የእፅዋት/የእንስሳት ሙሉ ጂኖም ቅደም ተከተል
የአገልግሎት ባህሪያት
ዴ ኖቮ
ይህ ዘዴ በተለይ እንደ ከፍተኛ ሄትሮዚጎሲቲ፣ ተደጋጋሚ ክልሎች፣ ፖሊፖሎይድ ጂኖሞች፣ ያልተለመዱ የሲጂ ይዘቶች ወዘተ ባሉ አስቸጋሪ ጂኖሞች ላይ ጠቃሚ ነው።
የእኛ የአንድ ጊዜ መፍትሔ የተቀናጀ የቅደም ተከተል አገልግሎቶችን እና ከፍተኛ ጥራት ያለው የዴ ኖቮ የተገጣጠመ ጂኖም የሚያቀርቡ ባዮኢንፎርማቲክ ትንተናዎችን ያቀርባል። ከኢሉሚና ጋር የተደረገ የመጀመሪያ የጂኖም ጥናት የጂኖም መጠን እና ውስብስብነት ግምቶችን ይሰጣል፣ እና ይህ መረጃ በፓክባዮ ሂፋይ የረጅም ጊዜ ቅደም ተከተል ቀጣዩን ደረጃ ለመምራት ይጠቅማል፣ ከዚያም በኋላዴ ኖቮየቋሚዎች ስብስብ። የሂሲ ስብሰባን ተከትሎ መጠቀም ኮንቲግስን ከጂኖም ጋር በማያያዝ የክሮሞሶም ደረጃ ስብስብ ለማግኘት ያስችላል። በመጨረሻም፣ ጂኖም በጂን ትንበያ እና በተገለጹ ጂኖች ቅደም ተከተል ይገለጻል፣ አጭር እና ረጅም ንባብ ባላቸው ትራንስክሪፕቶሞች ይጠቀማል።
-- በአንድ-ማቆሚያ መፍትሄ ውስጥ በርካታ ቅደም ተከተሎችን እና ባዮኢንፎርማቲክ አገልግሎቶችን ማዋሃድለግንባታ ልብ ወለድ ተስማሚ የሆነ አገልግሎት
-- ለፍላጎት ዝርያዎች የነባር የማጣቀሻ ጂኖሞች ወይም መሻሻል።
ቅደም ተከተል ማስያዝ
-- የቤተ-መጻሕፍት ዝግጅት መደበኛ ወይም ከፒሲአር-ነጻ ሊሆን ይችላል
-- በ4 የቅደም ተከተል መድረኮች ይገኛል፡ ኢሉሚና ኖቫሴክ፣ ኤምጂአይ ቲ7፣ ናኖፖሬ ፕሮሜሽን ፒ48 ወይም ፓክባዮ ሪቪዮ።
-- በተለዋዋጭ ጥሪ ላይ ያተኮረ ባዮኢንፎርማቲክ ትንተና፡ SNP፣ InDel፣ SV እና CNV
የአገልግሎት ጥቅሞች
●ሰፊ የኤክስፐርት እና የህትመት መዝገብ፦ ለዴ ኖቮአገልግሎቶች፣ የዲፕሎይድ ጂኖሞችን እና እጅግ ውስብስብ የሆኑ የፖሊፕሎይድ እና የአሎፖሊፕሎይድ ዝርያዎችን ጂኖሞችን ጨምሮ የተለያዩ ዝርያዎችን ከፍተኛ ጥራት ባለው የጂኖም ስብስብ ውስጥ ሰፊ ልምድ አከማችተናል። ከ2018 ጀምሮ ከ300 በላይ ከፍተኛ ተጽዕኖ ፈጣሪ ህትመቶችን አበርክተናል፣ እና ከ20 በላይ የሚሆኑት በኔቸር ጄኔቲክስ ታትመዋል። በጂኖም ዳግም ቅደም ተከተል ላይ ከ1000 በላይ ዝርያዎችን አከማችተናል፣ ይህም ከ1000 በላይ የታተሙ ጉዳዮችን አስገኝቷል፣ እና ከ5000 በላይ የሚሆኑት አጠቃላይ ተጽዕኖ ምክንያት ሆነዋል።
●የአንድ ጊዜ ማቆሚያ መፍትሄ: በርቷልዴ ኖቮቅደም ተከተልን ስንጠቀም፣ የተቀናጀ አቀራረባችን በርካታ የቅደም ተከተል ቴክኖሎጂዎችን እና ባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔዎችን ወደ አንድ ወጥ የስራ ፍሰት በማጣመር ከፍተኛ ጥራት ያለው የተገጣጠመ ጂኖም ያቀርባል።
●ለፍላጎቶችዎ የተበጀየአገልግሎት ፍሰታችን ሊበጅ የሚችል ሲሆን የተለያዩ ባህሪያት እና የተወሰኑ የምርምር ፍላጎቶች ላሏቸው ጂኖሞች መላመድ ያስችላል።
●ከፍተኛ ችሎታ ያላቸው የባዮኢንፎርማቲክስ እና የላቦራቶሪ ቡድን: ለዴ ኖቮቅደም ተከተል ወይም ዳግም ቅደም ተከተል በማስቀመጥ፣ ቡድናችን የፕሮጀክቱን ስኬት ለማረጋገጥ የሚያስችል የተካኑ መሳሪያዎች እና እውቀት አለው። ይህ በፈጠራቸው የፈጠራ ባለቤትነት እና የሶፍትዌር የቅጂ መብቶች ተከታታይ ሊረጋገጥ ይችላል።
● የድህረ-ሽያጭ ድጋፍ፡ቁርጠኝነታችን ከፕሮጀክቱ መጠናቀቅ ባሻገር ከሽያጭ በኋላ ለ3 ወራት የሚቆይ የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ፣ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመመለስ የፕሮጀክት ክትትል፣ የመላ ፍለጋ እርዳታ እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
●አጠቃላይ የባዮኢንፎርማቲክስ ትንተና፦ የተለዋዋጭ ጥሪ እና የተግባር ማብራሪያን ጨምሮ።
●ለቅደም ተከተል አጠቃላይ ማብራሪያ፦ የተለዩ ልዩነቶች ያላቸውን ጂኖች በተግባራዊነት ለማብራራት እና ተዛማጅ የማበልጸጊያ ትንተና ለማከናወን በርካታ የውሂብ ጎታዎችን እንጠቀማለን፣ ይህም በምርምር ፕሮጀክቶችዎ ላይ ግንዛቤዎችን ይሰጣል።
የአገልግሎት ዝርዝር መግለጫዎች
| ለመለየት የሚያስፈልጉ ተለዋጮች | የቅደም ተከተል ስትራቴጂ | የሚመከር ጥልቀት |
| SNP እና InDel | ኢሉሚና ኖቫሴክ PE150 ወይም MGI T7 | 10x |
| SV እና CNV (ያነሰ ትክክለኛ) | 30x | |
| SV እና CNV (ይበልጥ ትክክለኛ) | ናኖፖሬ ፕሮም P48 | 20x |
| SNPs፣ ኢንዴልስ፣ SV እና CNV | ፓክባዮ ሬቪዮ | 10x |
የናሙና መስፈርቶች
| ሕብረ ሕዋስ ወይም የተወጣጡ ኑክሊክ አሲዶች | ኢሉሚና/ኤምጂአይ | ናኖፖር | ፓክባዮ
| ||
| የእንስሳት ቪሴራ | 0.5-1 ግ | ≥ 3.5 ግ
| ≥ 3.5 ግ
| ||
| የእንስሳት ጡንቻ | ≥ 5 ግ
| ≥ 5 ግ
| |||
| የአጥቢ እንስሳት ደም | 1.5 ሚሊ ሊትር | ≥ 0.5 ሚሊ ሊትር
| ≥ 5 ሚሊ ሊትር
| ||
| የዶሮ/የዓሣ ደም | ≥ 0.1 ሚሊ ሊትር
| ≥ 0.5 ሚሊ ሊትር
| |||
| ተክል - ትኩስ ቅጠል | 1-2 ግ | ≥ 2 ግ
| ≥ 5 ግ
| ||
| የተለማመዱ ሴሎች |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| የነፍሳት ለስላሳ ቲሹ/ግለሰብ | 0.5-1 ግ | ≥ 1 ግ
| ≥ 3 ግ
| ||
| የተወጣ ዲኤንኤ
| ማጎሪያ፡ ≥ 1 ng/ µL መጠን፡ ≥ 30 ንግ የተወሰነ ወይም ምንም መበላሸት ወይም ብክለት የለም
| ማጎሪያ መጠን
OD260/280
OD260/230
የተወሰነ ወይም ምንም መበላሸት ወይም ብክለት የለም
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/የፍሰት ሴል/ናሙና
1.7-2.2
≥1.5 | ማጎሪያ መጠን
OD260/280
OD260/230
የተወሰነ ወይም ምንም መበላሸት ወይም ብክለት የለም | ≥ 50 ng/µL 10 µg/የፍሰት ሴል/ናሙና
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| ከፒሲአር-ነጻ የቤተ-መጽሐፍት ዝግጅት፡ ማጎሪያ≥ 40 ng/ µL መጠን≥ 500 ንግ | |||||
የአገልግሎት የስራ ፍሰት
የናሙና አቅርቦት
የዲኤንኤ ማውጣት
የቤተ መፃህፍት ግንባታ
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
የውሂብ አቅርቦት
ዴ ኖቮየባዮኢንፎርማቲክስ ቧንቧ መስመር
የተለያዩ የቧንቧ መስመሮቻችንን አጠቃላይ እይታ ማየት ከፈለጉ፡
የተሟላ የባዮኢንፎርማቲክ ትንተና፣ በ4 ደረጃዎች የተከፈለ
1. የጂኖም ጥናት፣ በኤንጂኤስ ንባቦች ላይ የተመሠረተ የኪ-ሜር ትንተና።በሚከተሉት ጉዳዮች ላይ መረጃ ይሰጠናል፦
- የጂኖም መጠን ግምት
- የሄትሮዚጎሲቲ ግምት
- የተደጋጋሚ ክልሎች ግምት
2. የጂኖም ስብስብ ከፓክባዮ ሃይፋይ ጋር።ረጅም ንባብ መጠቀም የሚከተሉትን ይሰጠናል፦
- ዴ ኖቮስብሰባ
- የመሰብሰቢያ ግምገማ፡ የጂኖም ሙሉነት የ BUSCO ትንተና እና የ NGS እና የ PacBio HiFi ንባቦችን ጀርባ ካርታን ጨምሮ
3. የሃይ-ሲ ስብሰባ።ስብሰባውን ካገኘን በኋላ፣ ስለ ጂኖም 3D መዋቅር መረጃ ማግኘታችን እውቀቱን ያሰፋዋል እና የምንገነባውን የማጣቀሻ ጂኖም ያበለጽጋል።
- ትክክለኛ የHi-C መስተጋብሮችን ለመገመት የHi-C ቤተ-መጽሐፍት QC።
- የሃይ-ሲ ስብሰባ። የ contigsን በቡድን በቡድን እናደራጃለን፣ ከዚያም በእያንዳንዱ ቡድን ውስጥ የኮንቲግ ቅደም ተከተል እና የኮንቲግ አቅጣጫ እንመድባለን።
- የከፍተኛ-ሲ ግምገማ
4. የጂኖም ማብራሪያ፡
- ኮድ ያልሆነ አር ኤን ኤ ትንበያ
- ተደጋጋሚ ቅደም ተከተሎችን መለየት (ትራንስፖዞኖች እና ታንደም ድግግሞሾች)
- የጂን ትንበያ
- ዴ ኖቮ: ab initio ስልተ ቀመሮች
- በሆሞሎጂ ላይ የተመሠረተ
- በትራንስክሪፕቶም ላይ የተመሠረተ፣ ረጅምና አጭር ንባቦች ያሉት፡ ንባቦችዴ ኖቮከጂኖም ረቂቅ ጋር የተገጣጠመ ወይም የተቀረጸ
- የተገመቱ ጂኖች በበርካታ የውሂብ ጎታዎች ማብራሪያ
ዳግም ቅደም ተከተልየባዮኢንፎርማቲክስ ቧንቧ መስመር
የሚከተለውን ትንታኔ ያካትታል፡
- ጥሬ የውሂብ ጥራት ቁጥጥር
- ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር የተጣጣመ ስታቲስቲክስ
- የተለዋጭ መለያ፡ SNP፣ InDel፣ SV እና CNV
- የተለዋጮች ተግባራዊ ማብራሪያ
ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር የማጣጣም ስታቲስቲክስ - የቅደም ተከተል ጥልቀት ስርጭት
በበርካታ ናሙናዎች መካከል የ SNP ጥሪ
የኢንዴል መለያ - በሲዲኤስ ክልል እና በጂኖም-አቀፍ ክልል ውስጥ የኢንዴል ርዝመት ስታቲስቲክስ
በጂኖም ውስጥ የተለዋዋጭ ስርጭት - የሰርኮስ ሴራ
የተለዩ ልዩነቶች ያላቸው የጂኖች ተግባራዊ ማብራሪያ - የጂን ኦንቶሎጂ
ቻይ፣ ኪ. እና ሌሎች (2023) 'ግሉታቲዮን ኤስ-ትራንስፌሬዝ GhTT19 በጥጥ ውስጥ የአንቶኪያኒን ክምችትን በመቆጣጠር የአበባ ቅጠሎችን ቀለም ይወስናል'፣የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል፣ 21(2) ፣ ገጽ. 433. doi: 10.1111 / PBI.13965.
ቼንግ፣ ኤች. እና ሌሎች (2023) 'በክሮሞሶም ደረጃ የሚታወቀው የሄቬያ ብራዚሊየንሲስ ጂኖም የጎማ ምርትን ለማሳደግ በጂኖሚክ የታገዘ እርባታ እና ጠቃሚ ቦታዎችን ለማልማት አዳዲስ መሳሪያዎችን ይሰጣል'፣የእፅዋት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል, 21(5), ገጽ 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
ሊ፣ ሲ. እና ሌሎች (2021) 'የጂኖም ቅደም ተከተሎች ዓለም አቀፍ የመበታተን መንገዶችን ያሳያሉ እና በባህር ፈረስ ዝግመተ ለውጥ ውስጥ የተዋሃዱ የጄኔቲክ ማስተካከያዎችን ይጠቁማሉ'፣የተፈጥሮ ኮሙኒኬሽን, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ሊ፣ ዋይ. እና ሌሎች (2023) 'ትልቅ መጠን ያለው የክሮሞሶም ለውጦች በጋያል (ቦስ frontalis) ውስጥ ወደ ጂኖም-ደረጃ አገላለጽ ለውጦች፣ የአካባቢ መላመድ እና የዘር ፍሬያማነት ይመራሉ'፣ሞለኪውላር ባዮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ፣ 40(1)። doi: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.
ቲያን፣ ቲ. እና ሌሎች (2023) 'ድርቅን የሚቋቋም የበቆሎ ጀርም የጂኖም ስብስብ እና የጄኔቲክ መበታተን'፣የተፈጥሮ ጄኔቲክስ 202355:3, 55 (3)፣ ገጽ 496–506። doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
ዣንግ፣ ኤፍ. እና ሌሎች (2023) 'በሶላኔሴ ቤተሰብ ውስጥ ሁለት ጂኖሞችን በመተንተን የትሮፔን አልካሎይድ ባዮሲንተሲስ ዝግመተ ለውጥን ማሳየት'፣የተፈጥሮ ኮሙኒኬሽን2023 14:1, 14(1), ገጽ 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ዜንግ፣ ቲ. እና ሌሎች (2022) 'በቻይና ተወላጅ ዶሮዎች ላይ የጂኖም እና የሜቲሌሽን ለውጦች ትንተና በጊዜ ሂደት ስለ ዝርያዎች ጥበቃ ግንዛቤ ይሰጣል'፣የኮሙኒኬሽን ባዮሎጂ, 5(1), ገጽ 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
አስቸጋሪ የጉዳይ ጥናቶች፡
የቴሎሜር-ወደ-ቴሎሜር ስብስብ፡ፉ፣ ኤ. እና ሌሎች (2023) 'የመራራ ሐብሐብ ቴሎሜር-ወደ-ቴሎሜር ጂኖም ስብስብ (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) የፍራፍሬ እድገትን፣ ቅንብርን እና የብስለት ጄኔቲክ ባህሪያትን ያሳያል'፣የሆርቲካልቸር ምርምር፣ 10(1)። doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
የሃፕሎታይፕ ስብስብ፡ሁ፣ ደብሊው. እና ሌሎች (2021) 'በአሌል የተገለጸው ጂኖም በካሳቫ ዝግመተ ለውጥ ወቅት የቢያሌሊክ ልዩነትን ያሳያል'፣ሞለኪውላር ተክል፣ 14(6)፣ ገጽ 851–854። doi: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
ግዙፍ የጂኖም ስብስብ፡ዩዋን፣ ጄ. እና ሌሎች (2022) 'የጊጋ-ክሮሞሶሞች እና የዛፍ ፔዮኒ ጊጋ-ጂኖም ጂኖሚክ መሰረት'፣የተፈጥሮ ኮሙኒኬሽን2022 13:1፣ 13(1)፣ ገጽ 1–16። doi: 10.1038/s41467-022-35063-1።
የፖሊፕሎይድ ጂኖም ስብስብ፡ዣንግ፣ ኪ. እና ሌሎች (2022) 'በቅርቡ ስለ አውቶፖሊፕሎይድ የሸንኮራ አገዳ ሳቻረም ስፖንታነም የክሮሞሶም ቅነሳ ጂኖሚክ ግንዛቤዎች'፣የተፈጥሮ ጄኔቲክስ 202254፡6፣ 54(6)፣ ገጽ 885–896። doi: 10.1038 / s41588-022-01084-1.
