-
BMKMANU S3000_স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোম
স্পেশিয়াল ট্রান্সক্রিপ্টোমিক্স এমন একটি কৌশল যা আমাদের টিস্যুর মধ্যে জিনের অভিব্যক্তি ধারণ ও দৃশ্যমান করতে সাহায্য করে। কোষগুলো কীভাবে একে অপরের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে তা বোঝার জন্য এটি অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ হতে পারে।
এই পদ্ধতির জন্য বিভিন্ন প্ল্যাটফর্ম রয়েছে। এই বিষয়ে, BMKGene, BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip নামক একটি প্ল্যাটফর্ম তৈরি করেছে, যা এই কৌশলের কার্যকারিতা বাড়িয়ে সাবসেলুলার রেজোলিউশনে পৌঁছাতে এবং বহু-স্তরের রেজোলিউশন সেটিং সক্ষম করে।
এই চিপটি স্থানিকভাবে বারকোডযুক্ত প্রোব দ্বারা লোড করা বিডস-এর স্তরযুক্ত মাইক্রোওয়েলের একটি পেটেন্টকৃত প্রযুক্তি ব্যবহার করে ৪২ লক্ষ স্পট আবদ্ধ করে। এই পদ্ধতিতে, ক্যাপচার এবং অ্যামপ্লিফিকেশনের পরে, আমরা বারকোডযুক্ত নমুনা দ্বারা সমৃদ্ধ একটি সিডিএনএ লাইব্রেরি পাই যা ইলুমিনা-সামঞ্জস্যপূর্ণ।
ডেটার ক্ষেত্রে, স্পেশিয়াল বারকোড এবং ইউএমআই-এর সমন্বয় উৎপাদিত ডেটার নির্ভুলতা ও সুনির্দিষ্টতা নিশ্চিত করে। উপরোক্ত সবকিছুকে একত্রিত করে, বিএমকেম্যানু একটি অত্যন্ত বহুমুখী ডেটা সেটিং প্রদান করে।
-
একক-নিউক্লিয়াস আরএনএ সিকোয়েন্সিং
একক-কোষ ক্যাপচার এবং কাস্টম লাইব্রেরি তৈরির কৌশলের বিকাশ, হাই-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং-এর সাথে মিলিত হয়ে, কোষ পর্যায়ে জিন এক্সপ্রেশন গবেষণায় বৈপ্লবিক পরিবর্তন এনেছে। এই যুগান্তকারী আবিষ্কারটি জটিল কোষ সমষ্টির আরও গভীর এবং ব্যাপক বিশ্লেষণের সুযোগ করে দেয়, যা সমস্ত কোষের জিন এক্সপ্রেশনের গড় করার সীমাবদ্ধতা কাটিয়ে ওঠে এবং এই সমষ্টিগুলোর মধ্যেকার প্রকৃত ভিন্নতাকে অক্ষুণ্ণ রাখে। যদিও একক-কোষ আরএনএ সিকোয়েন্সিং (scRNA-seq)-এর অনস্বীকার্য সুবিধা রয়েছে, এটি নির্দিষ্ট কিছু টিস্যুতে চ্যালেঞ্জের সম্মুখীন হয়, যেখানে একক-কোষ সাসপেনশন তৈরি করা কঠিন এবং এর জন্য তাজা নমুনার প্রয়োজন হয়। BMKGene-তে আমরা অত্যাধুনিক 10X Genomics Chromium প্রযুক্তি ব্যবহার করে একক-নিউক্লিয়াস আরএনএ সিকোয়েন্সিং (snRNA-seq) প্রদানের মাধ্যমে এই প্রতিবন্ধকতাটির সমাধান করি। এই পদ্ধতিটি একক-কোষ পর্যায়ে ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণের জন্য উপযুক্ত নমুনার পরিসরকে প্রসারিত করে।
নিউক্লিয়াস পৃথকীকরণ করা হয় উদ্ভাবনী 10X জেনোমিক্স ক্রোমিয়াম চিপের মাধ্যমে, যাতে ডাবল ক্রসিং সহ একটি আট-চ্যানেল মাইক্রোফ্লুইডিক্স সিস্টেম রয়েছে। এই সিস্টেমের মধ্যে, বারকোড, প্রাইমার, এনজাইম এবং একটি একক নিউক্লিয়াস সমন্বিত জেল বিডগুলিকে ন্যানোলিটার-আকারের তেলের ফোঁটার মধ্যে আবদ্ধ করা হয়, যা জেল বিড-ইন-ইমালশন (GEM) গঠন করে। GEM গঠনের পর, প্রতিটি GEM-এর মধ্যে কোষের লাইসিস এবং বারকোড মুক্তি ঘটে। পরবর্তীতে, mRNA অণুগুলি রিভার্স ট্রান্সক্রিপশনের মাধ্যমে cDNA-তে রূপান্তরিত হয়, যাতে 10X বারকোড এবং ইউনিক মলিকিউলার আইডেন্টিফায়ার (UMI) অন্তর্ভুক্ত থাকে। এরপর এই cDNA-গুলিকে স্ট্যান্ডার্ড সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরি নির্মাণের জন্য ব্যবহার করা হয়, যা একক-কোষ পর্যায়ে জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলের একটি শক্তিশালী এবং ব্যাপক অনুসন্ধানে সহায়তা করে।
প্ল্যাটফর্ম: 10× জেনোমিক্স ক্রোমিয়াম এবং ইলুমিনা নোভা সিক প্ল্যাটফর্ম
