Øለማይክሮቢያዊ ማህበረሰቡ መገለጫ ከመገለል እና ከእርሻ-ነጻ
Øበአካባቢያዊ ናሙናዎች ውስጥ ዝቅተኛ የተትረፈረፈ ዝርያዎችን በመለየት ከፍተኛ ጥራት
Øየ "ሜታ-" ሀሳብ ሁሉንም ባዮሎጂያዊ ባህሪያት በተግባራዊ ደረጃ, በዝርያ ደረጃ እና በጂን ደረጃ ያዋህዳል, ይህም ወደ እውነታ ቅርብ የሆነ ተለዋዋጭ እይታን ያሳያል.
ØBMK በተለያዩ የናሙና ዓይነቶች ከ10,000 በላይ ናሙናዎች በማዘጋጀት ሰፊ ልምድ ያከማቻል።
ቅደም ተከተልመድረክ | ቤተ መፃህፍት | የሚመከር የውሂብ ምርት | የሚገመተው የማዞሪያ ጊዜ |
ኢሉሚና ኖቫሴክ 6000 | ፒኢ250 | 50ኪ/100ኪ/300ኪ መለያዎች | 30 ቀናት |
üጥሬ የውሂብ ጥራት ቁጥጥር
üMetagenome ስብሰባ
üያልተደጋገመ የጂን ስብስብ እና ማብራሪያ
üየዝርያ ልዩነት ትንተና
üየጄኔቲክ ተግባር ልዩነት ትንተና
üየቡድን ትንተና
üከሙከራ ምክንያቶች አንጻር የማህበሩ ትንተና
ለየዲኤንኤ ውህዶች:
የናሙና ዓይነት | መጠን | ትኩረት መስጠት | ንጽህና |
የዲኤንኤ ውህዶች | : 30 ንግ | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ለአካባቢያዊ ናሙናዎች፡-
የናሙና ዓይነት | የሚመከር የናሙና አሰራር |
አፈር | የናሙና መጠን: በግምት.5 ግ;የተረፈውን የደረቀ ንጥረ ነገር ከምድር ላይ ማስወገድ ያስፈልጋል;ትላልቅ ቁርጥራጮችን መፍጨት እና በ 2 ሚሜ ማጣሪያ ውስጥ ማለፍ;ቦታ ለማስያዝ በጸዳ EP-tube ወይም cyrotube ውስጥ ያሉ የ Aliquot ናሙናዎች። |
ሰገራ | የናሙና መጠን: በግምት.5 ግ;ለቦታ ማስያዝ በማይጸዳ EP-tube ወይም cryotube ውስጥ ናሙናዎችን ይሰብስቡ እና ይልቀቁ። |
የአንጀት ይዘት | ናሙናዎች በ aseptic ሁኔታ ውስጥ መደረግ አለባቸው.የተሰበሰበውን ቲሹ በፒቢኤስ ያጠቡ;ፒቢኤስን ሴንትሪፉግ ያድርጉ እና በ EP-tubes ውስጥ ያለውን ተንሳፋፊ ይሰብስቡ። |
ዝቃጭ | የናሙና መጠን: በግምት.5 ግ;የዝቃጭ ናሙናን በ EP-tube ወይም cryotube ውስጥ ለቦታ ማስያዝ ይሰብስቡ እና ይላኩ። |
የውሃ አካል | እንደ የቧንቧ ውሃ፣ የጉድጓድ ውሃ፣ ወዘተ የመሳሰሉ ውስን መጠን ያለው ረቂቅ ተሕዋስያን ላለው ናሙና ቢያንስ 1 ሊትር ውሃ ይሰብስቡ እና በ 0.22 μm ማጣሪያ ውስጥ ተህዋሲያንን ለማበልጸግ ይለፉ።ሽፋኑን በማይጸዳ ቱቦ ውስጥ ያከማቹ። |
ቆዳ | በጥንቃቄ የቆዳውን ገጽ በማይጸዳ ጥጥ ወይም በቀዶ ጥገና ቧጨረው እና በማይጸዳ ቱቦ ውስጥ ያስቀምጡት። |
ናሙናዎቹን በፈሳሽ ናይትሮጅን ውስጥ ለ 3-4 ሰአታት ያቀዘቅዙ እና በፈሳሽ ናይትሮጅን ወይም -80 ዲግሪ ለረጅም ጊዜ ቦታ ያስቀምጡ.ከደረቅ በረዶ ጋር ናሙና መላክ ያስፈልጋል.
1.ሂስቶግራም: ዝርያዎች ስርጭት
2.Functional ጂኖች ለ KEGG ተፈጭቶ መንገዶች የተገለጹ
3.የሙቀት ካርታ: በተመጣጣኝ የጂን ብዛት ላይ የተመሰረተ ልዩነት ተግባራትCARD አንቲባዮቲክ የመቋቋም ጂኖች 4.Circos
BMK መያዣ
በአፈር-ማንግሩቭ ሥር ቀጣይነት ላይ የአንቲባዮቲክ መከላከያ ጂኖች እና የባክቴሪያ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን መስፋፋት
የታተመየአደገኛ እቃዎች ጆርናል፣ 2021
የቅደም ተከተል ስልት፡
ቁሳቁስ፡- ከማንግሩቭ ሥር ጋር የተያያዙ ናሙናዎች ከአራት ቁርጥራጮች የተውጣጡ፡ ያልተተከለ አፈር፣ ራይዞስፌር፣ ኤፒስፌር እና ኤንዶስፌር ክፍሎች።
መድረክ፡ ኢሉሚና ሂሴክ 2500
ዒላማዎች: Metagenome
16S rRNA ጂን V3-V4 ክልል
ቁልፍ ውጤቶች
የሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል እና የሜታባርኮዲንግ ፕሮፋይል በአፈር-ሥር ቀጣይነት የማንግሩቭ ችግኞች ላይ የአንቲባዮቲክ ተከላካይ ጂኖች (ARGs) ከአፈር ወደ ተክሎች መስፋፋትን ለማጥናት ተዘጋጅቷል.የሜታጂኖሚክ መረጃ እንደሚያሳየው 91.4% አንቲባዮቲክ የመቋቋም ጂኖች በተለምዶ ከላይ በተጠቀሱት በአራቱም የአፈር ክፍሎች ውስጥ ተለይተው ይታወቃሉ ይህም ቀጣይነት ያለው ፋሽን አሳይቷል.16S rRNA amplicon sequencing 346 ዝርያዎችን የሚወክል 29,285 ቅደም ተከተሎችን ፈጠረ።በአምፕሊኮን ቅደም ተከተል ከተዘረዘሩት ዝርያዎች ጋር በማጣመር ይህ ስርጭቱ ከስር-ተያያዥ ማይክሮባዮታ ነፃ ሆኖ ተገኝቷል ነገር ግን በጄኔቲክ ንጥረ ነገሮች ተንቀሳቃሽ ስልክ ሊረዳ ይችላል።ይህ ጥናት የ ARGs እና በሽታ አምጪ ተህዋሲያን ከአፈር ወደ ተክሎች የሚፈሱትን እርስ በርስ ተያያዥነት ባለው የአፈር-ሥሩ ቀጣይነት ነው.
ማጣቀሻ
ዋንግ፣ ሲ.፣ ሁ፣ አር.፣ ጠንካራ፣ ፒጄ፣ ዙዋንግ፣ ደብሊው፣ እና ሹ፣ ኤል.(2020)በአፈር-ማንግሩቭ ሥር ቀጣይነት ውስጥ የአንቲባዮቲክ ተከላካይ ጂኖች እና የባክቴሪያ በሽታ አምጪ ተህዋሲያን መስፋፋት.አደገኛ እቃዎች ጆርናል, 408፣ 124985 እ.ኤ.አ.