Mfuatano wa Metagenomiki-TGS
Metagenomu ni mkusanyiko wa nyenzo za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe hai, kama vile metagenomu za kimazingira na za binadamu. Ina jenomu za vijidudu vinavyoweza kulimwa na visivyoweza kulimwa. Mfuatano wa metagenomu huwezesha utafiti wa mandhari hizi tata za jenomu zilizowekwa katika sampuli za ikolojia kwa kutoa zaidi ya uainishaji wa taksonomu. Pia hutoa mtazamo wa jenomu unaofanya kazi kwa kuchunguza jeni zilizosimbwa na majukumu yao ya kufikirika katika michakato ya mazingira. Ingawa mbinu za kitamaduni za shotgun na mfuatano wa Illumina zimetumika sana katika masomo ya metagenomu, ujio wa mfuatano wa Nanopore na PacBio uliosomwa kwa muda mrefu umebadilisha uwanja. Teknolojia ya Nanopore na PacBio huongeza uchanganuzi wa kibiolojia unaofuata, haswa mkusanyiko wa metagenomu, kuhakikisha mikusanyiko endelevu zaidi. Ripoti zinaonyesha kuwa metagenomu zinazotegemea Nanopore na PacBio zimefanikiwa kutoa jenomu kamili na zilizofungwa za bakteria kutoka kwa vijidudu tata (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Kuunganisha usomaji wa Nanopore na usomaji wa Illumina hutoa mbinu ya kimkakati ya kurekebisha makosa, kupunguza usahihi mdogo wa asili wa Nanopore. Mchanganyiko huu wa ushirikiano hutumia nguvu za kila jukwaa la mpangilio, kutoa suluhisho thabiti la kushinda mapungufu yanayowezekana na kuendeleza usahihi na uaminifu wa uchambuzi wa metagenomiki.
Jukwaa: Nanopore PromethION 48, Illumia na PacBio Revio
Vipengele vya Huduma
● Mfuatano mrefu wa usomaji kwenye Nanopore P48 (maktaba ya 10Kb); PacBio Revio (maktaba ya 8Kb)
● Marekebisho ya hitilafu: mpangilio kwenye Illumina NovaSeq (maktaba ya PE150)
Faida za Huduma
●Mkusanyiko wa Metagenomu wa Ubora wa Juu:Kwa viunganishi vichache vyenye mwendelezo wa hali ya juu.
●Usahihi wa Juu Zaidi:Utambuzi wa spishi na utabiri wa jeni unaofanya kazi.
●Usanidi Ulioboreshwa: Kuwezesha kutenganishwa kwa jenomu ya bakteria na uchambuzi linganishi wa metajenomu.
●Uchambuzi Kamili wa Bioinformatiki:Uchambuzi wetu hauzingatii tu utofauti wa taksonomia bali pia utofauti wa utendaji kazi wa jamii.
●Uzoefu MkubwaTimu yetu huleta utajiri wa uzoefu kwa kila mradi, ikiwa na rekodi ya kufunga miradi mingi ya metagenomics katika nyanja mbalimbali za utafiti na kusindika zaidi ya sampuli 200,000, timu yetu huleta utajiri wa uzoefu kwa kila mradi.
Vipimo vya Huduma
| Jukwaa la mpangilio | Mkakati wa Mfuatano | Data iliyopendekezwa |
| Illumina NovaSeq | PE150 | Gb 6 |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6 / 10 Gb |
| Tathmini ya PacBio | 8 kb | 10 / 20 Gb |
Mahitaji ya Sampuli
| Mkusanyiko (ng/µL) | Jumla ya kiasi (µg) | Kiasi (µL) | |
| Maktaba ya Illumina PE150 | ≥1 | ≥0.03 | ≥20 |
| Maktaba ya Nanopore 10 kb | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| Maktaba ya PacBio ya kb 8 | ≥50 | 10 µg/seli | ≥20 |
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Inajumuisha uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa Ubora wa Data kwa Mfuatano
● Mkusanyiko wa Metagenomu na Utabiri wa Jeni
● Maelezo ya Jeni
● Uchambuzi wa Utofauti wa Alpha wa Taxonomiki
● Uchambuzi wa Utendaji Kazi wa Jumuiya: Kazi ya Kibiolojia, Kimetaboliki, Upinzani wa Antibiotiki
● Uchambuzi kuhusu Utofauti wa Utendaji na Uainishaji:
Uchambuzi wa Tofauti za Beta
Uchambuzi wa makundi
Uchambuzi wa Uhusiano: kati ya vipengele vya mazingira na muundo na utofauti wa OUT
Usambazaji wa seti ya jeni isiyo na upungufu:
Maelezo ya jeni: Njia ya KEGG
Maelezo ya jeni: eggNOG
Maelezo ya jeni: Wanga wa CAZY
Mtandao wa uhusiano wa spishi:
Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma ya mpangilio wa metagenomics ya BMKGene kwa kutumia Nanopore + Illumina ukitumia chapisho hili lililoangaziwa:
Jin, H. et al. (2023) 'Mkusanyiko wa jenomu wa ubora wa juu wa microbiome ya utumbo wa binadamu wa Wamongolia wa Ndani', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), uk. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
