Mfuatano Mzima wa Transcriptome - Illumina
Vipengele
● Uundaji wa maktaba mara mbili ili kupanga mfuatano wa nakala kamili: maktaba ya kupungua kwa rRNA na utayarishaji wa maktaba ndogo ya RNA.
● Uchambuzi kamili wa kibiolojia wa mRNA, lncRNA, circRNA na miRNA katika ripoti tofauti za kibiolojia, pamoja na uchanganuzi wa pamoja na usemi wote wa RNA pamoja, ikiwa ni pamoja na uchanganuzi wa mitandao ya ceRNA.
Faida za Huduma
●Utaalamu wa Kina: Tumeshughulikia zaidi ya miradi 2100 ya nakala nzima, ikijumuisha aina mbalimbali za sampuli. Tunaleta utajiri wa utaalamu kwa kila mradi.
●Udhibiti Mkali wa Ubora: Tunatekeleza vipengele vya udhibiti mkuu katika hatua zote, kuanzia utayarishaji wa sampuli hadi utayarishaji wa maktaba, mpangilio na bioinformatiki. Ufuatiliaji wetu wa kina unahakikisha utoaji wa matokeo ya ubora wa hali ya juu kila mara.
●Maelezo Kamili: Tunatumia hifadhidata nyingi ili kufafanua Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti (DEGs) kwa utendaji kazi na kufanya uchanganuzi unaolingana wa uboreshaji. Mbinu hii pana hutoa maarifa kuhusu michakato ya seli na molekuli inayoongoza mwitikio wa transcriptome, kuhakikisha unapata taarifa zote zinazowezekana kuhusu data ya jaribio lako.
●Uchambuzi wa Kina wa Mitandao ya UdhibitiUchambuzi wa mtandao wa ceRNA unawezeshwa na mpangilio wa pamoja wa mRNA, lncRNA, circRNA, na miRNA na kwa mtiririko kamili wa kazi wa kibiolojia.
●Usaidizi wa Baada ya Mauzo: Tunaelewa umuhimu wa kuwepo, ndiyo maana ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha huduma cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
| Maktaba | Mkakati wa mpangilio | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa Ubora |
| rRNA imepungua | Illumina PE150 | Gb 16 | Q30≥85% |
| Ukubwa umechaguliwa | Illumina SE50 | Usomaji wa milioni 10-20 |
Mahitaji ya Mfano:
Nyukleotidi:
| Kikomo (ng/μl) | Kiasi (μg) | Usafi | Uadilifu |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Uchafuzi mdogo au hakuna protini au DNA unaoonyeshwa kwenye jeli. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; mwinuko mdogo au hakuna msingi |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: Mrija wa sentrifuge wa 2 ml (Foili ya bati haipendekezwi)
Uwekaji lebo wa sampuli: Kundi+nakili k.m. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Usafirishaji:
1. Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kupakiwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
2. Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mrija wa uthabiti wa RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye joto la kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Ubunifu wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Bioinformatiki
Zaidi ya uchambuzi wote kwa kila mmoja, aina 4 za RNA zimeunganishwa katika uchambuzi wetu wa viungo:
- Uchambuzi wa usemi wa pamoja kati ya aina zote tofauti za data ya RNA
- Muhtasari wa usemi wa RNA
- Muhtasari wa usemi tofauti
- Mtandao wa CeRNA
- Jeni muhimu zilizojumuishwa katika njia
- Uchambuzi wa uhifadhi
- Kulenga mahusiano
Muhtasari wa usemi wa RNA
Jeni Zilizoonyeshwa Tofauti
uchambuzi wa ceRNA
MiRNA zilizoonyeshwa tofauti na RNA zinazohusiana
Chunguza maendeleo ya utafiti yaliyowezeshwa na huduma zote za mpangilio wa nakala za BMKGene kupitia mkusanyiko wa machapisho ulioratibiwa.
Dai, Y. et al. (2022) 'Wasifu kamili wa usemi wa mRNA, lncRNA na miRNA katika ugonjwa wa Kashin-Beck unaotambuliwa kwa mpangilio wa RNA',Omiki za Masi, 18(2), ukurasa wa 154-166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Uchambuzi kamili wa nakala za Apis cerana zinazostahimili baridi katika Mlima Changbai wakati wa majira ya baridi kali.',Jeni, 830, uk. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Upaumbele Unaotegemea Ujumuishaji wa Multi-Omics wa Mitandao ya Udhibiti wa RNA Endogenous katika Saratani ya Mapafu ya Seli Ndogo: Sifa za Masi na Wagombea wa Dawa',Mipaka katika Oncology, 12, uk. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Uchambuzi jumuishi wa wasifu wa usemi wa lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA unaonyesha ufahamu mpya kuhusu mifumo inayowezekana katika kukabiliana na minyoo ya fundo la mizizi katika karanga',Jenomu ya BMC, 23(1), uk. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/VIELELEZO/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Upangaji wa RNA ya unukuzi mzima unaangazia mifumo ya molekuli inayohusiana na utunzaji wa ubora wa baada ya mavuno katika brokoli kwa kutumia mionzi nyekundu ya LED',Biolojia na Teknolojia ya Baada ya Mavuno, 188, uk. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARIVBIO.2022.111878.
