হিটম্যাপ
হিটম্যাপ টুলটি ইনপুট হিসেবে একটি ম্যাট্রিক্স ডেটা ফাইল গ্রহণ করে এবং ব্যবহারকারীদের ডেটা ফিল্টার, নর্মালাইজ ও ক্লাস্টার করার সুযোগ দেয়। হিটম্যাপের প্রধান ব্যবহার হলো বিভিন্ন নমুনার মধ্যে জিনের অভিব্যক্তির মাত্রার ক্লাস্টার বিশ্লেষণ।
জিন টীকা
জিন অ্যানোটেশন টুলটি বিভিন্ন ডেটাবেসের সাথে ইনপুট FASTA ফাইলগুলির সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্টের উপর ভিত্তি করে জিন অ্যানোটেশন সম্পাদন করে।
বেসিক লোকাল অ্যালাইনমেন্ট সার্চ টুল (BLAST)
BLAST টুলটি হলো NCBI BLAST-এর একটি BMKCloud সমন্বিত সংস্করণ এবং BMKCloud অ্যাকাউন্টে আপলোড করা ডেটা ব্যবহার করে এটি দিয়ে একই কাজগুলো করা যায়।
CDS_UTR পূর্বাভাস
CDS_UTR প্রেডিকশন টুলটি পরিচিত প্রোটিন ডেটাবেসের সাথে BLAST-এর ফলাফল এবং ORF প্রেডিকশনের ফলাফলের উপর ভিত্তি করে প্রদত্ত ট্রান্সক্রিপ্ট সিকোয়েন্সে কোডিং অঞ্চল (CDS) এবং নন-কোডিং অঞ্চল (UTR) ভবিষ্যদ্বাণী করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।
ম্যানহাটন প্লট
ম্যানহাটন প্লট টুলটি অধিক সংখ্যক নমুনার পরীক্ষা-নিরীক্ষা প্রদর্শন করতে সক্ষম করে এবং এটি সাধারণত জিনোম-ব্যাপী সংযোগ গবেষণায় (GWAS) ব্যবহৃত হয়।
সার্কোস ডায়াগ্রাম
CIRCOS ডায়াগ্রাম টুলটি জিনোম জুড়ে জিনোমিক বৈশিষ্ট্যগুলো কীভাবে বণ্টিত রয়েছে তার কার্যকর চিত্রায়ন প্রদান করে। সাধারণ বৈশিষ্ট্যগুলোর মধ্যে রয়েছে কোয়ান্টিটেটিভ লোকাই, SNPs, InDels, স্ট্রাকচারাল এবং কপি নাম্বার ভ্যারিয়েন্ট।
জিন অনটোলজি (GO) সমৃদ্ধকরণ
GO এনরিচমেন্ট টুলটি ফাংশনাল এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণ প্রদান করে। এই টুলের প্রধান সফটওয়্যারটি হলো TopGO-Bioconductor প্যাকেজ, যার মধ্যে ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ, GO এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণ এবং ফলাফলের ভিজ্যুয়ালাইজেশন অন্তর্ভুক্ত রয়েছে।
ওয়েটেড জিন কো-এক্সপ্রেশন নেটওয়ার্ক অ্যানালাইসিস (WGCNA)
WGCNA হলো জিন সহ-অভিব্যক্তি মডিউল আবিষ্কারের জন্য বহুল ব্যবহৃত একটি ডেটা মাইনিং পদ্ধতি। এটি মাইক্রোঅ্যারে এবং এনজিএস জিন অভিব্যক্তি ডেটা সহ বিভিন্ন অভিব্যক্তি ডেটাসেটে প্রয়োগযোগ্য।
ইন্টারপ্রোস্ক্যান
InterProScan টুলটি InterPro প্রোটিন সিকোয়েন্স বিশ্লেষণ এবং শ্রেণিবিন্যাস প্রদান করে।
GO KEGG সমৃদ্ধি
GO KEGG এনরিচমেন্ট টুলটি প্রদত্ত জিন সেট এবং সংশ্লিষ্ট অ্যানোটেশনের উপর ভিত্তি করে GO এনরিচমেন্ট হিস্টোগ্রাম, KEGG এনরিচমেন্ট হিস্টোগ্রাম এবং KEGG এনরিচমেন্ট পাথওয়ে তৈরি করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।
