-
BMKMANU S3000_Nakala ya Nafasi
Transcriptomics ya anga ni mbinu inayoturuhusu kunasa na kuibua usemi wa jeni ndani ya tishu. Hii inaweza kuwa muhimu kuelewa jinsi seli zinavyoingiliana.
Kuna majukwaa tofauti ya mbinu hii. Katika suala hili, BMKGene imeunda BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, jukwaa linaloongeza utendaji wa mbinu, kufikia azimio la chini ya seli na kuwezesha mpangilio wa azimio la ngazi nyingi.
Chipu hii ina sehemu milioni 4.2 kwa kutumia teknolojia ya hati miliki ya visima vidogo vilivyowekwa shanga zilizojaa probes zilizo na msimbopau kwa njia ya anga. Kwa njia hii, baada ya kunasa na kukuza, tunapata maktaba ya cDNA iliyojaa sampuli zilizo na msimbopau ambazo zinaendana na Illumina.
Kwenye data, mchanganyiko wa msimbopau wa anga na UMI huhakikisha usahihi na umaalum wa data inayozalishwa. Kwa kuchanganya yote yaliyo hapo juu, BMKManu hutoa mpangilio wa data unaoweza kutumika kwa njia nyingi sana.
-
Mpangilio wa RNA ya viini kimoja
Ukuzaji wa mbinu za kukamata seli moja na ujenzi wa maktaba maalum, pamoja na mpangilio wa kiwango cha juu, umebadilisha masomo ya usemi wa jeni katika kiwango cha seli. Mafanikio haya yanaruhusu uchambuzi wa kina na wa kina zaidi wa idadi changamano ya seli, kushinda mapungufu yanayohusiana na wastani wa usemi wa jeni juu ya seli zote na kuhifadhi tofauti za kweli ndani ya idadi hizi. Ingawa mpangilio wa RNA ya seli moja (scRNA-seq) una faida zisizopingika, hukutana na changamoto katika tishu fulani ambapo uundaji wa kusimamishwa kwa seli moja unathibitika kuwa mgumu na unahitaji sampuli mpya. Katika BMKGene, tunashughulikia kikwazo hiki kwa kutoa mpangilio wa RNA ya kiini kimoja (snRNA-seq) kwa kutumia teknolojia ya kisasa ya Chromium ya Genomics ya 10X. Mbinu hii inapanua wigo wa sampuli zinazoweza kutumika kwa uchambuzi wa transcriptome katika kiwango cha seli moja.
Kutengwa kwa viini kunafanywa kupitia chipu bunifu ya 10X Genomics Chromium, yenye mfumo wa microfluidics wa njia nane wenye viunganishi viwili. Ndani ya mfumo huu, shanga za jeli zinazojumuisha barcode, primers, vimeng'enya, na kiini kimoja hufunikwa katika matone ya mafuta yenye ukubwa wa nanolita, na kutengeneza Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kufuatia uundaji wa GEM, lysis ya seli na kutolewa kwa barcode hutokea ndani ya kila GEM. Baadaye, molekuli za mRNA hupitia unukuzi wa kinyume katika cDNA, zikijumuisha barcode 10X na Vitambulisho vya Masi vya Kipekee (UMI). Kisha cDNA hizi huwekwa chini ya ujenzi wa maktaba ya mpangilio wa kawaida, na kuwezesha uchunguzi thabiti na wa kina wa wasifu wa usemi wa jeni katika kiwango cha seli moja.
Jukwaa: 10× Jukwaa la Jenomu la Chromium na Illumina NovaSeq
