Ingia kwenye BMKCloud

Bidhaa

Uchambuzi wa Uhusiano wa Jenomu kwa Upana

Lengo la Uchunguzi wa Uhusiano wa Jenomu Pana (GWAS) ni kutambua tofauti za kijenetiki (jenotaipu) zinazohusiana na sifa maalum (fenotaipu). Kwa kuchunguza alama za kijenetiki katika jenomu nzima kwa idadi kubwa ya watu, GWAS huondoa uhusiano wa jenotaipu-fenotaipu kupitia uchambuzi wa takwimu wa kiwango cha idadi ya watu. Mbinu hii hupata matumizi mengi katika kutafiti magonjwa ya binadamu na kuchunguza jeni za utendaji kazi zinazohusiana na sifa changamano katika wanyama au mimea.

Katika BMKGENE, tunatoa njia mbili za kufanya GWAS kwa idadi kubwa ya watu: kutumia Mfuatano wa Jenomu Nzima (WGS) au kuchagua mbinu ya mfuatano wa jenomu iliyopunguzwa uwakilishi, Kipande Kilichoongezwa cha Eneo Maalum (SLAF) kilichotengenezwa ndani. Ingawa WGS inafaa jenomu ndogo, SLAF inajitokeza kama njia mbadala yenye gharama nafuu ya kusoma idadi kubwa ya watu wenye jenomu ndefu, ikipunguza kwa ufanisi gharama za mfuatano, huku ikihakikisha ufanisi mkubwa wa ugunduzi wa alama za kijenetiki.

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatiki

Matokeo ya Onyesho

Machapisho Yaliyoangaziwa

Mtiririko wa kazi

Faida za Huduma

●Utaalamu wa Kina na rekodi za uchapishaji: Kwa uzoefu uliokusanywa katika GWAS, BMKGene imekamilisha mamia ya miradi ya spishi katika utafiti wa idadi ya watu wa GWAS, imewasaidia watafiti kuchapisha makala zaidi ya 100, na athari ya jumla ilifikia 500.

● Uchambuzi kamili wa bioinformatiki: mtiririko wa kazi unajumuisha uchanganuzi wa uhusiano wa sifa za SNP, kutoa seti ya jeni zinazohitajika na maelezo yao ya utendaji kazi yanayolingana.

●Timu ya bioinformatiki yenye ujuzi wa hali ya juu na mzunguko mfupi wa uchambuzi: ikiwa na uzoefu mkubwa katika uchambuzi wa kina wa jenomu, timu ya BMKGene hutoa uchambuzi kamili kwa muda mfupi.

●Usaidizi wa Baada ya Mauzo:Ahadi yetu inaenea zaidi ya kukamilika kwa mradi kwa kipindi cha miezi 3 baada ya mauzo. Wakati huu, tunatoa ufuatiliaji wa mradi, usaidizi wa utatuzi wa matatizo, na vipindi vya Maswali na Majibu ili kushughulikia maswali yoyote yanayohusiana na matokeo.

Vipimo na mahitaji ya huduma

Aina ya mpangilio

Kiwango cha idadi ya watu kinachopendekezwa

Mkakati wa mpangilio

Mahitaji ya nyuklia

Mpangilio Mzima wa Jenomu

Sampuli 200

10x

Mkusanyiko: ≥ 1 ng/µL

Jumla ya kiasi ≥ 30ng

Uharibifu au uchafuzi mdogo au hakuna kabisa

Kipande Kilichokuzwa cha Eneo Maalum (SLAF)

Kina cha lebo: 10x

Idadi ya lebo:

< 400 Mb: WGS inapendekezwa

< 1Gb: lebo 100K

1Gb

> 2Gb: lebo 300K

Lebo za juu zaidi za 500k

Mkusanyiko ≥ 5 ng/µL

Jumla ya kiasi ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1.6-2.5

Jeli ya agarose: hakuna uharibifu au uchafuzi mdogo

Uchaguzi wa Nyenzo

Aina tofauti, spishi ndogo, mashamba/mabenki ya jeni/familia mchanganyiko/rasilimali pori

Aina tofauti, aina ndogo, mashamba ya ardhi

Familia ya ndugu wa kambo/familia ya ndugu kamili/rasilimali pori

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Ubunifu wa majaribio

Uwasilishaji wa sampuli

Uchimbaji wa RNA

Ujenzi wa maktaba

Mfuatano

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya mauzo

Iliyotangulia: Mpangilio wa RNA ya viini kimoja

Inayofuata: Suluhisho la mRNA la Urefu Kamili la PacBio 2+3

Inajumuisha uchambuzi ufuatao:

Uchambuzi wa uhusiano wa jeni kwa ujumla: LM, LMM, EMMAX, modeli ya FASTLMM
Maelezo ya utendaji kazi wa jeni changamani

Uchambuzi wa uhusiano wa sifa za SNP - njama ya Manhattan

Uchambuzi wa uhusiano wa sifa za SNP - njama ya QQ

Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za BMKGene's de GWAS kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa:

Lv, L. et al. (2023) 'Ufahamu kuhusu msingi wa kijenetiki wa uvumilivu wa amonia katika gamba la wembe Sinonovacula constrikta kwa utafiti wa uhusiano wa kijenetiki kote',Ufugaji wa samaki, 569, uk. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.

Li, X. et al. (2022) 'Uchambuzi wa omiki nyingi wa nyongeza 398 za mkia wa mbweha huonyesha maeneo ya jenomu yanayohusiana na ufugaji, sifa za kimetaboliki, na athari za kupambana na uchochezi',Mmea wa Masi, 15(8), ukurasa wa 1367-1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.

Li, J. et al. (2022) 'Ramani ya Uhusiano wa Jenomu kwa Upana wa Aina za Hulless Barely katika Mazingira ya Ukame',Mipaka katika Sayansi ya Mimea, 13, uk. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.

Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, ambayo husimba sulfotransferase, hutoa upinzani dhidi ya aina za virusi vya mosaic vya soya G2 na G3',Mimea, Seli na Mazingira, 44(8), ukurasa wa 2777-2792. doi: 10.1111/PCE.14066.