Mpangilio wa Metagenomic (NGS)
Faida za Huduma
ØKutengwa na kupandwa bila malipo kwa wasifu wa jamii ndogo ndogo
ØAzimio la juu katika kugundua spishi zenye wingi wa chini katika sampuli za mazingira
ØWazo la "meta-" linajumuisha vipengele vyote vya kibiolojia katika kiwango cha utendaji, kiwango cha aina na kiwango cha jeni, ambayo inaonyesha mtazamo wa nguvu ambao uko karibu na ukweli.
ØBMK hukusanya uzoefu mkubwa katika aina mbalimbali za sampuli na zaidi ya sampuli 10,000 zilizochakatwa.
Vipimo vya huduma
| KufuatanaJukwaa | Maktaba | Matoleo ya data yaliyopendekezwa | Muda uliokadiriwa wa kurejea |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Lebo za 50K/100K/300K | Siku 30 |
Uchambuzi wa Bioinformatics
üUdhibiti wa ubora wa data ghafi
üMkutano wa Metagenome
üSeti ya jeni isiyohitajika na ufafanuzi
üUchambuzi wa aina mbalimbali
üUchambuzi wa utendakazi wa maumbile
üUchambuzi wa vikundi
üUchambuzi wa ushirika dhidi ya sababu za majaribio
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Sampuli:
KwaDondoo za DNA:
| Aina ya Sampuli | Kiasi | Kuzingatia | Usafi |
| Dondoo za DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Kwa sampuli za mazingira:
| Aina ya sampuli | Utaratibu wa sampuli uliopendekezwa |
| Udongo | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Dutu iliyokauka iliyobaki inahitaji kuondolewa kutoka kwa uso;Kusaga vipande vikubwa na kupitisha chujio cha mm 2;Sampuli za Aliquot katika EP-tube au cyrotube ambazo zimehifadhiwa kwa ajili ya kuhifadhi. |
| Kinyesi | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli katika EP-tube tasa au cryotube kwa ajili ya kuhifadhi. |
| Yaliyomo kwenye matumbo | Sampuli zinahitajika kusindika chini ya hali ya aseptic.Osha tishu zilizokusanywa na PBS;Centrifuge PBS na kukusanya precipitant katika EP-tubes. |
| Tope | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli ya tope kwenye bomba la EP au cryotube ili uhifadhi. |
| Maji | Kwa sampuli iliyo na kiasi kidogo cha vijidudu, kama vile maji ya bomba, maji ya kisima, n.k., Kusanya angalau lita 1 ya maji na upitishe kichujio cha 0.22 μm ili kuimarisha microbial kwenye membrane.Hifadhi membrane kwenye bomba la kuzaa. |
| Ngozi | Futa kwa uangalifu uso wa ngozi na usufi wa pamba au blade ya upasuaji na uiweke kwenye mirija isiyoweza kuzaa. |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Zigandishe sampuli katika nitrojeni kioevu kwa saa 3-4 na uhifadhi katika nitrojeni kioevu au digrii -80 hadi uhifadhi wa muda mrefu.Sampuli ya usafirishaji na barafu kavu inahitajika.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
1.Histogram: Usambazaji wa spishi
2.Jeni zinazofanya kazi zilizofafanuliwa kwa njia za kimetaboliki za KEGG
3.Ramani ya joto: Utendakazi tofauti kulingana na wingi wa jeni
4.Circos ya CARD antibiotic resistance jeni
Kesi ya BMK
Kuenea kwa jeni sugu za viuavijasumu na vimelea vya bakteria kando ya mwendelezo wa mizizi ya mikoko ya udongo.
Iliyochapishwa:Jarida la Nyenzo Hatari, 2021
Mkakati wa mpangilio:
Nyenzo: Dondoo za DNA za vipande vinne vya sampuli zinazohusiana na mizizi ya mikoko: udongo usiopandwa, rhizosphere, episphere na endosphere compartments
Jukwaa: Illumina HiSeq 2500
Malengo: Metagenome
16S rRNA jeni V3-V4 eneo
Matokeo muhimu
Mfuatano wa metagenomic na uwekaji wasifu wa metabarcoding kwenye mwendelezo wa mizizi ya udongo wa miche ya mikoko ilichakatwa ili kuchunguza uenezaji wa jeni sugu za viuavijasumu (ARGs) kutoka kwenye udongo hadi kwenye mimea.Data ya Metagenomic ilifichua kuwa 91.4% ya jeni sugu za viuavijasumu zilitambuliwa kwa kawaida katika sehemu zote nne za udongo zilizotajwa hapo juu, ambazo zilionyesha mtindo unaoendelea.Mfuatano wa amplicon ya 16S rRNA ulizalisha mfuatano 29,285, unaowakilisha spishi 346.Kwa kuchanganya na uwekaji wasifu wa spishi kwa mpangilio wa amplikoni, usambazaji huu ulionekana kuwa huru kwa vijidudu vinavyohusishwa na mizizi, hata hivyo, unaweza kuwezeshwa na rununu ya chembe za urithi.Utafiti huu ulibainisha mtiririko wa ARGs na vimelea vya magonjwa kutoka kwenye udongo hadi kwenye mimea kwa njia ya kuendelea kwa mizizi ya udongo.
Rejea
Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Kuenea kwa jeni sugu za viuavijasumu na vimelea vya bakteria kwenye mfululizo wa mizizi ya mikoko ya udongo.Jarida la Nyenzo Hatari, 408, 124985.
