjazzjonijiet ġenetiċi huma wkoll fl-ambitu tar-riċerka tagħha, u jipprovdu perspettiva ġdida ta' riċerka.
BMKGENE toffri firxa sħiħa ta’ servizzi metabolomiċi, inklużi metabolomiċi mhux immirati, metabolomiċi mmirati b’mod wiesa’, u metabolomiċi mmirati. Bl-użu ta’ kromatografija likwida-spettrometrija tal-massa (LC-MS) jew kromatografija tal-gass-spettrometrija tal-massa (GC-MS), jistgħu jiġu skoperti l-bidliet dinamiċi fil-biċċa l-kbira tal-metaboliti ta’ molekuli żgħar fl-organiżmi qabel u wara stimulazzjoni esterna. Il-qalba ta’ dawn is-servizzi tinsab fl-identifikazzjoni ta’ metaboliti b’differenzi sinifikanti bejn gruppi sperimentali u ta’ kontroll u fl-esplorazzjoni ulterjuri tal-korrelazzjoni tagħhom ma’ bidliet fiżjoloġiċi/patoloġiċi u l-mekkaniżmi sottostanti.
-
Sekwenzar ta' mRNA/LncRNA/CircRNA eżosomali-Illumina
L-eżosomi huma vesikuli żgħar imnixxija miċ-ċelloli, tipikament b'dijametru li jvarja minn 30 sa 100 nanometru. Dawn il-vesikuli fihom diversi RNA. Huwa maħsub li l-eżosomi għandhom rwoli kruċjali fil-komunikazzjoni interċellulari, ir-risponsi immuni, u l-iżvilupp tal-mard, u jistgħu jinfirxu għal partijiet oħra tal-ġisem permezz ta' fluwidi tal-ġisem bħal plażma, bżieq, u awrina. Huma jġorru bijomolekuli speċifiċi biex jirregolaw il-funzjonijiet taċ-ċelloli riċevituri, u jinfluwenzaw l-istati fiżjoloġiċi ċellulari. L-eżosomi huma wkoll meqjusa li għandhom rwoli ewlenin fl-iżvilupp tal-mard, inklużi l-kanċers, il-mard newrodeġenerattiv, u l-kundizzjonijiet infjammatorji. Ir-riċerka fuq l-eżosomi toffri għarfien u metodi ġodda għad-dijanjosi, it-trattament, u l-prevenzjoni tal-mard.
-
Sekwenzar ta' RNA Żgħir Eżosomali-Illumina
L-eżosomi huma vesikuli żgħar imnixxija miċ-ċelloli, tipikament b'dijametru li jvarja minn 30 sa 100 nanometru. Dawn il-vesikuli fihom diversi RNA. Fost it-tipi ta' RNA fl-eżosomi, l-aktar komuni u studjat b'mod estensiv huwa l-mikroRNA (miRNA). Il-miRNA hija klassi ta' RNAs żgħar mhux kodifikanti b'tul ta' madwar 18-25 nukleotide. Huma jimmedjaw is-silenċjar tal-ġeni wara t-traskrizzjoni billi jorbtu mar-reġjun 3′ mhux tradott (3′ UTR) tal-mRNAs fil-mira, u b'hekk jirregolaw l-espressjoni tal-ġeni. Pereżempju, l-eżosomi mnixxija minn ċerti ċelloli tat-tumur fihom miRNAs speċifiċi, bħal miR-126 u miR-92a. Dawn il-miRNAs jistgħu jinfluwenzaw l-espressjoni tal-ġeni fiċ-ċelloli riċevituri u jippromwovu l-anġjoġenesi tat-tumur (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Traskritoma Spazjali
It-traskrittomika spazjali hija teknika li tippermettilna naqbdu u nivviżwalizzaw l-espressjoni tal-ġeni fit-tessuti. Dan jista' jkun kruċjali biex nifhmu kif jinteraġixxu ċ-ċelloli.
Hemm pjattaformi differenti għal dan l-approċċ. Dwar din il-kwistjoni, BMKGene żviluppat BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, pjattaforma li żżid il-prestazzjoni tat-teknika, tilħaq riżoluzzjoni subċellulari u tippermetti setting ta' riżoluzzjoni b'ħafna livelli.
Din iċ-ċippa tinkludi 4.2 miljun tikek bl-użu ta' teknoloġija brevettata ta' mikrobjar f'saffi b'żibeġ mgħobbija b'sondi b'barcode spazjali. B'dan il-metodu, wara l-qbid u l-amplifikazzjoni, niksbu librerija tas-cDNA arrikkita bil-kampjuni bil-barcode li hija kompatibbli ma' Illumina.
Fuq id-dejta, il-kombinazzjoni tal-barcode spazjali u l-UMIs tiżgura l-eżattezza u l-ispeċifiċità tad-dejta ġġenerata. Billi tgħaqqad dak kollu li ntqal hawn fuq, BMKManu jipprovdi setting tad-dejta estremament versatili.
-
Libreriji DNBSEQ magħmula minn qabel
DNBSEQ, żviluppata minn MGI, hija teknoloġija NGS innovattiva li rnexxielha tnaqqas aktar l-ispejjeż tas-sekwenzar u żżid ir-rendiment. Il-preparazzjoni tal-libreriji DNBSEQ tinvolvi l-frammentazzjoni tad-DNA, il-preparazzjoni ta' ssDNA, u l-amplifikazzjoni b'ċirku rolling biex jinkisbu n-nanoballs tad-DNA (DNB). Dawn imbagħad jitgħabbew fuq wiċċ solidu u sussegwentement jiġu sekwenzati permezz ta' Sintesi Probe-Anchor kombinatorja (cPAS). It-teknoloġija DNBSEQ tgħaqqad il-vantaġġi li jkollok rata baxxa ta' żball ta' amplifikazzjoni mal-użu ta' mudelli ta' żball ta' densità għolja bin-nanoballs, li tirriżulta f'sekwenzar b'rendiment u preċiżjoni ogħla.
Is-servizz tagħna ta' sekwenzjar ta' libreriji lesti jippermetti lill-klijenti jħejju libreriji ta' sekwenzjar ta' Illumina minn sorsi diversi (mRNA, ġenoma sħiħa, amplikon, libreriji 10x, fost oħrajn), li jiġu konvertiti f'libreriji MGI fil-laboratorji tagħna biex jiġu sekwenzjati f'DNBSEQ-T7, u b'hekk jippermettu ammonti għoljin ta' dejta bi spejjeż aktar baxxi.
-
Interazzjoni tal-Kromatina bbażata fuq Hi-C
Hi-C huwa metodu ddisinjat biex jaqbad il-konfigurazzjoni ġenomika billi jikkombina interazzjonijiet ibbażati fuq il-prossimità u sekwenzar b'rendiment għoli. Il-metodu huwa bbażat fuq crosslinking tal-kromatina mal-formaldehyde, segwit minn diġestjoni u ri-ligazzjoni b'mod li frammenti biss li huma marbuta b'mod kovalenti jiffurmaw prodotti ta' ligazzjoni. Bis-sekwenzar ta' dawn il-prodotti ta' ligazzjoni, huwa possibbli li tiġi studjata l-organizzazzjoni 3D tal-ġenoma. Hi-C jippermetti l-istudju tad-distribuzzjoni tal-porzjonijiet tal-ġenoma li huma ppakkjati ħafif (kompartimenti A, ewkromatina) u aktar probabbli li jkunu attivi traskrizzjonalment, u r-reġjuni li huma ppakkjati aktar sewwa (kompartimenti B, Eterokromatina). Hi-C jista' jintuża wkoll biex jiġu identifikati Dominji Assoċjati Topoloġikament (TADs), reġjuni tal-ġenoma li għandhom strutturi mitwija u x'aktarx li għandhom mudelli ta' espressjoni simili, u biex jiġu identifikati linji tal-kromatina, reġjuni tad-DNA li huma ankrati flimkien minn proteini u li ħafna drabi huma arrikkiti f'elementi regolatorji. Is-servizz ta' sekwenzjar Hi-C ta' BMKGene jagħti s-setgħa lir-riċerkaturi biex jesploraw id-dimensjonijiet spazjali tal-ġenomika, u b'hekk jiftaħ toroq ġodda għall-fehim tar-regolazzjoni tal-ġenoma u l-implikazzjonijiet tagħha fis-saħħa u l-mard.
-
Soluzzjoni tal-mRNA ta' Tul Sħiħ PacBio 2+3
Filwaqt li s-sekwenzar tal-mRNA bbażat fuq l-NGS huwa għodda versatili għall-kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni, id-dipendenza tiegħu fuq qari qasir tirrestrinġi l-effikaċja tiegħu f'analiżi transkriptomiċi kumplessi. Min-naħa l-oħra, is-sekwenzar ta' PacBio (Iso-Seq) juża teknoloġija ta' qari twil, li jippermetti s-sekwenzar ta' traskrizzjonijiet tal-mRNA ta' tul sħiħ. Dan l-approċċ jiffaċilita esplorazzjoni komprensiva ta' splicing alternattiv, fużjonijiet tal-ġeni, u poli-adenilazzjoni, għalkemm mhuwiex l-għażla primarja għall-kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni. Il-kombinazzjoni 2+3 tnaqqas id-distakk bejn Illumina u PacBio billi tiddependi fuq qari ta' PacBio HiFi biex tidentifika s-sett sħiħ ta' isoformi tat-traskrizzjoni u sekwenzar NGS biex tikkwantifika l-isoformi identiċi.
Pjattaformi: PacBio Revio u Illumina NovaSeq
-
Analiżi ta' Assoċjazzjoni fuq skala ġenomika
L-għan tal-Istudji ta' Assoċjazzjoni mal-Ġenoma Kollha (GWAS) huwa li jidentifikaw varjanti ġenetiċi (ġenotipi) marbuta ma' karatteristiċi speċifiċi (fenotipi). Billi jeżamina l-markaturi ġenetiċi fil-ġenoma kollu f'għadd kbir ta' individwi, il-GWAS jestrapola l-assoċjazzjonijiet ġenotip-fenotip permezz ta' analiżi statistika fil-livell tal-popolazzjoni. Din il-metodoloġija ssib applikazzjonijiet estensivi fir-riċerka tal-mard tal-bniedem u fl-esplorazzjoni ta' ġeni funzjonali relatati ma' karatteristiċi kumplessi fl-annimali jew fil-pjanti.
Fil-BMKGENE, noffru żewġ toroq biex jitwettqu GWAS fuq popolazzjonijiet kbar: bl-użu ta' Whole-Genome Sequencing (WGS) jew bl-għażla ta' metodu ta' sekwenzjar tal-ġenoma b'rappreżentazzjoni mnaqqsa, il-Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) żviluppat internament. Filwaqt li l-WGS huwa adattat għal ġenomi iżgħar, l-SLAF joħroġ bħala alternattiva kosteffettiva għall-istudju ta' popolazzjonijiet akbar b'ġenomi itwal, u b'hekk jimminimizza b'mod effettiv l-ispejjeż tas-sekwenzjar, filwaqt li jiggarantixxi effiċjenza għolja fl-iskoperta ta' markaturi ġenetiċi.
-
Sekwenzar tal-RNA b'nuklei singoli
L-iżvilupp ta' tekniki ta' qbid ta' ċellula waħda u kostruzzjoni ta' libreriji personalizzati, flimkien ma' sekwenzar b'rendiment għoli, irrivoluzzjona l-istudji tal-espressjoni tal-ġeni fil-livell taċ-ċellula. Din l-avvanz tippermetti analiżi aktar profonda u komprensiva ta' popolazzjonijiet ta' ċelluli kumplessi, tegħleb il-limitazzjonijiet assoċjati mal-medja tal-espressjoni tal-ġeni fuq iċ-ċelluli kollha u tippreserva l-eteroġeneità vera f'dawn il-popolazzjonijiet. Filwaqt li s-sekwenzar tal-RNA ta' ċellula waħda (scRNA-seq) għandu vantaġġi innegabbli, jiltaqa' ma' sfidi f'ċerti tessuti fejn il-ħolqien ta' sospensjoni ta' ċellula waħda jirriżulta diffiċli u jeħtieġ kampjuni friski. F'BMKGene, nindirizzaw dan l-ostaklu billi noffru sekwenzar tal-RNA ta' nukleu wieħed (snRNA-seq) bl-użu tat-teknoloġija avvanzata 10X Genomics Chromium. Dan l-approċċ iwessa' l-ispettru ta' kampjuni soġġetti għal analiżi tat-traskrittoma fil-livell taċ-ċellula waħda.
L-iżolament tan-nuklei jitwettaq permezz taċ-ċippa innovattiva 10X Genomics Chromium, li tinkludi sistema mikrofluidika bi tmien kanali b'qsim doppju. F'din is-sistema, żibeġ tal-ġel li jinkorporaw barcodes, primers, enzimi, u nukleu wieħed huma inkapsulati fi qtar taż-żejt daqs nanolitru, u jiffurmaw Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Wara l-formazzjoni tal-GEM, il-liżi taċ-ċelluli u r-rilaxx tal-barcode iseħħu f'kull GEM. Sussegwentement, il-molekuli tal-mRNA jgħaddu minn traskrizzjoni inversa f'cDNAs, li jinkorporaw barcodes 10X u Identifikaturi Molekulari Uniċi (UMIs). Dawn is-cDNAs imbagħad jiġu soġġetti għal kostruzzjoni standard ta' librerija ta' sekwenzjar, li tiffaċilita esplorazzjoni robusta u komprensiva tal-profili tal-espressjoni tal-ġeni fil-livell ta' ċellula waħda.
Pjattaforma: 10× Pjattaforma tal-Ġenomika tal-Kromju u Illumina NovaSeq
-
Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ tal-Pjanti/Annimali
Is-Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ (WGS) hija teknika użata biex tiddetermina s-sekwenza sħiħa tad-DNA tal-ġenoma ta' organiżmu f'ħin wieħed.
Normalment, is-servizz huwa maqsum f'żewġ gruppi differenti skont l-eżistenza ta' ġenoma ta' referenza:
- Mill-ġdidsekwenzar tal-ġenoma sħiħ.F'din is-sitwazzjoni, il-ġenoma li trid tiġi sekwenzata m'għandhiex ġenoma ta' referenza disponibbli, u għal dik ir-raġuni, l-għan ta' dan is-sekwenzar huwa li jiġi ġġenerat (jew li jittejjeb wieħed eżistenti). Din it-teknika teħtieġ li tuża kemm id-dejta tal-Illumina kif ukoll is-sekwenzar ta' qari twil biex ittejjeb l-assemblaġġ tal-ġenoma billi toħloq koinċidenza bejn il-qari.
- Sekwenzar mill-ġdid.Tirreferi għas-sekwenzar tal-ġenoma kollu ta' individwi differenti ta' speċi b'ġenomi ta' referenza magħrufa. Fuq din il-bażi, id-differenzi ġenomiċi ta' individwi jew popolazzjonijiet jistgħu jiġu identifikati aktar.
-
Sekwenzar tal-mRNA ta' Tul Sħiħ-Nanoporu
Filwaqt li s-sekwenzar tal-mRNA bbażat fuq l-NGS huwa għodda versatili għall-kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni, id-dipendenza tiegħu fuq qari qasir tirrestrinġi l-effikaċja tiegħu f'analiżi transkriptomiċi kumplessi. Min-naħa l-oħra, is-sekwenzar tan-nanopori juża teknoloġija ta' qari twil, li tippermetti s-sekwenzar ta' traskrizzjonijiet tal-mRNA ta' tul sħiħ. Dan l-approċċ jiffaċilita esplorazzjoni komprensiva ta' splicing alternattiv, fużjonijiet tal-ġeni, poli-adenylation, u l-kwantifikazzjoni tal-isoformi tal-mRNA.
Is-sekwenzar tan-nanopori, metodu li jiddependi fuq sinjali elettriċi f'ħin reali ta' molekula waħda ta' nanopori, jipprovdi riżultati f'ħin reali. Iggwidat minn proteini tal-mutur, id-DNA b'żewġ linji jingħaqad ma' proteini tan-nanopori inkorporati f'bijofilm, u jinħall hekk kif jgħaddi mill-kanal tan-nanopori taħt differenza fil-vultaġġ. Is-sinjali elettriċi distintivi ġġenerati minn bażijiet differenti fuq il-linja tad-DNA jiġu skoperti u kklassifikati f'ħin reali, u b'hekk jiffaċilitaw sekwenzar preċiż u kontinwu tan-nukleotidi. Dan l-approċċ innovattiv jegħleb il-limitazzjonijiet tal-qari qasir u jipprovdi pjattaforma dinamika għal analiżi ġenomika kumplessa, inklużi studji traskrittomiċi kumplessi, b'riżultati immedjati.
Pjattaforma: Nanopore PromethION 48
