রেফারেন্স জিনোম সহ mRNA-seq (NGS)
আরএনএ-সিকোয়েন্সিং (RNA-seq) জীবন ও শস্য বিজ্ঞানে একটি আদর্শ সরঞ্জাম, যা জিনোম এবং প্রোটিওমের মধ্যে সংযোগ স্থাপন করে। এর শক্তি নিহিত রয়েছে একটিমাত্র পরীক্ষার মাধ্যমে নতুন ট্রান্সক্রিপ্ট আবিষ্কার করা এবং সেগুলোর এক্সপ্রেশন পরিমাপ করার মধ্যে। এটি তুলনামূলক ট্রান্সক্রিপ্টোমিক গবেষণার জন্য ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়, যা বিভিন্ন বৈশিষ্ট্য বা ফেনোটাইপের সাথে সম্পর্কিত জিনগুলোর উপর আলোকপাত করে; যেমন মিউট্যান্টের সাথে ওয়াইল্ড-টাইপের তুলনা করা বা নির্দিষ্ট পরিস্থিতিতে জিনের এক্সপ্রেশন প্রকাশ করা। BMKCloud mRNA(Reference) অ্যাপটি mRNA-seq(NGS) বায়োইনফরমেটিক্স পাইপলাইনে এক্সপ্রেশন কোয়ান্টিফিকেশন, ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন অ্যানালাইসিস (DEG), এবং সিকোয়েন্স স্ট্রাকচার অ্যানালাইসিসকে একীভূত করে এবং একই ধরনের সফটওয়্যারের শক্তিগুলোকে একত্রিত করে, যা সুবিধা এবং ব্যবহার-বান্ধবতা নিশ্চিত করে। ব্যবহারকারীরা তাদের আরএনএ-সিকোয়েন্সিং ডেটা ক্লাউডে আপলোড করতে পারেন, যেখানে অ্যাপটি একটি ব্যাপক, ওয়ান-স্টপ বায়োইনফরমেটিক বিশ্লেষণ সমাধান প্রদান করে। এছাড়াও, এটি গ্রাহকের অভিজ্ঞতাকে অগ্রাধিকার দেয় এবং ব্যবহারকারীদের নির্দিষ্ট প্রয়োজন অনুসারে ব্যক্তিগতকৃত কার্যক্রম প্রদান করে। ব্যবহারকারীরা নিজেরাই প্যারামিটার সেট করে পাইপলাইন মিশন জমা দিতে পারেন, ইন্টারেক্টিভ রিপোর্ট দেখতে পারেন, ডেটা/ডায়াগ্রাম দেখতে পারেন এবং ডেটা মাইনিং সম্পন্ন করতে পারেন, যেমন: টার্গেট জিন নির্বাচন, ফাংশনাল ক্লাস্টারিং, ডায়াগ্রামিং ইত্যাদি।
প্ল্যাটফর্ম:ইলুমিনা, এমজিআই
কৌশল:আরএনএ-সিকোয়েন্সিং
লেআউট: পরিশোধিত, পরিষ্কার ডেটা।
লাইব্রেরির ধরণ:fr-unstranded, fr-firststrand অথবা fr-secondstrand
পড়ার দৈর্ঘ্য:১৫০ বিপি
ফাইলের ধরণ:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz অথবা *.fq.gz। সিস্টেমটি করবেফাইলের নাম অনুযায়ী .fastq ফাইলগুলোকে স্বয়ংক্রিয়ভাবে জোড়া লাগান,যেমন *_1.fastq এর সাথে *._2.fastq যুক্ত করা।
নমুনার সংখ্যা:সংখ্যার উপর কোনো বিধিনিষেধ নেইনমুনার সংখ্যা বাড়ার সাথে সাথে বিশ্লেষণের সময়ও বাড়বে।নমুনাগুলো বৃদ্ধি পায়।
প্রস্তাবিত ডেটার পরিমাণ:প্রতি নমুনায় ৬জি
