Mfuatano wa mRNA wa yukariyoti-Illumina
Faida
ØMwenye Uzoefu wa Juu: Zaidi ya sampuli 200,000 zimechakatwa katika BMK inayojumuisha aina mbalimbali za sampuli, ikiwa ni pamoja na utamaduni wa seli, tishu, maji ya mwili, n.k. na zaidi ya miradi 7,000 ya mRNA-Seq imefungwa ikihusisha maeneo mbalimbali ya utafiti.
ØMfumo madhubuti wa kudhibiti ubora: Viini vya udhibiti wa ubora kupitia hatua zote ikijumuisha utayarishaji wa sampuli, utayarishaji wa maktaba, mpangilio na habari za kibayolojia ziko chini ya ufuatiliaji wa karibu ili kutoa matokeo ya ubora wa juu.
ØHifadhidata nyingi zinazopatikana kwa ufafanuzi wa utendakazi na tafiti za uboreshaji ili kutimiza malengo tofauti ya utafiti.
ØHuduma za baada ya kuuza: Huduma za baada ya mauzo zitatumika kwa miezi 3 baada ya kukamilika kwa mradi, ikijumuisha ufuatiliaji wa miradi, utatuzi wa matatizo, Maswali na Majibu ya matokeo, n.k.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data ilipendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| Poly A iliyoboreshwa | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Mahitaji ya Sampuli:
Nucleotides:
| Usafi | Uadilifu | Kiasi |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥6.5;Kwa wanyama: RIN≥7;28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi | Conc.≥30 ng/μl;Kiasi ≥ 10 μl;Jumla ≥ 1.5 μg |
Tishu: Uzito (kavu):≥1 g
*Kwa tishu ndogo kuliko miligramu 5, tunapendekeza kutuma sampuli ya tishu iliyogandishwa (katika nitrojeni kioevu).
Kusimamishwa kwa seli:Idadi ya seli = 3 × 106- 1 × 107
*Tunapendekeza kusafirisha lisate ya seli iliyoganda.Iwapo seli ni ndogo kuliko 5x105, flash iliyogandishwa katika nitrojeni kioevu inapendekezwa, ambayo ni bora kwa uchimbaji mdogo.
Sampuli za damu:Kiasi≥1 ml
Microorganism:Misa ≥ 1 g
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)
Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Usafirishaji:
- Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
- Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mirija ya kusawazisha ya RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Bioinformatics
Eukaryotiki Mtiririko wa kazi wa uchanganuzi wa mpangilio wa mRNA
Bioinformatics
ØUdhibiti wa ubora wa data ghafi
ØRejelea mpangilio wa jenomu
ØUchambuzi wa muundo wa nakala
ØUkadiriaji wa kujieleza
ØUchambuzi wa kujieleza tofauti
ØUfafanuzi wa kazi na uboreshaji
1.mRNA Data Saturation Curve
2.Uchambuzi wa usemi tofauti-njama ya Volcano
3.Ufafanuzi wa KEGG kwenye DEGs
4.Uainishaji wa GO kwenye DEGs
