Mfuatano wa Metagenomiki -NGS
Metagenome ni mkusanyiko wa nyenzo zote za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe hai, kama vile metagenome za kimazingira na za binadamu. Ina jenomu za vijidudu vinavyoweza kulimwa na visivyoweza kulimwa. Mfuatano wa metagenomiki wa bunduki kwa kutumia NGS huwezesha utafiti wa mandhari hizi tata za jenomu zilizomo katika sampuli za kimazingira kwa kutoa zaidi ya uainishaji wa taksonomia, na kutoa pia ufahamu wa kina kuhusu utofauti wa spishi, mienendo ya wingi, na miundo tata ya idadi ya watu. Zaidi ya masomo ya taksonomia, metagenomiki ya risasi pia hutoa mtazamo wa jenomu unaofanya kazi, kuwezesha uchunguzi wa jeni zilizosimbwa na majukumu yao ya kufikirika katika michakato ya ikolojia. Hatimaye, uanzishwaji wa mitandao ya uhusiano kati ya vipengele vya kijenetiki na vipengele vya kimazingira huchangia uelewa kamili wa mwingiliano tata kati ya jamii za vijidudu na historia yao ya ikolojia. Kwa kumalizia, mfuatano wa metagenomiki unasimama kama chombo muhimu cha kufichua ugumu wa jenomu wa jamii mbalimbali za vijidudu, na kuangazia uhusiano wa pande nyingi kati ya kijenetiki na ikolojia ndani ya mifumo hii tata ya ikolojia.
Majukwaa: Illumina NovaSeq na DNBSEQ-T7
Faida za Huduma
●Njia ya Kutengwa na Kustawisha Jamii Bila Kuathiri Vijidudu: Kuwezesha mpangilio wa nyenzo za kijenetiki kutoka kwa viumbe visivyolimwa.
●Ubora wa JuuGundua spishi zenye wingi mdogo katika sampuli za mazingira.
●Uchambuzi Kamili wa Bioinformatiki:Haikulenga tu utofauti wa taksonomia bali pia utofauti wa utendaji kazi wa jamii.
●Uzoefu Mkubwa:Kwa rekodi ya kufanikiwa kufunga miradi mingi ya metagenomics katika nyanja mbalimbali za utafiti na kusindika zaidi ya sampuli 200,000, timu yetu huleta utajiri wa uzoefu kwa kila mradi.
Vipimo vya Huduma
| Jukwaa la mpangilio | Mkakati wa Mfuatano | Data iliyopendekezwa | Udhibiti wa ubora |
| Illumina NovaSeq au DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
Mahitaji ya Huduma
| Mkusanyiko (ng/µL) | Jumla ya kiasi (ng) | Kiasi (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Udongo/matope: 2-3g
● Kiasi cha matumbo - mnyama: 0.5-2g
● Yaliyomo kwenye utumbo - wadudu: 0.1-0.25g
● Uso wa mmea (mashapo yaliyorutubishwa): 0.5-1g
● Mchuzi wa kuchachusha ulioongezewa mashapo): 0.2-0.5g
● Kinyesi (wanyama wakubwa): 0.5-2g
● Kinyesi (panya): chembe 3-5
● Kioevu cha kufulia cha mapafu: karatasi ya kuchuja
● Kitambaa cha uke: vitambaa 5-6
● Kitambaa cha ngozi/sehemu ya siri/mate/tishu laini ya mdomo/kitambaa cha koromeo/kitambaa cha rektamu: vitambaa 2-3
● Vijidudu vya juu: futi 5-6
● Maji/hewa/biofilm: karatasi ya kuchuja
● Endofiti: 2-3g
● Bamba la Meno: 0.5-1g
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Uwasilishaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Mfuatano
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya mauzo
Inajumuisha uchambuzi ufuatao:
● Udhibiti wa ubora wa data unaopangwa kwa mpangilio
● Mkusanyiko wa metagenomu na utabiri wa jeni
● Maelezo ya jeni
● Uchambuzi wa utofauti wa alfa ya taksonomiki
● Uchambuzi wa utendaji kazi wa jamii: utendaji kazi wa kibiolojia, kimetaboliki, upinzani wa viuavijasumu
● Uchambuzi kuhusu utofauti wa utendaji kazi na wa taksonomia:
Uchambuzi wa utofauti wa beta
Uchambuzi wa vikundi
Uchambuzi wa uhusiano: kati ya vipengele vya mazingira na muundo na utofauti wa OUT
Uchambuzi wa utendaji kazi: Upinzani wa viuavijasumu vya CARD
Uchambuzi tofauti wa njia za kimetaboliki za KEGG: ramani ya joto ya njia muhimu
Utofauti wa alfa wa usambazaji wa taksonomia: Fahirisi ya ACE
Utofauti wa beta wa usambazaji wa taksonomia: PCoA
Gundua maendeleo yaliyowezeshwa na huduma za mpangilio wa metagenomu za BMKGene na Illumina kupitia mkusanyiko wa machapisho yaliyochaguliwa.
Hai, Q. et al. (2023) 'Uchambuzi wa metagenomiki na kimetaboliki wa mabadiliko katika yaliyomo kwenye utumbo wa samaki aina ya upinde wa mvua (Oncorhynchus mykiss) aliyeambukizwa virusi vya necrosis ya hematopoietic katika halijoto tofauti za maji ya utamaduni',Mipaka katika Microbiolojia, 14, uk. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) 'Jumuiya za vijidudu, jeni za upinzani, na hatari za upinzani katika maziwa ya mijini ya hali tofauti za kitropiki: Viungo vya ndani na ushawishi wa nje',Jarida la Maendeleo ya Vifaa Hatari, 9, uk. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'Uchambuzi wa Metagenomiki Ulifichua Tofauti katika Muundo na Utendaji Kazi Kati ya Vijidudu Vinavyohusiana na Kioevu na Vinavyohusiana na Imara vya Rumen ya Kondoo',Mipaka katika Microbiolojia, 13, uk. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) 'Mikrobiota mnene inayotokana na nguruwe ya Ningxiang huunganisha upya kimetaboliki ya carnitine ili kukuza uwekaji wa asidi ya mafuta ya misuli katika nguruwe konda wa DLY',Ubunifu, 4(5), uk. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Ufahamu wa metagenomiki kuhusu hatari zinazowezekana za uchafu wa plastiki unaowakilisha bio/isiyoharibika na isiyo ya plastiki katika sehemu za juu na za chini za Mlango wa Haihe, Uchina',Sayansi ya Mazingira Yote, 887, uk. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
