-
Interazzjoni tal-Kromatina bbażata fuq Hi-C
Hi-C huwa metodu ddisinjat biex jaqbad il-konfigurazzjoni ġenomika billi jikkombina interazzjonijiet ibbażati fuq il-prossimità u sekwenzar b'rendiment għoli. Il-metodu huwa bbażat fuq crosslinking tal-kromatina mal-formaldehyde, segwit minn diġestjoni u ri-ligazzjoni b'mod li frammenti biss li huma marbuta b'mod kovalenti jiffurmaw prodotti ta' ligazzjoni. Bis-sekwenzar ta' dawn il-prodotti ta' ligazzjoni, huwa possibbli li tiġi studjata l-organizzazzjoni 3D tal-ġenoma. Hi-C jippermetti l-istudju tad-distribuzzjoni tal-porzjonijiet tal-ġenoma li huma ppakkjati ħafif (kompartimenti A, ewkromatina) u aktar probabbli li jkunu attivi traskrizzjonalment, u r-reġjuni li huma ppakkjati aktar sewwa (kompartimenti B, Eterokromatina). Hi-C jista' jintuża wkoll biex jiġu identifikati Dominji Assoċjati Topoloġikament (TADs), reġjuni tal-ġenoma li għandhom strutturi mitwija u x'aktarx li għandhom mudelli ta' espressjoni simili, u biex jiġu identifikati linji tal-kromatina, reġjuni tad-DNA li huma ankrati flimkien minn proteini u li ħafna drabi huma arrikkiti f'elementi regolatorji. Is-servizz ta' sekwenzjar Hi-C ta' BMKGene jagħti s-setgħa lir-riċerkaturi biex jesploraw id-dimensjonijiet spazjali tal-ġenomika, u b'hekk jiftaħ toroq ġodda għall-fehim tar-regolazzjoni tal-ġenoma u l-implikazzjonijiet tagħha fis-saħħa u l-mard.
-
Sekwenzar tal-Immunopreċipitazzjoni tal-Kromatina (ChIP-seq)
L-Immunopreċipitazzjoni tal-Kromatina (CHIP) hija teknika li tuża l-antikorpi biex tarrikkixxi b'mod selettiv il-proteini li jorbtu mad-DNA u l-miri ġenomiċi korrispondenti tagħhom. L-integrazzjoni tagħha ma' NGS tippermetti l-profiling ġenomatiku ta' miri tad-DNA assoċjati mal-modifika tal-istoni, fatturi ta' traskrizzjoni, u proteini oħra li jorbtu mad-DNA. Dan l-approċċ dinamiku jippermetti tqabbil ta' siti ta' rbit bejn tipi ta' ċelluli, tessuti, jew kundizzjonijiet differenti. L-applikazzjonijiet ta' ChIP-Seq ikopru mill-istudju tar-regolazzjoni traskrizzjonali u l-mogħdijiet ta' żvilupp sal-elucidazzjoni tal-mekkaniżmi tal-mard, u b'hekk jagħmluha għodda indispensabbli għall-fehim tal-pajsaġġi tar-regolazzjoni ġenomika u l-avvanz tal-għarfien terapewtiku.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq
-
Sekwenzar tal-bisulfit tal-ġenoma sħiħ (WGBS)
Din it-teknika, ibbażata fuq it-trattament tad-DNA bil-bisulfite biex tinduċi l-konverżjoni ta' ċitosini mhux metilati għal uracil (C għal U), filwaqt li tħalli ċ-ċitosini metilati kif inhuma, tispiċċa bħala l-metodoloġija standard tad-deheb għall-esplorazzjoni fil-fond tal-metilazzjoni tad-DNA, speċifikament il-ħames pożizzjoni fiċ-ċitosina (5-mC), regolatur ċentrali tal-espressjoni tal-ġeni u l-attività ċellulari.
Din it-teknika toffri riżoluzzjoni b'bażi waħda, li tippermetti lir-riċerkaturi jinvestigaw b'mod komprensiv il-metiloma u jiskopru xejriet anormali ta' metilazzjoni fil-kampjuni. Bl-użu tal-WGBS, ix-xjentisti jistgħu jiksbu għarfien mingħajr paragun dwar il-pajsaġġi tal-metilazzjoni madwar il-ġenoma kollu, u jipprovdu fehim sfumat tal-mekkaniżmi epiġenetiċi li huma l-bażi ta' proċessi u mard bijoloġiċi diversi.
-
Analiżi għal Kromatina Aċċessibbli għat-Transposażi b'Sekwenzar ta' Rendiment Għoli (ATAC-seq)
ATAC-seq hija teknika ta' sekwenzjar b'rendiment għoli użata għall-analiżi tal-aċċessibbiltà tal-kromatina madwar il-ġenoma kollu. L-użu tagħha jipprovdi fehim aktar profond tal-mekkaniżmi kumplessi tal-kontroll epiġenetiku globali fuq l-espressjoni tal-ġeni. Il-metodu juża transposażi Tn5 iperattiva biex jifframmenta u jimmarka simultanjament ir-reġjuni miftuħa tal-kromatina billi jdaħħal adapters tas-sekwenzjar. L-amplifikazzjoni sussegwenti tal-PCR tirriżulta fil-ħolqien ta' librerija ta' sekwenzjar, li tippermetti l-identifikazzjoni komprensiva tar-reġjuni miftuħa tal-kromatina taħt kundizzjonijiet speċifiċi ta' spazju-ħin. ATAC-seq jipprovdi ħarsa olistika tal-pajsaġġi aċċessibbli tal-kromatina, b'differenza minn metodi li jiffokaw biss fuq siti ta' rbit tal-fatturi ta' traskrizzjoni jew reġjuni speċifiċi modifikati bl-istoni. Billi jissekwenzja dawn ir-reġjuni miftuħa tal-kromatina, ATAC-seq jiżvela reġjuni li huma aktar probabbli li jkollhom sekwenzi regolatorji attivi u siti potenzjali ta' rbit tal-fatturi ta' traskrizzjoni, u joffri għarfien siewi dwar il-modulazzjoni dinamika tal-espressjoni tal-ġeni madwar il-ġenoma.
-
Sekwenzar ta' Bisulfite b'Rappreżentazzjoni Mnaqqsa (RRBS)
Is-sekwenzar b'rappreżentazzjoni mnaqqsa tal-bisulfite (RRBS) jiddependi fuq l-arrikkiment tar-reġjuni rikki fil-gżejjer CpG permezz tal-qsim tal-MspI segwit mill-għażla tad-daqs ta' frammenti ta' 200-500/600 bps. Konsegwentement, jiġu sekwenzati biss ir-reġjuni prossimali għall-gżejjer CpG, filwaqt li dawk bi gżejjer CpG imbiegħda huma esklużi mill-analiżi. Dan il-proċess, flimkien mas-sekwenzar tal-bisulfite, jippermetti skoperta b'riżoluzzjoni għolja tal-metilazzjoni tad-DNA, u l-approċċ tas-sekwenzar, PE150, jiffoka speċifikament fuq it-truf tal-inserzjonijiet aktar milli fin-nofs, u b'hekk iżid l-effiċjenza tal-profiling tal-metilazzjoni.
Din it-teknika ħarġet bħala alternattiva kosteffettiva u effiċjenti għas-Sekwenzar tal-Bisulfite tal-Ġenoma Sħiħ (WGBS) fir-riċerka dwar il-metilazzjoni tad-DNA. Filwaqt li l-WGBS jipprovdi għarfien komprensiv billi jeżamina l-ġenoma kollu b'riżoluzzjoni ta' bażi waħda, l-ispiża għolja tiegħu tista' tkun fattur limitanti, li l-RRBS ittaffi strateġikament din l-isfida billi janalizza b'mod selettiv porzjon rappreżentattiv tal-ġenoma. Din il-metodoloġija hija għodda imprezzabbli li tippermetti riċerka kosteffettiva dwar il-metilazzjoni tad-DNA u tavvanza l-għarfien tal-mekkaniżmi epiġenetiċi.
