Mpangilio wa Metagenomic-Nanopore
Faida za Huduma
ØKusanyiko la hali ya juu-Kuimarisha usahihi wa utambuzi wa spishi na utabiri wa jeni za uamilishi
ØKutengwa kwa genome ya bakteria iliyofungwa
ØUtumizi wenye nguvu zaidi na wa kutegemewa katika maeneo mbalimbali, kwa mfano kugundua vijidudu vya pathogenic au jeni zinazohusiana na upinzani wa viuavijasumu.
ØUchambuzi wa kulinganisha wa metagenome
Vipimo vya huduma
| KufuatanaJukwaa | Maktaba | Matoleo ya data yaliyopendekezwa | Muda uliokadiriwa wa kurejea |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Lebo za 50K/100K/300K | Siku 30 |
Uchambuzi wa Bioinformatics
üUdhibiti wa ubora wa data ghafi
üMkutano wa Metagenome
üSeti ya jeni isiyohitajika na ufafanuzi
üUchambuzi wa aina mbalimbali
üUchambuzi wa utendakazi wa maumbile
üUchambuzi wa vikundi
üUchambuzi wa ushirika dhidi ya sababu za majaribio
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya sampuli na utoaji
Mahitaji ya Sampuli:
KwaDondoo za DNA:
| Aina ya Sampuli | Kiasi | Kuzingatia | Usafi |
| Dondoo za DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Kwa sampuli za mazingira:
| Aina ya sampuli | Utaratibu wa sampuli uliopendekezwa |
| Udongo | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Dutu iliyokauka iliyobaki inahitaji kuondolewa kutoka kwa uso;Kusaga vipande vikubwa na kupitisha chujio cha mm 2;Sampuli za Aliquot katika EP-tube au cyrotube ambazo zimehifadhiwa kwa ajili ya kuhifadhi. |
| Kinyesi | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli katika EP-tube tasa au cryotube kwa ajili ya kuhifadhi. |
| Yaliyomo kwenye matumbo | Sampuli zinahitajika kusindika chini ya hali ya aseptic.Osha tishu zilizokusanywa na PBS;Centrifuge PBS na kukusanya precipitant katika EP-tubes. |
| Tope | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli ya tope kwenye bomba la EP au cryotube ili uhifadhi. |
| Maji | Kwa sampuli iliyo na kiasi kidogo cha vijidudu, kama vile maji ya bomba, maji ya kisima, n.k., Kusanya angalau lita 1 ya maji na upitishe kichujio cha 0.22 μm ili kuimarisha microbial kwenye membrane.Hifadhi membrane kwenye bomba la kuzaa. |
| Ngozi | Futa kwa uangalifu uso wa ngozi na usufi wa pamba au blade ya upasuaji na uiweke kwenye mirija isiyoweza kuzaa. |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Zigandishe sampuli katika nitrojeni kioevu kwa saa 3-4 na uhifadhi katika nitrojeni kioevu au digrii -80 hadi uhifadhi wa muda mrefu.Sampuli ya usafirishaji na barafu kavu inahitajika.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
1.Ramani ya joto: Mkusanyiko wa utajiri wa spishi
2.Jeni zinazofanya kazi zilizofafanuliwa kwa njia za kimetaboliki za KEGG
3.Mtandao wa uwiano wa spishi
4.Circos ya CARD antibiotic resistance jeni
Kesi ya BMK
Metagenomics ya Nanopore huwezesha utambuzi wa kliniki wa haraka wa maambukizi ya bakteria ya kupumua kwa chini
Iliyochapishwa:Bioteknolojia ya Asili, 2019
Mambo Muhimu ya Kiufundi
Mfuatano: Nanopore MiniION
Kliniki metagenomics bioinformatics: Kupungua kwa DNA ya mwenyeji, uchambuzi wa WIMP na ARMA
Utambuzi wa haraka: masaa 6
Usikivu wa juu: 96.6%
Matokeo muhimu
Mnamo 2006, maambukizo ya chini ya kupumua (LR) yalisababisha vifo vya watu milioni 3 ulimwenguni.Mbinu ya kawaida ya kugundua pathojeni ya LR1 ni upanzi, ambao una unyeti duni, wa kugeuza-geuza kwa muda mrefu na ukosefu wa mwongozo katika matibabu ya mapema ya viuavijasumu.Utambuzi wa haraka na sahihi wa microbial kwa muda mrefu imekuwa hitaji la haraka.Dkt. Justin kutoka Chuo Kikuu cha East Anglia na washirika wake walifanikiwa kutengeneza mbinu ya metagenomic yenye msingi wa Nanopore kwa ajili ya kugundua pathojeni.Kulingana na mtiririko wao wa kazi, 99.99% ya DNA mwenyeji inaweza kupunguzwa.Utambuzi wa vimelea na jeni sugu za viuavijasumu unaweza kukamilika baada ya saa 6.
Rejea
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Metagenomics ya Nanopore huwezesha utambuzi wa kliniki wa haraka wa maambukizi ya bakteria ya kupumua kwa chini.Bayoteknolojia ya Asili, 37(7), 1.
