10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Karatteristiċi
● Riżoluzzjoni: 100 µM
● Dijametru tal-Pot: 55 µM
● Numru ta 'spots: 4992
● Żona tal-qbid: 6.5 x 6.5 mm
● Kull spot tal-barcode huwa mgħobbi bi primers magħmulin minn 4 sezzjonijiet:
- denb poly(dT) għall-priming tal-mRNA u s-sinteżi tal-cDNA
- Identifikatur Molekulari Uniku (UMI) biex jikkoreġi l-preġudizzju tal-amplifikazzjoni
- Barcode spazjali
- Sekwenza li torbot ta' primer ta' sekwenzar parzjali qari 1
● Tbajja ta' sezzjonijiet H&E
Vantaġġi
●Servizz one-stop: tintegra l-esperjenza kollha u l-passi bbażati fuq il-ħiliet, inklużi krijo-sezzjoni, tbajja, ottimizzazzjoni tat-tessuti, barcoding spazjali, preparazzjoni tal-libreriji, sekwenzar u bijoinformatika .
● Tim tekniku b'ħiliet għolja: b'esperjenza f'aktar minn 250 tip ta' tessut u 100+ speċi inklużi umani, ġrieden, mammiferi, ħut u pjanti.
●Aġġornament f'ħin reali fuq il-proġett kollu: b'kontroll sħiħ tal-progress sperimentali.
●Bijoinformatika standard komprensiva:pakkett jinkludi 29 analiżi u 100 + ċifri ta 'kwalità għolja.
●Analiżi u viżwalizzazzjoni tad-dejta personalizzata: disponibbli għal talbiet ta' riċerka differenti.
●Analiżi konġunta fakultattiva b'sekwenzjar tal-mRNA b'ċellula waħda
Speċifikazzjonijiet
| Rekwiżiti tal-Kampjun | Librerija | Strateġija ta' sekwenzar | Data rakkomandata | Kontroll tal-Kwalità |
| Kampjuni krijo inkorporati fl-OCT, kampjuni FFPE (Djametru ottimali: madwar 6x6x6 mm3) 3 blokki għal kull kampjun | Librerija 10X Visium cDNA | Illumina PE150 | 50K PE qari għal kull post ( 60Gb ) | RIN>7 |
Għal aktar dettalji dwar il-gwida tal-preparazzjoni tal-kampjuni u l-fluss tax-xogħol tas-servizz, jekk jogħġbok tħossok liberu li tkellem lil aespert BMKGENE
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Fil-fażi tal-preparazzjoni tal-kampjun, titwettaq prova inizjali ta 'estrazzjoni ta' RNA bl-ingrossa biex tiżgura li jista 'jinkiseb RNA ta' kwalità għolja.Fl-istadju tal-ottimizzazzjoni tat-tessut is-sezzjonijiet huma mtebbgħin u viżwalizzati u l-kundizzjonijiet tal-permeabilizzazzjoni għar-rilaxx tal-mRNA mit-tessut huma ottimizzati.Il-protokoll ottimizzat imbagħad jiġi applikat waqt il-kostruzzjoni tal-librerija, segwit minn sekwenzar u analiżi tad-dejta.
Il-fluss tax-xogħol sħiħ tas-servizz jinvolvi aġġornamenti f'ħin reali u konfermi tal-klijenti biex jinżamm ċirku ta' feedback reattiv, u jiżgura eżekuzzjoni bla xkiel tal-proġett.
Jinkludi l-analiżi li ġejja:
Kontroll tal-Kwalità tad-Data:
o Produzzjoni tad-dejta u distribuzzjoni tal-punteġġ tal-kwalità
o Sejbien tal-ġeni għal kull post
o Kopertura tat-tessuti
Analiżi ta' ġewwa tal-kampjun:
o Ir-rikkezza tal-ġeni
o Spot clustering, inkluża analiżi ta' dimensjoni mnaqqsa
o Analiżi ta' espressjoni differenzjali bejn raggruppamenti: identifikazzjoni ta' ġeni markaturi
o Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
Analiżi bejn il-gruppi
o Kombinazzjoni mill-ġdid ta' spots miż-żewġ kampjuni (eż. morda u kontroll) u grupp mill-ġdid
o Identifikazzjoni ta' ġeni markaturi għal kull cluster
o Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment tal-ġeni markaturi
o Espressjoni Differenzjali tal-istess raggruppament bejn il-gruppi
Analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa
Raggruppament tal-post
Identifikazzjoni tal-ġeni markaturi u distribuzzjoni spazjali
Analiżi bejn il-gruppi
Kombinazzjoni tad-dejta miż-żewġ gruppi u mill-ġdid raggruppament
Ġeni markaturi ta 'clusters ġodda
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizz tat-traskriptomika spazjali ta' BMKGene minn 10X Visium F'dawn il-pubblikazzjonijiet dehru:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, omologu potenzjali ta' Drosophila ta' GPCRs ta' adeżjoni mammiferi, huwa involut f'reazzjonijiet antitumorali għal ċelluli onkoġeniċi injettati fid-dubbien', Proċedimenti tal-Akkademja Nazzjonali tax-Xjenzi tal-Istati Uniti tal-Amerika, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Atlas spazjotemporali ta' organoġenesi fl-iżvilupp tal-fjuri tal-orkidej', Nucleic Acids Research, 50(17), pp. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) "L-integrazzjoni ta 'Traskriptomika Spazjali u Sekwenzar ta' RNA b'nukleu Uniku Tiżvela l-Istrateġiji Terapewtiċi Potenzjali għal Leiomioma Utru", Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Bijoloġiċi, 19 (8), pp. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
