BMKCloud ግባ
1

mRNA-seq (NGS) ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር

百迈客云网站-11

mRNA-seq (NGS) ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር

አር ኤን ኤ-ሴክ በህይወት እና በሰብል ሳይንስ ውስጥ መደበኛ መሳሪያ ሲሆን በጂኖሞች እና በፕሮቲዮሞች መካከል ያለውን ክፍተት የሚያስተካክል ነው። ጥንካሬው አዳዲስ ግልባጮችን በማግኘት እና አገላለጻቸውን በአንድ ሙከራ በመለካት ላይ ነው። ለንጽጽር ትራንስክሪፕቶሚክ ጥናቶች በስፋት ጥቅም ላይ ይውላል፣ እንደ ሚውቴሽን ከዱር-አይነቶች ጋር ማወዳደር ወይም በተወሰኑ ሁኔታዎች ውስጥ የጂን አገላለጽን መግለጥ ያሉ ከተለያዩ ባህሪያት ወይም ፊኖታይፖች ጋር የተያያዙ ጂኖችን ብርሃን ይፈነጥቃል። BMKCloud mRNA (Reference) APP የገለጻ መጠንን፣ ልዩነት አገላለጽ ትንተና (DEG) እና የተከታታይ መዋቅር ትንተናዎችን ወደ mRNA-seq(NGS) ባዮኢንፎርማቲክስ ቧንቧ ውስጥ ያዋህዳል እና ተመሳሳይ ሶፍትዌሮችን ጥንካሬዎች ያዋህዳል፣ ይህም ምቾት እና ለተጠቃሚ ምቹነትን ያረጋግጣል። ተጠቃሚዎች የRNA-seq ውሂባቸውን ወደ ደመና መስቀል ይችላሉ፣ እዚያም መተግበሪያው አጠቃላይ፣ አንድ-ማቆሚያ ባዮኢንፎርማቲክ ትንተና መፍትሄ ይሰጣል። በተጨማሪም፣ የደንበኞችን ተሞክሮ ቅድሚያ ይሰጣል፣ ለተጠቃሚዎች የተወሰኑ ፍላጎቶች የተዘጋጁ ግላዊ ስራዎችን ያቀርባል። ተጠቃሚዎች መለኪያዎችን ማዘጋጀት እና የቧንቧ መስመር ተልእኮውን በራሳቸው ማስገባት፣ መስተጋብራዊ ሪፖርቱን መፈተሽ፣ የውሂብ/ዲያግራሞችን ማየት እና የተሟላ የውሂብ ማዕድን ማውጣት ይችላሉ፣ ለምሳሌ፡- የዒላማ ጂን ምርጫ፣ ተግባራዊ ክላስተር፣ ዲያግራም ማድረግ፣ ወዘተ።

የማሳያ ውጤቶች
የውሂብ ማዕድን ማውጣት
የማስመጣት መስፈርት
ዋና ትንተና
ማጣቀሻ
የማሳያ ውጤቶች

የውሂብ ማዕድን ማውጣት

የማስመጣት መስፈርት

መድረክ፡ኢሉሚና፣ ኤምጂአይ
ስትራቴጂ፡አር ኤን ኤ-ሴክ
አቀማመጥ: የተጣራ፣ ንፁህ መረጃ።
የቤተ-መጽሐፍት አይነት፡fr-unstranded, fr-firststrand or fr-secondstrand
የንባብ ርዝመት፡150 ቢፒ
የፋይል አይነት፡*.fastq፣ *.fq፣ *.fastq.gz ወይም *.fq.gz። ስርዓቱየ.fastq ፋይሎችን በፋይል ስሞቻቸው መሠረት በራስ-ሰር ያጣምሩ፣ለምሳሌ *_1.fastq ከ *._2.fastq ጋር ተጣምሯል።
የናሙናዎች ብዛት፡በቁጥር ላይ ምንም ገደቦች የሉምየናሙናዎች ብዛት፣ ነገር ግን የትንታኔው ጊዜ እየጨመረ ይሄዳልናሙናዎች ያድጋሉ።
የሚመከር የውሂብ መጠን፡በአንድ ናሙና 6ጂ

ዋና ትንተና
የ mRNA-seq (ማጣቀሻ) ዋና ትንተና እና ባዮኢንፎርማቲክ መሳሪያዎችየቧንቧ መስመር እንደሚከተለው ነው
1. ጥሬ ውሂብ የጥራት ቁጥጥር፡
• ዝቅተኛ ጥራት ያላቸውን ቅደም ተከተሎች፣ የአዳፕተር ቅደም ተከተሎችን ማስወገድ፣ወዘተ.
•መሳሪያዎች፡- በቤት ውስጥ የተሰራ የቧንቧ መስመር፤
2. የውሂብ አሰላለፍ ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር፡
• ንባቦችን በተቆራረጠ ስልተ ቀመር ማመጣጠንየማጣቀሻ ጂኖም።
• መሳሪያዎች፡ሂሳት2, ሳምቱሎች
3. የቤተ-መጻሕፍት ጥራት ትንተና፡
• የርዝመት ትንተና፣ የተከታታይ ሙሌት ትንተና፣ ወዘተ ያስገቡ፤
• መሳሪያዎች፡ሳምቱሎች;
4. የተከታታይ መዋቅር ትንተና፡
•አማራጭ የስፒሊንግ ትንተና፣ የጂን መዋቅር ማመቻቸት፣አዲስ የጂን ትንበያ፣ ወዘተ.
• መሳሪያዎች፡ስትሪንግ ታይ, ግፍኮምፔር, ጋትክ,አልማዝ, ኢንተርፕሮስካንእናኤችኤምመር.
5. የልዩነት አገላለጽ ትንተና፡
•DEG ምርመራ፣ የጋራ ግንኙነት ትንተና፣ ተግባራዊማበልጸጊያ፤
የተለያዩ የእይታ ውጤቶች;
Rከ ጋርSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
ማጣቀሻ
1. ኪም፣ ዳህዋን እና ሌሎችም። “በግራፍ ላይ የተመሠረተ የጂኖም አሰላለፍ እና"በHISAT2 እና HISAT-genotype አማካኝነት ጂኖታይፕ ማድረግ።"ተፈጥሮባዮቴክኖሎጂ37 (2019): 907 - 915።
2. ማኬና፣ አሮን እና ሌሎችም። “የጂኖም ትንተና መሣሪያ ስብስብ፡ ሀየሚቀጥለውን ትውልድ ዲኤንኤ ለመተንተን የካርታ ሪዱሴ ማዕቀፍየቅደም ተከተል ውሂብ።የጂኖም ምርምር20 9 (2010): 1297-303.
3. ሊ፣ ሄንግ እና ሌሎችም። “የቅደም ተከተል አሰላለፍ/ካርታ ቅርጸት እናሳምቱል”ባዮኢንፎርማቲክስ25 (2009): 2078 - 2079.
4. ፐርሼያ፣ ሚሀኤላ እና ሌሎችም። “StringTie ተሻሽሏል።ከ RNA-seq reads የተገኘ የትራንስክሪፕቶሜም መልሶ ግንባታ።ተፈጥሮባዮቴክኖሎጂ33 (2015): 290-295.
5. ላቭ፣ ሚካኤል አይ. እና ሌሎችም። “የተስተካከለ የመታጠፍ ለውጥ ግምት እና"DESeq2 ያለው የRNA-seq ውሂብ ስርጭት።"ጂኖምባዮሎጂ15 (2014): n. ገጽ.
6. ኤዲ፣ ሲን አር.. “የተፋጠነ የመገለጫ HMM ፍለጋዎች።”ፒሎኤስ የኮምፒውተር ባዮሎጂ7 (2011): n. ገጽ.

ዋጋ ያግኙ

መልእክትዎን እዚህ ይፃፉ እና ይላኩልን

መልእክትዎን ለእኛ ይላኩልን፦