-
ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል -ኤን.ኤስ
ሜታጂኖም እንደ የአካባቢ እና የሰው ሜታጂኖም ያሉ የተቀላቀሉ ህዋሳት ማህበረሰብ አጠቃላይ የዘረመል ቁስ ስብስብ ነው። በውስጡም ሊለሙ የሚችሉ እና የማይበቅሉ ረቂቅ ተሕዋስያን ጂኖም ይዟል. የሾትጉን ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል ከኤንጂኤስ ጋር እነዚህን ውስብስብ የጂኖሚክ መልክዓ ምድሮች ከታክሶኖሚክ መገለጫ በላይ በማቅረብ በአካባቢያዊ ናሙናዎች ውስጥ የተካተቱትን ለማጥናት ያስችላል። ከታክሶኖሚክ ጥናቶች ባሻገር፣ የተኩስ ሽጉጥ ሜታጂኖሚክስ እንዲሁ ተግባራዊ የሆነ የጂኖም እይታ ይሰጣል፣ ይህም ኢንኮድ የተደረገባቸው ጂኖች እና በስነምህዳር ሂደቶች ውስጥ ያላቸውን የማስቀመጥ ሚናዎች ለመፈተሽ ያስችላል። በመጨረሻም፣ በጄኔቲክ አካላት እና በአካባቢያዊ ሁኔታዎች መካከል የግንኙነት መረቦች መመስረት በጥቃቅን ተህዋሲያን ማህበረሰቦች እና በስነ-ምህዳር ዳራ መካከል ያለውን ውስብስብ መስተጋብር አጠቃላይ ግንዛቤን ለመፍጠር አስተዋፅኦ ያደርጋል። በማጠቃለያው፣ የሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል የተለያዩ ጥቃቅን ተህዋሲያን ማህበረሰቦችን ጂኖሚክ ውስብስብነት ለመፍታት፣ በእነዚህ ውስብስብ ስነ-ምህዳሮች ውስጥ በጄኔቲክስ እና በስነ-ምህዳር መካከል ያለውን ዘርፈ-ብዙ ግንኙነት የሚያበራ መሳሪያ ሆኖ ይቆማል።
መድረኮች፡ Illumina NovaSeq እና DNBSEQ-T7
-
ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል-TGS
ሜታጂኖም እንደ አካባቢ እና ሰው ሜታጂኖም ያሉ የተቀላቀሉ ህዋሳት ማህበረሰብ የጄኔቲክ ቁሶች ስብስብ ነው። በውስጡም ሊለሙ የሚችሉ እና የማይበቅሉ ረቂቅ ተሕዋስያን ጂኖም ይዟል. ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል ከታክሶኖሚክ በላይ መገለጫዎችን በማቅረብ በሥነ-ምህዳር ናሙናዎች ውስጥ የተካተቱትን እነዚህን ውስብስብ የጂኖሚክ መልክዓ ምድሮች ለማጥናት ያስችላል። በተጨማሪም ኢንኮድ የተደረገባቸውን ጂኖች እና በአካባቢያዊ ሂደቶች ውስጥ ያላቸውን የማስቀመጥ ሚና በመመርመር ተግባራዊ የሆነ የጂኖም እይታን ይሰጣል። ባህላዊ የተኩስ አቀራረቦች ከኢሉሚና ቅደም ተከተል ጋር በሜታጂኖሚክ ጥናቶች ውስጥ በሰፊው ጥቅም ላይ ቢውሉም፣ የናኖፖሬ እና የፓክባዮ ረጅም ተነባቢ ቅደም ተከተል መምጣት መስክውን ቀይረዋል። ናኖፖሬ እና ፓክባዮ ቴክኖሎጂ የታችኛውን ተፋሰስ ባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔዎችን በተለይም የሜታጂኖም ስብሰባን ያሻሽላሉ፣ ይህም የበለጠ ተከታታይ ስብሰባዎችን ያረጋግጣል። ሪፖርቶች እንደሚያመለክቱት ናኖፖርን መሰረት ያደረጉ እና በፓክባዮ ላይ የተመሰረተ ሜታጂኖሚክስ ከተወሳሰቡ ማይክሮባዮሞች (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020) የተሟሉ እና የተዘጉ የባክቴሪያ ጂኖም በተሳካ ሁኔታ ማፍራታቸውን ያመለክታሉ። ናኖፖሬ ንባብን ከኢሉሚና ንባብ ጋር ማቀናጀት የናኖፖሬ ተፈጥሯዊ ዝቅተኛ ትክክለኛነትን በመቀነስ ለስህተት እርማት ስትራቴጂያዊ አቀራረብ ይሰጣል። ይህ የተቀናጀ ጥምረት የእያንዳንዱን ተከታታይ መድረክ ጥንካሬዎችን ይጠቀማል፣ እምቅ ውስንነቶችን ለማሸነፍ እና የሜታጂኖሚክ ትንታኔዎችን ትክክለኛነት እና አስተማማኝነት በማሳደግ ጠንካራ መፍትሄ ይሰጣል።
መድረክ፡ ናኖፖሬ ፕሮሜቲዮን 48፣ ኢሉሚያ እና ፓክባዮ ሪቪዮ
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
የ16S እና 18S አር ኤን ኤ ጂኖች ከ Internal Transcribed Spacer (ITS) ክልል ጋር በመሆን እጅግ በጣም የተጠበቁ እና ከፍተኛ ተለዋዋጭ ክልሎችን በማጣመር እንደ ዋና ሞለኪውላዊ የጣት አሻራ ጠቋሚዎች ያገለግላሉ፣ ይህም ፕሮካርዮቲክ እና eukaryotic ህዋሳትን ለመለየት በዋጋ ሊተመን የማይችል መሳሪያ ያደርጋቸዋል። የእነዚህን ክልሎች ማጉላት እና ቅደም ተከተል በተለያዩ ስነ-ምህዳሮች ውስጥ ያሉ ጥቃቅን ተህዋሲያን ስብጥርን እና ልዩነቶችን ለመመርመር ከገለልተኛ የጸዳ አቀራረብ ይሰጣል። የኢሉሚና ቅደም ተከተል በተለምዶ እንደ V3-V4 የ16S እና ITS1 ያሉ አጫጭር ተለዋዋጭ ክልሎችን ያነጣጠረ ቢሆንም፣ የላቀ የታክሶኖሚክ ማብራሪያ የ16S፣ 18S እና ITS ሙሉ ርዝመትን በቅደም ተከተል በማስቀመጥ ሊሳካ እንደሚችል ታይቷል። ይህ ሁሉን አቀፍ አቀራረብ በትክክል የተከፋፈሉ ቅደም ተከተሎችን ከፍ ያለ በመቶኛ ያስገኛል፣ ይህም ዝርያን ለመለየት የሚያስችል የመፍታት ደረጃ ላይ ይደርሳል። የፓክባዮ ነጠላ ሞለኪውል ሪል-ታይም (SMRT) ተከታታይ መድረክ እጅግ በጣም ትክክለኛ የሆኑ ረጅም ንባቦችን (HiFi) በማቅረብ ጎልቶ የሚታየው ባለ ሙሉ ርዝመት አምፖሎችን የሚሸፍኑ ሲሆን ይህም የኢሉሚና ቅደም ተከተል ትክክለኛነት ይወዳደራል። ይህ ችሎታ ተመራማሪዎች ተወዳዳሪ የማይገኝለት ጥቅም እንዲያገኙ ያስችላቸዋል - ስለ ጄኔቲክ መልክዓ ምድራዊ ገጽታ ፓኖራሚክ እይታ። የተራዘመው ሽፋን በዝርያዎች ማብራሪያ ላይ በተለይም በባክቴሪያ ወይም በፈንገስ ማህበረሰቦች ውስጥ ያለውን መፍትሄ በከፍተኛ ሁኔታ ያሳድጋል፣ ይህም ስለ ጥቃቅን ተህዋሲያን ውስብስብነት ጥልቅ ግንዛቤን ይሰጣል።
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
አምፕሊኮን ቅደም ተከተል ከኢሉሚና ቴክኖሎጂ ጋር፣ በተለይም 16S፣ 18S እና ITS የዘረመል ማርከሮች ላይ ያነጣጠረ፣ በማይክሮቢያዊ ማህበረሰቦች ውስጥ ያለውን የዝርያ ፣የታክሶኖሚ እና የዝርያ ብዛትን ለመፍታት ኃይለኛ ዘዴ ነው። ይህ አካሄድ የቤት አያያዝ የጄኔቲክ ማርከሮች hypervariable ክልሎችን ቅደም ተከተል ያካትታል። በመጀመሪያ እንደ ሞለኪውላር የጣት አሻራ በወዮዎች እና ሌሎችእ.ኤ.አ. በ 1977 ይህ ዘዴ ከገለልተኛ-ነጻ ትንታኔዎችን በማስቻል የማይክሮባዮሚ ፕሮፋይል አብዮት አድርጓል። በ16S (ባክቴሪያ)፣ 18S (ፈንጋይ) እና Internal Transcribed Spacer (ITS፣ fungi) ተከታታይነት ያላቸው ተመራማሪዎች በብዛት የሚገኙ ዝርያዎችን ብቻ ሳይሆን ብርቅዬ እና የማይታወቁትንም መለየት ይችላሉ። በሰፊው እንደ ዋና መሳሪያ የተወሰደው የአምፕሊኮን ቅደም ተከተል የሰው አፍን፣ አንጀትን፣ ሰገራን እና ሌሎችን ጨምሮ በተለያዩ አካባቢዎች ያሉ ልዩ ልዩ ጥቃቅን ተህዋሲያን ውህዶችን ለመለየት ጠቃሚ ሆኗል።
-
የባክቴሪያ እና የፈንገስ ሙሉ ጂኖም ዳግም ቅደም ተከተል
ተህዋሲያን እና ፈንገስ ሙሉ-ጂኖም ዳግም-ቅደም ተከተል ፕሮጀክቶች ጥቃቅን ጂኖም ማጠናቀቅ እና ማወዳደር በማንቃት ማይክሮቢያል ጂኖም ለማራመድ ወሳኝ ናቸው. ይህ የመፍላት ምህንድስና, የኢንዱስትሪ ሂደቶችን ማመቻቸት እና የሁለተኛ ደረጃ የሜታቦሊዝም መንገዶችን መመርመርን ያመቻቻል. በተጨማሪም የፈንገስ እና የባክቴሪያ ዳግም ቅደም ተከተል የአካባቢን መላመድ ለመረዳት፣ ውጥረቶችን ለማሻሻል እና የጄኔቲክ ዝግመተ ለውጥ ተለዋዋጭነትን ለማሳየት በህክምና፣ በግብርና እና በአካባቢ ሳይንስ ላይ ሰፊ እንድምታ ያለው ወሳኝ ነው።
-
ፕሮካርዮቲክ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል
የአር ኤን ኤ ቅደም ተከተል በተወሰኑ ሁኔታዎች ውስጥ ባሉ ሴሎች ውስጥ ያሉትን ሁሉንም የአር ኤን ኤ ቅጂዎች አጠቃላይ መገለጫን ያበረታታል። ይህ የመቁረጫ ቴክኖሎጂ ውስብስብ የሆኑ የጂን አገላለጾችን መገለጫዎችን፣ የጂን አወቃቀሮችን እና ከተለያዩ ባዮሎጂካዊ ሂደቶች ጋር የተያያዙ ሞለኪውላዊ ስልቶችን በማሳየት እንደ ሃይለኛ መሳሪያ ሆኖ ያገለግላል። በመሠረታዊ ምርምር፣ ክሊኒካዊ ምርመራ እና የመድኃኒት ልማት ውስጥ በሰፊው ተቀባይነት ያለው፣ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ስለ ሴሉላር ተለዋዋጭነት እና የጄኔቲክ ቁጥጥር ውስብስብነት ግንዛቤዎችን ይሰጣል። የእኛ የፕሮካርዮቲክ አር ኤን ኤ ናሙና ሂደት ለፕሮካርዮቲክ ትራንስክሪፕት የተዘጋጀ ነው፣ አር ኤን ኤ መሟጠጥ እና የአቅጣጫ ቤተመፃህፍት ዝግጅትን ያካትታል።
መድረክ: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome ቅደም ተከተል
የኢሉሚና ተከታታይ ቴክኖሎጂን መጠቀም፣ የ BMKGENE ሜታትራንስክሪፕት ሴኬሲንግ አገልግሎት እንደ አፈር፣ ውሃ፣ ባህር፣ ሰገራ እና አንጀት ባሉ የተፈጥሮ አካባቢዎች ውስጥ ያሉ የተለያዩ ማይክሮቦች፣ ዩካርዮት ወደ ፕሮካርዮት እና ቫይረሶች የሚሸፍነውን ተለዋዋጭ የጂን አገላለጽ ያሳያል። የኛ ሁሉን አቀፍ አገልግሎታችን ተመራማሪዎች ወደ ውስብስብ ረቂቅ ተሕዋስያን ማህበረሰቦች የተሟላ የጂን አገላለጽ መገለጫዎች እንዲገቡ ኃይል ይሰጠዋል። ከታክሶኖሚክ ትንታኔ ባሻገር፣የእኛ የሜታራንስክሪፕት ሴኬቲንግ አገልግሎታችን ወደ ተግባራዊ ማበልፀግ ፍለጋን ያመቻቻል፣በተለያዩ የተገለጹ ጂኖች እና ሚናዎቻቸው ላይ ብርሃንን ይሰጣል። የጂን አገላለጽ፣ የታክሶኖሚክ ልዩነት እና የተግባር ተለዋዋጭነት በእነዚህ የተለያዩ የአካባቢ ጥበቃ ቦታዎች ውስጥ ሲሄዱ ብዙ የባዮሎጂካል ግንዛቤዎችን ያግኙ።
-
ደ ኖቮ የፈንገስ ጂኖም ስብሰባ
BMKGENE የተለያዩ የምርምር ፍላጎቶችን እና የተፈለገውን የጂኖም ሙላትን በማስተናገድ ለፈንገስ ጂኖም ሁለገብ መፍትሄዎችን ይሰጣል። አጭር ተነባቢ ኢሉሚና ቅደም ተከተል መጠቀም ብቻ ረቂቅ ጂኖም ለመፍጠር ያስችላል። ናኖፖሬ ወይም ፓሲቢዮ በመጠቀም አጭር ንባብ እና ረጅም የተነበበ ቅደም ተከተል ለተጨማሪ የተጣራ የፈንገስ ጂኖም ከረጅም ኮንቲግ ጋር ይጣመራሉ። በተጨማሪም የ Hi-C ቅደም ተከተልን ማቀናጀት አቅሙን የበለጠ ያሳድጋል, ይህም የተሟላ የክሮሞሶም ደረጃ ጂኖም ለማግኘት ያስችላል.
-
ደ ኖቮ የባክቴሪያ ጂኖም ስብስብ
የ 0 ክፍተቶችን በማረጋገጥ የተሟላ የባክቴሪያ ጂኖም ስብስብ አገልግሎት እንሰጣለን. ይህ ሊሆን የቻለው ለረጅም ጊዜ የተነበቡ ተከታታይ ቴክኖሎጂዎችን እንደ ናኖፖሬ እና ፓሲቢዮ ለመገጣጠም እና አጭር ንባብ ቅደም ተከተል ከኢሉሚና ጋር በማቀናጀት እና የ ONT ንባብ ስህተቶችን ለማስተካከል። አገልግሎታችን የተወሰኑ የምርምር ግቦችን በማሟላት የተሟላውን የባዮኢንፎርማቲክ የስራ ፍሰት ከስብሰባ፣ ተግባራዊ ማብራሪያ እና የላቀ የባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔ ያቀርባል። ይህ አገልግሎት ለተለያዩ የዘረመል እና ጂኖሚክ ጥናቶች ትክክለኛ የማጣቀሻ ጂኖም እድገትን ያስችላል። በተጨማሪም፣ ሳይንሳዊ ግንዛቤዎችን እና የባዮቴክኖሎጂ ፈጠራን ለማራመድ ወሳኝ የሆነ አስተማማኝ እና ክፍተት የለሽ የጂኖሚክ መረጃን በማረጋገጥ እንደ ውጥረት ማመቻቸት፣ የጄኔቲክ ምህንድስና እና ማይክሮባይል ቴክኖሎጂ ልማት ላሉ መተግበሪያዎች መሰረትን ይፈጥራል።
