লং নন-কোডিং সিকোয়েন্সিং-ইলুমিনা
পরিষেবার সুবিধা
● পরিষেবার সুবিধা
● সেলুলার এবং টিস্যু নির্দিষ্ট
● নির্দিষ্ট পর্যায় গতিশীল অভিব্যক্তি পরিবর্তন প্রকাশ করে এবং উপস্থাপন করে
● সময় এবং স্থান প্রকাশের সুনির্দিষ্ট নিদর্শন
● mRNA ডেটার সাথে যৌথ বিশ্লেষণ।
● BMKCloud-ভিত্তিক ফলাফল বিতরণ: প্ল্যাটফর্মে কাস্টমাইজড ডেটা মাইনিং উপলব্ধ।
● বিক্রয়োত্তর পরিষেবাগুলি প্রকল্পের সমাপ্তির পরে 3 মাসের জন্য বৈধ
নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
| লাইব্রেরি | প্ল্যাটফর্ম | প্রস্তাবিত ডেটা | ডেটা QC |
| rRNA হ্রাস | ইলুমিনা PE150 | 10 জিবি | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | অখণ্ডতা |
| ≥ 100 | ≥ ০.৫ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥6.5; প্রাণীদের জন্য: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
নিউক্লিওটাইডস:
টিস্যু: ওজন (শুকনো): ≥1 গ্রাম
*5 মিলিগ্রামের চেয়ে ছোট টিস্যুর জন্য, আমরা ফ্ল্যাশ হিমায়িত (তরল নাইট্রোজেনে) টিস্যুর নমুনা পাঠানোর পরামর্শ দিই।
সেল সাসপেনশন: সেল সংখ্যা = 3×107
*আমরা হিমায়িত সেল লাইসেট পাঠানোর পরামর্শ দিই।যদি ঘরটি 5×10 এর চেয়ে ছোট হয়5, তরল নাইট্রোজেনে ফ্ল্যাশ হিমায়িত করার পরামর্শ দেওয়া হয়।
রক্তের নমুনা:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol এবং 2mL রক্ত(TRIzol:Blood=3:1)
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3;B1, B2, B3...
জাহাজে প্রেরিত কাজ:
1. শুকনো বরফ: নমুনাগুলি ব্যাগে প্যাক করা এবং শুকনো বরফের মধ্যে সমাহিত করা দরকার।
2.RNAstable টিউব: RNA নমুনাগুলিকে RNA স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে (যেমন RNAstable®) শুকিয়ে ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
পরীক্ষামূলক নকশা
নমুনা বিতরণ
আরএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
পরে বিক্রয় সেবা
বায়োইনফরমেটিক্স
1.LncRNA শ্রেণীবিভাগ
উপরের চারটি সফ্টওয়্যার দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা LncRNA কে 4টি বিভাগে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছে: lincRNA, অ্যান্টি-সেন্স-LncRNA, intronic-LncRNA;সেন্স-LncRNA।LncRNA শ্রেণীবিভাগ নীচের হিস্টোগ্রামে দেখানো হয়েছিল।
LncRNA শ্রেণীবিভাগ
DE-lncRNA সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণের সিআইএস-লক্ষ্যযুক্ত জিন
ClusterProfiler জৈবিক প্রক্রিয়া, আণবিক ফাংশন এবং সেলুলার উপাদানগুলির পরিপ্রেক্ষিতে ডিফারেন্সিয়ালভাবে প্রকাশিত lncRNA (DE-lncRNA) এর cis-টার্গেটেড জিনের উপর GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণে নিযুক্ত ছিল।জিও সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ হল পুরো জিনোমের তুলনায় ডিইজি-নির্দেশিত উল্লেখযোগ্যভাবে সমৃদ্ধ জিও পদ সনাক্ত করার একটি প্রক্রিয়া।সমৃদ্ধ পদগুলি হিস্টোগ্রাম, বুদবুদ চার্ট ইত্যাদিতে উপস্থাপন করা হয়েছে যেমনটি নীচে দেখানো হয়েছে।
DE-lncRNA সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণের সিআইএস-লক্ষ্যযুক্ত জিন - বাবল চার্ট
3. mRNA এবং lncRNA-এর দৈর্ঘ্য, এক্সন নম্বর, ORF এবং এক্সপ্রেশনের পরিমাণ তুলনা করে, আমরা তাদের মধ্যে গঠন, ক্রম ইত্যাদির পার্থক্য বুঝতে পারি এবং আমাদের দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা উপন্যাস lncRNA সাধারণ বৈশিষ্ট্যের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ কিনা তাও যাচাই করতে পারি।
বিএমকে কেস
KRAS-G12D মিউটেশন এবং P53 নকআউট সহ মাউস ফুসফুসের অ্যাডেনোকার্সিনোমাসে নিয়ন্ত্রিত lncRNA এক্সপ্রেশন প্রোফাইল
প্রকাশিত:জার্নাল অফ সেলুলার অ্যান্ড মলিকুলার মেডিসিন,2019
সিকোয়েন্সিং কৌশল
ইলুমিনা
নমুনা সংগ্রহ
NONMMUT015812-নকডাউন KP (shRNA-2) কোষ এবং নেতিবাচক নিয়ন্ত্রণ (sh-Scr) কোষগুলি একটি নির্দিষ্ট ভাইরাল সংক্রমণের 6 তম দিনে প্রাপ্ত হয়েছিল।
মূল ফলাফল
এই গবেষণাটি P53 নকআউট এবং KrasG12D মিউটেশন সহ মাউসের ফুসফুসের অ্যাডেনোকার্সিনোমাতে বিকৃতভাবে প্রকাশিত lncRNA গুলি তদন্ত করে।
1.6424 lncRNA গুলি আলাদাভাবে প্রকাশ করা হয়েছিল (≥ 2-গুণ পরিবর্তন, P <0.05)।
2.সমস্ত 210 lncRNAs(FC≥8) এর মধ্যে, 11 lncRNAs এর অভিব্যক্তি যথাক্রমে P53 দ্বারা, 33 lncRNAs KRAS দ্বারা এবং 13 lncRNAs প্রাথমিক কেপি কোষে হাইপোক্সিয়া দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হয়েছিল।
3.NONMMUT015812, যা মাউসের ফুসফুসের অ্যাডেনোকার্সিনোমাতে উল্লেখযোগ্যভাবে আপ-নিয়ন্ত্রিত ছিল এবং P53 পুনঃপ্রকাশ দ্বারা নেতিবাচকভাবে নিয়ন্ত্রিত হয়েছিল, এর সেলুলার ফাংশন বিশ্লেষণ করার জন্য সনাক্ত করা হয়েছিল।
4. shRNAs দ্বারা NONMMUT015812 এর নকডাউন KP কোষের বিস্তার এবং স্থানান্তর ক্ষমতা হ্রাস করেছে।NONMMUT015812 একটি সম্ভাব্য অনকোজিন ছিল।
 NONMMUT015812-নকডাউন কেপি কোষে ভিন্নভাবে প্রকাশিত জিনের KEGG পাথওয়ে বিশ্লেষণ |  NONMMUT015812-নকডাউন কেপি কোষে ভিন্নভাবে প্রকাশিত জিনের জিন অন্টোলজি বিশ্লেষণ |
রেফারেন্স
KRAS-G12D মিউটেশন এবং P53 নকআউট [J] সহ মাউস ফুসফুসের অ্যাডেনোকার্সিনোমাসে নিয়ন্ত্রিত lncRNA এক্সপ্রেশন প্রোফাইল।জার্নাল অফ সেলুলার অ্যান্ড মলিকুলার মেডিসিন, 2019, 23(10)।DOI: 10.1111/jcmm.14584
