মেটাজেনোমিক সিকোয়েন্সিং -এনজিএস
মেটাজিনোম হলো বিভিন্ন জীবগোষ্ঠীর মোট জিনগত উপাদানের একটি সংগ্রহ, যেমন পরিবেশগত এবং মানব মেটাজিনোম। এতে চাষযোগ্য এবং অচাষযোগ্য উভয় প্রকার অণুজীবের জিনোম থাকে। এনজিএস (NGS) ব্যবহার করে শটগান মেটাজিনোমিক সিকোয়েন্সিং শুধুমাত্র ট্যাক্সোনমিক প্রোফাইলিং-এর চেয়েও বেশি কিছু প্রদান করে পরিবেশগত নমুনার মধ্যে নিহিত এই জটিল জিনোমিক ভূদৃশ্য অধ্যয়নের সুযোগ করে দেয়; এটি প্রজাতির বৈচিত্র্য, প্রাচুর্যের গতিশীলতা এবং জটিল জনসংখ্যা কাঠামো সম্পর্কেও সূক্ষ্ম অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে। ট্যাক্সোনমিক গবেষণার বাইরেও, শটগান মেটাজিনোমিক্স একটি ফাংশনাল জিনোমিক্স দৃষ্টিকোণ প্রদান করে, যা এনকোডেড জিন এবং পরিবেশগত প্রক্রিয়ায় তাদের সম্ভাব্য ভূমিকা অন্বেষণে সক্ষম করে। পরিশেষে, জিনগত উপাদান এবং পরিবেশগত কারণগুলির মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্কযুক্ত নেটওয়ার্ক স্থাপন অণুজীব সম্প্রদায় এবং তাদের পরিবেশগত পটভূমির মধ্যেকার জটিল মিথস্ক্রিয়া সম্পর্কে একটি সামগ্রিক ধারণা তৈরিতে অবদান রাখে। উপসংহারে বলা যায়, মেটাজিনোমিক সিকোয়েন্সিং বিভিন্ন অণুজীব সম্প্রদায়ের জিনোমিক জটিলতা উন্মোচনের জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ উপকরণ হিসেবে কাজ করে, যা এই জটিল বাস্তুতন্ত্রের মধ্যে জিনতত্ত্ব এবং বাস্তুসংস্থানের বহুমাত্রিক সম্পর্ককে আলোকিত করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভা সিক এবং ডিএনবিএসইকিউ-টি৭
পরিষেবার সুবিধা
●অণুজীব সম্প্রদায়ের প্রোফাইলিংয়ের জন্য পৃথকীকরণ এবং চাষ-মুক্ত পদ্ধতিঅচাষযোগ্য জীব থেকে জিনগত উপাদানের ক্রমনির্ধারণ সক্ষম করা।
●উচ্চ রেজোলিউশনপরিবেশগত নমুনা থেকে স্বল্প-প্রচুর প্রজাতি শনাক্ত করুন।
●ব্যাপক বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণ:শুধুমাত্র শ্রেণিবিন্যাসগত বৈচিত্র্যের উপরই নয়, বরং সম্প্রদায়ের কার্যগত বৈচিত্র্যের উপরও দৃষ্টি নিবদ্ধ করা হয়েছে।
●ব্যাপক অভিজ্ঞতা:বিভিন্ন গবেষণা ক্ষেত্রে একাধিক মেটাজিনোমিক্স প্রকল্প সফলভাবে সম্পন্ন করা এবং ২,০০,০০০-এরও বেশি নমুনা প্রক্রিয়াকরণের অভিজ্ঞতার সুবাদে আমাদের দল প্রতিটি প্রকল্পে বিপুল অভিজ্ঞতা নিয়ে আসে।
পরিষেবার স্পেসিফিকেশন
| সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম | ক্রমবিন্যাস কৌশল | ডেটা সুপারিশ করা হয়েছে | গুণমান নিয়ন্ত্রণ |
| ইলুমিনা নোভা সিক বা ডিএনবিএসইকিউ-টি৭ | PE150 | ৬-২০ জিবি | Q30≥85% |
পরিষেবার প্রয়োজনীয়তা
| ঘনত্ব (ng/µL) | মোট পরিমাণ (ng) | আয়তন (µL) |
| ≥১ | ≥৩০ | ≥২০ |
● মাটি/কাদা: ২-৩ গ্রাম
● প্রাণীর অন্ত্রের উপাদান: ০.৫-২ গ্রাম
● পোকামাকড়ের নাড়িভুঁড়ি: ০.১-০.২৫ গ্রাম
● উদ্ভিদের উপরিভাগ (সমৃদ্ধ তলানি): ০.৫-১ গ্রাম
● গাঁজন ব্রথে সমৃদ্ধ তলানি): ০.২-০.৫ গ্রাম
● মল (বড় প্রাণীর): ০.৫-২ গ্রাম
● মল (ইঁদুরের): ৩-৫ দানা
● ফুসফুসীয় অ্যালভিওলার ল্যাভেজ ফ্লুইড: ফিল্টার পেপার
● যোনি থেকে নমুনা সংগ্রহ: ৫-৬টি নমুনা
● ত্বক/যৌনাঙ্গের সোয়াব/লালা/মুখের নরম টিস্যু/গলবিলের সোয়াব/মলদ্বারের সোয়াব: ২-৩টি সোয়াব
● পৃষ্ঠতলের অণুজীব: ৫-৬টি সোয়াব
● জলাশয়/বায়ু/জৈব-স্তর: ফিল্টার পেপার
● এন্ডোফাইট: ২-৩ গ্রাম
● ডেন্টাল প্ল্যাক: ০.৫-১ গ্রাম
পরিষেবা কার্যপ্রবাহ
নমুনা সরবরাহ
গ্রন্থাগার নির্মাণ
ক্রমবিন্যাস
ডেটা বিশ্লেষণ
বিক্রয়োত্তর সেবা
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
● সিকোয়েন্সিং ডেটার গুণমান নিয়ন্ত্রণ
● মেটাজিনোম সমাবেশ এবং জিন পূর্বাভাস
● জিন টীকা
● শ্রেণিবিন্যাসগত আলফা বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ
● জীবগোষ্ঠীর কার্যগত বিশ্লেষণ: জৈবিক কার্য, বিপাক, অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধ ক্ষমতা
● কার্যগত ও শ্রেণিবিন্যাসগত উভয় প্রকার বৈচিত্র্যের বিশ্লেষণ:
বিটা বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ
আন্তঃ-গোষ্ঠী বিশ্লেষণ
পরিবেশগত উপাদান এবং বহির্গৃহীত বস্তুর গঠন ও বৈচিত্র্যের মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্ক বিশ্লেষণ
কার্যকরী বিশ্লেষণ: CARD অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধ
KEGG বিপাকীয় পথসমূহের ডিফারেনশিয়াল বিশ্লেষণ: গুরুত্বপূর্ণ পথসমূহের হিটম্যাপ
শ্রেণিবিন্যাসগত বন্টনের আলফা বৈচিত্র্য: ACE সূচক
শ্রেণিবিন্যাসগত বন্টনের বিটা বৈচিত্র্য: PCoA
নির্বাচিত প্রকাশনা সংকলনের মাধ্যমে ইলুমিনাসহ বিএমকেজিন (BMKGene)-এর মেটাজিনোম সিকোয়েন্সিং পরিষেবার দ্বারা সাধিত অগ্রগতিগুলো অন্বেষণ করুন।
হাই, কিউ. এট আল. (২০২৩) 'বিভিন্ন চাষের জলের তাপমাত্রায় সংক্রামক হেমাটোপয়েটিক নেক্রোসিস ভাইরাস দ্বারা আক্রান্ত রেইনবো ট্রাউট (অনকোরিঙ্কাস মাইকিস)-এর অন্ত্রের উপাদানের পরিবর্তনের মেটাজিনোমিক এবং মেটাবোলোমিক বিশ্লেষণ',মাইক্রোবায়োলজিতে ফ্রন্টিয়ার্স, ১৪, পৃ. ১২৭৫৬৪৯। ডিওআই: ১০.৩৩৮৯/এফএমআইসিবি.২০২৩.১২৭৫৬৪৯।
মাও, সি. প্রমুখ (২০২৩) 'বিভিন্ন পুষ্টিস্তরের শহুরে হ্রদসমূহে অণুজীব সম্প্রদায়, প্রতিরোধ জিন এবং রেজিস্টোম ঝুঁকি: অভ্যন্তরীণ সংযোগ ও বাহ্যিক প্রভাব',জার্নাল অফ হ্যাজার্ডাস মেটেরিয়ালস অ্যাডভান্সেস, 9, পৃ. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
সু, এম. প্রমুখ (২০২২) 'মেটাজিনোমিক বিশ্লেষণে ভেড়ার রুমেনের তরল-সংলগ্ন এবং কঠিন-সংলগ্ন অণুজীবের গঠন ও কার্যকারিতার মধ্যে পার্থক্য উন্মোচিত হয়েছে',মাইক্রোবায়োলজিতে ফ্রন্টিয়ার্স, ১৩, পৃ. ৮৫১৫৬৭। ডিওআই: ১০.৩৩৮৯/এফএমআইসিবি.২০২২.৮৫১৫৬৭।
ইন, জে. এট আল. (২০২৩) 'স্থূল নিংজিয়াং শূকর থেকে প্রাপ্ত অণুজীবকুল কৃশ DLY শূকরের পেশীতে ফ্যাটি অ্যাসিড জমা বাড়ানোর জন্য কার্নিটাইন বিপাককে পুনর্গঠন করে',উদ্ভাবন, 4(5), পৃ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
ঝাও, এক্স. প্রমুখ (২০২৩) 'চীনের হাইহে মোহনার উজানে ও ভাটিতে প্রতিনিধিত্বমূলক জৈব/অক্ষয় প্লাস্টিক এবং অ-প্লাস্টিক আবর্জনার সম্ভাব্য ঝুঁকি বিষয়ে মেটাজিনোমিক অন্তর্দৃষ্টি',সামগ্রিক পরিবেশের বিজ্ঞান, 887, পৃ. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
