Fa'asologa o Vaega Fa'ateleina o le Locus Fa'apitoa (SLAF-Seq)
Fa'asologa o Galuega
O lo'o i ai i le tautua ni mamanu muamua i silico e fa'amautinoa ai le filifiliga sili ona lelei o le enzyme i le sauniuniga o le faletusi.
Fuafuaga Fa'atekinolosi
Vaega o Auaunaga
● Fa'asologa i luga o le NovaSeq ma le PE150.
● Sauniuniga o le faletusi ma le fa'ailoga fa'aluaina, e mafai ai ona tu'ufa'atasia le silia ma le 1000 fa'ata'ita'iga.
● Tuto'atasi mai le genome fa'asino:
Fa'atasi ai ma le genome fa'asino: SNP ma le mauaina o le InDel
E aunoa ma se genome fa'asino: fa'aputuga o fa'ata'ita'iga ma le mauaina o le SNP
● I totonu o lei totonu o le silicoO le la'asaga a'o le'i faia le mamanu e su'esu'eina ai tu'ufa'atasiga o le tele o enzyme fa'atapula'aina e su'e ai mea e maua ai se tufatufaga tutusa o pine SLAF i luga o le genome.
● I le taimi o le fa'ata'ita'iga muamua, e tolu tu'ufa'atasiga o enzyme e fa'ata'ita'iina i fa'ata'ita'iga e 3 e fa'atupu ai faletusi SLAF e 9, ma o nei fa'amatalaga e fa'aaogaina e filifili ai le tu'ufa'atasiga sili ona lelei o enzyme fa'atapula'aina mo le galuega faatino.
Fa'amanuiaga o Auaunaga
●Mauaina o Fa'ailoga Fa'asolopito MaualugaMatou te faʻapipiʻiina se faiga faʻailoga faʻalua e maualuga le saoasaoa e mafai ai ona faʻasologa faʻatasi le tele o vaega o tagata, ma le faʻateleina faʻapitoa i nofoaga e faʻaleleia atili ai le lelei, ma faʻamautinoa ai o numera o pine e ausia manaʻoga eseese o fesili eseese o suʻesuʻega.
● Fa'alagolago Maualalo i le GenomeE mafai ona fa'aoga i ituaiga o lo'o i ai pe leai fo'i se genome fa'asino.
●Fuafuaga Fa'atulagaina Fetuutuuna'iE mafai ona filifilia le fa'agaseina o le enzyme e tasi, enzyme e lua, enzyme e tele, ma ituaiga eseese o enzyme e fa'afetaui ai sini eseese o su'esu'ega po'o ituaiga.
● Lelei Maualuga i le Fa'agaseina o Mea'ai Fa'aenzymatic: O le fa'atinoina o sei totonu o le silicoO le mamanu muamua ma le fa'ata'ita'iga muamua e fa'amautinoa ai le mamanu sili ona lelei fa'atasi ai ma le tufatufaina tutusa o pine SLAF i luga o le chromosome (1 pine SLAF/4Kb) ma le fa'aitiitia o le fa'asologa faifai pea (<5%).
●Tomai Faapitoa TeleMatou te aumaia le tele o le poto masani i galuega faatino uma, faatasi ai ma se faamaumauga o le tapunia o le silia ma le 5000 galuega faatino SLAF-Seq i le faitau selau o ituaiga, e aofia ai laau, mammals, manulele, iniseti, ma meaola o le vai.
● Fa'asologa o Galuega Fa'akomepiuta Fa'atekonolosi ua Atiina'e e le Tagata Lava IaNa matou atiaeina se faiga fa'atino tu'ufa'atasi o su'esu'ega fa'akomepiuta mo le SLAF-Seq e fa'amautinoa ai le fa'atuatuaina ma le sa'o o le galuega fa'ai'u.
Fa'amatalaga o Auaunaga
| Ituaiga o suʻesuʻega | Fuainumera o le faitau aofa'i fautuaina | Fuafuaga fa'asologa | |
| Loloto o le fa'asologa o pine | Numera o le pine | ||
| Fa'afanua Fa'asolopito | 2 mātua ma le >150 fanau | Matua: 20x WGS Fa'aitiitiga: 10x | Tele o le genome: <400 Mb: E fautuaina le WGS <1Gb: pine 100K 1-2Gb:: pine 200K >2Gb: pine 300K Fa'ailoga e 500k le maualuga |
| Su'esu'ega o le Feso'ota'iga Lautele o le Genome (GWAS) | ≥200 faʻataʻitaʻiga | 10x | |
| Evolusi Fa'asolopito | ≥30 faʻataʻitaʻiga, faʻatasi ai ma le >10 faʻataʻitaʻiga mai vaega taʻitasi | 10x | |
Manaʻoga o Auaunaga
Fa'aputuga ≥ 5 ng/µL
Aofa'i atoa ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose gel: leai pe fa'atapula'aina le fa'aleagaina po'o le fa'aleagaina
Fa'ata'ita'iga Fautuaina mo le Tu'uina Atu
Pusa: paipa centrifuge 2 ml
(Mo le tele o faʻataʻitaʻiga, matou te fautuaina e aua le faʻasaoina i le ethanol)
Fa'ailogaina o fa'ata'ita'iga: E mana'omia ona fa'ailogaina manino fa'ata'ita'iga ma ia tutusa ma le pepa fa'amatalaga fa'ata'ita'i na tu'uina atu.
Lafoga: Aisa mago: E manaʻomia ona afifi muamua faʻataʻitaʻiga i totonu o taga ma tanu i le aisa mago.
Fa'asologa o Galuega Tautua
Fa'ata'ita'iga o le QC
Fa'ata'ita'iga fa'ata'ita'i
Fa'ata'ita'iga SLAF
Sauniuniga o le Faletusi
Fa'asologa
Su'esu'ega o Fa'amaumauga
Auaunaga pe a uma le fa'atau atu
O la matou auʻiliʻiliga faʻakomepiuta e aofia ai:
QC o fa'amaumauga ma le tipiina o fa'amaumauga e aveese ai faitauga e tele ai le N, faitauga e ala i le adapter po'o faitauga e le lelei.
O le siakiina lona lua o le lelei o le faitauga mama e siaki ai le tufatufaina o le faʻavae, lelei o le faasologa ma se iloiloga o faʻamaumauga, ae ia siaki ai foʻi le lelei o le faʻagasologa o le faʻagaseina ma mea na faʻaofiina na maua.
A maeʻa ona siakiina le faitauga, e lua filifiliga e mafai ona e faia:
- Fa'afanua i le genome fa'asino
- E aunoa ma se genome fa'asino: fa'aputuga
A maeʻa lea, ona faʻaaogaina lea o le auʻiliʻiliga o pine SLAF e fai ai ni valaʻau eseese e fesoasoani ai i le mauaina o faʻailoga: SNP, InDel, SNV, valaʻau CV ma faʻamatalaga.
Tufatufaina o pine SLAF i luga o chromosomes:
Tufatufaina o SNP i luga o chromosomes:
Fa'amatalaga SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ma Shi C (2023) Fa'afanua QTL ma le su'esu'ega o le transcriptome o le aofa'i o le suka i le taimi o le fa'amago o fua oPyrus pyrifolia.Luma. Saienisi o La'au.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). O le fa'ailoaina o le st1 e fa'aalia ai se filifiliga e aofia ai le fa'ase'e fa'afuase'i o le foliga o fatu ma le aofa'i o le suāu'u i le taimi o le fa'ato'aga o pi.Tusi Fa'amaumauga o Tekonolosi o La'au, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.ma isi.Fa'asologa o le genome ma le eseesega o kenera o le i'a kapa masani,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.ma isi.O le genome o pinati toto e maua ai se malamalamaaga i karyotypes o legume, le evolusione o polyploid ma le fa'ato'aga o fa'ato'aga.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Tausaga | Tusi Fa'amaumauga | IF | Ulutala | Talosaga |
| 2022 | Fesootaiga faalenatura | 17.694 | Fa'avae genomic o giga-chromosomes ma giga-genome o le peony la'au Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Foma'i Fou i le Fisi'omaga | 7.433 | O tulagavae o le fa'ato'aga e taula'i i vaega genomic o le taua fa'ato'aga i totonu soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tusi Fa'amaumauga o Su'esu'ega Maualuga | 12.822 | Fa'afefiloi fa'apitoa o le Genome atoa o le Gossypium barbadense i totonu o le G. hirsutum fa'aalia ai nofoaga sili ona lelei mo le fa'aleleia atili o le lelei ma le seleselega o le ie vavae uiga | SLAF-Fa'asologa o le evolusione |
| 2019 | La'au Molekiula | 10.81 | O le Su'esu'ega o le Genomic o le Faitau aofa'i ma le De Novo Assembly ua Fa'aalia ai le Amataga o le Weedy Araisa o se Taaloga Fa'a-Evolusi | SLAF-Fa'asologa o le evolusione |
| 2019 | Genetics o le Natura | 31.616 | Fa'asologa o le genome ma le eseesega o kenera o le i'a kapa masani, Cyprinus carpio | Mape o le SLAF-Sootaga |
| 2014 | Genetics o le Natura | 25.455 | O le genome o pinati totoina e maua ai se malamalamaaga i karyotypes o legume, polyploid evolusione ma le tausiga o fualaau faisua. | Mape o le SLAF-Sootaga |
| 2022 | Tusi Fa'amaumauga o Tekonolosi o La'au | 9.803 | O le fa'ailoaina o le ST1 e fa'aalia ai se filifiliga e aofia ai le fa'ase'e i le foliga o fatu ma le aofa'i o le suāu'u i le taimi o le fa'ato'aga o pi | Atina'eina o le SLAF-Marker |
| 2022 | Tusi Fa'avaomalo o Saienisi Molekiula | 6.208 | Fa'ailoaina ma le Atina'eina o Fa'ailoga DNA mo se Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Suiga o le Chromosome Disomic | Atina'eina o le SLAF-Marker |
| Tausaga | Tusi Fa'amaumauga | IF | Ulutala | Talosaga |
| 2023 | Tuaoi i le saienisi o laau | 6.735 | Fa'afanua QTL ma le su'esu'ega o le transcriptome o le aofa'i o le suka i le taimi o le fa'amago o fua o le Pyrus pyrifolia | Fa'afanua Fa'asolopito |
| 2022 | Tusi Fa'amaumauga o Tekonolosi o La'au | 8.154 | O le fa'ailoaina o le ST1 o lo'o fa'aalia ai se filifiliga e aofia ai le fa'ase'e i le foliga o fatu ma le aofa'i o le suāu'u i le taimi o le fa'ato'aga o pi
| Valaauga SNP |
| 2022 | Tuaoi i le saienisi o laau | 6.623 | Fa'afanua o le Feso'ota'iga Lautele a le Genome o Phenotypes o Hulless Barely i le Siosiomaga o le Lāmala.
| GWAS |
