Bidhaa

Mpangilio wa DNA/RNA -PacBio Sequencer

Mfuatano wa DNA/RNA -Picha Iliyoangaziwa ya Kifuataji cha PacBio

Jukwaa la mpangilio la PacBio ni jukwaa la kupanga mpangilio lililosomwa kwa muda mrefu, ambalo pia linajulikana kama mojawapo ya teknolojia ya Upangaji wa Kizazi cha Tatu (TGS).Teknolojia ya msingi, wakati halisi wa molekuli (SMRT), huwezesha uzalishaji wa usomaji na mamia ya msingi wa kilo kwa urefu.Kwa msingi wa "Mfuatano kwa Usanisi", azimio la nyukleotidi moja hufikiwa na mwongozo wa wimbi la hali ya Sifuri(ZMW), ambapo kiasi kidogo tu cha chini (tovuti ya usanisi wa molekuli), huangaziwa.Kwa kuongezea, upangaji wa SMRT kwa kiasi kikubwa huepuka upendeleo wa mfuatano maalum katika mfumo wa NGS, kwa kuwa hatua nyingi za ukuzaji wa PCR hazihitajiki katika mchakato wa ujenzi wa maktaba.

Jukwaa: Sequel II, Revio

Wasiliana nasi

Maelezo ya Huduma

Matokeo ya Onyesho

Vipengele

Njia mbili za mpangilio kwenye mpangilio wa PacBio: Kusoma kwa Muda Mrefu (CLR) na Kusomwa kwa Makubaliano ya Mduara (CCS)

Hali ya Mpangilio

Ukubwa wa Maktaba

Data ya KinadhariaMazao (Kwa Kila Kiini)

Msingi mmojaUsahihi

Maombi

CLR

20Kb, 30Kb, nk.

80 Gb hadi 130 Gb

Takriban.85%

De novo, kupiga simu kwa SV, nk.

CCS

15-20 KB

14 hadi 40 Gb/Seli (Muendelezo wa II)

70 hadi 110 Gb/Kiini (Revio)

Inategemea sampuli

Takriban.99%

De novo, SNP/Indel/SV kupiga simu, Iso-Seq,

Ulinganisho wa utendaji na vipengele vya Revio na Mwendelezo wa II

Masharti	Mfumo wa Sequel II	Mfumo wa revio	Ongeza
Msongamano wa juu	ZMW milioni 8	ZMW milioni 25	3x
Hatua za kujitegemea	1	4	4x
Muda mfupi wa kukimbia	Saa 30	Saa 24	1.25x
30X HiFi jenomu za binadamu / mwaka	88	1,300	15x kwa jumla

Faida za Huduma

● Tajriba ya zaidi ya miaka 8 kwenye jukwaa la mpangilio la PacBio lenye maelfu ya miradi iliyofungwa yenye spishi mbalimbali.

● Iliyo na mifumo ya hivi punde zaidi ya Kufuatana ya PacBio, Revio ili kuhakikisha utendakazi wa kutosha wa mpangilio.

● Muda wa kurudi kwa kasi, mavuno ya juu ya data na data sahihi zaidi.

● Imechangiwa katika mamia ya machapisho ya PacBio yenye athari kubwa.

Mahitaji ya Sampuli

Aina ya Sampuli

Kiasi

Kuzingatia (Qubit®)

Kiasi

Usafi

Wengine

DNA ya Genomic

Inategemea Mahitaji ya Data

≥50 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
Upeo wa wazi wa 260 nm,hakuna uchafuzi

Mkazo unahitaji kupimwa kwa Qubit na Qubit/Nanopore = 0.8-2.5

Jumla ya RNA

≥1.2μg

≥120 ng/μl

≥15μl

OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;hakuna uchafuzi

Thamani ya RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

Mtiririko wa kazi wa huduma

Maandalizi ya sampuli

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Utoaji wa mradi

Iliyotangulia: Mtengenezaji wa OEM Huduma ya Mfuatano wa Mrna - Upangaji wa muda mrefu usio na usimbaji-Illumina - Biomarker

Inayofuata: Illumina na BGI

1. Mazao ya Data ya Ndani

Data inayotokana na seli 63 za CCS (kutoka kwa spishi 26)

DATA-PacBio-CCS-15 KB	Wastani	Max	Dak	Wastani
Mazao - masomo madogo (Gb)	421.12	544.27	221.38	426.58
Imetolewa - CCS(Gb)	25.93	38.59	10.86	25.43
Polymerase N50	145,651	175,430	118,118	144,689
Visomo vidogo N50	17,509	23,924	12,485	17,584
CCS N50	14,490	19,034	9,876	14,747
Urefu wa wastani-Polymerase	67,995	89,379	49,664	66,433
Wastani wa urefu-Vipande vidogo	15,866	21,036	11,657	16,012
Urefu wa wastani-CCS	14,489	19,074	8,575	14,655

Data inayotokana na seli 16 za CLR (kutoka kwa spishi 76)

DATA-PacBio-CLR-30Kb	Wastani	Max	Dak	Wastani
Mazao - masomo madogo (Gb)	142.20	291.40	50.55	142.49
Polymerase N50	39,456	121,191	15,389	35,231
Visomo vidogo N50	28,490	41,012	14,430	29,063
Urefu wa wastani-Polymerase	22,063	48,886	8,747	21,555
Wastani wa urefu-Vipande vidogo	17,720	27,225	8,293	17,779

2.Data QC - OnyeshoTakwimu za mavuno ya data

Sampuli	ccs Inasoma Nambari	Jumla ya Besi za ccs (bp)	ccs Inasoma N50 (bp)	ccs Wastani wa Urefu (bp)	ccs Ilisomwa Muda Mrefu zaidi (bp)	Misingi ya kusoma ndogo (bp)	kiwango cha ccs(%)
PB_BMKxxx	3,444,159	54,164,122,586	15,728	15,726	36,110	863,326,330,465	6.27