条形 fu'a-03

Oloa

Hi-C Fa'avae Genome Assembly

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O le Hi-C o se metotia ua mamanuina e pu'eina ai le chromosome configuration e ala i le tu'ufa'atasia o le su'esu'eina o feso'ota'iga vavalalata ma le fa'asologa maualuga. O le malosi o nei fegalegaleaiga e talitonuina e le lelei le fesoʻotaʻiga ma le mamao faaletino i chromosomes. O le mea lea, o faʻamatalaga Hi-C e faʻaaogaina e taʻitaʻia ai le faʻapipiʻiina, faʻatonu, ma le faʻatulagaina o faʻasologa faʻapipiʻi i se ata faʻataʻitaʻiga ma faʻapipiʻiina i luga o se numera o chromosomes. O lenei tekonolosi e fa'amalosia ai se fa'apotopotoga o le genome-level chromosome i le leai o se fa'afanua fa'avae fa'atatau i tagata. O genome ta'itasi e mana'omia se Hi-C.


Au'aunaga Fa'amatalaga

Bioinformatics

I'uga Fa'aaliga

Lomiga fa'apitoa

Vaega Auaunaga

● Fa'asologa ile Illumina NovaSeq ile PE150.

● E mana'omia e le au'aunaga ni fa'ata'ita'iga a le tino, nai lo nucleic acids ua maua mai, e fa'afeso'ota'i ma formaldehyde ma fa'asao ai feso'ota'iga DNA-protein.

● O le suʻesuʻega Hi-C e aofia ai le faʻatapulaʻaina ma le toe faʻaleleia o pito pipii i le biotin, sosoo ai ma le faʻataʻamilomilo o faʻaiʻuga faʻamaʻi aʻo faʻasaoina fegalegaleaiga. Ona toso ifo lea o le DNA i lopa streptavidin ma fa'amamāina mo le tapenaga a le faletusi.

Tulaga Auaunaga

1Mataupu-o-Hi-C-faasologa

Va'aiga lautele o le Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Saienisi, 2009)

Fa'ate'aina le Mana'oga mo Fa'amaumauga o Tagata Faitino:O le Hi-C e suitulaga i fa'amatalaga taua e mana'omia mo le fa'apipi'iina.

Fa'ailoga maualuga:e taʻitaʻia ai le maualuga o le faʻapipiʻiina o fua faatatau i luga atu o le 90%.

Fa'amatalaga Fa'apitoa ma fa'asalalauga:BMKGene e tele le poto masani ma sili atu i le 2000 mataupu o le Hi-C Genome Assembly mai 1000 ituaiga eseese ma pateni eseese. E silia ma le 200 mataupu fa'asalalau o lo'o i ai le fa'atuputeleina o a'afiaga e sili atu i le 2000.

Vaega o le bioinformatics maualuga:fa'atasi ai ma pateni i totonu o le fale ma puletaofia polokalame mo su'esu'ega a le Hi-C ma su'esu'ega fa'amaumauga, o le polokalama fa'akomepiuta fa'amatalaga fa'ata'ita'i e mafai e le tagata lava ia ona mafai ona fa'agaoioia poloka tusi, toe fa'aliliu, soloia, ma toe fai.

Lagolago ina ua uma ona faatau atu:O la matou tautinoga e faʻalautele atu i tua atu o le faʻamaeʻaina o galuega faʻatasi ma le 3-masina pe a maeʻa le faʻatau atu vaitaimi auaunaga. I le taimi lea, matou te ofoina atu le tulitatao o poloketi, fesoasoani faʻafitauli, ma Q&A sauniga e faʻafeiloaʻi ai soʻo se fesili e fesoʻotaʻi ma iʻuga.

Fa'amatalaga Atoa: matou te fa'aogaina le tele o fa'amaumauga e fa'ailoa ai genes ma suiga fa'ailoa ma fa'atino le su'esu'ega fa'atamaoaigaina tutusa, maua ai fa'amatalaga i le tele o galuega su'esu'e.

Fa'amatalaga Auaunaga

Sauniuniga faletusi

Fuafuaga fa'asologa

Fautuaina fa'amatalaga fa'amatalaga

Pulea lelei

Faletusi Hi-C

Illumina NovaSeq PE150

100x

Q30 ≥ 85%

Fa'ata'ita'iga Manaoga

Tisi

Aofa'i mana'omia

Manu Viscera

≥ 2 g

Musele Manu

Toto Mamalia

≥ 2 mL

Toto moa/I'a

La'au- Laulau fou

≥ 3 g

Selula Aganuu

≥ 1x107

Iniseti

≥ 2 g

Auala o Galuega Au'aunaga

Fa'ata'ita'iga QC

Fa'ata'ita'iga mamanu

fa'ata'ita'iga tu'uina atu

Fa'ata'ita'iga tu'uina atu

Sauniuniga Faletusi

Fausia faletusi

Fa'asologa

Fa'asologa

Iloiloga fa'amaumauga

Iloiloga fa'amaumauga

A uma le fa'atauga Auaunaga

Au'aunaga pe a uma ona fa'atau


  • Muamua:
  • Sosoo ai:

  • 流程图 羽莹-01

    1) Fa'amatalaga mata'utia QC

    2) Hi-C faletusi QC: fa'atusatusaga o feso'ota'iga Hi-C aoga

    3) Hi-C faʻapotopotoga: faʻapipiʻiina o contigs i vaega, sosoo ai ma le contig ordering i totonu o vaega taʻitasi ma tofia contig orientation

    4) Iloiloga maualuga

    Hi-C Library QC - fa'atusatusaga o le Hi-C fa'aoga lelei taitoalua

     

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    Fonotaga Hi-C – fuainumera

     

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    Su'esu'ega pe a mae'a fa'atasi - fa'afanua vevela o le malosi fa'ailo i le va o talone

     

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    Su'esu'e le aga'iga'i i luma na fa'afaigofieina e le BMKGene's Hi-C fa'apotopotoga auaunaga e ala i le aoina o fa'asalalauga.

    Tian, ​​T. et al. (2023) 'Genome fa'apotopotoga ma le fa'a'ese'esega fa'atupu o se fa'ama'i mata'utia maize germplasm', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), itulau 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.

    Wang, ZL et al. (2020) 'A Chromosome-Scale Assembly of the Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, itulau. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.

    Zhang, F. et al. (2023) 'Fa'aalia le fa'aleleia o le tropane alkaloid biosynthesis e ala i le su'esu'eina o genomes e lua i le aiga o Solanaceae', Natura Feso'ota'iga 2023 14:1, 14(1), itulau 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.

    Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes of the Banyan Tree and Pollinator Wasp Tuuina Atu Malamalamaga i Fig-Wasp Coevolution', Cell, 183(4), itulau 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043

    maua se upusii

    Tusi lau savali iinei ma lafo mai ia i matou

    Auina mai lau savali ia i matou: