হিটম্যাপ
হিটম্যাপ টুলটি একটি ম্যাট্রিক্স ডেটা ফাইলকে ইনপুট হিসেবে গ্রহণ করে এবং ব্যবহারকারীদের ডেটা ফিল্টার, নরমালাইজ এবং ক্লাস্টার করার অনুমতি দেয়। হিটম্যাপের প্রাথমিক ব্যবহারের ক্ষেত্রে বিভিন্ন নমুনার মধ্যে জিন এক্সপ্রেশন স্তরের ক্লাস্টার বিশ্লেষণ।
জিন টীকা
জিন অ্যানোটেশন টুল বিভিন্ন ডাটাবেসের বিপরীতে ইনপুট FASTA ফাইলের ক্রম সারিবদ্ধকরণের উপর ভিত্তি করে জিন অ্যানোটেশন সম্পাদন করে।
বেসিক লোকাল অ্যালাইনমেন্ট সার্চ টুল (BLAST)
BLAST টুলটি NCBI BLAST এর একটি BMKCloud সমন্বিত সংস্করণ এবং BMKCloud অ্যাকাউন্টে আপলোড করা ডেটা ব্যবহার করে একই ফাংশন সম্পাদন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে।
CDS_UTR পূর্বাভাস
CDS_UTR প্রেডিকশন টুলটি পরিচিত প্রোটিন ডাটাবেস এবং ORF প্রেডিকশন ফলাফলের বিপরীতে BLAST ফলাফলের উপর ভিত্তি করে প্রদত্ত ট্রান্সক্রিপ্ট সিকোয়েন্সে কোডিং অঞ্চল (CDS) এবং নন-কোডিং অঞ্চল (UTR) ভবিষ্যদ্বাণী করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।
ম্যানহাটন প্লট
ম্যানহাটন প্লট টুলটি উচ্চ নমুনা পরীক্ষা-নিরীক্ষার প্রদর্শন সক্ষম করে এবং সাধারণত জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিতে (GWAS) ব্যবহৃত হয়।
সার্কোস ডায়াগ্রাম
CIRCOS ডায়াগ্রাম টুলটি জিনোম জুড়ে জিনোমিক বৈশিষ্ট্য কীভাবে বিতরণ করা হয় তার দক্ষ ভিজ্যুয়ালাইজেশন প্রদান করে। সাধারণ বৈশিষ্ট্যগুলির মধ্যে রয়েছে পরিমাণগত লোকি, SNP, InDels, কাঠামোগত এবং কপি নম্বর ভেরিয়েন্ট।
জিন অন্টোলজি (GO) সমৃদ্ধকরণ
GO Enrichment টুলটি কার্যকরী সমৃদ্ধি বিশ্লেষণ প্রদান করে। এই টুলের প্রাথমিক সফ্টওয়্যার হল TopGO-Bioconductor প্যাকেজ, যার মধ্যে রয়েছে ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ, GO সমৃদ্ধি বিশ্লেষণ এবং ফলাফলের ভিজ্যুয়ালাইজেশন।
ওয়েটেড জিন কো-এক্সপ্রেশন নেটওয়ার্ক বিশ্লেষণ (WGCNA)
WGCNA হল জিন সহ-প্রকাশ মডিউল আবিষ্কারের জন্য একটি বহুল ব্যবহৃত ডেটা মাইনিং পদ্ধতি। এটি মাইক্রোঅ্যারে এবং NGS জিন এক্সপ্রেশন ডেটা সহ বিভিন্ন এক্সপ্রেশন ডেটাসেটের ক্ষেত্রে প্রযোজ্য।
ইন্টারপ্রোস্ক্যান
ইন্টারপ্রোস্ক্যান টুল ইন্টারপ্রো প্রোটিন সিকোয়েন্স বিশ্লেষণ এবং শ্রেণীবিভাগ প্রদান করে।
GO KEGG সমৃদ্ধকরণ
GO KEGG এনরিচমেন্ট টুলটি একটি প্রদত্ত জিন সেট এবং সংশ্লিষ্ট টীকার উপর ভিত্তি করে একটি GO এনরিচমেন্ট হিস্টোগ্রাম, KEGG এনরিচমেন্ট হিস্টোগ্রাম এবং KEGG এনরিচমেন্ট পাথওয়ে তৈরি করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।