Mpangilio wa Metagenomic -NGS
Metagenomu ni mkusanyo wa jumla ya nyenzo za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe, kama vile metagenome za kimazingira na za binadamu. Ina genomes za microorganisms zinazoweza kupandwa na zisizoweza kupandwa. Mfuatano wa Shotgun metagenomic na NGS huwezesha utafiti wa mandhari haya changamano ya kijinomia yaliyopachikwa katika sampuli za mazingira kwa kutoa zaidi ya maelezo mafupi ya kitaksonomia, kutoa pia maarifa punjepunje katika utofauti wa spishi, mienendo ya wingi, na miundo changamano ya idadi ya watu. Zaidi ya tafiti za ujasusi, shotgun metagenomics pia inatoa mtazamo wa utendaji kazi wa jeni, kuwezesha uchunguzi wa jeni zilizosimbwa na majukumu yao ya kuweka katika michakato ya ikolojia. Hatimaye, uanzishwaji wa mitandao ya uwiano kati ya vipengele vya kijenetiki na mambo ya kimazingira huchangia katika uelewa wa jumla wa mwingiliano tata kati ya jumuiya za viumbe hai na usuli wao wa kiikolojia. Kwa kumalizia, mfuatano wa metagenomic unasimama kama chombo muhimu cha kutendua ugumu wa kijinomiki wa jumuiya mbalimbali za viumbe vidogo, kuangazia uhusiano wenye pande nyingi kati ya jeni na ikolojia ndani ya mifumo hii changamano ya ikolojia.
Majukwaa: Illumina NovaSeq na DNBSEQ-T7
Faida za Huduma
●Mbinu ya Kutengwa na Kukuza Bila Kukuza kwa Uchanganuzi wa Jumuiya ya Microbial: Kuwezesha mpangilio wa nyenzo za kijeni kutoka kwa viumbe visivyoweza kupandwa.
●Azimio la Juu: Tambua spishi zenye wingi mdogo katika sampuli za mazingira.
●Uchambuzi wa kina wa Bioinformatics:Ililenga sio tu juu ya anuwai ya ushuru lakini pia juu ya anuwai ya utendaji ya jamii.
●Uzoefu wa Kina:Kwa rekodi ya mafanikio ya kufunga miradi mingi ya metagenomics katika vikoa mbalimbali vya utafiti na kuchakata zaidi ya sampuli 200,000, timu yetu huleta uzoefu mwingi kwa kila mradi.
Vipimo vya huduma
| Jukwaa la mpangilio | Mkakati wa Kuratibu | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Illumina NovaSeq au DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Mahitaji ya Huduma
| Kuzingatia (ng/µL) | Jumla ya kiasi (ng) | Kiasi (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Udongo / matope: 2-3g
● Maudhui ya matumbo-mnyama: 0.5-2g
● Yaliyomo kwenye matumbo-mdudu: 0.1-0.25g
● Uso wa mmea (sediment iliyoboreshwa): 0.5-1g
● Mchuzi wa Fermentation uliboresha sediment): 0.2-0.5g
● Kinyesi (wanyama wakubwa): 0.5-2g
● Kinyesi (panya): 3-5grains
● Kiowevu cha kuosha tundu la mapafu: karatasi ya chujio
● Utambazaji wa uke: usufi 5-6
● Kitambaa cha ngozi/kiungo/mate/kitambaa laini mdomoni/ufio wa koromeo/usufi wa rektamu: usufi 2-3
● Vijiumbe vya uso: swabs 5-6
● Maji/hewa/biofilm: karatasi ya chujio
● Endophytes: 2-3g
● Meno Plaque: 0.5-1g
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Utoaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
Inajumuisha uchambuzi ufuatao:
● Kupanga udhibiti wa ubora wa data
● Mkusanyiko wa Metajenomu na utabiri wa jeni
● Dokezo la jeni
● Uchanganuzi wa uanuwai wa alfa wa Kitaxonomic
● Uchambuzi wa kiutendaji wa jumuiya: kazi ya kibiolojia, kimetaboliki, upinzani wa antibiotic
● Uchambuzi wa uanuwai wa kiutendaji na wa taksonomia:
Uchambuzi wa anuwai ya Beta
Uchambuzi wa vikundi
Uchambuzi wa uhusiano: kati ya mambo ya mazingira na muundo wa OUT na utofauti
Uchambuzi wa kiutendaji: Upinzani wa antibiotiki wa KADI
Uchambuzi tofauti wa njia za kimetaboliki za KEGG: ramani ya joto ya njia muhimu
Utofauti wa alfa wa usambazaji wa taxonomic: index ya ACE
Utofauti wa Beta wa usambazaji wa taxonomic: PCoA
Gundua maendeleo yanayowezeshwa na huduma za mpangilio wa metagenome za BMKGene na Illumina kupitia mkusanyiko ulioratibiwa wa machapisho.
Hai, Q. et al. (2023) 'Uchambuzi wa kimetajeni na kimetaboliki wa mabadiliko katika yaliyomo kwenye matumbo ya trout ya upinde wa mvua (Oncorhynchus mykiss) iliyoambukizwa na virusi vya hematopoietic necrosis katika viwango tofauti vya joto vya maji',Mipaka katika Microbiology, 14, uk. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Jumuiya ndogo, jeni sugu, na hatari za kupinga katika maziwa ya mijini ya majimbo tofauti ya trophic: Viungo vya ndani na mvuto wa nje',Jarida la Maendeleo ya Nyenzo Hatari, 9, uk. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Uchambuzi wa Metagenomic Umefichua Tofauti za Muundo na Utendaji Kati ya Vijiumbe Vinavyohusishwa na Kioevu na Imara-Vinavyohusishwa vya Rumen ya Kondoo',Mipaka katika Microbiology, 13, uk. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. na wengine. (2023) 'Mikrobiota inayotokana na nguruwe ya Ningxiang inarejesha kimetaboliki ya carnitine ili kukuza uwekaji wa asidi ya mafuta ya misuli katika nguruwe wa DLY waliokonda',Ubunifu, 4(5), uk. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Maarifa ya kitabia kuhusu hatari zinazoweza kutokea za uwakilishi wa bio/plastiki isiyoharibika na uchafu usio wa plastiki katika sehemu za juu na chini za Haihe Estuary, Uchina',Sayansi ya Mazingira Jumla, 887, uk. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
