Ġenomika Komparattiva
Vantaġġi tas-Servizz
●Kompetenza Estensiva u rekords ta' pubblikazzjoniB'kollox, BMKGene lestiet aktar minn 90 proġett ta' ġenomika komparattiva, b'fattur ta' impatt kumulattiv li laħaq id-900.
●Analiżi bijoinformatika komprensivaIl-pakkett tal-analiżi fih it-tmien analiżijiet l-aktar komunement meħtieġa, li jipprovdu figuri mfassla tajjeb lesti għall-pubblikazzjoni u jippermettu interpretazzjoni faċli tar-riżultati.
●Tim tal-bijoinformatika b'ħiliet għoljin u ċiklu qasir ta' analiżiB'esperjenza kbira fl-analiżi ġenomika komparattiva, it-tim ta' BMKGene jissodisfa diversi talbiet ta' analiżi personalizzata fi żmien qasir.
●Appoġġ ta' wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta' servizz ta' wara l-bejgħ ta' 3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta' mistoqsijiet u tweġibiet biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Ħin stmat għat-twettiq | Numru ta' speċi | Analiżijiet |
| 30 jum tax-xogħol | 6 - 12 | Raggruppament ta' familji ta' ġeni Espansjoni u kontrazzjoni tal-familja tal-ġeni Kostruzzjoni ta' siġra filoġenetika Stima tal-ħin tad-diverġenza (Meħtieġa kalibrazzjoni tal-fossili) Ħin ta' inserzjoni tal-LTR (Għall-pjanti) Duplikazzjoni tal-ġenoma sħiħ (Għall-pjanti) Pressjoni selettiva Analiżi tas-sintenija |
Analiżi bijoinformatika
● Familja tal-ġeni
● Filoġenetika
● Ħin ta' diverġenza
● Pressjoni selettiva
● Analiżi tas-sintenija
Rekwiżiti u Kunsinna tal-Kampjuni
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Tessut jew DNA għas-sekwenzar u l-assemblaġġ tal-ġenoma
Għat-Tessut
| Speċi | Tessut | Stħarriġ | CCS tal-PacBio |
| Annimal | Tessut vixxerali | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Tessut tal-muskoli | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| Demm tal-mammiferi | |||
| ≥ 0.5 mL | |||
| Demm tat-tjur/ħut | |||
| Pjanta | Weraq Frisk | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Petala/Zokk | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Għerq/Żerriegħa | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 g | |
| Ċelloli | Ċellula kkultivata | - | ≥ 1 x 108 |
Dejta
Fajls tas-sekwenza tal-ġenoma (.fasta) u fajls ta' annotazzjoni (.gff3) ta' speċi relatati mill-qrib
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta' wara l-bejgħ
*Ir-riżultati tad-demo murija hawn huma kollha minn ġenomi ppubblikati minn Biomarker Technologies
1. Stima tal-ħin tal-inserzjoni tal-LTR: Il-figura wriet distribuzzjoni bimodali unika fil-ħinijiet tal-inserzjoni tal-LTR-RTs fil-ġenoma tas-segala Weining, meta mqabbla ma' speċi oħra. L-aktar quċċata reċenti dehret madwar 0.5 miljun sena ilu.
Li Guang et al.,Ġenetika tan-Natura, 2021
2. Analiżi tal-filoġeni u l-familja tal-ġeni fuq iċ-chayote (Sechium edule): Billi ġew analizzati ċ-chayote u t-13-il speċi relatati l-oħra fil-familja tal-ġeni, instab li ċ-chayote hija l-aktar relatata mal-qargħa tas-sriep (Trichosanthes anguina). Iċ-chayote derivata mill-qargħa tas-sriep madwar 27-45 Mya ilu u ġiet osservata duplikazzjoni tal-ġenoma sħiħ (WGD) fiċ-chayote 25±4 Mya ilu, li huwa t-tielet avveniment WGD fil-cucuibitaceae.
Fu A et al.,Riċerka dwar l-Ortikultura, 2021
3. Analiżi tas-sintenija: Instabu xi ġeni relatati mal-fitormoni fl-iżvilupp tal-frott fiċ-chayote, fil-qargħa ħamra tas-serp u fil-qargħa ħamra. Il-korrelazzjoni bejn iċ-chayote u l-qargħa ħamra hija kemxejn ogħla minn dik bejn iċ-chayote u l-qargħa ħamra tas-serp.
Fu A et al.,Riċerka dwar l-Ortikultura, 2021
4. Analiżi tal-familja tal-ġeni: L-arrikkiment tal-KEGG fuq l-espansjoni u l-kontrazzjoni tal-familja tal-ġeni fil-ġenomi ta' G.thurberi u G.davidsonii wera li l-bijosintesi tal-isterojdi u l-ġeni relatati mal-bijosintesi tal-brassinosteroidi ġew estiżi.
Yang Z et al.,Bijoloġija tal-BMC, 2021
5. Analiżi tad-duplikazzjoni tal-ġenoma sħiħ: L-analiżi tad-distribuzzjoni ta' 4DTV u Ks uriet avveniment ta' duplikazzjoni tal-ġenoma sħiħ. Il-qċaċet ta' intraspeċi wrew avvenimenti ta' duplikazzjoni. Il-qċaċet ta' interspeċi wrew avvenimenti ta' speċjazzjoni. L-analiżi indikat li meta mqabbla mat-tliet speċi l-oħra relatati mill-qrib, O. europaea għaddiet minn duplikazzjoni tal-ġeni fuq skala kbira aktar reċentement.
Rao G et al.,Riċerka dwar l-Ortikultura, 2021
Kawża BMK
Warda mingħajr xewk: għarfien ġenomiku marbut mal-adattament għall-umdità
Ippubblikat: Reviżjoni Nazzjonali tax-Xjenza, 2021
Strateġija ta' sekwenzar:
'Basye'sBla xewk'(R.)Wichurainan) ġenoma:
Madwar 93 X PacBio + madwar 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Riżultati ewlenin
1. Il-ġenoma ta' R.wichuraiana ta' kwalità għolja nbniet bl-użu ta' tekniki ta' sekwenzjar b'qari twil, li jipproduċu assemblaġġ ta' 530.07 Mb (Id-daqs stmat tal-ġenoma kien ta' madwar 525.9 Mb permezz ta' ċitometrija tal-fluss u 525.5 permezz ta' stħarriġ tal-ġenoma； L-eterożigożità kienet ta' madwar 1.03%). Il-punteġġ stmat tal-BUSCO kien ta' 93.9%. Meta mqabbel ma' "Old blush" (haploOB), il-kwalità u l-kompletezza ta' dan il-ġenoma ġew ikkonfermati mill-eżattezza ta' bażi waħda u l-indiċi tal-assemblaġġ LTR (LAI=20.03). Il-ġenoma ta' R.wichuraiana fiha 32,674 ġene li jikkodifikaw il-proteini.
2. Analiżi konġunta multi-omika, li tikkonsisti f'ġenomika komparattiva, transkriptomika, analiżi QTL tal-popolazzjoni ġenetika, żvelat l-ispeċjazzjoni kruċjali bejn R. wichuraiana u Rosa chinensis. Barra minn hekk, il-varjazzjoni fl-espressjoni ta' ġeni relatati fil-QTL x'aktarx kienet assoċjata mat-tfassil tax-xewk taz-zokk.
Analiżi ġenomika komparattiva bejn Basye's Thornless u Rosa chinensis inkluż analiżi tas-sintenija, raggruppament tal-familja tal-ġeni, analiżi tal-espansjoni u l-kontrazzjoni, żvelat għadd kbir ta' varjazzjonijiet, li kienu relatati ma' karatteristiċi kruċjali fil-ward. L-espansjoni unika fil-familja tal-ġeni NAC u FAR1/FRS x'aktarx li kienet assoċjata mar-reżistenza għall-black spot.
Analiżi ġenomika komparattiva bejn il-ġenomi BT u haploOB.
Zhong, M., et al. “Ward mingħajr xewk: għarfien ġenomiku marbut mal-adattament għall-umdità”Reviżjoni Nazzjonali tax-Xjenza, 2021;, nwab092.
