-
Mkutano wa Jenomu wa T2T | Mfuatano Mrefu Sana
T2T (Telomere-hadi-Telomere) Jenomu ni kiwango cha dhahabu cha mkusanyiko wa jenomu wa ubora wa juu, ikimaanisha ujenzi mpya wa jenomu usio na pengo au usio na pengo, unaoanzia telomere moja hadi nyingine, na kuvunja mipaka ya mgawanyiko wa mkusanyiko wa jenomu wa kawaida.
Ikiwa inaendeshwa na mpangilio wa usomaji mrefu sana wa ONT na imeunganishwa na mpangilio wa kina wa majukwaa mengi na mabomba ya bioinformatiki yaliyoboreshwa, suluhisho la Jenomu la BMKGENE T2T linalenga "maeneo ya giza" ya jenomu yanayoweza kutatuliwa zaidi - telomere (viungo maalum vya nyukleoprotein kwenye ncha za kromosomu ya yukariyoti), sentromere za viumbe vya juu zaidi (safu kubwa za kurudia sanjari), na maeneo mengine tata ya kurudia na heterozygous haplotype, ambayo kwa muda mrefu hayajaweza kutatuliwa kwa mpangilio wa kawaida wa usomaji mrefu. Tofauti na usomaji mrefu wa kawaida ambao hushindwa kuvuka maeneo haya na kusababisha kuanguka kwa mfuatano au mikusanyiko ya chimeriki, usomaji mrefu sana wa ONT unaweza kuchukua nafasi za mapengo na maeneo tata. BMKGene imejitolea kutoa jenomu za T2T zenye ubora wa juu zisizo na mapengo au zisizo na mapengo kwa spishi mbalimbali.
Ujenzi wa jenomu ya T2T hufungua maeneo tata ya jenomu ambayo hapo awali hayakufikiwa, hujaza mapengo muhimu ya utafiti, na hutoa data ya msingi thabiti na sahihi ya juu kwa ajili ya tafiti za kina ikiwa ni pamoja na mageuko ya spishi, uchimbaji wa jeni unaofanya kazi, ufugaji wa molekuli, dawa ya usahihi na utafiti mwingine wa kisayansi wa kisasa.
-
Proteomics
Proteomics inazingatia protini—watekelezaji wa shughuli za maisha ambazo zina jukumu muhimu katika udhibiti wa unukuzi wa viumbe. Inachambua muundo, viwango vya usemi, na hali za urekebishaji wa protini zote zinazobadilika kwa nguvu katika tishu au seli, ikishughulikia athari kubwa ya mienendo ya wingi wa proteome kwenye michakato mbalimbali ya maisha. Inatumika sana katika dawa, kilimo, na ufugaji wanyama. Proteomics ya Ubora hutumia teknolojia ya utambuzi wa protini ya HPLC-MS/MS kutambua sampuli ikiwa ni pamoja na vipande vya jeli, IP, na sampuli za CO-IP/Vuta chini. Proteomics ya Uwiano hufikia upimaji sahihi na utambuzi wa protini zote zinazoonyeshwa na jenomu au katika mfumo tata mchanganyiko. Teknolojia za sasa za proteomics za kiasi zimegawanywa katika mbinu za lebo (TMT) na zisizo na lebo (Zisizo na Lebo, DIA, PRM). BMKGENE hutoa suluhisho za proteomics za majukwaa mengi na teknolojia nyingi.
-
Metabolomiki
Metabolomiki, taaluma ya chini ya jenomu, hasa hulenga vitu vidogo vya molekuli vyenye uzito wa molekuli wa chini ya Da 1500. Huwezesha metaboliki kuakisi majibu ya viumbe kwa vichocheo vya nje na mabadiliko ya kisaikolojia/kiolojia kwa unyeti zaidi. Mabadiliko ya kiwango cha metaboliti yanayosababishwa na mabadiliko ya kijenetiki pia yako ndani ya wigo wake wa utafiti, na kutoa mtazamo mpya wa utafiti.
BMKGENE inatoa huduma kamili za metabolomiki, ikiwa ni pamoja na metabolomiki zisizolengwa, metabolomiki zinazolengwa sana, na metabolomiki zinazolengwa. Kwa kutumia spektrometri ya chromatografia-mass spectrometry ya kioevu (LC-MS) au spektrometri ya chromatografia-mass spectrometry ya gesi (GC-MS), mabadiliko ya nguvu katika metaboliti nyingi ndogo za molekuli katika viumbe kabla na baada ya kusisimua kwa nje yanaweza kugunduliwa. Kiini cha huduma hizi kiko katika kutambua metaboliti zenye tofauti kubwa kati ya vikundi vya majaribio na vya udhibiti na kuchunguza zaidi uhusiano wao na mabadiliko ya kisaikolojia/kiolojia na mifumo ya msingi.
-
MRNA/LncRNA/Mfuatano wa CircRNA wa Exosomal-Illumina
Exosome ni vilengelenge vidogo vinavyotolewa na seli, kwa kawaida huwa na kipenyo cha nanomita 30 hadi 100. Vilengelenge hivi vina RNA mbalimbali. Exosome zinaaminika kuwa na majukumu muhimu katika mawasiliano kati ya seli, majibu ya kinga, na ukuaji wa magonjwa, na zinaweza kusambazwa hadi sehemu zingine za mwili kupitia majimaji ya mwili kama vile plasma, mate, na mkojo. Hubeba biomolekuli maalum ili kudhibiti utendaji kazi wa seli zinazopokea, na kuathiri hali ya kisaikolojia ya seli. Exosome pia huchukuliwa kuwa na majukumu muhimu katika ukuaji wa magonjwa, ikiwa ni pamoja na saratani, magonjwa ya neva, na hali ya uchochezi. Utafiti kuhusu exosome hutoa maarifa na mbinu mpya za utambuzi, matibabu, na kuzuia magonjwa.
-
Mfuatano wa RNA Ndogo ya Exosomal-Illumina
Exosome ni vilengelenge vidogo vinavyotolewa na seli, kwa kawaida huwa na kipenyo cha nanomita 30 hadi 100. Vilengelenge hivi vina RNA mbalimbali. Miongoni mwa aina za RNA katika exosome, inayojulikana zaidi na iliyosomwa sana ni microRNA (miRNA). miRNA ni kundi la RNA ndogo zisizo na usimbaji zenye urefu wa takriban nyukleotidi 18-25. Husaidia kunyamazisha jeni baada ya unukuzi kwa kuungana na eneo la 3′ ambalo halijatafsiriwa (3′ UTR) la mRNA lengwa, na hivyo kudhibiti usemi wa jeni. Kwa mfano, exosome zinazotolewa na seli fulani za uvimbe zina miRNA maalum, kama vile miR-126 na miR-92a. MiRNA hizi zinaweza kushawishi usemi wa jeni katika seli za mpokeaji na kukuza angiogenesis ya uvimbe (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Nakala ya Nafasi
Transcriptomics ya anga ni mbinu inayoturuhusu kunasa na kuibua usemi wa jeni ndani ya tishu. Hii inaweza kuwa muhimu kuelewa jinsi seli zinavyoingiliana.
Kuna majukwaa tofauti ya mbinu hii. Katika suala hili, BMKGene imeunda BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, jukwaa linaloongeza utendaji wa mbinu, kufikia azimio la chini ya seli na kuwezesha mpangilio wa azimio la ngazi nyingi.
Chipu hii ina sehemu milioni 4.2 kwa kutumia teknolojia ya hati miliki ya visima vidogo vilivyowekwa shanga zilizojaa probes zilizo na msimbopau kwa njia ya anga. Kwa njia hii, baada ya kunasa na kukuza, tunapata maktaba ya cDNA iliyojaa sampuli zilizo na msimbopau ambazo zinaendana na Illumina.
Kwenye data, mchanganyiko wa msimbopau wa anga na UMI huhakikisha usahihi na umaalum wa data inayozalishwa. Kwa kuchanganya yote yaliyo hapo juu, BMKManu hutoa mpangilio wa data unaoweza kutumika kwa njia nyingi sana.
-
Maktaba zilizotengenezwa tayari za DNBSEQ
DNBSEQ, iliyotengenezwa na MGI, ni teknolojia bunifu ya NGS ambayo imeweza kupunguza gharama za mpangilio na kuongeza uzalishaji. Maandalizi ya maktaba za DNBSEQ yanahusisha kugawanyika kwa DNA, maandalizi ya ssDNA, na ukuzaji wa duara linalozunguka ili kupata nanoball za DNA (DNB). Hizi hupakiwa kwenye uso mgumu na baadaye hupangwa kwa mpangilio wa pamoja wa Probe-Anchor Synthesis (cPAS). Teknolojia ya DNBSEQ inachanganya faida za kuwa na kiwango cha chini cha hitilafu ya ukuzaji na kutumia mifumo ya hitilafu ya msongamano mkubwa na nanoball, na kusababisha mpangilio wenye matokeo ya juu na usahihi.
Huduma yetu ya mpangilio wa maktaba iliyotengenezwa tayari inawawezesha wateja kuandaa maktaba za mpangilio wa Illumina kutoka vyanzo mbalimbali (mRNA, jenomu nzima, amplicon, maktaba 10x, miongoni mwa zingine), ambazo hubadilishwa kuwa maktaba za MGI katika maabara zetu ili kupangwa katika DNBSEQ-T7, na kuwezesha kiasi kikubwa cha data kwa gharama ya chini.
-
Mwingiliano wa Chromatin unaotegemea Hi-C
Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa jenomu kwa kuchanganya mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa kiwango cha juu cha matokeo. Mbinu hii inategemea kuunganisha kromatini na formaldehyde, ikifuatiwa na usagaji na uunganishaji upya kwa njia ambayo vipande vilivyounganishwa kwa ushirikiano pekee ndivyo vitaunda bidhaa za uunganishaji. Kwa kupanga bidhaa hizi za uunganishaji, inawezekana kusoma mpangilio wa 3D wa jenomu. Hi-C huwezesha kusoma usambazaji wa sehemu za jenomu ambazo zimejaa kidogo (vipande vya A, euchromatin) na ambazo zina uwezekano mkubwa wa kuwa na kazi ya kunakili, na maeneo ambayo yamejaa zaidi (vipande vya B, Heterochromatin). Hi-C pia inaweza kutumika kubainisha Vikoa Vinavyohusiana na Kitopolojia (TAD), maeneo ya jenomu ambayo yana miundo iliyokunjwa na yana uwezekano wa kuwa na mifumo sawa ya usemi, na kutambua vitanzi vya kromatini, maeneo ya DNA ambayo yameunganishwa pamoja na protini na ambayo mara nyingi yametajiriwa katika vipengele vya udhibiti. Huduma ya ufuatiliaji wa Hi-C ya BMKGene inawawezesha watafiti kuchunguza vipimo vya anga vya jenomu, na kufungua njia mpya za kuelewa udhibiti wa jenomu na athari zake katika afya na magonjwa.
-
Suluhisho la mRNA la Urefu Kamili la PacBio 2+3
Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana inayoweza kutumika kwa ajili ya kupima usemi wa jeni, kutegemea kwake usomaji mfupi kunazuia ufanisi wake katika uchanganuzi tata wa transcriptomic. Kwa upande mwingine, mpangilio wa PacBio (Iso-Seq) hutumia teknolojia ya kusoma kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za mRNA zenye urefu kamili. Mbinu hii inawezesha uchunguzi kamili wa uunganishaji mbadala, muunganiko wa jeni, na utenganishaji wa poli, ingawa sio chaguo kuu la upimaji wa usemi wa jeni. Mchanganyiko wa 2+3 unaziba pengo kati ya Illumina na PacBio kwa kutegemea usomaji wa PacBio HiFi ili kutambua seti kamili ya isoforms za nakala na mpangilio wa NGS ili kupima isoforms zinazofanana.
Majukwaa: PacBio Revio na Illumina NovaSeq
-
Uchambuzi wa Uhusiano wa Jenomu kwa Upana
Lengo la Uchunguzi wa Uhusiano wa Jenomu Pana (GWAS) ni kutambua tofauti za kijenetiki (jenotaipu) zinazohusiana na sifa maalum (fenotaipu). Kwa kuchunguza alama za kijenetiki katika jenomu nzima kwa idadi kubwa ya watu, GWAS huondoa uhusiano wa jeni-fenotaipu kupitia uchambuzi wa takwimu wa kiwango cha idadi ya watu. Mbinu hii hupata matumizi mengi katika kutafiti magonjwa ya binadamu na kuchunguza jeni za utendaji kazi zinazohusiana na sifa changamano katika wanyama au mimea.
Katika BMKGENE, tunatoa njia mbili za kufanya GWAS kwa idadi kubwa ya watu: kutumia Mfuatano wa Jenomu Nzima (WGS) au kuchagua mbinu ya mfuatano wa jenomu iliyopunguzwa uwakilishi, Kipande Kilichoongezwa cha Eneo Maalum (SLAF) kilichotengenezwa ndani. Ingawa WGS inafaa jenomu ndogo, SLAF inajitokeza kama njia mbadala yenye gharama nafuu ya kusoma idadi kubwa ya watu wenye jenomu ndefu, ikipunguza kwa ufanisi gharama za mfuatano, huku ikihakikisha ufanisi mkubwa wa ugunduzi wa alama za kijenetiki.
-
Mpangilio wa RNA ya viini kimoja
Ukuzaji wa mbinu za kukamata seli moja na ujenzi wa maktaba maalum, pamoja na mpangilio wa kiwango cha juu, umebadilisha masomo ya usemi wa jeni katika kiwango cha seli. Mafanikio haya yanaruhusu uchambuzi wa kina na wa kina zaidi wa idadi changamano ya seli, kushinda mapungufu yanayohusiana na wastani wa usemi wa jeni juu ya seli zote na kuhifadhi tofauti za kweli ndani ya idadi hizi. Ingawa mpangilio wa RNA ya seli moja (scRNA-seq) una faida zisizopingika, hukutana na changamoto katika tishu fulani ambapo uundaji wa kusimamishwa kwa seli moja unathibitika kuwa mgumu na unahitaji sampuli mpya. Katika BMKGene, tunashughulikia kikwazo hiki kwa kutoa mpangilio wa RNA ya kiini kimoja (snRNA-seq) kwa kutumia teknolojia ya kisasa ya Chromium ya Genomics ya 10X. Mbinu hii inapanua wigo wa sampuli zinazoweza kutumika kwa uchambuzi wa transcriptome katika kiwango cha seli moja.
Kutengwa kwa viini kunafanywa kupitia chipu bunifu ya 10X Genomics Chromium, yenye mfumo wa microfluidics wa njia nane wenye viunganishi viwili. Ndani ya mfumo huu, shanga za jeli zinazojumuisha barcode, primers, vimeng'enya, na kiini kimoja hufunikwa katika matone ya mafuta yenye ukubwa wa nanolita, na kutengeneza Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kufuatia uundaji wa GEM, lysis ya seli na kutolewa kwa barcode hutokea ndani ya kila GEM. Baadaye, molekuli za mRNA hupitia unukuzi wa kinyume katika cDNA, zikijumuisha barcode 10X na Vitambulisho vya Masi vya Kipekee (UMI). Kisha cDNA hizi huwekwa chini ya ujenzi wa maktaba ya mpangilio wa kawaida, na kuwezesha uchunguzi thabiti na wa kina wa wasifu wa usemi wa jeni katika kiwango cha seli moja.
Jukwaa: 10× Jukwaa la Jenomu la Chromium na Illumina NovaSeq
-
Mpangilio wa Jenomu Nzima ya Mimea/Wanyama
Mfuatano wa Jenomu Nzima (WGS) ni mbinu inayotumika kubaini mfuatano kamili wa DNA wa jenomu ya kiumbe kwa wakati mmoja.
Kwa kawaida, huduma hiyo imegawanywa katika makundi mawili tofauti kulingana na kuwepo kwa jenomu ya marejeleo:
- De novompangilio mzima wa jenomu.Katika hali hii, jenomu itakayopangwa haina jenomu ya marejeleo inayopatikana, na kwa sababu hiyo, lengo la mpangilio huu ni kuizalisha (au kuboresha iliyopo). Mbinu hii inahitaji kutumia data ya Illumina na mpangilio wa kusoma kwa muda mrefu ili kuboresha mkusanyiko wa jenomu kwa kuunda mwingiliano kati ya usomaji.
- Kupanga upya mpangilio.Inarejelea mpangilio mzima wa jenomu wa spishi tofauti zenye jenomu zinazojulikana za marejeleo. Kwa msingi huu, tofauti za jenomu za watu binafsi au idadi ya watu zinaweza kutambuliwa zaidi.
-
Mpangilio wa mRNA wa Urefu Kamili-Nanopore
Ingawa mpangilio wa mRNA unaotegemea NGS ni zana inayoweza kutumika kwa wingi kwa ajili ya kupima usemi wa jeni, kutegemea kwake usomaji mfupi kunazuia ufanisi wake katika uchanganuzi tata wa transcriptomic. Kwa upande mwingine, mpangilio wa nanopores hutumia teknolojia ya kusoma kwa muda mrefu, kuwezesha mpangilio wa nakala za mRNA zenye urefu kamili. Mbinu hii inawezesha uchunguzi kamili wa uunganishaji mbadala, miunganiko ya jeni, utenganishaji wa poli, na upimaji wa isoforms za mRNA.
Mpangilio wa nanopore, mbinu inayotegemea ishara za umeme za nanopore moja kwa wakati halisi, hutoa matokeo kwa wakati halisi. Ikiongozwa na protini za injini, DNA yenye nyuzi mbili hufungamana na protini za nanopore zilizowekwa kwenye biofilm, ikifunguka inapopita kwenye njia ya nanopore chini ya tofauti ya volteji. Ishara tofauti za umeme zinazozalishwa na besi tofauti kwenye nyuzi ya DNA hugunduliwa na kuainishwa kwa wakati halisi, kuwezesha mpangilio sahihi na endelevu wa nyukleotidi. Mbinu hii bunifu hushinda mapungufu ya kusoma kwa ufupi na hutoa jukwaa linalobadilika la uchambuzi tata wa kijenomu, ikiwa ni pamoja na tafiti tata za transcriptomic, na matokeo ya haraka.
Jukwaa: Nanopore PromethION 48
