የተወሰነ-Locus አምፕሊፋይድ ቁርጥራጭ ቅደም ተከተል (SLAF-Seq)
የስራ ፍሰት
በቤተ መፃህፍቱ ዝግጅት ላይ የተሻለውን የኢንዛይም ምርጫን ለማረጋገጥ አገልግሎቱ በሲሊኮ ውስጥ የተወሰነ ቅድመ-ንድፍ አለው።
የቴክኒክ እቅድ
የአገልግሎት ባህሪዎች
● NovaSeq ላይ በPE150 ቅደም ተከተል ማስያዝ።
● የቤተ መፃህፍት ዝግጅት ከ1000 በላይ ናሙናዎችን ማሰባሰብን የሚያስችል ድርብ ባርኮዲንግ።
● ከማጣቀሻ ጂኖም ነጻ፡
ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር፡ SNP እና InDel ግኝት
ያለማጣቀሻ ጂኖም፡ የናሙና ስብስብ እና የ SNP ግኝት
● በበሲሊኮን ውስጥየቅድመ-ንድፍ ደረጃ የበርካታ ገደቦች የኢንዛይም ውህዶች በጂኖም ላይ አንድ ወጥ የሆነ የ SLAF መለያዎችን የሚያመነጩትን ለማግኘት ተጣርተዋል።
● በቅድመ-ሙከራ ጊዜ ሶስት የኢንዛይም ውህዶች በ 3 ናሙናዎች ተፈትነዋል 9 SLAF ቤተ-መጻሕፍት ለማመንጨት ይህ መረጃ ለፕሮጀክቱ እጅግ በጣም ጥሩውን ገደብ ኢንዛይም ጥምረት ለመምረጥ ይጠቅማል።
የአገልግሎት ጥቅሞች
●ከፍተኛ የጄኔቲክ ማርከር ግኝት፦ ትልቅ ህዝብ በአንድ ጊዜ እንዲከታታይ እና ሎከስ ተኮር ማጉላት ቅልጥፍናን የሚያጎለብት ከፍተኛ መጠን ያለው ባለ ሁለት ባር ኮድ ስርዓት እናዋህዳለን፣ ይህም መለያ ቁጥሮች የተለያዩ የምርምር ጥያቄዎችን የተለያዩ መስፈርቶችን እንዲያሟሉ እናደርጋለን።
● በጂኖም ላይ ዝቅተኛ ጥገኛ: ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር ወይም ከሌላቸው ዝርያዎች ጋር ሊተገበር ይችላል.
●ተለዋዋጭ የመርሃግብር ንድፍ: ነጠላ-ኢንዛይም, ድርብ-ኢንዛይም, መልቲ-ኢንዛይም መፈጨት እና የተለያዩ አይነት ኢንዛይሞች የተለያዩ የምርምር ግቦችን ወይም ዝርያዎችን ለማሟላት ሊመረጡ ይችላሉ.
● በኢንዛይም የምግብ መፈጨት ውስጥ ከፍተኛ ውጤታማነትየ አንድበሲሊኮን ውስጥቅድመ-ንድፍ እና ቅድመ-ሙከራ የ SLAF መለያዎችን በክሮሞሶም (1 SLAF tag/4Kb) እና በተቀነሰ ተደጋጋሚ ቅደም ተከተል (<5%) ላይ ካለው ስርጭት ጋር ጥሩውን ንድፍ ያረጋግጣል።
●ሰፊ ዕውቀትበእያንዳንዱ ፕሮጀክት ላይ ከ5000 የሚበልጡ SLAF-Seq ፕሮጀክቶችን በመዝጋት በመቶዎች የሚቆጠሩ እፅዋትን፣ አጥቢ እንስሳትን፣ ወፎችን፣ ነፍሳትን እና የውሃ ውስጥ ፍጥረታትን ጨምሮ ብዙ ልምድ እናመጣለን።
● በራስ-የዳበረ ባዮኢንፎርማቲክ የስራ ፍሰትየመጨረሻውን ውጤት አስተማማኝነት እና ትክክለኛነት ለማረጋገጥ ለ SLAF-Seq የተቀናጀ የባዮኢንፎርማቲክ የስራ ፍሰት አዘጋጅተናል።
የአገልግሎት ዝርዝሮች
| የትንታኔ አይነት | የሚመከር የህዝብ ብዛት | የቅደም ተከተል ስልት | |
| የመለያ ቅደም ተከተል ጥልቀት | መለያ ቁጥር | ||
| የጄኔቲክ ካርታዎች | 2 ወላጆች እና > 150 ዘሮች | ወላጆች፡ 20x WGS Offspping: 10x | የጂኖም መጠን: <400 ሜባ፡ WGS ይመከራል <1Gb፡ 100ሺህ መለያዎች 1-2Gb:: 200ሺህ መለያዎች > 2ጂቢ፡ 300ሺህ መለያዎች ከፍተኛው 500k መለያዎች |
| የጂኖም-ሰፊ ማህበር ጥናቶች (GWAS) | ≥200 ናሙናዎች | 10x | |
| የጄኔቲክ ዝግመተ ለውጥ | ≥30 ናሙናዎች፣ ከእያንዳንዱ ንዑስ ቡድን> 10 ናሙናዎች ጋር | 10x | |
የአገልግሎት መስፈርቶች
ትኩረት ≥ 5ng/µL
ጠቅላላ መጠን ≥ 80 ng
ናኖድሮፕ OD260/280 = 1.6-2.5
Agarose gel: የለም ወይም የተገደበ መበላሸት ወይም መበከል
የሚመከር ናሙና ማድረስ
መያዣ: 2 ሚሊ ሜትር ሴንትሪፉጅ ቱቦ
(ለአብዛኛዎቹ ናሙናዎች በኤታኖል ውስጥ እንዳይቀመጡ እንመክራለን)
የናሙና መሰየሚያ፡ ናሙናዎች በግልጽ መሰየም አለባቸው እና ከቀረበው የናሙና መረጃ ቅጽ ጋር ተመሳሳይ ናቸው።
ጭነት: ደረቅ-በረዶ: ናሙናዎች በቅድሚያ በከረጢቶች ውስጥ ተጭነው በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው.
የአገልግሎት የስራ ፍሰት
ናሙና QC
የሙከራ ሙከራ
SLAF-ሙከራ
የቤተ መፃህፍት ዝግጅት
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች
የእኛ ባዮኢንፎርማቲካል ትንታኔ የሚከተሉትን ያጠቃልላል
N-ሀብታም ንባቦችን፣ አስማሚ ንባቦችን ወይም ዝቅተኛ ጥራት ያላቸውን ንባብ ለማስወገድ የውሂብ QC እና የውሂብ መከርከም።
የንፁህ ሁለተኛ የጥራት ቁጥጥር ንባብ መሰረታዊ ስርጭትን ፣የቅደም ተከተል ጥራትን እና የመረጃ ዳሰሳን ለመፈተሽ ፣ነገር ግን የምግብ መፈጨትን ውጤታማነት እና የተገኙትን ማስገቢያዎች ለማረጋገጥ።
አንዴ ንባቦቹ ከተመረመሩ ሁለት አማራጮች አሉ፡-
- ወደ ጂኖም ማመሳከሪያ
- ያለ ማጣቀሻ ጂኖም፡ ክላስተር
ከእሱ በኋላ፣ የ SLAF መለያዎች ትንተና በጠቋሚው ግኝት ላይ ለማገዝ አንዳንድ ዓይነት ጥሪዎችን ለማድረግ ይጠቅማል፡ SNP፣ InDel፣ SNV፣ CV ጥሪ እና ማብራሪያ
በክሮሞሶም ላይ የ SLAF መለያዎች ስርጭት፡-
በክሮሞሶምች ላይ የ SNPs ስርጭት፡-
የ SNP ማብራሪያ
ጂያንግ ኤስ፣ ሊ ኤስ፣ ሉኦ ጄ፣ ዋንግ ኤክስ እና ሺ ሲ (2023) የ QTL ካርታ ስራ እና ፍራፍሬ በሚበስልበት ጊዜ የስኳር ይዘት ግልባጭ ትንተና።ፒረስ ፒሪፎሊያ.ፊት ለፊት። የእፅዋት ሳይንስ.14፡1137104። doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
ሊ፣ ጄ.፣ ዣንግ፣ ዋይ፣ ማ፣ አር.፣ ሁአንግ፣ ደብሊው፣ ሁ፣ ጄ.፣ ፋንግ፣ ሲ፣ እና ፀሐይ፣ ኤል. የ st1 መለየት በአኩሪ አተር እርባታ ወቅት የዘር ሞርፎሎጂ እና የዘይት ይዘትን በመምታት ምርጫን ያሳያል።የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል, 20 (6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu፣ P.፣ Zhang፣ X.፣ Wang፣ X.ወዘተ.የጋራ ካርፕ የጂኖም ቅደም ተከተል እና የዘረመል ልዩነት ፣ሳይፕሪነስ ካርፒዮ.ናት ገነት 46, 1212-1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
ዙዋንግ፣ ደብልዩ፣ ቼን፣ ኤች.፣ ያንግ፣ ኤም.ወዘተ.የተመረተ ኦቾሎኒ ጂኖም ስለ ጥራጥሬ ካሪዮታይፕ፣ ፖሊፕሎይድ ዝግመተ ለውጥ እና የሰብል የቤት ውስጥ ግንዛቤን ይሰጣል።ናት ገነት 51፣ 865–876 (2019)። https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| አመት | ጆርናል | IF | ርዕስ | መተግበሪያዎች |
| 2022 | የተፈጥሮ ግንኙነቶች | 17.694 | የጂጋ-ክሮሞሶም እና የዛፍ ፒዮኒ ጊጋ-ጂኖም መሠረት Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | አዲስ የፊዚዮሎጂ ባለሙያ | 7.433 | የቤት ውስጥ አሻራዎች በአግሮኖሚክ ጠቀሜታ ያላቸውን ጂኖሚክ ክልሎችን መልሕቅ ያደርጋሉ አኩሪ አተር | SLAF-GWAS |
| 2022 | የላቀ ምርምር ጆርናል | 12.822 | ጂኖም-ሰፊ ሰው ሰራሽ የ Gossypium ባርባንሰን ወደ ጂ hirsutum መግቢያ የጥጥ ፋይበር ጥራትን እና ምርትን በአንድ ጊዜ ለማሻሻል የላቀ ሎሲ አሳይ ባህሪያት | SLAF-የዝግመተ ለውጥ ጄኔቲክስ |
| 2019 | ሞለኪውላዊ ተክል | 10.81 | የህዝብ ጂኖሚክ ትንተና እና የዲ ኖቮ ጉባኤ የአረም አመጣጥን ይገልፃል። ሩዝ እንደ የዝግመተ ለውጥ ጨዋታ | SLAF-የዝግመተ ለውጥ ጄኔቲክስ |
| 2019 | የተፈጥሮ ጄኔቲክስ | 31.616 | የጂኖም ቅደም ተከተል እና የጄኔቲክ ልዩነት የጋራ ካርፕ ፣ ሳይፕሪነስ ካርፒዮ | SLAF-ግንኙነት ካርታ |
| 2014 | የተፈጥሮ ጄኔቲክስ | 25.455 | የተመረተ ኦቾሎኒ ጂኖም ስለ ጥራጥሬ ካሪዮታይፕ፣ ፖሊፕሎይድ ግንዛቤን ይሰጣል የዝግመተ ለውጥ እና የሰብል የቤት ውስጥ ስራ. | SLAF-ግንኙነት ካርታ |
| 2022 | የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል | 9.803 | የ ST1 መለየት የዘር ሞርፎሎጂን በመምታት ምርጫን ያሳያል እና በአኩሪ አተር የቤት ውስጥ ጊዜ ውስጥ የዘይት ይዘት | የ SLAF-ማርከር እድገት |
| 2022 | የሞለኪውላር ሳይንሶች ዓለም አቀፍ ጆርናል | 6.208 | የስንዴ-ሌይመስ ሞሊስ 2ኤንስ (2ዲ) መለያ እና የዲኤንኤ ማርከር እድገት ዲስኦሚክ ክሮሞሶም መተካት | የ SLAF-ማርከር እድገት |
| አመት | ጆርናል | IF | ርዕስ | መተግበሪያዎች |
| 2023 | በእጽዋት ሳይንስ ውስጥ ድንበሮች | 6.735 | የፒረስ ፒሪፎሊያ ፍሬ በሚበስልበት ጊዜ የ QTL ካርታ እና ግልባጭ ትንተና የስኳር ይዘት | የጄኔቲክ ካርታ |
| 2022 | የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል | 8.154 | የ ST1 መለየት በአኩሪ አተር እርባታ ወቅት የዘር ሞርፎሎጂ እና የዘይት ይዘትን መምታት የሚያካትት ምርጫን ያሳያል።
| የ SNP ጥሪ |
| 2022 | በእጽዋት ሳይንስ ውስጥ ድንበሮች | 6.623 | ጂኖም-ሰፊ ማህበር በድርቅ አካባቢ የ Hulless Barely Phenotypes ካርታ ስራ።
| GWAS |
