Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
የስራ ፍሰት
አገልግሎቱ በቤተ መፃህፍቱ ዝግጅት ላይ ምርጡን የኢንዛይም ምርጫ ለማረጋገጥ በሲሊኮ ውስጥ የተወሰነ ቅድመ-ዲዛይን አለው።
የቴክኒክ እቅድ
የአገልግሎት ባህሪያት
● በኖቫሴክ ላይ በPE150 ቅደም ተከተል ማድረግ።
● ከ1000 በላይ ናሙናዎችን በማዋሃድ የቤተ-መጽሐፍት ዝግጅት በድርብ ባርኮዲንግ።
● ከማጣቀሻ ጂኖም ነፃ
ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር፡ SNP እና InDel ግኝት
ያለ ማጣቀሻ ጂኖም፡ የናሙና ክላስተር እና የSNP ግኝት
● በበሲሊኮ ውስጥየቅድመ-ዲዛይን ደረጃ በርካታ ገደብ ኢንዛይሞች ጥምረት በጂኖም ላይ ወጥ የሆነ የSLAF መለያዎች ስርጭት የሚያመነጩትን ለማግኘት ይጣራሉ።
● በቅድመ-ሙከራው ወቅት፣ 9 የSLAF ቤተ-መጻሕፍትን ለማመንጨት ሶስት የኢንዛይም ውህዶች በ3 ናሙናዎች ይፈተናሉ፣ እና ይህ መረጃ ለፕሮጀክቱ ተስማሚ የሆነ የገደብ ኢንዛይም ጥምረት ለመምረጥ ይጠቅማል።
የአገልግሎት ጥቅሞች
●ከፍተኛ የጄኔቲክ ምልክት ማድረጊያ ግኝት፦ ከፍተኛ መጠን ያለው ድርብ ባርኮድ ሲስተም በአንድ ጊዜ በርካታ ሰዎችን በቅደም ተከተል ለማስቀመጥ እና በአካባቢው ላይ የተመሰረተ ማጉያ ቅልጥፍናን ለማሻሻል የሚያስችል ሲሆን የመለያ ቁጥሮች የተለያዩ የምርምር ጥያቄዎችን የተለያዩ መስፈርቶችን እንዲያሟሉ ያረጋግጣል።
● በጂኖም ላይ ዝቅተኛ ጥገኛነት፦ የማጣቀሻ ጂኖም ባላቸው ወይም በሌላቸው ዝርያዎች ላይ ሊተገበር ይችላል።
●ተለዋዋጭ የንድፍ ዲዛይን፦ ነጠላ-ኢንዛይም፣ ባለሁለት-ኢንዛይም፣ ባለብዙ-ኢንዛይም መፈጨት እና የተለያዩ የኢንዛይሞች ዓይነቶች ለተለያዩ የምርምር ግቦች ወይም ዝርያዎች ተስማሚ እንዲሆኑ ሊመረጡ ይችላሉ።
● በኢንዛይም የምግብ መፈጨት ውስጥ ከፍተኛ ብቃት፦ የአንድን ማስተላለፊያበሲሊኮ ውስጥቅድመ-ዲዛይን እና ቅድመ-ሙከራ በክሮሞሶም ላይ የSLAF መለያዎች እኩል ስርጭት (1 SLAF መለያ/4Kb) እና የተቀነሰ ተደጋጋሚ ቅደም ተከተል (<5%) በመጠቀም ጥሩ ዲዛይን ያረጋግጣል።
●ሰፊ እውቀት፦ በእያንዳንዱ ፕሮጀክት ላይ ብዙ ልምድ እናመጣለን፣ በመቶዎች የሚቆጠሩ ዝርያዎችን ጨምሮ ከ5000 በላይ የSLAF-Seq ፕሮጀክቶችን በመዝጋት ረገድ ጥሩ ውጤት እናስመዘግባለን።
● በራስ-ሰር የተገነባ የባዮኢንፎርማቲክ የስራ ፍሰት፦ የመጨረሻውን ውጤት አስተማማኝነት እና ትክክለኛነት ለማረጋገጥ ለSLAF-Seq የተቀናጀ የባዮኢንፎርማቲክ የስራ ፍሰት አዘጋጅተናል።
የአገልግሎት ዝርዝር መግለጫዎች
| የትንታኔ አይነት | የሚመከር የህዝብ ብዛት መለኪያ | የቅደም ተከተል ስትራቴጂ | |
| የመለያ ቅደም ተከተል ጥልቀት | የመለያ ቁጥር | ||
| የጄኔቲክ ካርታዎች | 2 ወላጆች እና ከ150 በላይ ልጆች | ወላጆች፡ 20x WGS ኦፍስፒንግ፡ 10x | የጂኖም መጠን፡ <400 ሜባ፡ WGS ይመከራል <1Gb: 100ሺህ መለያዎች 1-2Gb:: 200K መለያዎች >2Gb: 300ሺህ መለያዎች ቢበዛ 500ሺህ መለያዎች |
| የጂኖም-አቀፍ የአሶሴሽን ጥናቶች (GWAS) | ≥200 ናሙናዎች | 10x | |
| የጄኔቲክ ዝግመተ ለውጥ | ≥30 ናሙናዎች፣ ከእያንዳንዱ ንዑስ ቡድን ከ10 በላይ ናሙናዎች ያሉት | 10x | |
የአገልግሎት መስፈርቶች
ማጎሪያ ≥ 5 ng/µL
ጠቅላላ መጠን ≥ 80 ንግ
ናኖድሮፕ OD260/280=1.6-2.5
የአጋሮዝ ጄል፡- ምንም ወይም የተወሰነ መበላሸት ወይም ብክለት የለም
የሚመከር የናሙና አቅርቦት
ኮንቴይነር፦ 2 ሚሊ ሊትር የሴንትሪፉጅ ቱቦ
(ለአብዛኛዎቹ ናሙናዎች፣ በኤታኖል ውስጥ እንዳይከማቹ እንመክራለን)
የናሙና መለያ፡- ናሙናዎች በግልጽ መለያ የተደረገባቸው እና ከቀረበው የናሙና መረጃ ቅጽ ጋር ተመሳሳይ መሆን አለባቸው።
ጭነት፡ ደረቅ በረዶ፡ ናሙናዎቹ በመጀመሪያ በከረጢቶች ውስጥ መታሸግ እና በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው።
የአገልግሎት የስራ ፍሰት
የናሙና ኪውሲ (QC)
የሙከራ ሙከራ
SLAF-ሙከራ
የቤተ-መጻሕፍት ዝግጅት
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ የሚሰጡ አገልግሎቶች
የባዮኢንፎርማቲካል ትንታኔያችን የሚከተሉትን ያካትታል፡
የN-rich reads፣ የአዳፕተር reads ወይም ዝቅተኛ ጥራት ያላቸውን reads ለማስወገድ የውሂብ QC እና የውሂብ መከርከም።
የንፁህ ንባቦችን ሁለተኛ የጥራት ቁጥጥር የመሠረት ስርጭትን፣ የቅደም ተከተል ጥራትን እና የውሂብ ግምገማን ለማረጋገጥ፣ ነገር ግን የምግብ መፈጨትን ውጤታማነት እና የተገኙትን ማስገቢያዎች ለመፈተሽ።
ንባቦቹ ከተረጋገጡ በኋላ ሁለት አማራጮች አሉ፡
- ወደ ማጣቀሻ ጂኖም ካርታ መስራት
- ያለ ማጣቀሻ ጂኖም፡ ክላስተር
ከዚያ በኋላ፣ የSLAF መለያዎች ትንተና በማርከር ግኝት ላይ ለማገዝ የተለያዩ ጥሪዎችን ለማድረግ ይጠቅማል፡ SNP፣ InDel፣ SNV፣ CV ጥሪ እና ማብራሪያ
በክሮሞሶም ላይ የSLAF መለያዎች ስርጭት፡
በክሮሞሶም ላይ የ SNPs ስርጭት፡
የSNP ማብራሪያ
ጂያንግ ኤስ፣ ሊ ኤስ፣ ሉኦ ጄ፣ ዋንግ ኤክስ እና ሺ ሲ (2023) የፍራፍሬ መብሰል ወቅት የስኳር ይዘት የQTL ካርታ ስራ እና ግልባጭ ትንተናፒረስ ፒሪፎሊያ.ፊት። ተክል ሳይንስ።14፡1137104። doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
ሊ፣ ጄ.፣ ዣንግ፣ ዋይ.፣ ማ፣ አር.፣ ሁዋንግ፣ ደብሊው.፣ ሁ፣ ጄ.፣ ፋንግ፣ ሲ.፣ እና ሰን፣ ኤል. (2022)። የst1 መለየት በአኩሪ አተር እርባታ ወቅት የዘር ሞርፎሎጂ እና የዘይት ይዘትን በሂችሂኪንግ ውስጥ ማካተትን የሚያሳይ ምርጫን ያሳያል።የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል, 20(6)፣ 1110-1121። https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu፣ P.፣ Zhang፣ X.፣ Wang፣ X.እና ሌሎችም።የጂኖም ቅደም ተከተል እና የጋራ ካርፕ የጄኔቲክ ልዩነት፣ሳይፕሪነስ ካርፒዮ.ናት ጄኔት 46, 1212–1219 (2014)። https://doi.org/10.1038/ng.3098
ዙዋንግ፣ ደብልዩ፣ ቼን፣ ኤች.፣ ያንግ፣ ኤም.እና ሌሎችም።የኦቾሎኒ ጂኖም ስለ ባቄላ ካሪዮታይፕስ፣ ስለ ፖሊፕሎይድ ዝግመተ ለውጥ እና ስለ ሰብል ማዳቀል ግንዛቤ ይሰጣል።ናት ጄኔት 51, 865–876 (2019)። https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| አመት | ጆርናል | IF | ርዕስ | አፕሊኬሽኖች |
| 2022 | የተፈጥሮ ግንኙነቶች | 17.694 | የጊጋ-ክሮሞሶም እና የዛፍ ፒዮኒ ጊጋ-ጂኖም የጂኖሚክ መሠረት ፓኢዮኒያ ኦስቲ | SLAF-GWAS |
| 2015 | አዲስ የፊቶሎጂ ባለሙያ | 7.433 | የቤት ውስጥ የእግር አሻራዎች በግብርና አስፈላጊነት ውስጥ ያሉ የጂኖሚክ ክልሎችን ይወክላሉ አኩሪ አተር | SLAF-GWAS |
| 2022 | የላቀ ምርምር ጆርናል | 12.822 | የጎሲፒየም ባርባደንስ ወደ ጂ. ሂርሱተም የሚያስገባ ጂኖም-አቀፍ አርቲፊሻል መግቢያ የጥጥ ፋይበር ጥራት እና ምርትን በአንድ ጊዜ ለማሻሻል የላቀ ቦታን ያሳያል ባህሪያት | SLAF-ዝግመተ ለውጥ ጄኔቲክስ |
| 2019 | ሞለኪውላር ተክል | 10.81 | የሕዝብ ጂኖሚክ ትንተና እና የዴ ኖቮ ስብሰባ የዊዲን አመጣጥ ይገልጣሉ ሩዝ እንደ የዝግመተ ለውጥ ጨዋታ | SLAF-ዝግመተ ለውጥ ጄኔቲክስ |
| 2019 | የተፈጥሮ ጄኔቲክስ | 31.616 | የሳይፕሪነስ ካርፒዮ፣ የጂኖም ቅደም ተከተል እና የጄኔቲክ ልዩነት | የSLAF-ሊንኬጅ ካርታ |
| 2014 | የተፈጥሮ ጄኔቲክስ | 25.455 | የኦቾሎኒ ጂኖም ስለ ጥራጥሬ ካሪዮታይፕስ፣ ፖሊፕሎይድ ግንዛቤ ይሰጣል ዝግመተ ለውጥ እና የሰብል እርባታ። | የSLAF-ሊንኬጅ ካርታ |
| 2022 | የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል | 9.803 | የST1 መለየት የዘር ሞርፎሎጂን በሂችሂኪንግ ውስጥ ማካተትን የሚያሳይ ምርጫን ያሳያል እና በአኩሪ አተር እርባታ ወቅት የዘይት ይዘት | የSLAF-ማርከር ልማት |
| 2022 | ዓለም አቀፍ የሞለኪውላር ሳይንስ ጆርናል | 6.208 | የስንዴ-ሌይመስ ሞሊስ 2Ns (2D) መለያ እና የዲኤንኤ ምልክት ማድረጊያ ልማት ዲስኦሚክ ክሮሞሶም ምትክ | የSLAF-ማርከር ልማት |
| አመት | ጆርናል | IF | ርዕስ | አፕሊኬሽኖች |
| 2023 | በእፅዋት ሳይንስ ውስጥ ያሉ ድንበሮች | 6.735 | የፒረስ ፒሪፎሊያ የፍራፍሬ መብሰል ወቅት የስኳር ይዘት የQTL ካርታ ስራ እና የትራንስክሪፕቶሜ ትንተና | የጄኔቲክ ካርታ |
| 2022 | የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል | 8.154 | የST1 መለየት በአኩሪ አተር እርባታ ወቅት የዘር ሞርፎሎጂ እና የዘይት ይዘትን በጅምር ላይ ማተኮርን የሚያሳይ ምርጫን ያሳያል
| የSNP ጥሪ |
| 2022 | በእፅዋት ሳይንስ ውስጥ ያሉ ድንበሮች | 6.623 | በድርቅ አካባቢ ውስጥ የHulles Barely Phenotypes የጂኖም-አቀፍ አሶሴሽን ካርታ።
| ጂዋስ |
