● Fa'asologa ile Illumina NovaSeq ile PE150.
● E mana'omia e le au'aunaga ni fa'ata'ita'iga a le tino, nai lo nucleic acids ua maua mai, e fa'afeso'ota'i ma formaldehyde ma fa'asao ai feso'ota'iga DNA-protein.
● O le suʻesuʻega Hi-C e aofia ai le faʻatapulaʻaina ma le toe faʻaleleia o pito pipii i le biotin, sosoo ai ma le faʻataʻamilomilo o faʻaiʻuga faʻamaʻi aʻo faʻasaoina fegalegaleaiga. Ona toso ifo lea o le DNA i lopa streptavidin ma fa'amamāina mo le tapenaga a le faletusi.
Va'aiga lautele o le Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Saienisi, 2009)
●Fa'ate'aina le Mana'oga mo Fa'amaumauga o Tagata Faitino:O le Hi-C e suitulaga i fa'amatalaga taua e mana'omia mo le fa'apipi'iina.
●Fa'ailoga maualuga:e taʻitaʻia ai le maualuga o le faʻapipiʻiina o fua faatatau i luga atu o le 90%.
●Fa'amatalaga Fa'apitoa ma fa'asalalauga:BMKGene e tele le poto masani ma sili atu i le 2000 mataupu o le Hi-C Genome Assembly mai 1000 ituaiga eseese ma pateni eseese. E silia ma le 200 mataupu fa'asalalau o lo'o i ai le fa'atuputeleina o a'afiaga e sili atu i le 2000.
●Vaega o le bioinformatics maualuga:fa'atasi ai ma pateni i totonu o le fale ma puletaofia polokalame mo su'esu'ega a le Hi-C ma su'esu'ega fa'amaumauga, o le polokalama fa'akomepiuta fa'amatalaga fa'ata'ita'i e mafai e le tagata lava ia ona mafai ona fa'agaoioia poloka tusi, toe fa'aliliu, soloia, ma toe fai.
●Lagolago ina ua uma ona faatau atu:O la matou tautinoga e faʻalautele atu i tua atu o le faʻamaeʻaina o galuega faʻatasi ma le 3-masina pe a maeʻa le faʻatau atu vaitaimi auaunaga. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tulitatao o poloketi, fesoasoani faʻafitauli, ma Q&A sauniga e faʻafeiloaʻi ai soʻo se fesili e fesoʻotaʻi ma iʻuga.
●Fa'amatalaga Atoa: matou te fa'aogaina le tele o fa'amaumauga e fa'ailoa ai genes ma suiga fa'ailoa ma fa'atino le su'esu'ega fa'atamaoaigaina tutusa, maua ai fa'amatalaga i le tele o galuega su'esu'e.
Sauniuniga faletusi | Fuafuaga fa'asologa | Fautuaina fa'amatalaga fa'amatalaga | Pulea lelei |
Faletusi Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Tisi | Aofa'i mana'omia |
Manu Viscera | ≥ 2 g |
Musele Manu | |
Toto Mamalia | ≥ 2 mL |
Toto moa/I'a | |
La'au- Laulau fou | ≥ 3 g |
Selula Aganuu | ≥ 1x107 |
Iniseti | ≥ 2 g |
1) Fa'amatalaga mata'utia QC
2) Hi-C faletusi QC: fa'atusatusaga o feso'ota'iga Hi-C aoga
3) Hi-C faʻapotopotoga: faʻapipiʻiina o contigs i vaega, sosoo ai ma le contig ordering i totonu o vaega taʻitasi ma tofia contig orientation
4) Iloiloga maualuga
Hi-C Library QC - fa'atusatusaga o le Hi-C fa'aoga lelei taitoalua
Fonotaga Hi-C – fuainumera
Su'esu'ega pe a mae'a fa'atasi - fa'afanua vevela o le malosi fa'ailo i le va o talone
Su'esu'e le aga'iga'i i luma na fa'afaigofieina e le BMKGene's Hi-C fa'apotopotoga auaunaga e ala i le aoina o fa'asalalauga.
Tian, T. et al. (2023) 'Genome fa'apotopotoga ma le fa'a'ese'esega fa'atupu o se fa'ama'i mata'utia maize germplasm', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), itulau 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'A Chromosome-Scale Assembly of the Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, itulau. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Fa'aalia le fa'aleleia o le tropane alkaloid biosynthesis e ala i le su'esu'eina o genomes e lua i le aiga o Solanaceae', Natura Feso'ota'iga 2023 14:1, 14(1), itulau 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp Tuuina Atu Malamalamaga i Fig-Wasp Coevolution', Cell, 183(4), itulau 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043