circRNA mpangilio-Illumina
Faida za Huduma
ØCircRNA ina uhusiano mkubwa na udhibiti wa usemi wa mRNA
ØImeshiriki katika mfumo wa udhibiti wa circRNA - miRNA - mRNA
ØKitambulisho na takwimu za circRNA inayojulikana na utabiri wa riwaya ya circRNA
ØUwasilishaji wa matokeo kulingana na BMKCloud: Uchimbaji data uliobinafsishwa unapatikana kwenye jukwaa.
ØHuduma za baada ya kuuza ni halali kwa miezi 3 baada ya kukamilika kwa mradi
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Sampuli:
Nucleotides:
| Usafi | Uadilifu | Uchafuzi | Kiasi |
| OD260/280≥1.7-2.5;OD260/230≥0.5-2.5; | Kwa mimea: RIN≥6.5;Kwa wanyama: RIN≥7;28S/18S≥1.0;mwinuko mdogo au hakuna wa msingi | Uchafuzi wa protini au DNA umepunguzwa au haujaonyeshwa kwenye jeli. | Conc.≥100ng/μl;Kiasi ≥ 10 μl;Jumla ≥2μg |
Kiini: Uzito(kavu): ≥1 g
*Kwa tishu ndogo kuliko miligramu 5, tunapendekeza kutuma sampuli ya tishu iliyogandishwa (katika nitrojeni kioevu).
Kusimamishwa kwa seli: Idadi ya seli = 3 × 107
*Tunapendekeza kusafirisha lisate ya seli iliyoganda.Ikiwa seli itahesabu ndogo kuliko 5x105, flash iliyogandishwa katika nitrojeni kioevu inapendekezwa.
Sampuli za damu:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol na 2mL damu (TRIzol:Damu=3:1)
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Chombo: 2 ml centrifuge tube (bati foil haifai)
Sampuli ya kuweka lebo: Kundi+ kunakili mfano A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Usafirishaji:
Barafu kavu: Sampuli zinahitaji kuingizwa kwenye mifuko na kuzikwa kwenye barafu kavu.
Mirija ya RNAstable: Sampuli za RNA zinaweza kukaushwa kwenye mirija ya kusawazisha ya RNA (km RNAstable®) na kusafirishwa kwenye halijoto ya kawaida.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Uwasilishaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Bioinformatics
 |
1.Wapangishi wa CircRNA
Imeripotiwa kuwa nyingi ya circRNAs zinatokana na exons badala ya introns au mikoa intergenic.Aidha usambazaji wa circRNA hutofautiana kwa kiasi kikubwa kati ya kromosomu.Kwa hivyo, ni jambo la thamani kubwa kutathmini ugawaji tofauti wa wapangishi wa circRNA kati ya sampuli tofauti, ikijumuisha usambazaji huo kwenye maeneo tofauti ya jeni na kwenye kromosomu tofauti.
Usambazaji wa seva pangishi ya circRNA
2.Uchambuzi wa Kuunganisha kwenye DE-circRNA
Mkusanyiko wa daraja la circRNA zilizoonyeshwa kwa njia tofauti
Ufafanuzi wa 3.GO kwenye Jeni Pandishi wa DE-circRNA
Uainishaji wa GO wa jeni mwenyeji wa DE-circRNA
Kesi ya BMK
CPSF4 inadhibiti uundaji wa circRNA na ukimya wa jeni uliopatanishwa na microRNA katika saratani ya hepatocellular.
Iliyochapishwa: Oncogene,2021
Matokeo muhimu
Usemi wa 1.CPSF4 umedhibitiwa katika HCC na kwamba usemi wa juu wa CPSF4 unahusishwa na ubashiri mbaya kwa wagonjwa wa HCC.
2. CPSF4 inapunguza viwango vya circRNA, ambazo zina mfuatano wa mawimbi ya poliadenylation na kupungua huku kwa circRNA hupunguza mrundikano wa miRNA na kutatiza unyamazishaji wa jeni unaopatana na miRNA katika HCC.
3.Majaribio katika utamaduni wa seli na mifano ya panya ya xenograft yalionyesha kuwa CPSF4 inakuza kuenea kwa seli za HCC na huongeza tumorigenicity.Zaidi ya hayo, CPSF4 inapinga athari ya kukandamiza tumor ya circRNA yake ya chini katika HCC.
 viwango vya miRNA na viwango vya protini |
Wang X , Dong J , Li X , et al.CPSF4 hudhibiti uundaji wa circRNA na kunyamazisha jeni zilizopatanishwa na microRNA katika saratani ya hepatocellular[J].Oncogene.DOI: 10.1038/s41388-021-01867-6
