-
Mwingiliano wa Chromatin unaotegemea Hi-C
Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa jenomu kwa kuchanganya mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa kiwango cha juu cha matokeo. Mbinu hii inategemea kuunganisha kromatini na formaldehyde, ikifuatiwa na usagaji na uunganishaji upya kwa njia ambayo vipande vilivyounganishwa kwa ushirikiano pekee ndivyo vitaunda bidhaa za uunganishaji. Kwa kupanga bidhaa hizi za uunganishaji, inawezekana kusoma mpangilio wa 3D wa jenomu. Hi-C huwezesha kusoma usambazaji wa sehemu za jenomu ambazo zimejaa kidogo (vipande vya A, euchromatin) na ambazo zina uwezekano mkubwa wa kuwa na kazi ya kunakili, na maeneo ambayo yamejaa zaidi (vipande vya B, Heterochromatin). Hi-C pia inaweza kutumika kubainisha Vikoa Vinavyohusiana na Kitopolojia (TAD), maeneo ya jenomu ambayo yana miundo iliyokunjwa na yana uwezekano wa kuwa na mifumo sawa ya usemi, na kutambua vitanzi vya kromatini, maeneo ya DNA ambayo yameunganishwa pamoja na protini na ambayo mara nyingi yametajiriwa katika vipengele vya udhibiti. Huduma ya ufuatiliaji wa Hi-C ya BMKGene inawawezesha watafiti kuchunguza vipimo vya anga vya jenomu, na kufungua njia mpya za kuelewa udhibiti wa jenomu na athari zake katika afya na magonjwa.
-
Mfuatano wa Kinga ya Kinga ya Kromatini (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ni mbinu inayotumia kingamwili ili kuongeza kwa hiari protini zinazofunga DNA na shabaha zake za jenomu zinazolingana. Ujumuishaji wake na NGS huwezesha uainishaji wa jenomu wa shabaha za DNA zinazohusiana na marekebisho ya histoni, vipengele vya unukuzi, na protini zingine zinazofunga DNA. Mbinu hii inayobadilika huwezesha kulinganisha maeneo ya kufungamana katika aina, tishu, au hali mbalimbali za seli. Matumizi ya ChIP-Seq yanaanzia kusoma kanuni za unukuzi na njia za ukuaji hadi kufafanua mifumo ya magonjwa, na kuifanya kuwa chombo muhimu cha kuelewa mandhari ya kanuni za jenomu na kuendeleza maarifa ya matibabu.
Jukwaa: Illumina NovaSeq
-
Mfuatano wa bisulfite ya jenomu nzima (WGBS)
Mbinu hii, inayotegemea matibabu ya bisulfite ya DNA ili kushawishi ubadilishaji wa saitosini zisizo na methili kuwa uracil (C hadi U), huku ikiacha saitosini zenye methili bila kubadilika, inasimama kama mbinu ya kiwango cha dhahabu cha uchunguzi wa kina wa methylation ya DNA, haswa nafasi ya tano katika saitosini (5-mC), mdhibiti muhimu wa usemi wa jeni na shughuli za seli.
Mbinu hii inatoa azimio la msingi mmoja, ikiruhusu watafiti kuchunguza kwa kina methylome na kugundua mifumo isiyo ya kawaida ya methylation ndani ya sampuli. Kwa kutumia WGBS, wanasayansi wanaweza kupata maarifa yasiyo na kifani kuhusu mandhari ya methylation ya jenomu nzima, na kutoa uelewa mpana wa mifumo ya epigenetic ambayo inasababisha michakato na magonjwa mbalimbali ya kibiolojia.
-
Kipimo cha Kromatini Inayopatikana kwa Transposase yenye Mfuatano wa Kiwango cha Juu cha Utiririshaji (ATAC-seq)
ATAC-seq ni mbinu ya mpangilio wa kiwango cha juu inayotumika kwa uchanganuzi wa upatikanaji wa kromatini katika jenomu nzima. Matumizi yake hutoa uelewa wa kina wa mifumo tata ya udhibiti wa epigenetic wa kimataifa juu ya usemi wa jeni. Mbinu hii hutumia transposase ya Tn5 inayofanya kazi kupita kiasi ili kugawanya na kuweka alama katika maeneo ya kromatini kwa kuingiza adapta za mpangilio. Upanuzi unaofuata wa PCR husababisha kuundwa kwa maktaba ya mpangilio, ambayo inaruhusu utambuzi kamili wa maeneo ya kromatini wazi chini ya hali maalum za muda wa nafasi. ATAC-seq hutoa mtazamo kamili wa mandhari ya kromatini inayoweza kufikiwa, tofauti na mbinu zinazozingatia tu maeneo ya kufungamana na vipengele vya unukuzi au maeneo maalum yaliyobadilishwa histone. Kwa kupangamana na maeneo haya ya kromatini wazi, ATAC-seq inaonyesha maeneo ambayo yana uwezekano mkubwa wa mfuatano hai wa udhibiti na maeneo yanayoweza kufungamana na vipengele vya unukuzi, ikitoa ufahamu muhimu kuhusu ubadilikaji wa nguvu wa usemi wa jeni katika jenomu.
-
Mfuatano wa Bisulfite Uliopunguzwa wa Uwakilishi (RRBS)
Uainishaji wa bisulfite uliopunguzwa (RRBS) hutegemea utajiri wa maeneo yenye visiwa vingi vya CpG kwa mgawanyiko wa MspI ikifuatiwa na uteuzi wa ukubwa wa vipande vya bps 200-500/600. Kwa hivyo, ni maeneo yaliyo karibu na visiwa vya CpG pekee yanayopangwa kwa mpangilio, huku yale yenye visiwa vya CpG vya mbali yakitengwa kwenye uchanganuzi. Mchakato huu, pamoja na mpangilio wa bisulfite, huruhusu ugunduzi wa methylation ya DNA kwa ubora wa juu, na mbinu ya mpangilio, PE150, huzingatia haswa ncha za viingilio badala ya katikati, na kuongeza ufanisi wa uainishaji wa methylation.
Mbinu hii imeibuka kama njia mbadala yenye gharama nafuu na ufanisi wa Mfuatano wa Genome Nzima ya Bisulfite (WGBS) katika utafiti wa methylation ya DNA. Ingawa WGBS inatoa maarifa kamili kwa kuchunguza jenomu nzima katika azimio moja la msingi, gharama yake kubwa inaweza kuwa kikwazo, ambacho RRBS hupunguza changamoto hii kimkakati kwa kuchanganua kwa uangalifu sehemu inayowakilisha jenomu. Mbinu hii ni zana muhimu sana inayowezesha utafiti wa methylation ya DNA yenye gharama nafuu na kuendeleza maarifa ya mifumo ya epigenetic.
