Metaġenomika (NGS)

Il-metaġenomika shotgun b'Illumina hija għodda popolari għall-istudju tal-mikrobijomi billi jiġi sekwenzat direttament id-DNA minn kampjuni kumplessi, li tippermetti l-istudju kemm tad-diversità tassonomika kif ukoll ta' dik funzjonali. Il-pipeline metaġenomika (NGS) tal-BMKCloud tibda bil-kontroll tal-kwalità u l-assemblaġġ tal-metaġenoma, li minnhom il-ġeni jiġu mbassra u miġbura f'settijiet ta' dejta mhux żejda li huma annotati għall-funzjoni u t-tassonomija bl-użu ta' databases multipli. Din l-informazzjoni tintuża biex tiġi analizzata d-diversità tassonomika fi ħdan il-kampjun (diversità alfa) u d-diversità bejn il-kampjuni (diversità beta). L-analiżi differenzjali bejn il-gruppi ssib OTUs u funzjonijiet bijoloġiċi li jvarjaw bejn iż-żewġ gruppi bl-użu kemm ta' testijiet parametriċi kif ukoll mhux parametriċi, filwaqt li l-analiżi tal-korrelazzjoni tirrelata dawn id-differenzi ma' fatturi ambjentali.