Mpangilio wa mRNA ya Yukariyoti-NGS
Vipengele
● Maandalizi ya maktaba ya mRNA ya mwelekeo wa hiari ili kuwezesha kupata data ya mpangilio maalum wa nyuzi
● Uchambuzi tofauti wa BI hushughulikia mahitaji yote ya wateja wetu
Faida
●Utaalamu wa Kina: Tumechakata zaidi ya sampuli 600,000, zikijumuisha aina mbalimbali za sampuli kama vile tamaduni za seli, tishu, na majimaji ya mwili. Tunaleta utajiri wa utaalamu katika kila mradi.
●Udhibiti Mkali wa Ubora: Tunatekeleza vipengele vya udhibiti mkuu katika hatua zote, kuanzia utayarishaji wa sampuli hadi utayarishaji wa maktaba, mpangilio na bioinformatiki. Ufuatiliaji wetu wa kina unahakikisha utoaji wa matokeo ya ubora wa hali ya juu kila mara.
●Maelezo Kamili: Tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs) kwa utendaji kazi na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji. Mbinu hii pana hutoa maarifa kuhusu michakato ya seli na molekuli inayoongoza mwitikio wa transcriptome, kuhakikisha unapata taarifa zote zinazowezekana kuhusu data ya jaribio lako.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: Tunaelewa umuhimu wa kuwepo, ndiyo maana ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| Poly A iliyoboreshwa | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Mahitaji ya Mfano:
Nyukleotidi:
Mahitaji ya Sampuli ya Kiwango cha Chini:
| Kikomo (ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu | |
| Maktaba ya Kawaida | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥4.0; Kwa wanyama: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
| Maktaba ya Maelekezo | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli. | Kwa mimea: RIN≥4.0; Kwa wanyama: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
| Mimea | Mnyama | Arthropodi | Damu nzima | Seli |
| Mzizi, Shina au Petali: 450 mg Jani au Mbegu: 300 mg Matunda: 1.2 g | Moyo au Utumbo: 300 mg Viscera au Ubongo: 240 mg Misuli: 450 mg Mifupa, Nywele au Ngozi: 1g | Wadudu: 6g Krustasia: 300 mg | Mrija 1 | Seli 106 |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: Mrija wa sentrifuge wa mililita 2 (Foili ya bati haipendekezwi)
Uwekaji lebo wa sampuli: Kundi+nakili k.m. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Usafirishaji:
1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mirija ya meza ya RNA: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mrija wa uthabiti wa RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Bioinformatiki
Kwa sampuli zenye jenomu ya marejeleo inayopatikana, uchambuzi wa BI ni kama ifuatavyo:
ØUdhibiti wa ubora wa data ghafi
ØMpangilio wa jenomu ya marejeleo
ØUchambuzi wa muundo wa nakala
ØUpimaji wa usemi
ØUchambuzi wa usemi tofauti
ØMaelezo na uboreshaji wa kazi
Kwa sampuli zisizo na jenomu ya marejeleo, hii ndiyo chaguo linalopatikana:
• Udhibiti wa ubora wa data ghafi
•Kuunganisha kwa uboreshaji wa muundo
•Uchambuzi wa usemi tofauti
•Maelezo na uboreshaji wa kazi
Mpangilio wa Jenomu ya Marejeleo
Ujazo wa Data
Uwiano wa sampuli na tathmini ya nakala za kibiolojia
Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs)
Maelezo ya Utendaji ya DEGs
Uboreshaji wa Utendaji wa DEG
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za upangaji wa mRNA za BMKGene za yukariyoti NGS kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.
Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan na triclocarban hudhoofisha uwezo wa kunusa wa samaki wa dhahabu kwa kuzuia utambuzi wa harufu mbaya, kuvuruga upitishaji wa mawimbi ya kunusa, na kuvuruga usindikaji wa taarifa za kunusa',Utafiti wa Maji, 233, uk. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus huteka p11 ya binadamu ili kuelekeza fagosomu zenye kuvu kwenye njia isiyoharibu',Mwenyeji wa Seli na Vijidudu, 31(3), ukurasa wa 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'Vipengele vya Unukuzi wa TCP Vinavyohusika katika Ukuzaji wa Mianzi ya Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Mipaka katika Sayansi ya Mimea, 13, uk. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Jenomu ya Chrysanthemum lavandulifolium na utaratibu wa molekuli unaozingatia aina mbalimbali za capitulum',Utafiti wa Kilimo cha Bustani, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) 'Kianzishi cha nanoreactor cha kuongeza tiba ya sonodynamic kwenye saratani ya utumbo mpana kupitia ongezeko la ROS la pamoja na kizuizi cha autophagy',Nano Leo, 49, uk. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
