Hi-C fa'avae Genome Assembly
Tulaga Auaunaga
Va'aiga lautele o le Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Saienisi, 2009)
● Leai se mana'oga i le fausiaina o le faitau aofa'i o kenera mo le taula fa'atasi;
● Fa'ailoga maualuga maualuga e ta'ita'i atu ai i le maualuga o le fa'atatau o le taula i luga ole 90%;
● Fa'ataga le iloiloga ma fa'asa'oga i fa'apotopotoga genome o iai;
● Pu'upu'u le taimi e liliu ai ma maualuga le sa'o i le genome fa'apotopotoga;
● Tele le poto masani i le silia ma le 1000 Hi-C faletusi ua fausia mo le silia ma le 500 ituaiga;
● E silia ma le 100 mataupu fa'amanuiaina fa'atasi ai ma fa'aputuga fa'asalalau fa'aa'afiaga e sili atu i le 760;
● Hi-C faʻavae faʻapotopotoga genome mo polyploid genome, 100% fua faʻatatau na ausia i le poloketi muamua;
● Pateni i totonu o fale ma puletaofia polokalama mo suʻega Hi-C ma suʻesuʻega faʻamaumauga;
● O lo'o fa'atupuina e le tagata lava ia polokalama fa'apipi'i fa'amatalaga fa'amatalaga, e mafai ai ona fa'agaoioi poloka tusi lesona, fa'aliliu, soloia ma toe fai.
Fa'amatalaga Auaunaga
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Ituaiga Faletusi
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Fa'avae | Faitau Umi | Fautuaina Fuafuaga |
| Talofa-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatics su'esu'ega
● Pulea lelei o fa'amaumauga mata'utia
● Pulea lelei faletusi Hi-C
● Fa'atasiga genome fa'avae Hi-C
● Iloiloga i le maea ai o le fono
Fa'ata'ita'iga Mana'oga ma le Tu'uina atu
Fa'ata'ita'iga Mana'oga:
| Manu | Fuga | La'au
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| Ti'aisa 'aisa: 1-2g i le faletusi Cells: 1x 10^7 sela ile faletusi | Ti'aisa 'aisa: 1g ile faletusi | Ti'aisa 'aisa: 1-2g i le faletusi
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| * Matou te fautuaina malosi le lafo atu ia le itiiti ifo i le 2 aliquots (1 g ta'itasi) mo le su'ega Hi-C. | ||
Fautuaina Fa'ata'ita'iga Tu'uina atu
Containe: 2 ml centrifuge tube (E le fautuaina le pepa apa)
Mo le tele o faʻataʻitaʻiga, matou te fautuaina e aua le faʻasaoina i le ethanol.
Fa'ailoga fa'ata'ita'iga: E mana'omia le fa'ailoga manino o fa'ata'ita'iga ma ia tutusa ma fa'amatalaga fa'ata'ita'iga ua tu'uina atu.
La'uina: Fa'amamago-aisa: Fa'ata'ita'iga e mana'omia ona teu muamua i taga ma tanu i le aisa-mago.
Auala o Galuega Au'aunaga
Fa'ata'ita'iga mamanu
Fa'ata'ita'iga tu'uina atu
Su'ega DNA
Fausia faletusi
Fa'asologa
Iloiloga fa'amaumauga
Au'aunaga pe a uma ona fa'atau
*O fa'ai'uga fa'ata'ita'i o lo'o fa'aalia iinei e mai genomes na lomia fa'atasi ma Biomarker Technologies
1.Hi-C fegalegaleaiga vevela faafanua oCamptotheca acuminatagenome.E pei ona fa'aalia i luga o le fa'afanua, o le malosi o feso'ota'iga e feso'ota'i le lelei ma le mamao laina, lea e fa'ailoa mai ai se fa'apotopotoga maualuga o le chromosome-level.(Tulaga fa'amau: 96.03%)
Kang M et al.,Fesootaiga Natura, 2021
2.Hi-C faʻafaigofieina le faʻamaoniaina o suiga i le vaGossypium hirsutumL. TM-1 A06 maG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Fesootaiga Natura, 2019
3.Asembly ma biallelic differentiation o le manioka genome SC205.O le fa'afanua vevela Hi-C ua fa'aalia manino le vaeluaga o chromosomes tutusa.
Hu W et al.,La'au mole, 2021
4.Hi-C fa'afanua vevela i luga o fa'apotopotoga genome ituaiga e lua o Ficus:F.microcarpa(fuafua taula: 99.3%) maF.hispida (faatatau taula: 99.7%)
Zhang X et al.,sela, 2020
BMK mataupu
Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp E maua ai ni fa'amatalaga i le Fig-wasp Coevolution.
Lolomiina: sela, 2020
Fuafuaga fa'asologa:
F. microcarpa genome: Pe tusa.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenome: Pe tusa.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenome: Pe tusa.170 X PacBio RSII (65 Gb)
I'uga autu
1. E lua genomes laau fau ma le tasi pollinator wasp genome na fausia i le fa'aogaina o le PacBio sequencing, Hi-C ma le fa'afanua feso'ota'iga.
(1)F. microcarpagenome: O se faʻapotopotoga o le 426 Mb (97.7% o le faʻatusatusaina o le genome tele) na faʻavaeina ma le N50 faʻatasi o le 908 Kb, BUSCO score o 95.6%.Ole aofa'iga ole 423 Mb fa'asologa na taula ile 13 chromosomes e Hi-C.Genome fa'amatalaga na maua mai ai le 29,416 o kenera-coding genes.
(2)F. Hispidagenome: O se fa'apotopotoga o le 360 Mb (97.3% o le fua fa'atatau o le genome) na maua mai i le contig N50 o le 492 Kb ma le BUSCO sikoa o le 97.4%.Ole aofa'iga ole 359 Mb fa'asologa na taula ile 14 chromosomes e Hi-C ma e tutusa lelei ma fa'afanua feso'ota'iga maualuga.
(3)Eupristina verticillatagenome: O se faʻapotopotoga o le 387 Mb (Tulaʻia le genome tele: 382 Mb) na faʻatūina ma contig N50 o le 3.1 Mb ma BUSCO sikoa o 97.7%.
2. Fa'atusatusaga su'esu'ega genomics na fa'aalia ai le tele o fesuiaiga o fausaga i le va o le luaFicusgenomes, lea na maua ai punaoa tau kenera mo suʻesuʻega faʻaleleia o le evolusione.O lenei suʻesuʻega, mo le taimi muamua, na maua ai faʻamatalaga ile Fig-wasp coevolution ile genomic-level.
 Circos ata i uiga genomic o luaFicusgenomes, e aofia ai chromosomes, fa'asologa o vaega (SDs), transposons (LTR, TEs, DNA TEs), fa'amatalaga o kenera ma synteny |  Fa'ailoaina o le Y chromosome ma le kenera sui tauva |
Zhang, X. , et al."Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp e maua ai ni faʻamatalaga i le Fig-Wasp Coevolution."Cell 183.4(2020).
