Bidhaa

Mpangilio wa RNA ya viini kimoja

Ukuzaji wa mbinu za kukamata seli moja na ujenzi wa maktaba maalum, pamoja na mpangilio wa kiwango cha juu, umebadilisha masomo ya usemi wa jeni katika kiwango cha seli. Mafanikio haya yanaruhusu uchambuzi wa kina na wa kina zaidi wa idadi changamano ya seli, kushinda mapungufu yanayohusiana na wastani wa usemi wa jeni juu ya seli zote na kuhifadhi tofauti za kweli ndani ya idadi hizi. Ingawa mpangilio wa RNA ya seli moja (scRNA-seq) una faida zisizopingika, hukutana na changamoto katika tishu fulani ambapo uundaji wa kusimamishwa kwa seli moja unathibitika kuwa mgumu na unahitaji sampuli mpya. Katika BMKGene, tunashughulikia kikwazo hiki kwa kutoa mpangilio wa RNA ya kiini kimoja (snRNA-seq) kwa kutumia teknolojia ya kisasa ya Chromium ya Genomics ya 10X. Mbinu hii inapanua wigo wa sampuli zinazoweza kutumika kwa uchambuzi wa transcriptome katika kiwango cha seli moja.

Kutengwa kwa viini kunafanywa kupitia chipu bunifu ya 10X Genomics Chromium, yenye mfumo wa microfluidics wa njia nane wenye viunganishi viwili. Ndani ya mfumo huu, shanga za jeli zinazojumuisha barcode, primers, vimeng'enya, na kiini kimoja hufunikwa katika matone ya mafuta yenye ukubwa wa nanolita, na kutengeneza Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kufuatia uundaji wa GEM, lysis ya seli na kutolewa kwa barcode hutokea ndani ya kila GEM. Baadaye, molekuli za mRNA hupitia unukuzi wa kinyume katika cDNA, zikijumuisha barcode 10X na Vitambulisho vya Masi vya Kipekee (UMI). Kisha cDNA hizi huwekwa chini ya ujenzi wa maktaba ya mpangilio wa kawaida, na kuwezesha uchunguzi thabiti na wa kina wa wasifu wa usemi wa jeni katika kiwango cha seli moja.

Jukwaa: 10× Jukwaa la Jenomu la Chromium na Illumina NovaSeq

Wasiliana Nasi

Maelezo ya Huduma

Bioinformatiki

Matokeo ya Onyesho

Machapisho Yaliyoangaziwa

Mpango wa Kiufundi

Kutengwa kwa viini hupatikana kwa kutumia 10× Genomics Chromium™, ambayo ina mfumo wa microfluidics wa njia nane wenye viunganishi viwili. Katika mfumo huu, shanga za jeli zenye msimbopau na primer, vimeng'enya na kiini kimoja hufunikwa katika tone la mafuta lenye ukubwa wa nanolita, na kutoa Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Mara tu GEM inapoundwa, uchakataji wa seli na kutolewa kwa msimbopau hufanywa katika kila GEM. mRNA hubadilishwa kuwa molekuli za cDNA zenye msimbopau wa 10× na UMI, ambazo zinakabiliwa zaidi na ujenzi wa maktaba ya mfuatano wa kawaida.

Vipengele

● Maandalizi ya kusimamishwa kwa nuclei moja kutoka kwa tishu zilizogandishwa

● Uundaji wa Emulsion ya Jeli ya Bead-in-Emulsion (GEM) ikifuatiwa na usanisi wa cDNA

● Kila shanga katika GEM imejaa primers zenye sehemu 4:

mkia wa poli(dT) kwa ajili ya uundaji wa mRNA na usanisi wa cDNA,

Kitambulisho cha Masi Kipekee (UMI) ili kurekebisha upendeleo wa ukuzaji

Msimbopau 10x

Mfuatano wa kuunganisha wa utangulizi wa mpangilio wa sehemu ya usomaji 1

Faida

Mpangilio wa RNA ya kiini kimoja huepuka mapungufu ya mpangilio wa RNA ya seli moja, kuwezesha:

● Matumizi ya sampuli zilizogandishwa na sio tu kwa sampuli mpya

● Mkazo mdogo wa seli zilizogandishwa ikilinganishwa na matibabu ya kimeng'enya ya seli mpya, yanayoonyeshwa katika data ya transcriptome katika mfumo wa jeni zisizosababishwa na mkazo mwingi.

● Hakuna haja ya kuondoa seli nyekundu za damu hapo awali

● Kipenyo cha seli kisicho na kikomo

● Sampuli nyingi zinazostahiki uchambuzi, ikiwa ni pamoja na aina changamano na dhaifu za tishu ambazo zinaweza kuganda au kuharibika kwa seli wakati wa kutengana kwa tishu.

Sampuli ambazo haziwezi kuchanganuliwa kwa mpangilio wa RNA ya seli moja na zinafaa kwa mpangilio wa RNA ya viini kimoja:

Seli / Tishu	Sababu
Tishu mpya zilizogandishwa	Haiwezi kupata mashirika mapya au yaliyohifadhiwa kwa muda mrefu
Seli za misuli, Megakaryocyte, Mafuta…	Kipenyo cha seli ni kikubwa mno kuingia kwenye kifaa
Ini…	Nyepesi sana kuvunjika, haiwezi kutofautisha seli moja
Seli ya neva, Ubongo…	Usikivu zaidi, rahisi kusisitiza, utabadilisha matokeo ya mpangilio
Kongosho, Tezi ya Tezi…	Imejazwa na vimeng'enya asilia, na kuathiri uzalishaji wa kusimamishwa kwa seli moja

Kiini kimoja dhidi ya Seli moja

Kiini kimoja	Seli moja
Kipenyo cha seli kisicho na kikomo	Kipenyo cha seli: 10-40 μm
Nyenzo inaweza kuwa tishu zilizogandishwa	Nyenzo lazima iwe tishu mpya
Mkazo mdogo wa seli zilizogandishwa	Matibabu ya kimeng'enya yanaweza kusababisha athari ya msongo wa seli
Hakuna seli nyekundu za damu zinazohitaji kuondolewa	Seli nyekundu za damu zinahitaji kuondolewa
Nyuklia huonyesha taarifa za kibiolojia	Seli nzima huonyesha taarifa za kibiolojia

Vipimo

Mahitaji ya Sampuli

Maktaba

Mkakati wa mpangilio

Data iliyopendekezwa

Udhibiti wa Ubora

Tishu ya wanyama ≥ 200 mg

Tishu ya mmea ≥ 400 mg

Maktaba 10 ya Genomics sn cDNA

Illumina PE150

Usomaji wa PE wa 100K kwa kila seli

(100-200 Gb)

Viini 700-1200/μl na uadilifu wa viini unaozingatiwa chini ya darubini

Kwa maelezo zaidi kuhusu mwongozo wa utayarishaji wa sampuli na mtiririko wa huduma, tafadhali jisikie huru kuzungumza naMtaalamu wa BMKGENE

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Iliyotangulia: Mpangilio wa Jenomu Nzima ya Mimea/Wanyama

Inayofuata: Uchambuzi wa Uhusiano wa Jenomu kwa Upana

Inajumuisha uchambuzi ufuatao:

● Udhibiti wa Ubora: idadi ya seli, ugunduzi wa jeni, utambuzi sahihi wa seli, molekuli za RNA na upimaji wa usemi

● Uchambuzi wa Sampuli ya Ndani:

Ukusanyaji wa seli na maelezo ya kundi

Uchambuzi wa Usemi Tofauti: utambuzi wa DEG katika makundi

Maelezo ya utendaji kazi na uboreshaji wa DEG za nguzo

● Uchambuzi wa makundi:

Mchanganyiko wa data

Uchambuzi wa Usemi Tofauti: utambuzi wa DEG katika vikundi

Maelezo ya utendaji kazi na uboreshaji wa DEG za kikundi

● Uchambuzi wa Kina:

Uchambuzi wa mzunguko wa seli

Uchambuzi wa wakati bandia

Uchambuzi wa mawasiliano ya simu za mkononi (CellPhoneDB)

Uchambuzi wa Uboreshaji wa Seti ya Jeni (GSEA)

Uchambuzi wa sampuli ya ndani

Kusanyiko la seli:

Uchambuzi wa Usemi Tofauti: DEG za nguzo

Uchambuzi wa vikundi

Uchambuzi wa Usemi Tofauti: DEG za Kundi

Uchambuzi wa Kina:

Uchambuzi wa wakati bandia:

Uchambuzi wa mzunguko wa seli:

Chunguza maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio wa RNA ya kiini kimoja cha BMKGene na 10X Chromium katika machapisho haya yaliyoangaziwa:

Wang, L. et al. (2021) 'Uchambuzi wa transcriptomiki ya seli moja unaonyesha mandhari ya kinga ya mapafu katika kuongezeka kwa pumu sugu kwa steroidi',Kesi za Chuo cha Kitaifa cha Sayansi cha Marekani, 118(2), uk. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Mtandao wa Udhibiti wa Kimataifa wa Usemi wa Jeni Ulioharibika na Ishara Isiyo ya Kawaida ya Kimetaboliki katika Seli za Kinga katika Mazingira Madogo ya Ugonjwa wa Graves na Tiroiditi ya Hashimoto',Mipaka katika Kinga Mwilini, 13, uk. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. et al. (2023) 'Transcriptome ya seli moja hufichua tofauti na majibu ya kinga ya leukocytes baada ya chanjo na Edwardsiella tarda isiyofanya kazi katika flounder (Paralichthys olivaceus)',Ufugaji wa samaki, 566, uk. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Tiba ya mwanga huboresha matokeo ya vizuizi vya kinga kupitia kurekebisha kinga ya kupambana na uvimbe kwa wagonjwa walio na saratani ya tumbo',Saratani ya Tumbo, 26(5), uk. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.