-
Mfuatano wa Metagenomiki -NGS
Metagenome ni mkusanyiko wa nyenzo zote za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe hai, kama vile metagenome za kimazingira na za binadamu. Ina jenomu za vijidudu vinavyoweza kulimwa na visivyoweza kulimwa. Mfuatano wa metagenomiki wa bunduki kwa kutumia NGS huwezesha utafiti wa mandhari hizi tata za jenomu zilizomo katika sampuli za kimazingira kwa kutoa zaidi ya uainishaji wa taksonomia, na kutoa pia ufahamu wa kina kuhusu utofauti wa spishi, mienendo ya wingi, na miundo tata ya idadi ya watu. Zaidi ya masomo ya taksonomia, metagenomiki ya risasi pia hutoa mtazamo wa jenomu unaofanya kazi, kuwezesha uchunguzi wa jeni zilizosimbwa na majukumu yao ya kufikirika katika michakato ya ikolojia. Hatimaye, uanzishwaji wa mitandao ya uhusiano kati ya vipengele vya kijenetiki na vipengele vya kimazingira huchangia uelewa kamili wa mwingiliano tata kati ya jamii za vijidudu na historia yao ya ikolojia. Kwa kumalizia, mfuatano wa metagenomiki unasimama kama chombo muhimu cha kufichua ugumu wa jenomu wa jamii mbalimbali za vijidudu, na kuangazia uhusiano wa pande nyingi kati ya kijenetiki na ikolojia ndani ya mifumo hii tata ya ikolojia.
Majukwaa: Illumina NovaSeq na DNBSEQ-T7
-
Mfuatano wa Metagenomiki-TGS
Metagenomu ni mkusanyiko wa nyenzo za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe hai, kama vile metagenomu za kimazingira na za binadamu. Ina jenomu za vijidudu vinavyoweza kulimwa na visivyoweza kulimwa. Mfuatano wa metagenomu huwezesha utafiti wa mandhari hizi tata za jenomu zilizowekwa katika sampuli za ikolojia kwa kutoa zaidi ya uainishaji wa taksonomu. Pia hutoa mtazamo wa jenomu unaofanya kazi kwa kuchunguza jeni zilizosimbwa na majukumu yao ya kufikirika katika michakato ya mazingira. Ingawa mbinu za kitamaduni za shotgun na mfuatano wa Illumina zimetumika sana katika masomo ya metagenomu, ujio wa mfuatano wa Nanopore na PacBio uliosomwa kwa muda mrefu umebadilisha uwanja. Teknolojia ya Nanopore na PacBio huongeza uchanganuzi wa kibiolojia unaofuata, haswa mkusanyiko wa metagenomu, kuhakikisha mikusanyiko endelevu zaidi. Ripoti zinaonyesha kuwa metagenomu zinazotegemea Nanopore na PacBio zimefanikiwa kutoa jenomu kamili na zilizofungwa za bakteria kutoka kwa vijidudu tata (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Kuunganisha usomaji wa Nanopore na usomaji wa Illumina hutoa mbinu ya kimkakati ya kurekebisha makosa, kupunguza usahihi mdogo wa asili wa Nanopore. Mchanganyiko huu wa ushirikiano hutumia nguvu za kila jukwaa la mpangilio, kutoa suluhisho thabiti la kushinda mapungufu yanayowezekana na kuendeleza usahihi na uaminifu wa uchambuzi wa metagenomiki.
Jukwaa: Nanopore PromethION 48, Illumia na PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Jeni za rRNA za 16S na 18S, pamoja na eneo la Internal Transcribed Spacer (ITS), hutumika kama alama muhimu za alama za vidole vya molekuli kutokana na mchanganyiko wao wa maeneo yaliyohifadhiwa sana na yanayobadilika-badilika sana, na kuzifanya kuwa zana muhimu sana za kuainisha viumbe vya prokaryotic na yukariyoti. Ukuzaji na mpangilio wa maeneo haya hutoa mbinu isiyotenganishwa ya kuchunguza muundo na utofauti wa vijidudu katika mifumo mbalimbali ya ikolojia. Ingawa mpangilio wa Illumina kwa kawaida hulenga maeneo mafupi yanayobadilika-badilika sana kama vile V3-V4 ya 16S na ITS1, imeonyeshwa kuwa ufafanuzi bora wa taksonomia unaweza kufikiwa kwa kupanga urefu mzima wa 16S, 18S, na ITS. Mbinu hii pana husababisha asilimia kubwa ya mfuatano ulioainishwa kwa usahihi, na kufikia kiwango cha azimio kinachoenea hadi utambuzi wa spishi. Jukwaa la mpangilio wa Molekuli Moja kwa Wakati Halisi (SMRT) la PacBio linajitokeza kwa kutoa usomaji mrefu sahihi sana (HiFi) unaofunika amplikoni za urefu kamili, ukilinganisha usahihi wa mpangilio wa Illumina. Uwezo huu unawaruhusu watafiti kupata faida isiyo na kifani - mtazamo wa mandhari ya kijenetiki. Ufikiaji uliopanuliwa huongeza kwa kiasi kikubwa azimio katika maelezo ya spishi, haswa ndani ya jamii za bakteria au fangasi, na kuwezesha uelewa wa kina wa ugumu wa idadi ya vijidudu.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Mpangilio wa Amplicon kwa kutumia teknolojia ya Illumina, hasa inayolenga alama za kijenetiki za 16S, 18S, na ITS, ni njia yenye nguvu ya kufichua fiziolojia, taksonomia, na wingi wa spishi ndani ya jamii za vijidudu. Mbinu hii inahusisha mpangilio wa maeneo yanayobadilika-badilika ya alama za kijenetiki za utunzaji wa nyumba. Hapo awali ilianzishwa kama alama ya kidole ya molekuli naWoeses na wenzakeMnamo 1977, mbinu hii imebadilisha uainishaji wa vijidudu kwa kuwezesha uchambuzi usiotenganisha. Kupitia mpangilio wa 16S (bakteria), 18S (fungi), na Internal Transcribed Spacer (ITS, fungi), watafiti wanaweza kutambua sio tu spishi nyingi bali pia zile adimu na zisizotambuliwa. Ikitumiwa sana kama zana muhimu, mpangilio wa amplicon umekuwa muhimu katika kutambua utunzi tofauti wa vijidudu katika mazingira mbalimbali, ikiwa ni pamoja na mdomo wa binadamu, matumbo, kinyesi, na zaidi.
-
Upangaji Upya wa Jenomu Nzima ya Bakteria na Fangasi
Miradi ya upangaji upya wa jenomu nzima ya bakteria na kuvu ni muhimu kwa kuendeleza jenomu za vijidudu kwa kuwezesha kukamilisha na kulinganisha jenomu za vijidudu. Hii inawezesha uhandisi wa uchachushaji, uboreshaji wa michakato ya viwanda, na uchunguzi wa njia za kimetaboliki za sekondari. Zaidi ya hayo, upangaji upya wa vijidudu na bakteria ni muhimu kwa kuelewa marekebisho ya mazingira, kuboresha aina, na kufichua mienendo ya mageuko ya kijenetiki, ikiwa na athari kubwa katika dawa, kilimo, na sayansi ya mazingira.
-
Mfuatano wa RNA ya Prokaryotic
Mfuatano wa RNA huwezesha uainishaji kamili wa nakala zote za RNA ndani ya seli chini ya hali maalum. Teknolojia hii ya kisasa hutumika kama zana yenye nguvu, ikifunua wasifu tata wa usemi wa jeni, miundo ya jeni, na mifumo ya molekuli inayohusiana na michakato mbalimbali ya kibiolojia. Ikiwa imetumika sana katika utafiti wa msingi, uchunguzi wa kimatibabu, na ukuzaji wa dawa, mfuatano wa RNA hutoa ufahamu kuhusu ugumu wa mienendo ya seli na udhibiti wa kijenetiki. Usindikaji wetu wa sampuli ya RNA ya prokaryotic umeundwa kwa ajili ya transcriptome za prokaryotic, zinazohusisha kupungua kwa rRNA na maandalizi ya maktaba ya mwelekeo.
-
Mfuatano wa Metanukuu
Kwa kutumia teknolojia ya mpangilio wa Illumina, huduma ya mpangilio wa metatranscriptome ya BMKGENE inafichua usemi wa jeni unaobadilika wa safu mbalimbali za vijidudu, kuanzia yukariyoti hadi prokariyoti na virusi, ndani ya mazingira ya asili kama vile udongo, maji, bahari, kinyesi, na utumbo. Huduma yetu kamili inawawezesha watafiti kuchunguza wasifu kamili wa usemi wa jeni wa jamii changamano za vijidudu. Zaidi ya uchanganuzi wa taksonomia, huduma yetu ya mpangilio wa metatranscriptome inawezesha uchunguzi katika uboreshaji wa utendaji kazi, ikitoa mwanga juu ya jeni zilizoonyeshwa tofauti na majukumu yao. Gundua maarifa mengi ya kibiolojia unapopitia mandhari changamano ya usemi wa jeni, utofauti wa taksonomia, na mienendo ya utendaji kazi ndani ya maeneo haya tofauti ya mazingira.
-
De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE hutoa suluhisho zinazofaa kwa jenomu za kuvu, ikikidhi mahitaji mbalimbali ya utafiti na ukamilifu wa jenomu unaohitajika. Kutumia mpangilio wa Illumina wa kusoma kwa ufupi pekee huruhusu uzalishaji wa jenomu ya rasimu. Usomaji mfupi na mpangilio wa kusoma kwa ufupi kwa kutumia Nanopore au Pacbio huunganishwa kwa jenomu ya kuvu iliyosafishwa zaidi yenye mikusanyiko mirefu.
-
Mkutano wa Genome wa Bakteria mpya
Tunatoa huduma kamili ya kukusanya jenomu ya bakteria, na kuhakikisha mapengo 0. Hili linawezekana kwa kuunganisha teknolojia za mpangilio wa kusoma kwa muda mrefu, kama vile Nanopore na PacBio kwa ajili ya mkusanyiko na mpangilio wa kusoma kwa muda mfupi na Illumina kwa ajili ya uthibitisho wa mkusanyiko na marekebisho ya makosa ya usomaji wa ONT. Huduma yetu hutoa mtiririko kamili wa kazi wa kibiolojia kutoka kwa mkusanyiko, maelezo ya utendaji kazi, na uchambuzi wa hali ya juu wa kibiolojia, na kutimiza malengo maalum ya utafiti. Huduma hii inawezesha ukuzaji wa jenomu sahihi za marejeleo kwa ajili ya tafiti mbalimbali za kijenetiki na kijenomu. Zaidi ya hayo, huunda msingi wa matumizi kama vile uboreshaji wa aina, uhandisi wa kijenetiki, na maendeleo ya teknolojia ya vijidudu, kuhakikisha data ya kijenomu ya kuaminika na isiyo na mapengo muhimu kwa ajili ya kuendeleza maarifa ya kisayansi na uvumbuzi wa kibiolojia.
